尽管中国宪法明确规定公民享有宗教信仰自由的权利，但实际上公民的此权利有多少保障呢？这里面有三个问题问题值得思考：宗教组织和聚会形式如何被法律保护？其合法性如何体现？如果公民的宗教信仰权利缺失或得不到合法保护怎么办？

中国基督教在各地都有官方正式注册登记的组织，但也有更多未注册登记的组织，而官方仅认可“中国基督教协会”、“中国基督教三自爱国委员会”及其各省市县机构。该“两会”即“基督教两会”（或“基督教全国两会”），实际上是一个组织，两块牌子，基本上是一个机构一套人马；天主教也是如此，不过多一块牌子——“中国天主教爱国会”、“中国天主教教务委员会”和“中国天主教主教团”，即“两会一团”。

“基督教两会”名义上是基督教宗教团体，但实际上由官方控制和管理，甚至还有财政资助，但其并不代表基督教教会，更不能代表全中国基督教教会及各地的基督教教会。在《圣经》中，基督教教会是神所设立的教会组织——宗教组织，而不是什么“协会”、“委员会”等，“协会”、“委员会”是对社会而言，而不是对宗教及信众而言。中国的各种宗教组织的“协会”、“委员会”受政府管理和指导，而“教会”则只能以基督为中心，受基督的教导；前者可以接受执政党意识形态的领导和党的主义、思想，而“教会”只能接受基督的神的地位和基督教教义的教导。当然，基督要求信徒要顺服地上的权柄，基督徒需尊重和顺服政府，但政府也理当依据宪法和法律保护基督徒的信教自由和他们的聚会权利。

我们从另外一个角度还可以看到：事实上，中国官方并不许可“教会”注册登记，政府注册登记的名称都是基督教“协会”、“委员会”等。实际上中国并没有一个注册登记的“中国基督教教会”的宗教组织，只有“中国基督教协会”和“三自爱国委员会”。对于中国政府当局及各地宗教部门而言，“教会”之称谓是不规范和不合法的，也是不受法律保护的——虽然“教会”一词经常被使用。

从法律角度看，“协会”、“委员会”有章程，有注册地址、处所、财产、成立时间、负责人任命和政府批准文件，也有人事组织等分支机构等，受现行法律保护，但是，“教会”尽管也有地址、处所、财产、牧师、长老、执事及参与的信徒同工等，政府却不接受其注册登记，因而不受法律保护。举个简单的例子，比如某地基督教教会以教会名义购买主日礼拜聚会所用的房产，就会遇到很多困难，政府规定购买房屋必须是个人或法人机构，基督教教会（非“协会”、“委员会”）不被政府注册登记，因此也就无法购买房产，如果要买房，就只能挂在个人名下，或者挂在官方登记的“基督教两会”名下。还有银行账号和存款，也是一样，对于银行来说，任何人和法人组织都可以存款和贷款，但是官方未登记的基督教教会则无法以宗教组织或社团组织名义存款和贷款，也不能开设银行账户及设立基金会，如果开设账户也只能以个人名义。这说明各地基督教教会或组织，如果得不到政府的合法登记，就房产、财务等方面而言，其存在则困难重重。

在中国，宗教性组织受国家宗教部门和民政部门双重管理。各地宗教局专门设立有宗教协会管理办公室管理各宗教事务，如基督教、天主教、伊斯兰教、道教、佛教等等；但宗教性社团登记是在民政局社团登记管理部门。民主国家，任何人都可以依法注册登记，成立社团组织；仅需备案，而不需要经过政府的审查、批准；只要合法，有关部门必须予以注册登记。但是在中国，宗教性组织先要经过宗教局的审查和批准后，才能去民政部注册登记，之后才成为国家认定的合法组织，否则即非法。而只有官办的宗教组织才能通过宗教局的审查，凡民间宗教组织则很难通过宗教局的审查，甚至其根本不受理民间宗教组织的申请。没有宗教局的批准，就不能在民政局注册登记，而不注册登记，就是非法组织，因此中国民间未被政府登记注册的宗教组织统统都是非法组织，比如中国有成千上万的家庭教会，政府对之不仅不予承认、登记，而且将它们作为地下非法组织进行打压。在中国，政府依据法律有权查处任何未登记的自发的社团和宗教组织，并取缔该组织，有关负责人员还会受到轻重不一的惩罚。

设在北京的国家宗教局和国家民政部并不允许“中国基督教教会”注册登记，但由于县乡镇基层政府对社团组织管理混乱，实际上在一些经济落后的地方，一些官员对政策法规的理解有偏差，从而在审批宗教组织时很容易把“基督教协会”与“基督教会”混淆，因此有的小地方就批准注冊基督教会，特别是农村的基督教会，比如陕西省宝鸡市渭滨区宗教局和民政局就批准了一批基督教活动场所，比如“益门基督教会”（益门是个村集市的地名）。早在1983年，宝鸡市渭滨区政府就恢复了益门教会活动场所，1993年批准为合法宗教活动场所。这可能有历史原因——或其它因素，因为在信众和政府工作人员眼里，基督教就是“基督教教会”，而对“基督教协会”较生疏。但是，在管理比较规范和严格的省市宗教局和民政局，是不会把“基督教协会”登记为“基督教教会”的，尽管信众约定俗成把官方登记的聚会组织称为“教会”。

除了官方的“基督教三自两会”外，各地一些真正的“自传、自养、自治”的基督教教会，或称家庭教会、地方教会，他们都是本土基督教教会，几乎与境外甚至外地的基督教组织没有任何联系，而这些负责带领教会的敬虔的教会领袖和带领人，大多排斥向官方登记，因为《圣经》上没有这样的依据。

《圣经》马太福音16:18这样记录耶稣基督的话，他告诉门徒彼得说：“我还告诉你：你是彼得，我要把我的教会建造在这磐石上，阴间的权柄不能胜过他。”这是圣经第一次出现“教会”，指明是“我的教会”，即“耶稣基督的教会”，是建立在坚固磐石上的，教会的真正元首和负责人是耶稣基督，而不是地上的具体负责人，地方的具体负责人是服侍教会信众的，也被称为耶稣基督的仆人。按照教义，这样的教会是不需要请求地上政权批准的，因为这教会的建立是关乎灵魂得救的，世俗政权不能判定“灵魂得救”的合法不合法，这就是普世价值和普世文明的“政教分离”原则，因为基督教教义也明确表示：政权的归政权，神的归神。

《圣经》以弗所书5:23还强调：“基督是教会的头，他又是教会全体的救主”，以弗所书5:24-25还接着说：“教会顺服基督”，是因为“基督爱教会，为教会舍己”。更为清楚的是，耶稣亲自告诉门徒：“因为无论在哪里，有两三个人奉我的名聚会，那里就有我在他们中间。”（《圣经》马太福音18:20）既然两三个人奉耶稣基督的名聚会，耶稣就与他们同在，那么两三个人便可称为耶稣基督的教会。这样的教会是来自《圣经》中耶稣基督的教导，是不需、也不用向政府登记的，因为这样的聚会符合基督的要求，但并不一定符合政府当局关于社团组织登记管理的条件，所以也不可能会被政府当局批准登记。

因此，无论教会登记还是不登记，都各有其理由和依据。如果基督教教会基于银行账户、捐献、参与社会服务和社会管理的需要，可以向政府申请注册登记，如果政府不批准登记，那就是其政策和法规的错误，也是违宪的；如果教会不愿意注册登记，其也是合法的，也是依据《圣经》教导的，更是无可非议的，而政府应该依据宪法规定，保障宗教信仰自由，保护信众聚会的正常进行和安全。