党的十六届三中全会通过的《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》指出“农村税费改革是减轻农民负担和深化农村改革的重大举措。完善农村税费改革试点的各项政策，取消农业特产税，加快推进县乡机构和农村义务教育体制等综合配套改革。在完成试点工作的基础上，逐步降低农业税率，切实减轻农民负担。”在此，党指明了解决三农问题的基本出路在于税费改革和县乡机构改革等方面上。本文从这两个方面作进一步深入探讨。
解决三农问题的目的和条件都是要发展农村经济。但是，我们必须认识到中国农村经济发展是一个长期而缓慢的过程，不能期待一蹴而就。从理论上说，农村经济发展的主要源泉是技术创新和制度创新。而新制度经济学认为，从长期来看，促进经济发展最根本的动力还是制度创新，而技术创新的快慢主要取决于制度安排。改革开放初期，我国农村联产承包责任制改变了人民公社的生产组织模式，提高了农民的劳动积极性，解放了生产力。从机构改革角度看，这次改革主要发生在村一级。现在，中央决定推进县乡（尤其是乡镇）机构改革，必将对中国农村经济发展具有同样深远的影响。
伴随着我国社会主义市场经济逐步完善，联产承包责任制对农村经济发展的推动作用日显弱化，其深层次的原因在于受到现行乡镇组织制度制约。目前，这种制约集中体现在乡镇政府、村委与村民之间的矛盾上。根据村民自治法，在乡镇政府不过多干预情况下，村民与村委的矛盾可以通过村民重新选举等制度安排来解决。目前的状况是，乡镇政府为了维持庞大的政府机构的运转，直接造成农村税费名目繁多，农民的负担日益加重，农民收入增长缓慢、甚至负增长。同时，乡镇政府又往往过多干预村委的决策，使农民与乡镇政府之间出现矛盾，甚至激化。这些矛盾严重影响社会稳定，制约农村经济发展，反过来又制约“三农”问题的解决。当前我国在农村推行税费改革，旨在缓解这一矛盾。但是从一些省的试点情况看，税费改革成本过大，国家财力承受不起，改革在一定程度上受阻。所以，我国农村税费改革难以推进的症结，从根本上讲，还是在于乡镇机构改革的滞后。
根据经济学理论，税费是农民为乡镇政府提供的公共物品支付的价格，而乡镇政府是公共产品的生产者。尽管乡镇政府不是盈利机构，但它也需要维持财政收支平衡。因此，税费改革是一种价格改革，而乡镇机构改革是一种体制改革。如果乡镇政府提高了生产公共产品的效率，公共产品的价格，也就是农村税费，自然随之下降。否则，即使短期内减轻了农村税费，但时间稍长还会反弹。在李昌平同志就湖北监利棋盘乡农村状况上书国务院领导后，引起各级政府高度重视，并进行了为时一个半月的疾风骤雨式改革。可是到现在，农民负担又开始有所反弹。其原因就在这里。我国20世纪80年代晚期曾就企业的价格改革和所有制改革进行过激烈争论。当时，国家推行价格改革，结果通货膨胀很高，价格改革不得不停顿下来。90年代初，国家着手企业体制改革。到现在，现代企业体制基本确立，而建立在体制改革基础上的价格改革也相当成功。据报道，截至目前，我国95%产品的价格由市场决定，而且价格比较稳定。如果将农村改革和企业改革进行对比中，我们不难得出如下结论：没有乡镇机构改革，税费改革难以成功；乡镇机构改革必须成为税费改革的基石。
因此，要从根本上解决三农问题，必须提高乡镇政府生产公共产品的效率，降低生产成本。改革开放以来，作为一级政府，乡镇政府服从上级行政命令。乡镇官员的晋升与否、乡镇机构编制等也由上级政府决定。其结果是，上级政府不一定根据乡镇发展需要来设置机构，也不一定根据农民的支持程度来提拔乡镇官员。久而久之，造成乡镇机构膨胀、行政效率低下。这与我国以前的国营企业和现在的一部分国有企业所遭遇的困境是一样的。因此，我们认为乡镇政府应该发展成为一个自我约束、自我发展、自我管理的社会经济实体，具有自我造血的功能。如果把政府与公司类比，那么，乡镇应该成为上级政府的“子公司”，而不是眼下的“分公司”，其“股东”包括上级政府和乡镇居民，而且，后者应该居主导地位。换句话说，乡镇政府应该首先对乡镇居民负责。只有这样，才能从根本上减轻农民的负担；才能激励乡镇政府更有效地提供公共物品，制定公共政策来鼓励和保护投资，从更长远的角度考虑乡镇的发展，而不是树形象工程，或为某些官员的曲线晋升而采取短期行为；才能为农村经济发展提供良好的制度环境。
农村税费改革的最大阻力来自各级政府的财政负担难以承受改革成本。在这种机构改革下，可以采取由上级政府支付部分改革成本和乡镇支付主要改革成本的形式来推进税费改革。原因在于乡镇负债参差不齐，上级政府解决大部分乡镇负担必将导致乡镇间转移支付过度不公平；再加上上级政府财政拮据，它们对推进改革力不从心，乡镇机构改革往往流于形式。所以，改革成本必须分摊。而且，在现行体制下，乡镇隐性消费支出较高（乡镇支出大量花费在吃喝上）。这种机构改革后可以从制度上遏制这方面的支出，在适度增加乡镇官员的显性收入条件下，可以达到降低公共产品生产成本、提高效率的目的。同时，从长期看，乡镇也承担得起分摊的大部分改革成本。
