1948年6月20日，在美国养病的傅斯年给胡适写信，“话说天下大乱，还要选举院士，去年我就说，这事问题甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台。大家不听，今天只有竭力办得他公正、像样，不太集中，以免为祸好了。”此前3月27日，中研院评议会已在南京先后五次投票选出了八十一位院士，因政见而为国民党当局所不悦的郭沫若、马寅初也在其中。后世对此颇有好评，也可见这次院士评选之公正、像样。

为此在评议会讨论候选人名单时，曾有过较为激烈的争议。1947年10月27日，代表历史语言研究所列席评议会的夏鼐在日记中详细记着，关于郭沫若的提名，朱家骅认为他“参加内乱，于汉奸罪等，似不宜列入”;萨本栋说“恐刺激政府，对于将来经费有影响”;吴正之说“恐其将来以院士地位，在外面乱发言论”。列席会议的巫宝三起立反对，认为“不应以政党关系，影响及其学术之贡献”;陶孟和说“若以政府意志为标准，不如请政府指派”;胡适也认为应以学术立场为主。双方各表示意见，最后无记名投票。夏鼐因列席者无表决权，不能参加投票，起立说：“会中有人以异党与汉奸等齐而论，但中央研究院为Academia Sinica【中国的科学院】，除学术贡献外，惟一条件为中国人，若汉奸则根本不能算中国人，若反对政府则与汉奸有异，不能相提并论。……故对汉奸不妨从严，对政党不同者不妨从宽。”表决结果，14票对7票通过郭沫若仍列入名单中。

胡适、傅斯年与郭沫若政治立场不同，但在最初提出的考古方面候选人名单中均有郭沫若。在这次选出的院士中，史学方面有陈寅恪、陈垣、顾颉刚、傅斯年诸人，没有钱穆。对此，相隔十八年钱穆仍心有不平。1966年春天，“中研院”将举行第七次院士会议前，有人拟提名他为院士候选人，托其弟子严耕望征询他的同意，但他拒绝提名，相当愤慨地说：“民国三十七年第一次选举院士，当选者多到八十余人，我难道不该预其数!”严耕望认为他之所以被摈于八十一之外，是因学派门户之见：“盖自抗战之前，中国史学界以史语所为代表之新考证学派声势最盛，无疑为史学主流;唯物论一派亦有相当吸引力。先生虽以考证文章崭露头角，为学林所重，由小学、中学教员十余年中跻身大学教授之林。但先生文化意识特强，在意境与方法论上，日渐强调通识，认为考证问题亦当以通识为依归，故与考证派分道扬镳，隐然自成为独树一帜、孤军奋斗的新学派。而先生性刚，从不考虑周遭环境，有‘自反而缩虽千万人吾往矣’之勇决气概，故与考证派主流巨子之间关系并不和谐。”

1947年5月22日胡适提名的候选人是陈寅恪、陈垣、傅斯年、张元济，傅斯年私下拟的名单上有二陈、顾颉刚、蒋廷黻、他本人等，确实都无钱穆在内。傅斯年给胡适信中提及因他和陈寅恪都是史语所的职员，史语所不愿提名，希望由北大提出。为何他们可以容得下政见不同的郭沫若，却排斥学术见地不同的钱穆?严耕望提供了一种解释视角。但从夏鼐发表在《观察》周刊1948年11月27日的《中央研究院第一届院士的分析》来看，很可能还有另外的因素使当时主办院士选举的学界中人排斥钱穆，那就是他的学历背景。

在当选的八十一人中留学美国的有四十九人，占60.5%，其他留学英国、德国、法国、日本等国的有二十八人，无留学经历的仅六人，四人有进士、举人等科举功名，两人是国立大学本科或研究所毕业。虽然主事者极尽所能，试图保持公正、像样，乃至为郭沫若的入选而发生争论，但就他们的提名来看还是讲究出身来历的。像钱穆这样两头不靠，既没有张元济那样的旧科举功名，也未曾到欧美留学，甚至没有进过本国的大学，与胡适、傅斯年他们素无渊源，这才是他被排除的更深层的原因。钱穆《师友杂忆》中提及，当《国史大纲》出版之后，张其昀告诉他在重庆遇到傅斯年，问及对此书的意见。傅斯年回答：“向不读钱某书文一字。”并指出钱穆屡言及西方欧美，“其知识尽从读《东方杂志》得来”。张其昀说：“君既不读彼书文一字，又从何知此之详?”傅斯年无语。此事可见傅斯年对钱穆的看法，尤轻看他没有欧美留学背景。夏鼐当时的文章开篇就说：“尤其因为提名的办法不佳，有些可以当选的学者，根本没有被提名，以致无从选出，令人颇有遗珠之感”。钱穆无疑就属于这样的“遗珠”，当然，他的学术贡献并不因此而减少一毫的光芒。时间是最好的证明，他的著作今天仍有生命。