大学以其承载全社会的独立精神并汇集具有独立人格的学者而受到公众的关注，上个世纪90年代以来的大规模扩招，更拉进了大学与普通民众的距离，越来越多的人认识到，大学不再是高不可攀与世隔绝的象牙塔，而是社会系统中真真切切的一分子。可是，大学褪去了令人目眩的光环之后，“丑闻”接连不断，官学一体、贩卖文凭、学术堕落、文人无形，凡是被社会唾弃、不齿的作为，总能在大学校园找到类似的版本，人们不禁要问：大学怎么了？
大学的困惑首先源于自上而下过分集中的管理模式，这种权力传导方式不止表现在一个学校内部，而是整个教育体系全局性的问题。具体表现为教育行政主管部门掌握着教育资源调配的各项权力，民办大学的设立、合资大学的创建、招生规模、学科建设等等都是垂直一元化管理。1999年高校扩大招生的时候，很多学者提出教育产业化问题，包括亚洲开发银行首席经济学家汤敏先生在内的海内外学者，认为教育是产业，办教育要像办产业一样，采取市场化的作法。
令很多学者意想不到的是，在某些职能部门看来，所谓产业化和市场化就是“挥舞”收费的大棒，向本来并不富裕的学生以及家长头上“砍去”。大学费用日益高涨，远远超出了普通中国家庭的经济承受能力。而事实上，产业化的核心内容是放开教育市场的进入壁垒，允许民营、外资等各种经济资源无障碍地进入；另一方面，产业化的意义在于抛弃固有的意识形态偏见，建设开放的、面向世界文明的无边界的大学。可是，有关部门曲解了学者们的见解，仅仅抓住对自己有利的一面而对产业化的基本内涵视而不见。
垂直一体化的管理模式自然映射到了大学校园内。在国外，综合性大学通常是以学院为核心的，大学当局一般是一个空壳或仅仅提供公共的信息服务，就像一个非常松散自由的联邦，在共同的教育观念和既定的办学原则下，所有学院各行其是，各有风采，大有百花齐放、兼收并包的气势。国内的大学则相反，学院并不是独立的法人级实体，而是隶属于大学各职能部门的附庸，这种“君临天下”一体化的管理模式，大大约束了学院一级的办学热情和创新精神，而合并之后越来越大的“大学”，因为管理手段的落后完全抵消了资源在更大范围内流动所带来的效益。大学与国有企业走到了一条非常相似的道路上，小学校没有实力，大学校没有活力，问题的症结基本上可以归结为集中统一的僵化领导。
可是，另一个引人关注的问题是，在集中统一的领导方式下，并没有生长出具有协作精神的“规模化团队”，而是渐渐蜕化为以个人为基本单位的“原子式”小组。在大学，“一人一题”（一个人申报一个研究课题），“一人一本”（一个人一个科研经费本）的现象十分普遍，教师原本是先进生产力的代表，现在却和传统的农民一样自给自足，独自耕种着并不宽广的几分自留地，至于学院、学校共有的“土地”却大片大片荒芜着。
现代科学研究早已告别了“个人英雄”时代，进入大规模兵团作战时期，可是中国的大学却走了一条完全相反的路径。个人作战的弊端是十分明显的，一个人精力有限、资金受限、观察的思路和认识问题的知识结构也局限在一个非常单一的范围内。单枪匹马的结果是，几乎每一个人都在重复前人作过的研究，等到看见了创新的曙光，研究者已经筋疲力尽止步不前了。由此而产生中国大学研究的“石林现象”------横看成岭侧成峰，远近高低各不同，风景固然幽雅，却没有产生令观者仰止的珠穆朗玛，原因正在于单兵作战缺乏持续不断的进步，每一个人都从头做起，另起炉灶，始终不能站在巨人的肩膀上登高远望，更上层楼。
当然，中国的大学也的确鲜有空前绝后的大师级“巨人”，因此，一段时间以来，媒体和学术界几近形成了一个人所共知的共识——大学非谓据有高楼大厦者也，盖有大师方成为大学。可是大师究竟是一个什么样的标准？谁是大师？这些问题却悬而未决云山雾罩。就中国的科学研究体制而言，院士是某一学科最高级别的学术权威。于是，几乎所有的大学都开始疯狂“抢购”院士，之所以说“几乎所有”不是有些院校可以例外，而是一些偏远地区、小门独户的大学有自知之明------有限的院士是不可能被平均分配到每一个大学的。这其中，北京、上海和广州等经济发达城市以及国内一流大学可以说近水楼台占尽先机。可是，恰恰被人忽视的是，自由开放的学术环境才是学术进步、科学昌明、思想激荡、大师辈出的沃土。
最近几年来的中国大学，所谓的专家已经垄断了学术讲堂，门派、学校、南方和北方各自划定学术“特区”，不容他人涉足已经到了非常严重的地步。在这样的学术氛围中，不正本清源，从建设自由活跃的学术环境着手，却迫不及待地供奉“准大师级”学术权威，显然与科学研究的精神相去甚远。而事实上，这样的作为正在蔓延并扩散至更大的范围之内，特聘教授就是这样一个类似的案例。
杨振宁教授80年代归国讲学，中国科技大学一名无名后辈当堂站起来指出：杨教授，您讲错了。杨教授马上请年轻后辈上台更正自己的错误，后辈少年意气风发，令人称奇，而杨先生虚怀若谷的大家风范更让人赞叹。但是，这样的案例寥寥无几，以至于可以作为传之后人的永不泯灭的“口碑”，国内的学术禁锢到了怎样严重的地步已经不容置疑。作者经历的是，在大学三年级，曾经指出老师的内容有重复的嫌疑，老师一怒之下，将本人逐出课堂------我倒是很开心，因为这样可以不必排队轻轻松松吃午饭。由此观之，健康的学术争鸣环境远比院士重要，自由的学术氛围远比大师重要，哪一边是本，哪一边是末，应该形成新的共识，在这方面媒体不要再一次比大众弱智了。
大学的困惑还在于东西方共同遵循的学术规范已经荡然无存了。在中国所有的大学都有“外来户”和土生土长的“土著”，而且土著借助于先天积累的资源优势控制着几乎所有的学术资源。大学、硕士直到博士，一个学生在一个学校一个系甚至一个导师名下连续工作十几年，接着留校任教，继续师生情谊，这样的情况在中国几乎是铁打的惯例。南方某著名高校因为歧视外地考生而引发网络“谩骂”，如今一种以“本科出生”确定是否前途无量的新理念又在不知不觉蔓延。大学的学术领袖几乎是一种“世袭”的爵位，老师退休了，弟子接着干，弟子退休了，师兄弟坐庄，循环往复，容不得他人染指。尤其是在大学校园里，也常看到夫妻店、父子兵，这些违背普通学术规范的现象在中国大学大兴其道通行无碍。近亲繁殖是遗传学的大忌，是法定不准结婚的几条原则之一，可是中国的学术圈却演绎着繁殖近亲的戏剧，这样的学术圈能否青出于蓝而胜于蓝是大有疑问的。
