1987年秋天，党的十三大后，九号院里的“中央书记处农村政策研究室”发生名称变化，变为“中央农村政策研究室”，前边冠名从“中央书记处”变成了“中央”。这个变化起因于高层决策体制演变，具体说是中央书记处职权改变，而与九号院内部无关。
对于九号院里的人们来说，这是一个几乎没有什么感受的变化，“农研室”的名称变化，远远没有后来“农研中心”名称变化感觉明显。事过三十年，旧同事闲聊此事，有的甚至没有印象。但是，对九号院来说，进入1980年代后半期，准确些说从1985年秋天以后，高层的政策制定进程，甚至机构内部氛围，都出现了异样。改革情势变得复杂起来。
第五个一号文件的产生
1982年到1986年，中央连续发出五个关于农村改革的一号文件。从内容来看，前四个文件都有重要的政策突破或政策创制，第五个即1986年一号文件没有新的重要政策推出。但这个文件却有特殊重要性，其形成过程也另有曲折。
1985年11月26日，在京丰宾馆，杜润生召集九号院领导层和部分省市农口领导人会议，讨论来年农村工作文件起草。杜润生开场说：“原来说不出一号文件了，但中央要出，是否还叫一号文件？”这句话的背景是，1985年1月一号文件发出后直到秋天，九号院没有想法继续起草1986年一号文件。在8月30日中央书记处会议上，由万里提出，会议要求准备新的一号文件。九号院于9月上旬组成起草组，用一个月时间完成了初稿。然后，11月26日到12月4日召集了部分省的农口负责人讨论修改初稿。这段话就是这次会议的开场白。
关于文件内容，杜润生说：“关于明年文件主题，有各种说法，各种说法都有道理，但又不能都写上。”杜润生谈到了关于文件起草的意见分歧：“有的主张，文件主题是巩固、提高、完善、落实。”这种观点认为，农村改革进入到一个新时期，已经没有什么重大举措可以出台了，下一步重点就是贯彻好已经形成的政策措施，所以新文件的定位应该是“巩固、提高、完善、落实”。杜润生谈到了另一种不同意见：“有的说，这样太消极了，应该深化改革，提高生产力。”杜润生初步提出了自己的意见：“要从农民需要出发，希望明年干什么，要抓住农民要求。现在农民对形势不满意。”杜润生这里说的农民不满意主要是指，从1985年开始，中央调低了粮食收购价格，收购方式从原来的统派购变为合同定购，一些地方出现了卖粮难，农民收入增长减缓。从1979年到1984年，中国农业发展形势大好，粮食产量连续大幅度增产，农民收入连续大幅度增加。1985年粮食大减产，进入了连续五年的徘徊期，九号院受到来自高层和外部的压力。
杜润生还谈到另外一种压力：“老干部也不满意”。这里所说的老干部，主要不是普通的老干部，而是老一辈中央领导人。这些领导人有的给杜润生写信，有的直接找杜润生谈话，表达对于形势的不满。不满主要表现在这些方面：“贫困地区标准化、农业出现萎缩，耕地退化（机耕灌溉减少、荒地增加），乡镇企业盲目发展，污染环境。”关于贫困地区标准化，是指当时九号院开始把贫困地区按照一定标准划片，有些老根据地没有划进去，从这些根据地出来的老一辈领导人不满意。关于农业萎缩、耕地退化，一些老领导认为，搞了家庭承包经营后，农业机械化和水利化水平下降，耕地质量下降。这在一定程度上包含对于家庭承包制度的不满。当时乡镇企业刚刚兴起，一些领导认为，农民办工业冲击了国家计划，与国有企业争夺能源和原材料，而且导致环境污染，同时，乡镇企业在寻找市场推销产品过程中请客送礼，破坏了党风。这些问题都是当时农村政策面临的质疑。
说到这里，杜润生谈到了眼下政策制定的困难——“好话说尽，好事不多，中央威信受到影响。”广东省委常委、农委主任杜瑞芝接上去说：“该说的说完了，该做的做不到。”杜润生又说：“要坚持改革，不改革不行，如果不改革，农村的出路在哪里？存在的问题要用改革来解决，要走新路，不是走老路、邪路。把改革搞好，才能堵住邪路，改革搞不好，要产生扭曲现象。”然后，与会人员开始讨论。
随后，中央农村工作会议于1985年12月5日至12月18日召开。会上，杜润生先介绍了文件起草的基本背景：“会议的任务，是解决1986年农村工作问题，代中央起草文件。中央未就此问题做专门指示，领导同志零零碎碎讲过些意见。现在的文件稿是抛砖引玉，均未经中央预先讨论批准。其中的实质性问题，已经提请国务院考虑。”
杜润生继续说：“起草文件的指导思想是：农村改革进入深入阶段，改革中的许多问题，用深入改革解决，不能退回去；改革不但要破，而且要立；不但要放，而且要控制，要有宏观调控。好多事只破、只放不行了，放得已经差不多了，其他没有再放的商品了。商品市场、劳动市场已经放开，金融市场还没有放开，太复杂。放要放好，该放还要放。”杜润生强调：“现在农村改革想再找一个题目，像包产到户一样，一泻千里，已经没有了。这种文章已经不多了。取消统购派购也是大动作，但与包产到户比就差点劲。”
在讲话中，杜润生着重谈了下一步农村改革面临的问题：“要考虑两种情况。其一，现在是经济转型时期，好多事未理顺。新工作没有经验，但是有老经验。没有新经验，找不到好路子，容易回到老路子，老路子驾轻就熟。怎么解决？就是继续深入改革，创造新经验，扶持一些新的生长点。如果不能全面创造新经验，也可以慢慢培养萌芽，扶持其长大。其二，农村改革正在同城市汇合，意味着改革已经紧密同全国体制改革联系在一起。过去是两路进军，现在需要协调城乡改革的步骤，互相促进而不是互相撞车。汇合点主要在流通领域，价格问题最敏感，是神经中枢。如果不在整体战略上解决，农村工作的独立性、余地就小得多了，同包产到户时代不一样了。但不是无所作为，要有所作为，找到可以前进的环节，也能成为推动城市改革的力量。”杜润生这段话实际上表达了1986年一号文件的核心内容。中央书记处于12月19日讨论了文件稿，提出了较大改革意见，中央政治局会议27日讨论通过，文件名为“关于1986年农村工作的部署”。
1986年一号文件，即五个一号文件的最后一个一号文件，与前边四个一号文件比较，并没有重大的突破性内容，更找不到所谓“一泻千里”的感觉。这个文件有两个着重点。一个重点是，针对改革以来农业物质技术基础工作被忽视，农业面临停滞徘徊局面的问题，强调要进一步摆正农业的基础地位，强调依靠科学、增加投入，大力改善农业生产条件，提高农业生产力水平；一个重点是，针对社会上、包括上层一些关于农村改革的质疑声音，强调要继续坚持改革。
这个文件强调，粮食统派购改为合同定购是不可动摇的改革方向，不能因为出现粮食生产年度波动而动摇；乡镇企业是吸收农村富余劳力、建立新城乡关系的有效途径，有强大生命力，应当积极扶持。针对社会上和领导层中关于家庭承包潜力已尽，下一步应该重新组织农民搞合作的看法，文件指出：“完善合作制要从服务入手，不同内容、不同形式、不同规模、不同程度的合作和联合将同时并存，决不可”一刀切“，更不可采取政治运动的方法去推广”；针对反对个体经济的声音，文件指出：“个体经济是社会主义经济的必要补充，鼓励各类专业户勤劳致富。”针对一些地方因为没有进入国家贫困地区名单，特别是一些老干部不满意的情况，文件指出：“改变贫困地区面貌，需要从实际出发，分别情况，分级负责，分批治理，当前应把重点放在那些至今尚未解决温饱的最困难地区。”
第六个是“五号文件”
1986年下半年，九号院准备了新的农村工作文件稿。这个文件稿，本来也是准备作为1987年一号文件来发布的。也就是说，这个文件本来应该是第六个一号文件。因为胡耀邦在1月初去职，当年一号文件主要是关于反对资产阶级自由化方面的内容。这个关于农村工作的文件成为1987年五号文件。
从1987年五号文件出台过程来看，高层决策程序也发生了变化，与以往文件有所不同。1月14日，九号院办公会传达了中央书记处会议讨论精神。此前半个月，1986年12月29日，中央书记处讨论了文件稿。书记处这次讨论已经不是胡耀邦主持。会议决定，文件稿还要经过中央军委、中顾委讨论并提出修改意见，然后再提交政治局会议讨论。此前五个一号文件稿，只有1983年一号文件是经过政治局讨论，其余四个文件都是由书记处讨论，然后政治局委员圈阅。从文件内容而言，这次文件内容并无特别重要之处，没有提出重要的新政策，根据以往情况看，似乎也不需要政治局讨论。现在，书记处会议决定，这次不仅要提交政治局讨论，而且要经过中央军委和中顾委讨论并提出意见。从九号院办公会的传达情况看，中顾委方面，召集了20人的会议讨论了文件稿，但是没有提出修改意见；中央军委方面，先是提出请九号院派人去宣讲文件稿，杜润生让副主任刘堪去介绍，后来又说不必去。可见，这次文件的讨论审批程序，比起以往有重要不同。
从九号院传达看，中央书记处会议讨论对文件内容没有重要修改，讨论中首先涉及农村财产纠纷、合同纠纷、边界山水林纠纷等问题，要求民政部、司法部调研；会议还讨论了农村新出现的经济联合体、雇工等问题，以及贫富两极分化问题。据说两极分化问题也是中顾委和军委讨论的重点问题。1987年1月22日，政治局会议通过了这个文件稿，作为当年五号文件发出，题目是“把农村改革引向深入”。
1987年中央五号文件，具有明显的改革阶段性总结特征，或者说是农村改革第一阶段的“收官之作”。文件的开始部分，总结了农村改革的基本进程，认为新的经济体制框架已经从自主权、市场体系、产业结构、经济形势、宏观调节等五个方面显现出来；文件的主体部分，主要是梳理并进一步明确了今后改革方向和原则。主要内容有：继续改革统派购制度，扩大农产品市场；搞活农村金融，开拓生产要素市场；完善双层经营，稳定家庭联产承包制；发展多种形式的经济联合；对个体经济和私人企业实行长期稳定的方针，保护其正当经营和合法权益；调整产业结构，促进农业劳动力转移。大致来说，这些内容都不能说是新政策，而是已有政策思路的进一步明确化或者具体化。如果说，这个五号文件有重要的新内容，就是提出了“有计划地建立改革试验区”，指出：“在改革的深入阶段，在一个市（地区）、一个县的范围内，按照改革方案进行实际试验，主要目的是，有领导和群众相结合，在试验的基础上制定相应的章程和法规，使党和政府的政策具体化、完善化。”
当时的农研室副主任、杜润生主持起草文件的主要助手刘堪，晚年谈到这个五号文件时说：“到1987年，再搞文件就比较吃力了。1986年冬，就在京西宾馆的这个楼，我们和杜老在东头的套间里议论。我们感到像一号文件这种形式，应该结束了，不能再发了。因为政策性语言、号召性的东西已经不起作用了。今后需要的是专业性的、操作性的，甚至是需要专门的法律法令了。那时经过几年的改革，农村经济新的框架已经建立起来了。我记得那时京西宾馆的新楼正在施工，搭着脚手架，我们还指着那边儿说这不就是框架吗？农村新的经济体制虽然还没有完善，也不能说已经有了一个完整的运行机制，但已经有了新的框架。我记得这个文件写了几行告别的话，一段总结性的语言标志一个阶段的结束。果然到1988年的农村工作文件，就改为由国务院就几个实质性问题发文下去就行了。”
九号院机关的内部整顿
对于九号院来说，1987年是不平凡的一年。农村改革的形势愈加复杂，九号院的工作也愈加沉重。从1月初开始，在杜润生主任主导下，围绕如何改进九号院的机关建设和研究工作，内部开展了大讨论，召开了不同规模、不同层面的会议，听取工作改进意见。
从1982年4月成立，农研室（农研中心）已经走过了五年。为了改进工作而广泛征求干部意见，进而做出整改，这已经是第二次。1983年初曾经搞过一次。当时，九号院成立了机关工作改革小组，下面分三个专题组：行政管理改革小组、机关制度改革小组、研究工作改革小组。工作方法分三个阶段：听取意见、提出问题；根据问题征求有关同志意见，提出改革方案；主任办公会讨论改革方案并决定执行。那次机关改革工作搞了一个月。1987年这次搞了两个月，工作方法与上一次差不多，所不同的是，那时机关刚成立不到一年，遇到的问题相对简单，这次情况不同，农村改革和机关内部都面临较多问题。因此，这次活动形式更加正规，动员更加充分，讨论更加广泛，提出的意见建议更多。
关于研究工作，提出的主要问题有：中长期研究不够好，部署的中长期研究项目均不成功；连续几年一号文件起草冲击了中长期研究；综合性研究也不够，力量组织协调不理想；工作范围太广，水利工程、化肥农药、救灾救济等都来找；机关里清谈味道很浓，政策建议虽然多，但说到落实就没有着落；一号文件越来越难写，有些部委认为农研室总在“放大炮”；对于高层决策的影响力有所降低，中央领导批件减少，有些会议不请我们了，有的问题（如流通领域）不让我们研究了。
关于机关建设，提出的主要问题有：干部有一种危机感，作为农口领导机关长期动荡，没有中长期计划，前景不明，看不出这个机构将长期存在；农研室（农研中心）的存在，很大程度是依赖于杜润生的个人影响力，担心杜润生退休以后机关也随之解散；研究成果输出渠道少，只有杜润生一个渠道；外聘研究员作用下降，年龄偏大而且工作忙，研究成果质量不理想，研究成果鉴定书不实在，多数只是“抬轿子”；内部关于机关建设看法明显分裂，一种意见主张办成职能实权部门（如农委），管钱管物，一种意见主张办成站得住脚的思想库（智囊团）；机关有衙门化趋势，领导层次多，在机关领导和中层之间，还有秘书长、副秘书长，副职太多，层面太多，造成很多不必要摩擦，要精简；激励机制也要调整。
关于办公条件，提出的主要问题是：办公用房紧张，职工宿舍也紧张，有的部门因为没有宿舍而不进人；办公家具配置标准不清楚，什么样的研究人员配备什么样的办公家具要明确；用车紧张，二十多名局长和五十多名处长，只有4辆公务用车，影响工作效率。
1987年2月11日，九号院召集全体会议，杜润生讲话，认为大家所提意见很好，针对大家的意见作出回应。讲话要点如下：
第一，研究工作要组织起来，搞得更好。我们是中央的咨询研究单位，不同于行政机关，无研究成果即无意义。要掌握研究机构特性。现在的问题是，研究骨干不如人家，领导干部未搞过理论工作，青年人新出学校门。长处是老同志经验丰富，现实感强，接近第一线，研究工作的现实转化比较快。研究工作要回答当前实践中提出的问题。不要怕行政性事情影响研究，是好处，不至于躲到书房中去，钻进故纸堆求学问。不要把优势当劣势，亏了优势求优势。人才不够怎么办？缩小目标以适合于我们研究的方面。目标不求全面，在其中求突破，思想上保持敏锐现实感。保持好现实感，研究就会取得成就。
第二，工作要强调计划性，把力量集中在最有实践意义的方面。在这个方向中选择课题，集中人力物力，把个人劳动积极性和集体计划结合起来。要有集体行动计划，把个人努力纳入其中，形成整体效果，结构上有组织，而不是游离的。个人素质可能不如人家，但是组织起来产生强化作用和结构效益。每人思考问题不要先想我自己怎么样，集体上去了，个人也就上去了。不然，小小原子自由游动，形不成分子。大集体下有自由，最大限度地同集体结合，提出新的设想见解并转化为集体的，就更好。个人找出生长点，变成集体的东西，正是求之不得。
第三，加强科研管理，三级管理。一级是室（即农研室），一级是组（相当于司局），一级是组的联合。组分得要细，人要少，只两三人。相近的组有室领导召集联系会议，室成立科研管理小组。权力结构要有几个统一，筹划人力、科研程序、验收评价。会后拟出研究工作条例。工作计划要严格起来，完不成要交代。主体完不成，副产品不少也好。但不能像以前一样太松了。以办企业精神办机关，才能带出人来。
第四，1987年工作重点是两件事。一是“农业发展纲要”前期研究，选报一些问题，设计好题目，如国民经济与农业问题、粮食安全生产问题、农村非农产业前景、农村向商品经济转化条件分析等。二是办好试验区，搞好第一步改革后续工作，把政策法律化，通过立法稳定农村经济关系，调动农民生产积极性。同过去做法不同，试点更重要的是立法。重组农村社会经济组织，要有中间性经济组织。其他工作，照旧办理，特别是要把信息工作做好，信息工作要组织化、系列化、制度化。
第五，要端正政治方向。这方面我们未出大问题，但不能说没有问题。要坚持三中全会路线，坚持两个基本点，四项基本原则和改革开放不可偏废。作为中央机关，必须建立纪律性。一切可以民主讨论，可以保留意见，但是必须听招呼，不要擅自发表同中央决定相抵触的东西。
最后，杜润生还说到了自己：“说句题外话，有人说老杜退了，机关就散了，我很反感。这是对个人作用的不恰当放大。成立农研室机关，中央不是因人设事。中央重视八亿农民，我们机关是跟上沾光。”
在这次九号院全体会上，主持日常工作的副主任张根生宣布了机关改革办法，主要有：1.关于研究任务分工，加强第五组，将宏观管理研究纳入第五组，不再单设机构，主要研究价格税收；第三组同原第二组合并，分管农村宣传、基层组织、法规，配合中宣部工作，配合有关部门法规审议；2.关于研究成果输出，原来三个部门的编刊合并为编刊组，或称第六组，继续办好《农村工作》《农村问题论坛》，《资料》如何出待研究，开办一个新的思想性刊物；3.调整联络室任务，既负责委托课题，也负责内部研究协调，推荐课题供各组参考，各组确定课题可报联络室审议研究，年终检查评比；4.关于国际研究，第四组名义上改为国际研究，不叫国际联络部。各组室原则上是课题组性质的，按课题要求来配置人员，负责人配备不一定按照司局级。
1987年上半年，九号院机关进行了自我整顿和机构调整。1987年秋天，中共十三大召开，开启了新一轮党政机关改革。随后，机构改革方案经七届全国人大一次会议讨论通过。与1982年机构改革相比，这次改革的最大不同点是，推进党政分开和转变政府管理职能。上次改革主要着眼于撤并精简机构，这次更强调在党政分开的原则下，政府转变职能，推进政企分开。但这次机构改革对九号院影响不大。九号院机关依然是中央农村政策研究室与国务院农村发展研究中心合为一体。1988年春天，新的国务院领导人曾经要求农研中心分署办公，但是后来并没有进展。
1987年的第二轮改革，给九号院机构带来的直接变化，是“农研室”名称改变，即从“中央书记处农村政策研究室”变为“中央农村政策研究室”。这是因为十三大以后中央书记处性质和职权发生改变，中央书记处从高层独立决策机构变为非独立决策层次的日常办事机构。这个变化的背景，涉及1980年春天中央书记处成立以来，在运行过程中与国务院的关系状态，与中央政治局的关系状态。但是，中央书记处的职权变化，“农研室”名称的改变，对于九号院的职责和运行并没有明显影响。
