蔡元培先生与周树人（鲁迅）、周作人、周建入三兄弟之间，均有不同程度的交往。他们都是绍兴人，又都致力于文化教育事业。蔡作为同乡前辈，对周氏兄弟的才华十分赏识，大力提携；而周氏兄弟也充分信赖和尊敬这位前辈，时常以要事相求。其中，周作人与蔡元培之间的关系，虽然没有其兄鲁迅与蔡在民权保障同盟时期的那种特殊情谊，但五四时期他们的交往却是比较频繁的。

周作人比蔡元培小十七岁，很早就闻知家乡出了一位“作怪八股的蔡翰林”，后竟参加了排满的革命党，因而视蔡为颇具传奇色彩的人物。1906年春，蔡元培应秋瑾等人之请，回乡主持学务公所，推动绍属八县的教育事业。他邀约裘吉生、杜海生等人相助，与秋瑾相识的周作入亦在被邀之列。但此时周正在南京水师学堂等待官派出国留学，未能应召。1907年后，蔡元培在德国莱比锡写信给在日本留学的堂弟蔡元康(谷清)，诉说学德语之难，时元康与鲁迅、周作人同住东京伏见馆，过从甚密，遂提及此事，周氏兄弟部说：“最要紧的是有一部好字典”，元康即复函相告。其后，元康又将周氏兄弟合译的《域外小说集》寄给蔡元培，这部“译笔古奥”的文集，给蔡留下了深刻印象。多少年后，他为《世界短篇小说大系》作序时还提到“中国短篇小说的译集，始于周树人，作人昆弟的《域外集》，但好久没有继起的。”民国元年，蔡元培延揽鲁迅人教育部，在绍兴从事地方教育的周作人从家兄那里直接得知蔡的近况，了解自然加深一层。到1916年11月，蔡元培就任北京大学校长之前回乡省亲，身为绍兴教育会长的周作人屡次拜访，并陪同其演说，二人始初次交往。周作人感到：这位曾被一些乡人比为洪水猛兽的前辈，其实是个：“端正拘谨，古道可风”的人。

1917年初，经鲁迅、许寿裳推荐，蔡元培同意周作人到北京大学任教。周于4月1日至京，随后即往马神庙北大校长室和东城遂安伯胡同蔡寓访蔡，皆不遇。4月5日，蔡亲自到南半截胡同绍兴县馆访周，告知学期中间本科不便开设新课，拟请他先在预科教授国文。周来北大的志趣是讲授英文和欧洲文学史，教预科国文非其所愿．于是，4月10日“至大学谒蔡先生，辞国文事，又告南行。”就在周作人打点行囊，准备离京返里之时，接到了蔡元培的信函，请他担任附设在北大文科的国史编纂处编纂员，每日工作四小时，月薪120元．周欣然同意，于4月16日正式到校任职，同年9月，又收到了校方请其担任文科教授的聘书。周作人的进入北大，是其人生历程的一大转机，而促成此事的关键，是蔡元培的热诚帮助。

自1917年至1923年初，蔡元培和周作人同在北大任职，无论是工作方面，还是在五四新文化运动中，二人都有比较多的交往。国史编纂处附设北大之初，只有张相文、屠寄、周作人、沈兼土等几位编纂员，处长即由蔡元培兼任。由于尚无实际编史任务，周作人的具体工作是收集、翻译外文资料。他除了日常在图书馆采编资料外，还常常从蔡元培那里接受外文书刊及译稿的翻译、校阅工作。通常是蔡将书刊及文稿面交或函送于周，周集中时间翻校后再面交给蔡，这些书稿计有：《中国美术史》、《支那美术》译稿、《大学评论》、《日支时论》、《廓清》、《支那》等等；工作之余，周亦曾就时局变化和个人行止等事征询于蔡。张勋复辟前夕，周跑去找蔡，“问他对于时局的看法，他也不说好坏，只简单明了地回答，只要不复辟，他总是不走的。”这话使周感到镇定。俄国十月革命后，引起不少知识分子的关注，周作人也不例外，他甚至动了赴俄考察的念头，1918年4月26日，周“上午往校，访蔡先生，说明年往俄事。”两天后，“蔡先生来谈”。赴俄虽来成行；但二人就此事进行过商讨。就在这一年，蔡元培为矫正风气，发起“进德会”，周作人积极响应，申报为“乙种会员”，其戒约为：“不嫖、不赌、不娶妾、不做官吏、不做议员。”9月，周将自己的进德会志愿书面交予蔡。

五四运动前后，周作人热衷“新村”运动，先后在《新青年》、《新潮》等刊物上发表《日本的新村》、《访日本新村记》等文，介绍日本日向新村的情况及其创建人武者小路实笃的著作。这使一向信奉“互助论”的蔡元培发生了兴趣，新村所追求的“各人应该互相帮助，实行人的生活”的理想，更引起他的思想共鸣。1919年12月，蔡写了《读武者小路实笃的著作有感》一文，文章说：“我读了周先生所译的武者先生的信与诗，很有几种感想，随笔写在下面，送给《新青年》记者：……武者先生与他的新村同志，都抱了人道主义”，“这种人，我们很觉难得。”此文发表在《新青年》第七卷三号上。思想上的共同倾向，使蔡、周二人对这—时期北京成立的工读互助团均采取了积极支持的态度，他们与陈独秀、胡适、李大钊等共同刊登启事，为工读互助团募集经费。当周作人宣布新村北京支部正式成立后，蔡曾热情介绍外地青年到八道湾十一号，与周接洽。可以说，五四时期,他们的思想主张具有许多共同点。

在个人交往方面,他们也保持着学人之间的密切关系。鲁迅、周作人兄弟喜好搜集汉碑图案拓本，蔡元培则倡导美育，珍视古往今来的美术佳品。周作人到北大不久，即接到蔡寄送的定州石刻拓本四种，并到蔡寓“观龟甲兽骨文字”，日本友人刚刚送来云冈石窟的照片，周“即持至蔡先生处”。其同好之乐，于此可见一斑。作为后学晚辈，周时常向蔡借阅善本古籍，例如《碎醒石》、《古和阗》等，为了学习世界语，还托其趁出国考察之便代购有关书籍。周早年用文言翻译的小说《黄蔷薇》一直难于付梓，1920年经由蔡向商务印书馆介绍，方得以出版。而蔡对周亦十分器重，曾以要事相托——1920年10月，·蔡将赴欧美考察，特意写信给周，内云：“越缦先生日记，除五十一册已付印外，其前有十四册，遵先生识语，拟节录备印。托孙公达君加签，陶万福君缮写。已抄过五册，第六册未抄毕。第七册以后，虽有旧日甲、乙、丙、丁等签，然尚须审查一过。弟即日出京，谨以奉托。俟陶君第六册抄毕，请以第七册付之。其后递易。别有抄本三册，均与原本重复，亦奉上，备对勘。”原来，蔡元培在1919年初，与傅增湘，张弧等发起影印李慈铭的日记，引起学术界的广泛关注，经过蔡的一番努力，同治癸亥至光绪戊子(1863—1888年)的五十一册日记于1920年由商务印书馆影印出版，这就是风行一时的《越缦堂日记》。但1863年之前尚有十余册日记，根据李慈铭的生前意愿，拟节录出版。1920年，蔡开始主持对日记的节录工作，责成《北京大学月刊》编辑处人员摘抄。此时，蔡远行在即，特向周作人郑重托付此事．1922年3月，蔡提议北大编印《文艺季刊》，又特别请周出任季刊的编辑。

1923年1月，蔡元培不满教育总长彭允彝干涉罗文干案的行径，愤然辞职，其后，远走欧洲，直到1926年2月，应北洋政府电促回到上海。这时北伐战争即将开始，而北方政局亦日非一日，蔡勾留沪杭，无意北上。周作人于4月25日写了一封词意恳切的长信给蔡，陈述种种理由，说明其北返之必要，表示：如“先生复归长校，不特在风雨飘摇之中，学校可望渐臻稳固，即个人亦可得请益之机会，实属至可欣幸之事。”并说“作人在北大将及十年，除教课外，于教务素不过问。今因先生不来北京，与北大前途关系至大，偶有所见，不敢缄默，敬以奉陈，狂愚之言，尚祈宽容是幸。”蔡对周的’语长心重，感荷无已”，随即复函，谢其盛意。

1927年，国民党实行“清党”，残酷屠戳共产党人和进步青年。面对腥风血雨，主张人道主义的周作人为之震惊和激愤；对参与“清党”蔡元培颇有微词和责难。还在1926年蔡回国之初，曾就政治、教育和共产主义等问题与《国闻周报》记者谈话，明确表示：“对于共产，赞成其主义，但主采克鲁泡特金之互助手段，反对马克思之阶级争斗。”周作人为此写了《外行的按语》一文，表示不同意见，他认为，“阶级争斗已是千真万确的事实”，“互助实在只是阶级争斗的一种方法”。二人的思想已表现出某种歧异。1927年9月，周作人在他主编的《语丝》上先后发表《怎么说才好》、《功臣)等文，抨击“清党”中的残虐行为，其中不无愤慨地指出，“最奇怪的是智识阶级的吴稚晖忽然会大发其杀人狂，而也是智识阶级的蔡(元培)、胡(适)诸君身在上海，又视若无睹，此种现象，除中国人特嗜杀人说外，别无方法可以说明。”他认为，“南方之事全败于清党”，而“吴、蔡诸元老”难卸其责。这是周对蔡明显的一次“不恭敬”。

蔡元培似乎并不介意周作人的批评和责难，三十年代，他在许多介绍中国文化的著述中屡屡提及周，仍与之交往。1931年5月，蔡撰写《二十五年来中国的美育》一文，在介绍有影响的文学期刊时，提到：“《语丝》为周树人、作人兄弟等所主编，一方面，小品文以清俊胜；一方面，讽刺文以犀利胜。”同年6月，蔡又在另一篇全面介绍中国新文化的文章中写道：“至民国七年，胡适、陈独秀、钱玄同、周作人等，始排斥文言的文学，而以白话文为正宗的文学。”可见，蔡对周在新文学运动中的突出表现是念念不忘的。1934年4月，林语堂主编的《人间世》创刊号发表了周作人的“五十自寿诗”，诗用险韵，和之颇难。平素不大作诗，更极少公开发表诗作的蔡元培，居然连和三首，寄赠周作人。其三曰：“新年儿女便当家，不让沙弥袈了裟。鬼脸遮颜徒吓狗，龙灯画足似舔蛇。大么轮值恩赢豆，数语蝉联号绩麻。乐事追怀非苦话，容我一样吃甜茶。”诗中记叙新年儿戏情形，写入许多越语乡俗，还细加注释。周作人读之，不禁感到：这位前辈“于游戏之中自有谨厚之气”，其童心未泯，“亦自不可及也。”此后周一直珍藏着蔡的和诗手迹。1935年4月，蔡又致函兼任孔德学校校董的周，介绍正在寻觅工作的北大毕业生王文灿，请周“鼎力提携，量予位置，不胜同感，”可知，一直到抗战前夕，二人之间尚有书信往来。

值得注意的是，周作人晚年多次忆及蔡元培：1958年1月在《羊城晚报》发表《蔡孑民》一文；60年代，撰写《知堂回想录》，在回顾其一生经历的二百余篇短文中，竟有七篇专门忆述蔡，远非书中其他人物可比，足见蔡在周心中的份量之重。周评论蔡道：“他到老不殖财，没有艳闻，可谓知识阶级里少有人物。”关于蔡著名的“兼容并包”主张，周认为：“我以为是真正儒家，其与前人不同者，只是收容近世的西欧学问，使儒家本有的常识更益增强，持此以判断事物，以合理为止，所以即可目为唯理主义。”正是通过这些文字，周作人抒发了对这位同乡前辈深切的怀念之情。