乡镇政府是乡镇国家权力机关（即乡镇人民代表大会）的执行机关，“执行本级人民代表大会的决议和上级国家行政机关的决定和命令”，管理本乡镇区域内的行政工作。这表明，国家政权建设试图将乡镇政府建设为既能有效执行中央政府和上级政府决策，又能获取基层社会支持信任的政权组织。

但是，事实往往是，乡镇政府在实际中的角色，既与本区域内的社会公共利益需求不一致，又与上级政府、尤其是中央政府的理念要求和政策导向不一致。实际上，基层政府在功能和行为上也越来越类似于公司，具有明确或隐晦的利润导向，以GDP为营业额，以财政收入为利润，或者致力于追求其他具体的经济收益。

在政府运行“公司化”情景下，日常行政管理职能和上级政策指令便不再成为基层政府的主要关注指标。各种持续的行政管理和政策执行，被乡镇政府置换为一阵一阵的“运动”。尤其是在上级政府检查和考核期间，为了获得上级政府的认可，乡镇往往不惜代价发动轰轰烈烈的“运动”以执行政策。正因为其声势浩大，就需要乡镇政府人员倾巢而出，搁置手中其他的持续性业务和功能，集中力量于所谓“中心工作”。这也就决定了这种“运动化”的治理模式无法获得可持续性，往往是随着检查考核的结束而终止。

如果将行为模式的选择与价值、权威相联系，那么无疑，这种“公司化”和“运动化”的基层政府角色，与其在权威结构上的“碎片化”密不可分。政府的制度和决策，不仅在权威和价值上呈现分割，也在体制和结构上出现断裂。乡镇政府与上级政府、各政府部门以及基层社会之间难以实现有效整合，也就导致了基层治理的“失序”。

把“三农”问题全部归咎于基层政府治理失序是不公允的，因为问题的深处在于政府体制甚或政治体制。在此，有必要厘清两个不同层面上的问题：一是，乡镇政府不能被完全看做是中央政府的直接代理，因为中央政府或者说“国家”很难直接控制乡镇政府。乡镇政府具有很强的自主性，不仅可以“选择性”地执行政策，通过一系列应对办法来规避上级考核和管理，而且，还能够根据自身利益不断卷入社会的利益博弈中，甚至直接与民争利，具有明显的“自利性”。所以说，中央政府政策导向的变化，并不必然导致基层政府运行的根本改变，也并不必然带来“三农”问题的根本解决。近年来政策改革与基层治理困局之间的巨大反差，也为此提供了新的论据。二是，尽管直接对基层治理问题负责的，应该是乡镇政府；但是，乡镇政府之所以出现问题，其根源还在于政府体制。乡镇政府在国家权力结构和基层社会网络中的定位，其组织架构、管理制度、职能配置以及运作机制，都离不开政府体制的约束。因此，探索基层政府问题，离不开对政府体制的检讨和反思。

翻检正式的制度和法律，基层政府体系无论是在权力的配置上，还是在功能的设置上，都显得平衡而完备。但是，实际运作并非如此。一方面，基层政府的诸多行为，特别是政府与社会之间的互动行为，缺乏具有操作性的制度规范。基层政府“无法无天”，大量的矛盾冲突也由此滋生；另一方面，已有的诸多制度规范被搁置，并没有得到贯彻和执行。基层政府实际的运作规则，需要从实践和动态的过程中加以把握和理解。从表面上看，政府各项冠冕堂皇的制度得到了落实，运转也很顺畅，能顺利地通过“考核”与“检查”。但实际上，制度所涉及的其他主体和对象（如社会公众、社会组织等），对于制度的运转却很少卷入。以基层政府的“政务公开”为例，中央政府推广这一制度的初衷，在于保障基层社会和公众的知情权，让基层政府接受公众监督。公众是监督的主体，而基层政府是公众监督的对象。但实际上，政府虽然也会公开部分政务，但哪些部分公开、哪些部分不公开，往往取决于政府意愿而非公众需求。最后往往是大张旗鼓地公开，但与公众的监督无关，只与基层政府应付上级的各种检查和汇报有关。这样的制度运转对于下级政府应对各种上级检查是必要的，但对于社会而言却形同虚设。