陈独秀是中国近现代史上杰出的爱国者、革命家、启蒙思想家、新文化运动的发起者，是“五四运动的总司令”；是中国共产党最重要的创始人，并任一至五届党中央总书记。蔡元培是著名的教育家、革命家、政治家。民主进步人士。早年参加反对清朝帝制的斗争。中华民国首任教育总长。民国初年主持制定了中国近代高等教育的第一个法令——《大学令》。。国民党中央执委、国民政府委员兼监察院院长。1916年至1927年任北京大学校长，上任伊始就三顾茅庐登门聘请陈独秀担任北京大学文科学长。
陈独秀比蔡元培小11岁，蔡元培却比陈独秀早去世二年。陈独秀与蔡元培一生的交往跟他与章士钊、胡适等名士的交往有相同之处，既有志同道合的早年、肝胆相照的合作、危难之际的援手，也有政治、思想上的分歧和碰撞，但是，他们的友情却保持终生。
在上海爱国协会暗杀团相识
辛亥革命前，许多革命志士认为，中国革命应该分“鼓吹、暗杀、起义”三步进行。陈独秀也受此影响，曾加入过暗杀组织。他与蔡元培就是在上海暗杀团相遇相识的。
1903年7月，东京留学生军国民教育会改组，确定“暗杀”为其重点工作之一。1904年，为配合黄兴的华兴会在长沙起事，留学生军国民教育会杨笃生、何海樵、章士钊等人召集革命同志在上海组建爱国协会，成立暗杀团，把暗杀定为革命的重要方式，经常开展射击练习、试制炸弹炸药等活动。
在老朋友章士钊的引荐下，陈独秀到上海并很快加入这个爱国协会，也就在这个时候，陈独秀和蔡元培相遇相识了，也为日后的相知相交打下了牢固的友谊基础。此时的陈独秀尽管加入了暗杀团组织，但是他认为，革命不能仅限于暗杀一条途径，更重要的是“要努力唤醒广大群众，起而救亡……进行革命，要能谨慎而不懦怯，要有勇气而不急躁”。可见，陈独秀一边参与暗杀的革命活动，一边非常关注发动群众的一面。
1905年9月，吴樾暗杀清朝五大臣事件失败，陈独秀收集烈士部分遗物后，几经周折，最后转交给暗杀团骨干之一的蔡元培保存。吴樾的革命行动，令陈独秀和蔡元培为之动容，蔡元培赞誉其行为乃“中国第一炸弹”。陈独秀则在后来悼念烈士时写下了赞颂吴樾的《存殁六绝句》诗。革命同志为了革命事业勇于牺牲、视死如归的爱国主义精神，在陈独秀与蔡元培的心里都烙下了深深的印记，也正是这种强烈的爱国主义情怀和民族责任担当，把两位年龄相差11岁的历史传奇人物紧密地联系在一起。
蔡元培三顾茅庐登门聘请陈独秀到北大任职
1916年12月26日，北洋政府大总统黎元洪发布命令，“任命蔡元培为北京大学校长”。蔡元培接任北京大学校长后曾说，我来北大的目的，就是想寻求教育救国之道，但现在的北大还像个衙门，没有学术气氛，学生们把北大当作发财升官的跳板，风气败坏，庸俗不堪。他决心改革北京大学的迂腐学风、校风。为了破解顽固守旧派占优势的局面，蔡元培决定聘请具有革新思想的人才来主持和充实北大文科。在汤尔和等人的推荐下，蔡元培决定聘请陈独秀任文科学长（相当于现在的文学院长）。蔡元培与陈独秀同是老革命党人，曾一度共同从事反清革命活动，结下斗争情谊。蔡元培对陈独秀“本来有一种不忘的印象”，尤其对陈独秀在芜湖办的《安徽俗话报》印象很深，蔡元培认为陈独秀“确可为青年的指导者”，于是决定亲自登门去请陈独秀出任文科学长。
此时，恰逢陈独秀因为亚东书社和群益书社合并事宜来到北京，与汪孟邹同住在前门西河沿的中西旅馆。蔡元培打听到陈独秀的住处后，接到就任北大校长任命的第一天上午就来到旅馆走访陈独秀。汪孟邹在日记写道:“12月26日，早9时，蔡孑民先生来访仲甫，道貌温言，令人起敬。”从这天起，“蔡先生差不多天天要来看仲甫，有时来得很早，我们还没有起来。他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等候”。起初，陈独秀不想受聘,要回上海办《新青年》。蔡元培说:你就“把《新青年》杂志搬到北京来办吧”。陈独秀被蔡元培的热诚深深打动，感到盛情难却，便答应回上海稍稍整理一下再来北京。
陈独秀离沪时,原岳王会成员、比邻相居的岳相如为其饯行。席间陈独秀坦言:“我从没在大学教过书,又没有什么学位头衔,能否胜任,不得而知。我试干三个月,如胜任即继续干下去,如不胜任即返沪。”
1917年1月15日，蔡元培在报经教育部批准后，以北京大学校长名义发出布告，宣布陈独秀为北大文科学长。同日，陈独秀就任北大文科学长，正式开展工作。
多年后，蔡元培回忆说：“我到京后，先访医专校长汤尔和君，问北大情形。他说：‘文科预科的情形，可问沈尹默；理工科的情形，可问夏浮筠君。’汤君又说：‘文科学长如未定，可请陈仲甫君。陈君现改名独秀，主编《新青年》杂志，确可为青年的指导者。’因取《新青年》十余本示我。我对于陈君，本有一种不忘的印象，就是我与刘申叔君同在《警钟日报》服务时，刘君语我：‘有一种在芜湖发行之白话报，发起的若干人，都因困苦及危险而散去了，陈仲甫一个人又支持了好几个月。’现在听汤君的话，又翻阅了《新青年》，决意聘他。从汤君处探知陈君寓在前门外一旅馆，我即往访，与之订定。于是陈君来北大任文科学长，……乃相与商定整顿北大的办法，次第执行。”
陈独秀担任文科学长后厉行改革成绩斐然
蔡元培用人不疑，委任陈独秀担任文科学长之后，即放手让他开展工作。特别是对陈独秀的文科改革，蔡元培更是全力支持。同意陈独秀无需开课，以集中精力，专心致志于文科的改革。文科有关人事、行政等问题，一概由陈独秀主持盒决定，校方不加任何干涉。
在蔡元培的大力支持下，陈独秀一面对北大文科进行大刀阔斧的改革，一面以《新青年》杂志为中心，秉承蔡元培“思想自由，兼容并包”的办校宗旨，联络了一大批具有新思想的优秀分子，建构起以北大学人为核心的新文化阵营。这批具有新思想的北大学人中，陈独秀团结了沈尹默、钱玄同、刘半农、李大钊、鲁迅、章士钊等一大批先进分子在自己的周围，并借助于北京大学和《新青年》杂志这个思想文化阵地，传播新思想、新文化，引领青年改造中国改造社会，立志成为“如初春，如朝日，如百卉之萌动，如利刃之新发的奋发有为的青年”。一时间，各种思想在这里碰撞激荡，交流交锋，一些进步社团和刊物也效仿《新青年》杂志如雨后春笋般在北京大学纷纷破土而出，北大校园里出现了前所未有的“百家争鸣、百花齐放”，欣欣向荣、充满生机的新局面。
1919年4月，巴黎和会上中国外交失败的消息传回国内，北京大学学生立刻行动起来。5月2日，蔡元培在学校餐厅召开学生班长和代表会议，号召大家在国家生死存亡的关键时刻奋起救国。陈独秀在5月4日刊出的《每周评论》发表《两个和会都无用》的文章，号召“人民站起来直接解决”。但是，北洋政府却施行反动的高压政策，疯狂地逮捕和镇压学生，并逼走北大校长蔡元培，逮捕陈独秀。由于全国人民的奋争，五四运动取得最终胜利。在五四新文化运动中，陈独秀和蔡元培以北京大学和《新青年》《每周评论》等为阵地，互相支持、密切配合，发挥了组织领导的作用。
文科改革后,学生可以自由选修各课，不用必修全部课程。学生既可以上本系的课，也可以听别系的课.文科校门是开放式的，除了注册的正式生，也有旁听生，甚至还有“偷听生”。这当然不是放任自流.陈独秀发布了《文科学长白》，明确学生上课不得无故旷课；上课不得迟到；选修课一经选定，就不得任意更改及旷课。同时规定学生以成绩为标准，学业期满成绩合格者，由学长审阅，上报学校，而后发给毕业文凭。
在文科改革中,陈独秀从上海带来的《新青年》给北大校园注入了活力,广大学生开阔了视野,增长了知识, 活跃了思想,焕发了青春,增强了斗志.文科的改革也对整个北大的改革产生巨大的影响和推动。蔡元培对北大的文科改革十分满意，时隔多年，他在《宇宙风》发表《我在教育界的经验》一文，仍充分肯定文科改革的成绩，他说：“北大的整顿，自文科起”。陈独秀任文科学长后，“文学革命，思想自由的空气，遂大流行”。
陈独秀在文科大刀阔斧地改革引起北洋军阀和守旧势力的恐慌和仇视。皖系军阀控制的《公言报》撰文说：“蔡元培氏自长北大以来，引用非人，败坏士习，有目共睹。蔡氏夙隶国民党，比年复借教育家之美名，实行灌输社会革命、无政府等等邪说，阴为破坏举动，而己则肥遁鸣高，聚群不逞之徒为之羽翼。”京师警察总监朱深还告诫同僚：“诸君不可视蔡元培为一书生，当视为十万雄师，吾人不可不以全副武装对付。”蔡元培不为所动，毫不退缩，而是大义凛然，针锋相对地为新思潮辩护。他在《新青年》发表《洪水和猛兽》一文，说：“我以为用洪水来比新思潮，很有几分相象，他的来势很勇猛，把旧的习惯冲破了，总有一部分人感受痛苦，仿佛水势太旺，旧有的河槽，不能受他，就泛滥到岸上，把田庐都扫荡了。……
猛兽，恰好作军阀的写照。……现在军阀的要人，都有几百万、几千万的家产，奢侈的了不得；别种好好作工的人，穷的饿死，这不是率兽食人的样子么？现在天津、北京的军人，受了要人的指使，乱打爱国的青年，岂不明明是猛兽的派头么？”对反动军阀和守旧势力给予了有力的回击。
陈独秀在文科的改革取得很大成绩，主要得益于蔡元培的全力支持。如果没有蔡元培的全力支持，陈独秀不仅在文科的改革举步维艰，甚至在北大立足都很困难。1986年，当年在北大任教的梁漱溟回忆说：“我认为蔡先生萃集的各路人才中，陈独秀先生确是佼佼者。当时他是一名闯将，是影响最大，也最能打开局面的人。但是，陈这人平时细行不检，说话不讲方式，直来直去，很不客气，经常得罪人，因而不少人怕他，乃至讨厌他，校内外都有反对他的人。只有真正了解他的人才喜欢他，爱护他，蔡先生是最重要的一个，由五四而开端的新思潮、新文学运动，首先打开大局面的是陈独秀，他在这个阶段的历史功绩和作用，应该充分肯定。但是，如果得不到蔡元培先生的器重、维护和支持，以陈之所短，他很可能在北大站不住脚，而无用武之地。”
关于蔡元培为陈独秀“编造”假学历问题
关于蔡元培为陈独秀伪造假学历履历问题，曾经在社会上炒的沸沸扬扬，其经过是这样的：
聘请陈独秀担任北大文科学长必须履行报批手续。1917年1月11日，蔡元培正式致函北京政府教育部。全文如下:
敬启者，顷奉函开，据前署北京大学校长胡仁源呈称，顷据本校文科学长夏锡祺函称，锡祺拟于日内归省加有他事相累，一时不克来校，恳请代为转呈准予辞去文科学长职务等语，理合据情呈请钧部鉴核施行等因到部。查文科学长夏锡祺既系因事不克来校，应即准予辞职，所遗文科学长一职，即希贵校遴选相当人员，开具履历送部，以凭核派等因到校，本校亟应遴选相当人员，呈请派充以重职务，查有前安徽高等学校校长陈独秀品学兼优，堪胜斯任，兹特开县该员履历函送钧部。恳祈詧核施行为荷。此致
教育部
附履历一份
中华民国六年一月
陈独秀，安徽怀宁县人，日本东京日本大学毕业，曾任芜湖安徽公学教务长、安徽高等学校校长。
蔡元培“致教育部请派文科学长”的公函1月11日发出，13日教育总长范源濂就签发“教育部令”第3号:“兹派陈独秀为北京大学文科学长。此令”。15日，北京大学张贴第3号《布告》，宣告陈独秀任文科学长。同日，陈独秀正式就任。
蔡元培之所以急如星火地办理陈独秀的任职手续，主要是当时北京大学亟待整顿，而北大的整顿必须从文科开头。蔡元培深知陈独秀“是一员闯将，是影响最大，也是最能打开局面的人”。他认为北大文科学长一职非陈独秀莫属。所以才这样不遗余力地促成陈独秀尽快就任此职。
质疑和指责蔡元培为陈独秀“编造”假学历的文章虽然也提到“1901年10月，陈独秀首次赴日留学，先在东京高等师范学校补习日语，就读于东京专门学校（早稻田大学前身）”,但又说,蔡元培怕教育部嫌陈独秀学历低，不同意任命陈独秀为文科学长，所以，蔡元培《函致教育部请派文科学长》中所附的陈独秀“日本东京日本大学毕业，曾任芜湖安徽公学教务长、安徽高等学校校长”都是假的，是假学历、假任职。完全是“由蔡元培编造”。
笔者认为，蔡元培《函致教育部请派文科学长》所附上的陈独秀学历和履历非常简单，去掉姓名、籍贯9个字，学历和履历仅29个字。虽然不太准确，但毕竟不是无中生有。
这类质疑的文章也有瑕疵，如说陈独秀1901年10月“就读于东京专门学校（早稻田大学前身）。”其实，资料显示，日本早稻田大学是日本前首相大隈重信于1882年创立的一所世界著名的研究型综合大学。该校人才辈出，“历届日本首相中有七位是早稻田大学毕业生，国会议员近三分之一出身于早稻田大学。”陈独秀既然是1901年10月就读于该校的，此时，这所早稻田大学已经建校19年，不存在“前身”之说了。
有人不仅对陈独秀的学历提出质疑，而且还说“陈独秀曾任芜湖安徽公学教务长、安徽高等学校校长”的履历，也是假的。
众所周知，安徽公学的前身是安徽旅湘公学，由于安徽旅湘公学的革命色彩渐浓，引起了清政府的警觉，在长沙的办学环境已相当困难，于是便于1905年初，安徽旅湘公学从长沙迁来芜湖，改名为“安徽公学”。
据《芜湖档案》中《陈独秀教书办学在芜湖》一文载：在办《安徽俗话报》的陈独秀“一边办报，一边在安徽公学教书，从事革命新思想的灌输宣传。约在1905年8月间，陈干脆放弃办报，全身心投入安徽公学。”
此文还说：“安徽旅湘公学之迁来芜湖而不迁往当时的省会城市安庆，这也与陈独秀在芜湖活动有关。这样一所具有革命色彩的学校迁来芜湖，一方面有助于他开展活动，另外一方面也是与芜湖当时所处的政治经济地理交通环境有关。”“在安徽旅湘公学迁来芜湖后，《安徽俗话报》就登出招生广告。安徽公学的校址就在芜湖中二街三圣坊，与陈独秀寓居的芜湖科学图书社可谓近在咫尺。”
安徽公学在芜湖开办期间，云集了刘师培、苏曼殊、谢无量、张伯纯、江彤侯、柏文蔚、陶成章、潘赞化等一批“当时革命思想及行动的领袖人物”担任教授职责，而这些人物，都是革命党人，无一不是与陈独秀有着深厚情谊的挚友。
安徽旅湘公学从湖南长沙迁回安徽，当时选址芜湖，是因为陈独秀在芜湖从事革命活动；师资配备，几乎都是陈独秀的故交好友和革命党人；教学内容，都是以宣传革命、推翻清朝专制统治为主。所以，就陈独秀与安徽公学的渊源、关系来说，陈独秀虽然没有在安徽公学担任教务长一职，但他所处的地位、发挥的作用都是非常大的，正如曾在芜湖多所学校任教和任职的高语罕回忆所说：“芜湖的安徽公学（是）……从湖南迁来的，而迁校运动的中心人物，就是陈独秀氏”（《百花亭畔》）这都充分说明，对安徽公学，陈独秀的作用和影响比他担任教务长要大得多。
至于安徽高等学校校长问题，汪军在《陈独秀：筹建安徽省立大学第一人》中说：“1917年1月，北京大学校长蔡元培聘陈独秀为文科学长，致教育部公函谓陈独秀曾任安徽高等学校校长，有研究者认为是造假，妄自揣测很多，甚至怀疑蔡元培、陈独秀人品”。“1912年陈独秀在旧址建安徽高等学校，教员多系其故交，如苏曼殊、郑桐荪、沈燕谋、周越然、应溥泉、傅盛君”等。“陈独秀虽是安徽高等学校创办人，但他不肯担任校长，聘桐城派马其昶任校长，自任教务长，实际还是他掌管这所学校。蔡元培致教育部函说陈独秀曾任安徽高等学校校长，是基本符合事实的。”这种说法当然是不准确、不严谨的，但至少说明陈独秀在安徽高等学校的地位和作用。
安徽大学历史系资深教授沈寂曾访问过民初皖都督府收发科长张啸岑，张啸岑回忆说:辛亥革命后，“孙少侯是安徽第一任民军都督，因其嗜大烟，实际主持工作的是秘书长陈独秀。同时在安徽大学堂旧址，重办安徽高等学校，聘马其昶（通伯）为校长。陈自任教务主任，即将秘书长让给李光炯”。沈寂认为，“这是1912年的事。此事虽不见于书面记载，但可找旁证，在南京《临时政府公报》第二号（1912年1月30日）为保释刘光汉的《安庆来电》中，有秘书科成员陈仲列名。章士钊在英国获讯武昌起义，立即由伦敦返国，一到上海就打听‘仲甫踪迹，或谓方从孙少侯游’。这些均可印证张啸岑所述是实。陈独秀之所以把秘书长让给李光炯，据张啸岑说是因与孙少侯的意见不合。此后则专任安徽高等学校教务主任（或称教务长），一直到1912年年底”。
由此可以肯定:安徽高等学校由陈独秀倡议创办，陈独秀是安徽高等学校的主要创办人之一，他只挂个教务主任即教务长的名义，无意担任该校校长职务。后来陈独秀辞去省都督府秘书长，专职安徽省高等学校教务主任即教务长之职，虽不是校长，但他在该校的地位和作用是大大超过校长的。
再说，陈独秀性格刚烈，正如章士钊所说，陈独秀是一匹“不羁之马，奋力驰去，回头之草弗啮，不峻之坂弗上”，不会为谋取个人职位低三下四求人，他不可能让蔡元培为他“编造”假学历和假履历。另一方面，当时虽然重视学历，但不唯学历。蔡元培既有一双识才的慧眼，又有非凡的用才的魄力，如1917年，24岁的梁漱溟报考北京大学，因分数不够落榜。北大校长蔡元培曾读过梁漱溟第一次用现代学说阐述佛教理论的一篇文章——《究元决疑论》，留下深刻的印象。听说梁漱溟报考北大落榜，就说了一句：“梁漱溟想当北大学生没有资格，那就请他到北大来当教授吧！”就这样，一个北大落榜生，转眼就到北大从教。再如刘半农也是这样，1917年夏天，26岁、中学尚未读完的刘半农却意外地收到一份由北大校长蔡元培签署、文科学长陈独秀书写的聘书，请他到北京大学担任国文教员。
蔡元培具有打破常规不拘一格地破例选拔、任用杰出人才的眼力和魄力，况且当时陈独秀比梁漱溟等人的声望大得多。加之民国政府刚成立后，蔡元培就以辛亥元勋和著名学者的身份，众望所归地就任了中华民国首任教育总长。凭他的资望，教育部怎么会拒绝他提请任用陈独秀为北大文科学长的报告呢？这没有什么悬念，蔡元培相信这是板上钉钉的事，根本没有必要去为陈独秀“编造”什么假学历和假履历。
蔡元培“致教育部请派文科学长”的公函1月11日发出，13日就获得批准的第3号“教育部令”，15日，北京大学就宣告陈独秀任文科学长。同日，陈独秀正式就任。当时工作效率之高，实在令人惊叹！
那时，慧眼识珠、破格用才的事例很多，并非蔡元培一人，如1925年，清华成立国学研究院，梁启超向当时的清华大学校长曹云祥推荐陈寅恪。曹云祥问：陈是哪一国博士？梁启超答：他不是博士，也不是硕士，曹又问：他有没有著作？梁答：也没有著作。曹说：既不是博士，也没有著作，这就难了。梁启超说：我梁某也没有博士学位，著作算是等身了，但总共还不如陈先生廖廖数百字有价值。好吧，你不请，说让他在国外吧！接着，梁启超介绍了柏林大学、巴黎大学几位大学教授对陈寅恪的推崇，曹云祥听后就聘了陈寅恪（《清华人物志》第1集，第170页）。
总之，陈独秀虽然不是日本早稻田大学的毕业生，但他确实在1901年10月到日本早稻田大学留过学，并非蔡元培无中生有的“编造”。其次，陈独秀虽然没有当过安徽公学教务长，但他是安徽公学的“中心人物”，安徽公学选址芜湖和师资的选聘等办学事宜都是因陈独秀而确定的，他在安徽公学所处的位置和发挥的作用是远远超过教务长的。陈独秀虽然没有担任过安徽高等学校校长，但他是安徽高等学校的主要创始人，无意追求校长之职。他任该校教务主任即教务长，其地位和作用并不比校长差到哪里。
蔡元培之所以在陈独秀学历履历上出现瑕疵，并非担心教育部在学历资质上会认为陈独秀不够格而不批准对陈独秀的任命，所以才故意拔高陈独秀的学历和任职经历。而是因为蔡元培知道陈独秀曾到日本早稻田大学留过学，便想当然地说陈独秀是日本早稻田大学毕业；知道陈独秀在安徽公学和安徽高等学校的地位和作用，便把陈独秀曾任安徽高等学校教务长误为安徽公学教务长，把陈独秀曾任安徽高等学校教务长误为校长，这完全是蔡元培没把此事当作大事，压根儿就不认为这个问题存在悬念，而是稳拿铁定的事，只不过“走走程序”而已，完全是凭感觉和印象所致。这当然是不准确、不严谨的，但绝非蓄意造假。作为民国首任教育总长的蔡元培没有必要这样做，更与当下的学历、履历造假之类的违法违纪行为有着本质上的区别。
关于陈独秀的嫖娼风波
陈独秀鼓吹新文化运动,遭到封建守旧势力的嫉恨,他们便利用一切借口攻击、贬损、丑化陈独秀，以达到搞臭、挤走陈独秀的目的。
1919年3月间，守旧势力听到陈独秀逛八大胡同的消息，如获至宝，遂添油加醋，编造出陈独秀与学生为同一妓女争风吃醋，并抓伤妓女身体以泄私愤的桃色新闻。
1917年之前的北大，学生多是官二代、富二代，以混学历当官发财为目的；学校上下风纪败坏，尤其是“课余生活”令人瞠目：晚饭后，有钱的教师带头，大批师生坐洋车直奔北京最大红灯区——八大胡同。妓院皆称“两院一堂”是这里的常客。“两院”指参议院、众议院，“一堂”就是北京大学的旧称“京师大学堂”。可见当时的北大教师频繁出入八大胡同妓院是司空见惯的事。
鉴于当时政府对卖淫嫖娼没有法律上的严禁规定，蔡元培上任后成立进德会，倡导不嫖、不赌、不纳妾，但仅仅是倡导而已，并没有行政上处罚的效力。加之，涉足色情场所的师生很多。所以，蔡校长也想淡化处理，但那些把陈独秀视为眼中钉、肉中刺的老派学者却不愿善罢甘休。曾任晚清翰林院编修的国会议员张元奇，向国会提出弹劾教育部长傅增湘和北大校长蔡元培，其中一个重要理由就是纵容陈独秀嫖娼。一时舆论大哗。两年前力荐陈独秀到北大任职的北大教授沈尹默和北京医专校长汤尔和也都反戈一击，指斥陈独秀破坏北大声誉，要求蔡元培撤销其文科学长之职。
蔡元培爱才心切，自然不愿意开除他。但在压力之下，1919年3月26日晚，蔡元培召集几位教授到汤尔和家中开会，至午夜12点才散。 会议决定，在4月10日的全校教授会议上公布：北大废除学长制，文科、理科、法科等各科的学长都予取消，改而成立由各科教授会主任组成的教务处，推马寅初为首任教务长。
对陈独秀的去留，蔡元培一再坚持不让陈独秀离开北大，仍保留教授职位。不久，“五四”运动爆发，陈独秀于1919年6月因散发传单被捕，出狱后南下上海，着手共产党的创建工作。
北大师生出入妓院并非陈独秀一人，同为北京大学的理科学长夏元瑮也是其中之一，但北大那些人为什么对夏的嫖娼问题很少提及，却对陈独秀死死揪住不放？这主要是因为那些老派教授对陈独秀推行新文化运动非常仇视，正好以此为借口对陈独秀穷追猛打，并利用一些市民小报大肆渲染，诋毁陈独秀的声誉，损害陈独秀的形象，以期达到把陈独秀赶出北大的目的。
1935年，汤尔和将早年日记借给胡适看。胡适看到记录1919年3月26日晚上在汤家开会这一篇，不禁感慨不已。1935年12月28日，胡适写信毫不客气地谴责汤尔和不辨是非。“嫖妓是独秀和浮筠（夏元瑮的字）都干的事，而‘挖伤某妓之下体’是谁见来？”胡适认为，这些传言表面针对陈独秀的个人道德，其实是离间计。“明明是攻击北大的新思潮的几个领袖的一种手段，而先生们亦不能把私行为与公行为分开，适堕奸人术中了。”
1936年1月2日，胡适再次致信汤尔和：“独秀因此离开北大，以后中国共产党的创立及后来国中思想的左倾，《新青年》的分化，北大自由主义的变弱，皆起于此晚之会。独秀在北大，颇受我与孟和(陶孟和)的影响，故不十分左倾。独秀离开北大之后，渐渐脱离自由主义的立场，就更左倾了。此夜之会……不但决定北大的命运，实开后来十余年的政治与思想的分野。此会之重要，也许不是这十六年的短历史所能定论。”
胡适与陈独秀曾是知己好友，后来虽然在政治理念上分道扬镳了，但对陈独秀的离开北大仍是深为惋惜。胡适给汤尔和二次写信发表的观点只是他的一家之言，只能“仁者见仁，智者见智”了。
当代学者袁伟时曾为这一事件撰文，坦言：“胡适赞许‘为人辩冤白谤是第一天理’。笔者理应追随先进，略尽微薄”。接着指出：“陈独秀并不特别稀罕进北大，是蔡元培三顾茅庐把他请进北大，并委以重任，请他当文科学长。蔡先生不拘一格选材，历来众多史家赞誉有加。”“至于说陈独秀以‘嫖娼出北大’，如果出自猎奇文人笔下，一笑可也。若是学者所为，稍加检视，漏洞百出，有损作者声誉，实在可惜。”
1919年4月，蔡元培面对社会上对陈独秀等人的攻击浪潮，他明确表示：“对于教员，以学诣为主。……其在校外之言动，悉听自由。……嫖、赌、取妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾、狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。”（《蔡元培全集》第三卷576页，浙江教育出版社1997年版）话说得非常清楚。按今天的法律，纳妾、狎妓、赌博都是违法行为。但在民国初年，依然视为风流韵事和消遣行为。研究历史不考虑历史环境，那是戏说历史以博一笑的勾当，绝不是学者应有的态度。
因此，尽管当时北大内部一些人出于不同动机，在嫖妓问题上大做文章，陈独秀已辞职等流言满天飞，冀图逼他出校。蔡元培举重若轻，迅速回应，把预定的改革提前实施，并于 1919年3月19日在《北京大学日刊》上发表《致神州日报函》驳斥谣言：“陈学长并无辞职之事”“文理合并不设学长，而设一教务长以统辖教务，曾由学长及教授主任会议定（陈学长亦在座），经评议会通过，定于暑假后实行”，现在仅是时间挪前而已。
陈独秀的文科学长帽子没有了，但他没有“以嫖娼出北大”。蔡元培先聘请他为史学系教授，他没有答应，改为聘请他担任北京大学国史编纂处编纂。这个编纂处原来是中央政府的国史馆，1916年改为国史编纂处，1917年4月划归北京大学领导，由蔡元培兼任处长。换句话说，陈独秀北大人的身份并没有改变。
1919年6月11日，他在游乐场散发传单——《北京市民宣言》，被当局拘捕，直至9月16日在各方压力下被保释出狱。
文章还说，陈独秀的声誉没有因嫖妓事件受损，却因受北洋政府迫害而登上巅峰，“我们的光明”、“思想界的明星”等等对陈独秀的赞誉之词铺天盖地。
袁伟时先生最后说：“陈独秀在北大的最后岁月留下的是知识分子被迫害、排挤的历史，是20世纪中国思想史、教育史的重要篇章，值得史家认真探讨。把它演化为吸引眼球的黄色新闻，太不严肃，不敢苟同！”（《流言里的民国》，中信出版社）
陈独秀、蔡元培的分道扬镳
陈独秀在北京大学掀起的五四新文化运动，招来了顽固守旧势力近乎疯狂的攻击，由此也影响到了陈独秀与蔡元培的关系。
旧派代表人物之一的林纾发表《荆生》《妖梦》两篇小说，诋毁新文化运动，影射攻击陈独秀。林纾还发表《致蔡元培书》，攻击指责新文化运动人士“尽废古书，行用土语为文字”。蔡元培爱护陈独秀，从捍卫新文化运动立场写了一封还击林纾的长信。信中指出：北大教授讲解古书时虽用白话，但白话并不逊于文言，而且提倡白话的教员，皆是博学且长于文言。蔡元培的信，表明了支持新文化运动的立场。
1919年五四运动爆发后，蔡元培为抗议政府逮捕学生，于5月8日提交了辞呈。并于9日离京。5月13日，北京各大专学校校长向政府齐上辞呈，支持蔡元培。6月15日，在他发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说：“我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。”后由于北大师生极力挽留，蔡元培答应只做北大师生的校长。
1920年初，蔡元培与李石曾、吴敬恒，利用庚子赔款，在北京创办中法大学，蔡元培任校长。2月，蔡元培下令允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开中国公立大学招收女生之先例。5月，蔡元培聘任地质学家李四光出任北京大学地质系教授，8月，聘鲁迅为北京大学讲师。年底赴欧洲考察。与法国里昂市长赫礼欧、里昂大学医学院院长雷宾等合作，决定在里昂成立中法大学。
1923年春，不满北洋政府教育总长彭允彝破坏法制的行为，提出辞职，离京南下。秋间转赴欧洲，从事研究和著述，并参与要求英、法等国退还庚子赔款兴办教育事项。1924年1月在国民党第一次全国代表大会上，经孙中山提名，当选为候补中央监察委员。1926年初回国。在上海参加苏浙皖三省联合会，配合北伐战争，策划三省自治运动，遭孙传芳通缉。
由于各种原因，两位对中国近代社会发展的历史进程产生重大影响的人物，从此分道扬镳，各自走上了不同的道路。离开北大后陈独秀回到上海，开始创建中国共产党，而作为老同盟会会员的蔡元培则以国民党元老的身份活跃在当时的政治舞台上。
1927年起，蔡元培在南京国民政府任大学院院长、司法部长和监察院长等职。3月28日，蔡元培任国民党中央监察委员会会议主席，对吴稚晖提出的弹劾共产党表示附议，主张“取消共产党人在国民党之党籍”。国民党南京政府成立后最初两年，蔡元培在政治上站在蒋介石一边，支持“清共”。
但与其他人不同的是，在清党的实施过程中，他反对滥杀。在清党的初期，蔡元培就曾对浙江清党委员会的草菅人命提出了严厉的批评，而且出面尽力营救可能遭国民党逮捕的共产党人和革命青年。
之后，蔡元培把精力主要放在组建中央研究院上，他出任中央研究院院长，开始专注国家民族的文化教育和科技事业，并相继辞去了其他职务。
1930年杨开慧入狱后，其七舅向定前派同济青布庄店员杨振湘护送杨开慧母亲向振熙去南京，与正在南京的杨开慧的胞兄杨开智一道找到杨开慧父亲杨昌济的老友章士钊、蔡元培、谭延闿等教授、名流营救杨开慧。他们曾联名向国民党当局致函。南京政府屈于外界压力，致电何键，嘱其缓刑。蔡元培还援救许德珩等爱国民主人士，营救丁玲、朱宜权等共产党员。1934年3月，何香凝之婿、共产党员李少石被捕，蔡元培又给最高当局去函去电，要求无罪开释。1935年2月，瞿秋白被捕后，他受鲁迅之托设法营救。在国民党召开的一次会议上，他提出：瞿秋白很有文学天才，中国不可多得，应网开一面，惜护人才。但是，却遭到戴季陶等人的坚决反对。浙江最早的共产党员徐梅坤，1927年7月在萧山县被捕后，关押于杭州陆军监狱长达9年，由于蔡元培出具保状，徐梅坤才走出牢房。
“九·一八”事变后，蔡元培主张抗日，拥护国共合作。1932年，与宋庆龄、鲁迅等发起组织中国民权保障同盟，积极开展抗日爱国运动。
1933年，蔡元培倡议创建国立中央博物院（今南京博物院前身），并亲自兼任第一届理事会理事长。抗战爆发初期，蔡元培与厉麟似、胡愈之等上海文化界知名人士联合组织成立了上海文化界救亡协会，积极组织发动文化界人士及民众投入抗日救亡运动。此外，蔡元培还与厉麟似等上海文化界救亡协会的创始成员联合全国各大高校校长、教授联合发表长篇声明，揭露日军蓄意毁灭中国教育机关的罪恶暴行，并组织救亡协会扩大对外宣传，争取世界各国人民的支持。
1940年3月5日，蔡元培在香港病逝，安葬于香港仔华人永远坟场。墓右侧立黑色大理石墓碑，上书“蔡孑民先生之墓。”国内各主要党派和团体以及要人名流纷纷致电吊唁 。
毛泽东早年在北京曾受到蔡元培的关照。1918年8月，长沙新民学会的一些成员决定赴法勤工俭学。毛泽东没有去，准备留在北大找点事干，一边工作，一边读书。蔡元培知道后便写信给李大钊，安排毛泽东在图书馆工作。这样，毛泽东在北大不仅站住了脚，而且有了自学读书、结识陈独秀、李大钊等名流学者和有志青年的机会。为后来的政治活动奠定了基础。所以，毛泽东对蔡元培非常感佩，称蔡元培为“夫子大人”。
蔡元培3月5日病逝后,3月7日，毛泽东即发来唁电：“香港九龙奥士甸道蔡孑民先生家属礼鉴：孑民先生，学界泰斗，人世楷模，遽归道山，震悼曷极，谨电驰唁，尚祈节哀。”3月9日，中共中央又发来唁电，称誉蔡元培“老成硕望”、“勋劳卓著”，并派廖承志前往吊唁。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送的挽联是：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”对蔡元培的一生作了高度的评价。
陈独秀、蔡元培政见虽异但友谊长存
尽管陈独秀和蔡元培于五四运动后，分道扬镳，但是不论是作为中共早期领袖的陈独秀还是身为国民党元老的蔡元培，两人始终怀抱关心国家兴亡的赤字情怀，始终没有放弃为中华民族竭尽心力的无限忠诚。陈蔡两人虽然走上不同的政治道路，但互相之间的友谊并没有中断，两人相互理解，相互包容，相互帮助，相互欣赏和怜惜。1932年陈独秀被捕后，蔡元培联合杨杏佛、林语堂等社会贤达，致电国民党中央党部，要求南京国民政府“伏望矜怜耆旧、爱惜人才”，对陈独秀宽大处理。
1920年2月,陈独秀回到上海，着手创建中国共产党。这期间，蔡元培所整顿的北京大学一直被封建军阀视为异端。为了暂避麻烦，他只得赴法国考察教育。11月22日，蔡元培途经上海时，陈独秀通知所有在上海的北大同仁在一品香饭店为蔡元培饯行。陈独秀在席间发表热情洋溢的欢迎词说：“蔡先生自任校长以来，竭力扩充，而各方之阻力亦日大，如安福俱乐部当权时，即无日不思与北大反对，蔡先生之精神力用之于对付反对者三分之二；用之于对付整顿校务者，仅三分之一耳。”陈独秀还将蔡元培送上法国“高尔地埃”号轮船，才依依不舍地握手作别。
1940年3月5日蔡元培在香港病逝，噩耗传来，陈独秀十分悲痛，
他在给友人一封信中表达了自己的哀痛之情：“弟前在金陵狱中，多承蔡先生照拂，今乃先我而死，弟之心情上无数伤痕又增一伤痕矣！”陈独秀并以病弱之躯写下《蔡孑民先生逝世后感言》，表达对老朋友的怀念。陈独秀在文章中对蔡元培的人格人品给予高度赞誉，他说，蔡先生对下决心的事很是坚持，且态度温和，令人佩服。
陈独秀在忆及往事时，还极富感情地说，蔡元培“这样容纳异已的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制、好同恶异的东方人中实所罕有。”
蔡元培生前极为欣赏陈独秀的渊博学识、敬业精神、开创魄力和坦率性格，他曾说，陈独秀“忠于人，忠于事”，“近代学者人格之美，莫如陈独秀”。两人真是彼此相知，肝胆相照！
