中国政治思想史自20世纪20年代作为一门独立的学科，至今已有近百年历史。目前，凡是开设“政治学与行政学”专业的学校均把中国政治思想史列为必修课，《政治学研究》、《政治思想史》等专业期刊及各综合期刊每年均有大量中国政治思想史研究论文发表。但是，学科定位的分歧却在很大程度上制约了中国政治思想史研究的发展。
在目前的学科定位中，中国政治思想史或是从属于历史学，是中国史（一级学科）中专门史（二级学科）下中国思想史（三级学科）的一个分支，与中国经济思想史、中国法律思想史等并列；或是从属于政治学，是政治学理论（二级学科）中中外政治学说史（三级学科）下的四级学科，与西方政治思想史并列。就历史学而言，主要任务在于还原历史的本来面目，方法基本是考据的功夫；就政治学而言，主要任务在于发现政治发展的规律，具体到中国政治思想史来说，就是试图从中发现中国政治思想演变的规律，因此更注重看待政治思想的视角，即运用理论的差异。
政治思想演变规律研究不足
有关中国政治思想史，刘泽华曾提出“王权主义”的概念，认为整个中国古代政治思想的发展就是王权主义发展、演变的历史。仅谈中国古代政治思想，王权主义是核心无疑是正确的。进入近现代之后，王权主义思想面临着三方面的冲击：一是西方的自由、民主、平等思想；二是科学思潮，冲击着天人合一中天与王的联系，影响着君权的神秘性；三是马克思主义的引入，对整个社会秩序产生了颠覆性的影响。另外，西方势力的涌入，冲击着中国的社会结构，尤其是家族结构。在几种势力的作用下，首先，王权已经不复存在，王权主义作为一种观点不再提倡；其次，王权主义赖以生存的社会基础有了根本的变化，父权难再给王权提供有力的支持。但是，对于中国近现代政治思想的演变规律，学术界至今没有提供满意的答案。
随着历史演变，中国政治思想在总体上是向前发展的，但其中也发生过思想倒退的现象。譬如，汉代人对王权主义的论证远不如先秦思想家深刻，“天”的概念在先秦时期较多自然的论证，而后却逐渐神秘化。再譬如，明清时期的启蒙思想，远比前清时期的政治思想要进步得多。而民国时期的一些思想、理念，也是值得我们今人学习的。如何认识思想发展中的曲折，有哪些因素的影响，又是否存在一定的规律？这不仅对于认识传统的政治思想有帮助，而且对于找出当今的政治思想研究出路也将有所启发。
回避现实导致学科边缘化
在政治学科体系中，中国政治思想史是必不可少的一门学科，但又是边缘性的学科。造成这种境况的原因很多，譬如使用的概念、术语与政治学不接轨。但更重要的问题在于回避现实。
所谓回避现实，一是对古代思想的研究缺乏对现实的观照，往往为了研究而研究，很少涉及对于现代社会建设的意义。二是重古代轻近现代。研究者对古代政治思想探讨较多，也最成体系，但对于近现代的政治思想探讨较少，至于现代政治思想，尤其是新中国成立后的政治思想研究更多则是应景之作。三是对现代社会建设中的重大问题缺乏应有的关注。譬如当前面临的价值观混乱问题、公民的培育问题等，政治思想史研究理应提供更多的学理支持。
重思想轻历史
现有的中国政治思想史研究多注重政治思想逻辑内涵的研究，譬如研究某个人物，多注重其政治思想的内容分析，而轻历史的研究，历史研究中对学术渊源的探讨又超过了对时代背景的考察。因此，加强思想与历史的结合，一是指注重思想的发展史，厘清理论、概念的渊源、发展和演变过程；二是思想产生和发展的历史背景。
政治思想与历史的结合之所以非常重要，在于历史是为政治思想进行定位的。学术渊源的研究是为政治思想的内容进行思想定位，在思想发展的长河中找到某个人物或理论的位置。如果不注重学术思想的流变，会导致我们对政治思想的判断出现偏差。譬如，有关明末清初三大家的政治思想，有学者认为他们已经具备了启蒙思想，并据此断言中国如果没有清兵入关，自身是可以发展出资本主义思想的。但如果对思想的流变有更深的了解，就会发现三大家的一些思想（譬如人性论），先秦思想家早有论述，而做出判断就会更谨慎些。
历史背景的研究是为政治思想的内容进行时代的定位。如果不注重历史背景的考察，同样会导致我们对政治思想的判断出现偏差。多年以前，刘泽华先生曾经在一次哲学博士论文答辩中问到，“仁”的具体历史内涵是什么。哲学系的同学大为不解，其实，刘先生的意思很明显，那就是不能脱离具体的历史背景谈“仁”。政治思想如果缺少历史背景的支撑，容易使我们对政治思想的判断高估，夸大精神的力量。汉末清议的士大夫背后有太学这样的平台，除了三万太学生，还有门生、故吏、家族的支持。这意味着，他们并不是以单个的个体面对强大的权威。如果认识到此，我们就不会夸大汉末士大夫的精神力量。这一点也同样适用于对东林党的判断。
理论与方法滞后
再一个制约中国政治思想史研究的是理论与方法的滞后问题。改革开放以来，简单的用阶级分析、唯心唯物二分等机械的分析方法遭到了学术界的抛弃，但对于用什么理论研究中国政治思想史并未达成共识，于是深陷于从概念到概念、从术语到术语的分析。然而，理论是帮助我们看待问题的视角，视角的差异会导致对同一问题的看法出现差异，从而有助于研究的深入。缺少理论使我们的研究停滞不前。譬如，有的学者研究民本问题，争论古代的民本思想究竟与现有的民主思想有多大差距，但却很少关注到当今民主思想的发展问题。只有对西方的民主思想有着深刻的了解，才会对民本之争有较为公允的评价。
另一个问题是方法的落后。目前的研究方法主要是文献研究法，主要是从正史和人物著作中寻找材料，缺少对相关文学性材料的吸收。当年陈寅恪先生注重文学素材与史料的结合，得出了许多有影响的结论。而在中国政治思想史的研究中，研究多关注说什么，但对怎样说很少分析。譬如对皇帝的诏书和大臣的上书，分析重点在于内容，但对其格式以及背后的政治含义缺少分析。此外，访谈法、定量分析方法都还有待加强。尤其是涉及近现代的一些思想家，访谈法能够使我们发现更多的史料。
