印度佛教自部派佛教以来，尤其是大乘佛教，重视对宇宙万物的终极本质、一切存在的真实本性、众生的本原和成佛的根据等问题的探讨和阐发，形成了内涵丰富的本体论学说。印度佛教经历了漫长的演变过程，其本体哲学思想也随之不断发展，前后变化很大。本文拟就印度佛教的本体“实有”说、本体性空说和本体心识说三个主要的本体论学说类型的内涵与演变，作一简要的论述
一、本体“实有”说
释迦牟尼创立佛教时，并不关心，也没有讨论作为实体的“我”是否存在的问题。他主张“无我”，要求“离我执”，是指不要执着“我”的观念，“我的东西”的观念，要从这种自我的观念中解脱出来。他主要是从宗教道德修持证悟的意义上讲“无我”，并没有说，作为实体的“我”不存在。
部派佛教时期，一些部派纷纷提出了不同的本体论哲学，其中最重要的是说一切有部的学说。
说一切有部是小乘佛教中最有势力的学派，它以貌似实在论的立场，提出“我空法有”说。何谓“我空”呢？“我空”也作“人空”、“人无我”，是说人的生命存在是由色、受、想、行、识“五蕴”，即物质、心理和精神诸方面的五个要素和合而成，并没有真正实在的自我、自性。这也就是在原始佛教“无我”（离我执）说的基础上，进一步从哲学高度强调人作为实体的“我”是不存在的，没有永恒不变的人格主体的自我的存在。何谓“法有”呢？“法有”也作“诸法实有”，“法”，泛指万物，一切存在。“法有”是说由和合而生的一切现象又都有其实在性，即存在是实有的，存在不仅现在是实有的，而且在过去和未来也永不消失。这也就是所谓“三世实有”说。
为什么说万物三世实有呢？说一切有部从本体论和认识论两个方面作了论证。该部派的一个重要论点是，认为一切存在可分解为本体和现象两个方面，把存在还原为若干种只有一种体性和一种功能的究极要素，如分别以坚、湿、热、动为性的地、水、火、风“四大”，这些究极要素就是恒常的“法体”，究极本体。而本来是恒常本体的多种要素，同时发生作用就呈现为现象。本体是永恒不变的，本体有时生起作用，有时不生起作用，由此而使存在有了形相和位置的不同。本体已起作用是“过去法”，正在起作用是“现在法”，将起作用是“未来法”。在过去、现在和未来的三世中，本体普遍地无差别地存在着，只是形相、位置有所不同。本体在现在时表现为现象，在过去时和未来时则已现过或将现为现象。例如，火的本体热性具有燃烧的作用，在燃烧时（现在）就成为现象，同样，在过去和未来这能燃烧的火的本体也是存在着的。这就称作“三世实有，法体恒有”。说一切有部的又一重要论点是，认为直观和思维同属认识范畴，而认识不能以非存在为对象，也就是说，有认识就表明认识对象是实在的。说一切有部强调，人们不仅可以通过直观知觉肯定对象的实在性，而且也可以通过思维去认识有关过去和未来的对象的实在性。如果过去和未来的对象是非实在的，那么人们对过去或未来的认识就没有对象了，而没有对象又怎么会有认识呢？人们之所以能够思索过去和未来的事物，就表明这些思索的对象是实在的，也就是说，事物的本体是实有的、恒有的。
说一切有部对三世法体实有的论证，在理论上也存在一些问题和难点：（一）说一切有部的“三世实有”是指生成一切事物的究极要素（地、水、火、风的坚、湿、热、动诸感觉属性）的恒有，而由诸要素和合而成的事物则是一种复合体，不同于诸要素本身，是刹那生灭，非实有的。说一切有部还认为要素是不能独立存在的，只有诸要素互相和合才能存在。要素与事物如此密切不可分离，又怎么说明要素是恒常、实有而事物是无常、非实有呢？这种把要素和事物割裂开来，肯定一者实有，一者非实有，在理论上是难以自圆其说的。（二）说一切有部一面强调本体在三世的恒常实有，一面认为现象是刹那生灭的，那么，这两者之间如何保持统一呢？在刹那灭的刹那时间里，本体还能存在吗？对这个问题，说一切有部也并没有作出圆满的说明。（三）按照说一切有部的观点，相对于现在来说，过去和未来的要素或已起作用，或将起作用，即在现在均不起作用，这样，本体不起作用时又如何证明本体自身的实有呢？（四）在一般人看来，人们思维的对象是事物而不是要素，为什么思维对象的实在性不是指事物而是指构成事物的要素呢？（五）说一切有部以本体为思维对象，思维世界，以现象为直观对象，事实世界，如此作为直观对象的现象被认为是非实有的，而人们思维对象的本体又怎么会是实有的呢？说一切有部对这些问题都没有作出圆满的说明。实质上，说一切有部的本体“实有”，是感觉实有，是以感性为本性、为本体的实有。
从说一切有部分化出来的经量部，对说一切有部的观点持批判的立场。认为只有心与地、水、火、风“四大”是实在的，如由于心与“四大”相辅相成，因缘和合，而令众生主体生死流转，相续不断，但此中并没有保持同一的永续不断的自我本体。因为无论是心还是“四大”都在生起后的瞬间即归于消灭，众生以及一切事物都是一瞬一瞬地转生，每一瞬间都以不同的形态向前流转，恒常不变的本体是不存在的。经量部认为，本体只在现在存在，唯有现在是实在的，而过去那是属于曾经的实在者，未来则是将来才有的实在者，凡是现在不存在的，只是作为一种种子存在而已。经量部还认为，知觉的作用是瞬间的，只能认识现在瞬间的存在，那种认为同一知觉能认识不同瞬间的两个东西是不可能的，至于记忆、想象、推论也都不具有知觉所得的确实性。经量部全面否定了说一切有部的“三世实有、法体恒有”说。经量部的这种观点对后来大乘佛教的两大派别即中观学派和瑜珈行派的思想都有着重大的影响。
二、本体性空说
小乘佛教的本体论思想到了大乘佛教时期发生了重大的变化。大乘佛教中观学派（空宗）不赞成说一切有部的“法有”说，认为不仅人空，法也是空的，主张人法二空。也就是说，一切存在，包括人和法，物质和精神，都是由因缘和合而生起，都无固定的自性、自体，这种思想称为“空”。这里应当指出的是，中观学派讲空，但不排斥有（存在），而是以空即有，空有不离；中观学派的空论是否定说一切有部等派别的本体“实有”论的。
中观学派是如何阐明“空”的含义及其思想的呢？为了探寻宇宙万物的真实，龙树从空的视觉进行反思，他在《中论》里为“空”下了这样的定义：“众因缘生法，我说即是空（无）。”（《中论》卷第4，《大正藏》第30卷，第33页中）这是说，空即是“众因缘生法”，或者说，众因缘所生的事物即是空。龙树认为，宇宙万物既然都是缘起的，那就是无自性、无自体，也就是空。“空”就是表示无自性、无自体，表示自性、自体的非存在，这也是对宇宙万物真实界、本体界的定性描述。中观学派认为，空是缘起，本身不是一个实体，不是派生万物的本原。《中论》说：“以有空义故，一切法得成；若无空义者，一切则不成。”（《中论》卷第4，《大正藏》第30卷，第33页上）这是说，由于是空无实体，才能缘起，才能成就一切事物；若不是空无实体，而有固定的实体，就不能因缘和合而起，也就不能成就一切缘起事物。空不是生起万物的实体，空与万物的关系是相即不离。玄奘译的《般若波罗密多心经》说：“色不异空，空不异色；色即是空，空即是色。受、想、行、识亦复如是。”（《大正藏》第8卷，第848页下）“色”，物质现象。“受、想、行、识”，心理和精神现象。“不异”，不离。“即是”，相依。这是说，一切存在（有）包括物质现象和精神现象都不离空，同样，空也不离物质现象和精神现象；一切存在即空无自性，空无自性又离不开一切存在。色、受、想、行、识与空“不异”、“相即”的理论根据是缘起说。由于缘起，色等现象得以成立，由于缘起，色等现象无自性，即空得以成立，即是说色等现象和空都是立于缘起之上，色等与空互不相离，互相依待。可见，这里的“不异”、“相即”是指一切存在现象（有）和空的成立而言，并不是说彼此在内容意义上的相同、相等。
大乘空宗还阐明了一切事物的“空相”即空的相状。《般若波罗蜜多心经》说：“是诸法空相，不生不灭，不垢不净，不增不减。”（同上）《中论》也说：“不生亦不灭，不常亦不断，不一亦不异，不来亦不出（去）。”（《中论》卷第1，《大正藏》第30卷，第1页下）这里的生灭常断是就自性的意义而言，所说的意思为，一切事物都处于不生不灭不常不断等空无自性的状态，也就是说，生灭常断等一切相状都是空无自性的。这是对万物具有自性、自体、实体的主张的否定，这种否定是通过空这一逻辑手段，运用否定的方法（遮诠），对一切事物的矛盾双方（两边）加以扬弃，以突现合乎中道的肯定。
中观学派反对说一切有部的本体说，认为说一切有部所谓的本体不过是在语言意义上被实体化了的东西而已。中观学派批评了由恒常不变的本体，可变现为刹那变化的现象的观点，指出，这是把事物区别为本体与现象两个方面，把本体与现象对立起来，是与宇宙万物的真实状况相矛盾的；强调宇宙万物是由多种因缘和合而生起的复合物，是不断生灭变化的流动物，万物的真实本性与那种独立不依，固定不变，且在过去、现在、未来三时永恒存在的本体，显然是矛盾的，那种本体是不存在的。
如此说来，中观学派是否就主张没有本体了呢？是否就没有提出与说一切有部相对立的本体论呢？不，中观学派继承了小乘佛教的法无实体思想，在批判说一切有部的本体论的同时，也阐发了独具特色的本体学说——性空说或实相说。
《般若波罗蜜多心经》异译本《普遍智藏般若波罗蜜多心经》（法月译），在“色不异空，空不异色；色即是空，空即是色”句之上还有一句“色性是空，空性是色”（《大正藏》第8卷，第849页上）的经文，提出了色性与空性相对举的两个概念。这里的色性是指物质现象的本性，空性即是空的本性。经文的意思是，物质现象的本性是空的，空的本性又落实到物质现象上，这和“色不异空，空不异色”等句的意思是一致的。重要的是，该经提出了色性与空性尤其是空性的概念，而且还有“诸法空相”的说法，空性与空相在短短的经文里同时出现，显然这两个概念的意义是有区别的。空性作为空的本性，是否就是表示宇宙万物的真实本质、真实本性的概念呢？这是我们要特别关注的问题。
龙树在《中论》中有这样十分重要的论断：
“一切法性空寂灭相。”（《中论》卷第3，《大正藏》第30卷，第25页上）
“诸法实相者，心行言语断，无生亦无灭，寂灭如涅槃。”（同上书，第24页上）
“自知不随他，寂灭无戏论，无异无分别，是则名实相。”（同上）
从概念的运用上来看，这里的“性空”和“实相”是内容相同的两个概念，与《般若心经》的“空性”的意义相同。又从龙树对实相的描述“无生亦无灭”来看，与《般若心经》的“诸法空相不生不灭”的内容相同，也就是说，《中论》与《般若心经》不同，对“空性”与“空相”不加以区别。从内容上看，上述《中论》引文表明，一切事物的真实本相就是“性空寂灭相”，展开来说，有三个密切相联的规定：一是“心行言语断”，“自知不随他，……无戏论”。“心”，心识。“心行”，心之所作，识的作用，指在心上生起思想与概念。“心行言语断”，即“心行处灭，言语道断”（《大智度论》卷第2，《大正藏》第25卷，第71页下），意思是说一切事物的真相不是思虑与语言所能凑泊的，是没有言说分别的见解（戏论）的。也就是说，在龙树看来，一切事物的实相是超越思维和语言的，是为人们的思维和语言所捕捉、虚构以前的赤裸裸的本来的真实相状。二是“无生亦无灭”，“无异无分别”。无生无灭，即不生不灭，也即无异无分别。这是说，生、灭是人们主观想象的形式分别和语言概念，只对现象的经验世界具有相对的意义，而实际上并没有相对应的实在物和本质；就一切事物的实相而言，是无所谓生、灭的。这也就是通过否定生、灭这一类思想上的概念，以超越生灭的神秘直观去直接体悟一切事物的实相。三是寂灭。这是停息一切思虑、消除一切烦恼的静寂境地，也是佛的觉悟的境界，所以说寂灭如涅槃，寂灭即涅槃。从上述规定看来，龙树认为一切事物的真实本相，非是人们的思虑和语言所能认知、表述的事物的本性、本质；它是一种无生无灭，乃至无任何差异的绝对境界；这种事物本相、绝对境界就是最高的真实，也就是最高真理。直觉事物本性、体悟绝对境界、把握最高真理，也就是寂静的涅槃。
由此可见，第一，中观学派所讲的诸法实相既是本体又是境界，也是真理。这种原来本相（本体）、绝对寂静（境界）、最高真实（真理）统一的学说即是中观学派本体论的重要特色，体现了中观学派宗教修持的要求。第二，本体、境界和真理三者统一的基础是空、空性。如上所述，在中观学派看来，诸法实相的真实状态、真实本性就是空、空性，也就是说，宇宙万物的本性是空，是空性。对于这样的本体不作生灭有无等主观的区别，而是通过直觉去体悟原本状态，进入寂静境地，即为境界。这种境界是以主体排除任何思虑，直觉事物本来空性为内涵的。龙树通过否定生灭等两极，以遮拨现象而显示性空，这是最高真实，这也就是真理。可见，空、空性是中观学派形而上学的理论基础，也是其修行成佛的理论基础。第三，中观学派所讲的本性并不是实体性的、本原性的实体，而是就万物无自性空的本质意义而言的本体。如此真实本质也是一种普遍的、必然的、不变的原则，是一种离思离言的真理。这种真理被认为是，只有在佛教的修持中才能体悟得到的。
这里，或许有人会问：中观学派讲空、空性，以空、空性为最高真实，不是否定本体的存在吗？不是掏空了本体的内容，消解了本体论的无本体之学吗？
实际上，中观学派视空、空性为离开人们思维和语言的直觉世界的真实本质，这就是排除思维、拒绝语言的人为区别，用以凸现世界本相、本性、本质的本体之学。中观学派所讲的空、空性是标示世界本质的哲学范畴，是有其特定内涵和丰富意蕴的，并不是通常讲的“无”。中观学派说的空、空性不是无本体，非本体，而是即本质，即本体。空、空性即是中观学派本体之学的核心思想。
和说一切有部的本体观念不同，中观学派反对通过语言把本体实体化、本原化，反对视本体为实有现象的本原，把本体和现象分离和对立起来。认为说一切有部的本体说是不符合宇宙万物的真实本性的。中观学派把说一切有部的实有本体视为是空性的，在此基础上又把说一切有部的本体与现象的关系加以逆转，认为现象不是本体呈现的影子，只要除掉虚构实体化本体的障蔽，现象即是显露其本相的世界。中观学派否定本体与现象两重世界说，认为两重世界是用语言加以虚构的结果，强调只有一个世界，这就是离开思维和语言虚构的真实世界，也即空的世界。空是世界的真实，空就是世界的本体。中观学派在以空消解了实有的本体之后，又逻辑地确立了空的本体意义。
从中观学派本体理论的思维逻辑来看，它否定语言的作用，但是为了宣传佛法理论教化众生，中观学派也需要利用语言，在肯定语言的日常作用的意义上，此派也逻辑地蕴涵了语言的世界与真实的世界相区别的两重世界说。
三、本体心识说
中观学派的本体学说，从佛教修持的角度来看，大有导致众生主体思维活动和心性修养失落的危险，有鉴于此，有的佛教学者又在万物性空的基础上，转而从不空的角度来探索主体与本体的关系，把本体纳入主体之中，甚至归结为主体。在这一理论转型中，出现了两种思维理路，两种派系：一是着重探究心的本性，为如来藏系；一是着重阐发心识活动，为唯识系（瑜珈行派）。从心的本性去考察，如来藏系提出了众生成佛的质地与根据的如来藏思想和佛性观念。此系还视佛性为空性，认为佛性不仅是众生成佛的根源，还是宇宙万物的本性，因而也具有宇宙万物的本体意义。从心识活动考察，唯识系等一般地是把世界还原为表象，把存在归结为认识，进而把心识作为包括众生在内的宇宙万物的根源、本体，众生必须通过把心识转换为智慧，才能成就佛果。此系学说直接论及到心识与存在的关系，突出了心识为万物的本原思想。我们着重论述此系学说。在唯识系众多的派系中，我们将以无著、世亲所代表的唯识系的主流思想作为论述的重点。
大乘瑜珈行派（有宗）的唯识本体说，是一个多层次的复杂学说，是唯识学认识论体系的核心内容，其间涉及心识、阿赖耶识和种子诸说，也涉及三性说，理清这些概念的思想脉络及其相互关系，对揭示唯识思想的实质，把握该派独特的本体学说，看来是很有必要的。唯识学思想体系的基本命题是“万法唯识”，“一切唯识”，“唯识所变”，“唯识无境”。“唯”，仅，不离；“识”，心识。这些意义相近或相同的命题是说，心识是认识的前提，心识所分别的一切事物（“万法”）都是心识的变现，都不离心识。除了识的变现，此外没有任何实在性。也就是说，世界的一切，都是不实在的，都只是由心识映现出来的表象而已。《唯识三十论颂》云：“是诸识转变，分别所分别；由此彼皆无，故一切唯识。”（《大正藏》第31卷，第61页上）“分别”，指能够分别，即主观的心识；“所分别”，指被分别，即客观的对象。这是说，由主观的心识和客观的对象两个方面形成的现象世界，都是唯识所变，都离不开识的变现，也就是万法唯识，一切唯识。《成唯识论》卷七也云：“一切有为无为，若实若假，皆不离识。唯言为遮离识实物。”（《大正藏》第31卷，第38页下）说世界上的一切现象，无论是有为的还是无为的，也就是说若实的或若假的，都不离识的变现，都不是离开识的实在之物。瑜伽行派所讲的唯识，是针对着境而说的，是着意以境与识相对比，强调一切客观的外境，外界的对象，都无实在性，都无非是主观的心识的虚妄变现而已。这谓之唯识无境。就识、境对比的相对意义而言，境无实在性，识有实在性。然就究极意义而言，识也是非实在的，因为由识生起的种种现象也都是虚妄的，都与烦恼相连，所以识也应舍掉。瑜伽行派认为，众生成佛的根本途径就在于转识成智，即舍弃心识转为智慧。
从哲学的角度考察，上述唯识的“识”无疑是存有论或本体意义的抽象本体，这一心识本体又是如何变现世界现象的呢？根据瑜伽行派的有关论述，大体上可以归纳出两种密切相关的思路，两种相辅相成的论证：识分化说和种子生现行说。
先说识分化说：识，作为本体，必须变化出现象，以显示、展开自身，这也就是识自身的分化。识，识别、了别作用，有认识论意义，但作为心理感受能力的情识而言，是与主观虚妄执着俱起的作用，主要是心理学意义，且是负面价值的意义。瑜伽行派把识分为八类，即：眼、耳、鼻、舌、身、意、末那、阿赖耶。前五种识是对具体对象的感性认识，第六种识是认识抽象概念。第七末那识是一种我执作用，它意识到自我，执取第八识见分为我，故称为我识，即自我意识。第八阿赖耶识，是八识中最主要的，它是生起前七识的基础，故称根本识；也是一切现行识种子的贮藏之处，又称藏识。它隐藏在心的最底层，是被覆蔽着的、潜在的意识，是为下意识。对于识变现为现象，《成唯识论》卷一说：“变为识体转似二分，相见俱依自证起故。依斯二分，施设我法。”（《大正藏》第31卷，第1页上、中）“二分”，即相分和见分。相分，客观的认识对象；见分，主观的认识主体。“自证”，自证分，是认识主体了别对象的自觉的功能。“我法”，自我与诸法，即主体和客体。这是说，八识的识体即自证分，变现为相分和见分，虚假地安置设立主体的自我和客体的对象，现象世界便由此生成。瑜珈行派强调，心识为了显现其自身，便变现为相见二分，并以见分的主体身份，去了别并执取作为客体的相分，将所执取相分的相似形状视为实有自性。其实这是心识的虚妄的变现作用。
由上可知，识体是指识的体，自体，即自证分，也作自体分。它能对见分认识相分，作自觉的证知。《成唯识论》卷二云：“相分是所缘，见分名行相，相见所依自体名事，即自证分。”（同上书，第10页中）作为相分与见分的“所依”，识体较相分与见分更深一层，它是客观对象与主观心识两个方面，即现象世界生起的依据、根源。由此可见，识作为世界一切现象的形而上本体，是指识的自体，即自证分而言。含藏在识的深层的识的自体是瑜伽行派本体观念重要意义之所在。
再说种子生现行说。瑜伽行派在阐述八识在分别变现现象世界的同时，还特别强调第八识，及贮藏在该识中的种子的独特作用。如上所述，阿赖耶识是七识的根本，是宇宙万物的依据。所谓万物唯识所变，实质上是唯阿赖耶识所变，具体说，前五识是倚仗阿赖耶识相分中的器界（山河大地）为本质而变现其相分，如色、声、香、味等。第六识有时单独追忆、思虑过去或未来的影相而变现其相分，有时则或倚仗阿赖耶识的相分中的器界而变现相分，呈现物质世界现象，或倚仗阿赖耶识的见分而变现其相分，呈现自我。第七识倚仗阿赖耶识的见分或种子为“我”，生起自我意识，并形成种种烦恼。至于阿赖耶识自身，则是变现器界并以其为对象而攀缘之。可见，除第六识变现过去或未来的事相外，七识都要依赖阿赖耶识的见分或相分，才能生起各自的相分，即生成世界现象。也就是说，阿赖耶识之所以是七识的根基，其原因在于它摄持着七识的种子，也即含藏着万物的种子。瑜伽行派认为，众生心识活动的影响力是永远不会消失的，它会作为种子贮藏在阿赖耶识中，并能引发尔后的心识活动，即生成现象，种子实是世界万物生成的根源。可以这样说，所谓唯识所变，实质是唯阿赖耶识所变，进一步说，所谓阿赖耶识所变，其核心是阿赖耶识中的种子所变。
从种子变现出不同现象的角度，瑜伽行派还把种子分别为两类：一是能生佛教智慧、觉悟的无污染、无烦恼的种子，称为“无漏种子”；二是能生众生界各种现象的污染、烦恼的种子，称为“有漏种子”。进一步又把有漏种子分成两类：一是能产生与种子同类现象的种子，称“名言种子”。名言，名字、名称、语言、概念，名言种子是由语言、概念作用在阿赖耶识中所熏成的种子。另一类是以善恶业而生果报的功能，它能协助无善恶之分的名言种子，召生未来果报，称“业种子”。瑜伽行派认为，众生世界的诸现象是名言种子和业种子相结合而产生的，也即语言、概念和善恶行为的功能作用所生起的现象。其中名言种子是生起与种子同类现象的直接原因（“亲因缘”种子），名言种子又分为互相对说的两种：一为表义名言种子。“表义名言”是指名言、词句、文字等表现事物意义的名言。第六识攀缘表义名言，随语言声音、文字而变现出各种相应事物的相状，由此而熏成的种子为表义名言种子。二为显境名言种子，这是指攀缘前七识见分为境而熏成的种子。瑜伽行派又从受用的角度把名言种子分为共相和自相（不共相）两种。如为共同享用的山河大地等是共相，生起共相境界的种子为共相名言种子。仅供自身受用的个人身体是自相，生起自相境界的种子为自相名言种子。这两种种子是分别在相应的业种子的协助下召感共相或自相的。由此看来，瑜伽行派的“种子说”十分重视名言种子在形成世界种种现象中的重要意义，这是极富独特理论色彩的现象本原说。
瑜伽行派把种种变现现象的论说概括为“种子生现行”（“种生现”）的命题。《成唯识论》卷二云：“能熏生种，种起现行。”（《大正藏》第31卷，第10页上）“能熏”，此指现象世界，也即“现行”。“种”，种子。这是说，现象世界有熏生形成种子的作用，而种子作为原因又生起现象世界，如此循环往复不已。由此也可以说，种子是现象世界（现行）的潜在态，现象世界是种子的显现态。种子与现象世界是识的一体两面，是同一识的两种不同形态。如前所述，识自身（自分体，自证分）转似为见分与相分，此二分各有其潜在态和显现态，就是种子生现行的情景，也就是精神本体变现为现象世界的情景。
这里还应当强调指出的是，瑜伽行派认为心识也是有情众生的本体。按照瑜伽行派的理论，有情众生的阿赖耶识及其种子的不断活动，牵引众生不断轮回转生。众生死后，阿赖耶识内含藏的精神性的种子并不消失，且继续流转。可见，种子实是众生轮回的主体，也可说是不灭的灵魂。至于阿赖耶识中含藏的无漏种子，则是有情众生的终极价值的主体，是有情众生发心修持乃至成就佛果的根本。瑜伽行派这一层面的本体论涵义具有更鲜明的宗教意义。
从上述可知，心识→阿赖耶识→种子既是世界现象的本体，也是主体众生的本体，也就是宇宙万物的本体。由此看来，瑜伽行派的本体有这样一些特质：一是精神性，本体是一种精神力量、功能、作用，而不是实体；二是多层次性，心识，阿赖耶识，种子，有种种层次差别，又同为本体；三是多样性，不同众生的阿赖耶识是不同的，种子不仅有不同的类别，而且还不断由现行熏生出新的种子；四是变化性，种子在不断生灭，不是永恒不变的；五是虚妄性，心识本体的变现活动是盲目、染污的，应当转化为智慧。瑜伽行派对本体的这种种规定，在当时引起了一些争论，如阿赖耶识是清净的真识还是染污的妄识？无漏种子与有漏种子的关系如何？在这些问题上，始终没有求得一致的说法。
瑜伽行派还以心识的不同层次认知活动来说明一切现象的三种存在形态，说明世界万物的染净差别。这就是著名的三性（三自性）说。三性为：（一）遍计所执性，这是对由因缘和合而生的、无实体的事物加以周遍计度，虚妄执取，以为是实有的存在。（二）依他起性，是说一切事物都是倚仗他缘而得生起。（三）圆成实性，是在依他而起的一切存在上不起遍计所执，而是体证人空法空所显真如理性，即圆满成就一切存在的实性。由此看来，遍计所执性与圆成实性都和依他起性连在一起，或者说，依他起性也是与遍计所执性或圆成实性相连在一起的。由此又可以说，三性中的依他起性是中性的，遍计所执性是染性的，圆成实性是净性的，也就是说，一切依他而起的存在可归结为染净两种形态。
现象之所以有不同的存在形态，其原因就在于心识的活动。识的虚妄分别是遍计所执，识的变现是依他而起，识体悟依他而起的真实空性是圆成实。虚妄分别是染识，圆成实是净识（是无漏种子，实是智慧），依他起则并无或染或净的活动。由此可见，心识的虚妄染污与真实清净的活动导致了染法净法两种形态的存在。心识的不同性质决定了存在的不同形态。
瑜伽行派就事物的三种形态（三性）又各立有、空（无）两种对立，强调远离有、空两边，以彰显非有非无的中道真理。这称为“唯识中道”。具体说是：遍计所执性是迷情妄执所致，是情有，故非空；从理上说是无，故非有。依他起性是由识所变现，故是非有，有空；又是似有，故是有。圆成实性是无固定的自性，故是空，是非有；又因空无自性而能自在变现，故是妙有，是非空。此派也认为，在空性的基础上，远离有、空两边，才能臻于不偏不倚的中道之境。
在揭示瑜伽行派的本体观念的特质后，我们再来总结其本体论学说的思维进路：一是不从客观世界去寻找外在性的统一本体，而是转向人的自身，从主体精神活动中寻找内在性的各自的本体，以人的心识为本体，心识即本性，把主体与心识统一起来，从而极大地高扬了主体性。二是将心识本体活动展现为了别作用与变现现象两方面，而这两方面又是相俱不离的，这就是说，主观的了别与客观的变现、认识与现象、心与物是统一在心识里头的，从而形而上地置心识于心物、主客之先，并消融了心物、主客的对立。三是认为识本体变现为现象（见分与相分）并体现在现象里；现象的影响力并不消失，也积淀在阿赖耶识中，并形成为潜在的新种子，也就是即将变现为现象的新本体。现象是本体的现象，本体是现象的本体，本体与现象互相渗透，打成一片。可见，在心识说的基础上，突出本体与主体的统一，主体与客体的统一，主体与现象的统一是瑜伽行派本体论学说的基本特色。
瑜伽行派的唯识本体论，强调世界的一切存在只是由心识所映现出来的表象，都是非实在的，这正如此派所自我标示的是典型的唯心主义学说。然这种唯心主义是在一定范围一定意义上讲的。瑜伽行派侧重从主观世界、从主体精神活动的角度去探求主体与客体的关系，探索客体的本质及其对于主体的意义，也就是从主体对世界的认识和世界对主体的价值视域，强调主体心识对客体的决定作用，宣扬唯识所变，唯识无境，显示出唯心主义的理论立场。同时，瑜伽行派不仅强调心识的虚妄性必须舍离，而且也肯定认识的生起必须有客观对象（“所缘缘”），对于物质现象（“色”）只是说空无自性，并不是笼统否定。从另一角度看，也可以说，还有承认外在世界存在的一面。
综上所述，我们似可以对印度佛教的本体论哲学得出如下的基本看法：
（一）印度佛教为了追求解脱而探讨人生和宇宙万物的本性、本质，由此而有了自身的本体论学说。从印度佛教本体论发展理路来看，它是由探讨宇宙万物的本性、本质，进而探寻宇宙万物的根据、本原，并归结为“万法唯识”，从而为众生超凡转圣、成就为佛提供了本体根据。
（二）印度佛教为了引导众生修持佛法，体悟宇宙人生的真实，首先认定众生自我的空无自性，但不抽象地否定人以外事物的实在体，即不否认构成事物要素及感觉的实在性，随后又进一步认定构成事物要素及感觉的空无自性，从而形成一切皆空的思想，这成为大乘佛教的普遍共识。
（三）佛教的空无自性、一切皆空的思想，并不是一种无本体之学。而是否定实体性、本原性的本体之学，肯定空性是万物的本性、本质，是从事物的本性、本质的角度，以空性为本性，是一种空性本体之学。
（四）在佛教不同派别本体学说的前后变迁过程中，存在着旨趣相同的基本线索——人生、宇宙万物的缘起无自性（空）。自释迦牟尼提出无我说后，不久就出现了说一切有部肯定感觉、感性为实有本体的学说，此说经过经量部的批判，后来又形成大乘中观学派以空性为本体的学说，以后又有大乘瑜伽学派出现，也就是印度大乘佛教最终以众生的心识为宇宙万物的本原。此说不仅把主体与客体统一起来，为众生成佛提供了内在可能，而且也为众生转识成智，成就为佛，提供了切实的方向和可操作性。以上诸种论说虽有不同，但根本精神是一致的。此外，佛教本体论虽具有鲜明的唯心主义色彩，但这不是说，它是笼统地、绝对地排斥外部世界存在的。
