把科举与国学的关系转换成特定选官制度与儒学的关系，虽然略有出入，谈起来却可以具体深入许多。简单的说，科举是国家政府的选官制度，而这个权力机构是以皇帝及其利益集团为轴心；儒学是文化道术，它反映代表的是整个社会的生活方式和价值原则。通过考试儒学出仕朝廷为官，实际跟“察举”一样，是封建时代“霸王道杂之”或曰“外儒内法”的政治格局下的制度安排或选择。这样一种制度，对于儒学来说，就像对于王权一样，具有某种双刃剑的性质。从这样一个视角观照可以比较清楚地看出科举制与国学的关系乃是多维立体复杂辩证的。
从历时性上说，它经历了一个二者由相对冲突对立到相对稳定统一的过程；从共时性上说，它一方面使儒学的政治功能、社会权威得到相当程度的实现和强化，另一方面又使儒学的道义目标、理论生机受到相当程度的限制和抑制。
先说第一点。作为制度性选官渠道，科举制所否定取代的是“九品中正制”。九品中正制是汉代察举制的极端化或变形。察举制是汉代实行的一种自下而上推选人才为官的制度。这与武帝听从董仲舒建议而“更化”，标榜“以孝治天下”有关。这使得“儒宗地主”日益发展。到三国两晋南北朝，皇权弱小，不得不借重这一集团进行权力争夺和社会统治，于是“组织部长”的权利就被门阀世族所垄断了。隋文帝统一中国后，皇权重新获得对社会力量的控制权，九品中正制被自上而下的科举考试制度替代就成为必然。武则天强化推进科举，同样也是因其以“后党”柄国，需要在仍然具有相当影响的世族地主之外培养一支忠于自己的干部队伍。“重诗赋而轻明经”的科举制边缘化世族地主以及与其关系渊深的儒学之用意十分明显。著名的牛李党争，也有此深层背景在。唐代裴行俭说“士之志远，先器识，后文艺”，以及后来“进士专尚属辞，不本经术”、“读书当以经义为先”的议论，都是指向当时科举重才能技能轻德行境界这点。
黄袍加身的宋太祖从自己的经验出发定下抑武扬文的祖制，为儒学的复兴打开了政治空间。宋神宗熙宁时，王安石认为“少壮时，正当讲求天下正理，乃闭门学作诗赋，及其入官，世事皆所不习，此科法败坏人者致不如古。”于是罢诗赋而课经义，确立了我们所知的科举与儒学的制度性结合。
再说第二点。儒学的理想是行王道，“士之仕也，行其义也”。但秦汉之后，“君子不器”、“志于道”的儒生不得不妥协降格为“器”或“技”以获得进入霸道体制的可能。公孙弘被讥为“曲学阿世”，董仲舒也不免。科举制使天下英雄尽入皇帝彀中，儒学自然更是不复孟子时代“说大人物则藐之”的浩然之气。这既不能怨儒生，也不能怪科举，而是莫之如何的历史必然。
另一方面，元、明、清均用王安石定下的考试方法，明清两朝的经义以《四书》、《五经》的文句为题，规定文章格式为八股文，解释须依朱熹《四书集注》等书。这使得儒学经典沦落成为读书士子的记诵文本。牵文拘义、循规蹈矩、重守成而轻创新自然而然就成为思维和人格上的习惯和倾向，丰富的历史文化也被简单地解读为“十六字心传，五百年道统，圣人之学不外乎是”的僵化教条。儒学向生活世界的开放度越来越小，其因应时事与时俱进的生机和活力也越来越低。
儒学作为文化道术，其整体的文化功能因这样一个政治制度的搭载而有相对稳定的发挥实现，但并不能说没有科举就没有儒学。不要忘了废科举之议正是张之洞、康有为等儒士大夫为了国家富强民族振兴提出来的。在科举制废弃后，儒学的其它功能（如文化认同、身心安顿等）如何实现？这才是今天必须面对的问题。
