1933年1月30日下午，杨杏佛先生在中国民权保障同盟北平分会成立会上说过一句沉痛的隽语：“争取民权的保障是18世纪的事情，不幸我们中国人活在20世纪里还是不能不做这种18世纪的工作。”更不幸的是说这个话的人自己却死在了国民党特务的乱枪之下，历史记住了这一不幸的时刻：1933年6月18日上午9时20分。对此杨杏佛先生是有思想准备的，翻开尘封已久的《杨杏佛文存》，我们可以读到这样的文字——“嗟乎，不自由毋宁死。今则争自由死，不争亦死”，“今日国内自私自利之徒满坑满谷，求其能舍身为国者竟如凤毛麟角”。1927年8月，他在《现代评论》发表的《牺牲与堕落》一诗中也说：“人们，你苦黑暗吗？请你以身作烛。用自己膏血换来的，方是真正光明之福。”
遇难前两天，他特意探望宋庆龄，带了他所收到的许多恐吓信，有些信中还夹有子弹，并转述了他听到的要杀他的一些口头警告。但是他并没有畏惧，没有退缩，而是坦然地面对了死亡，他把自己当成蜡烛，要用自己的膏血换取光明。
1933年6月18日是星期天，上海法租界中央研究院分院门外行人稀少，近8点钟时，杨杏佛带着14岁的儿子小佛出门，遭到国民党蓝衣社特务有组织的伏击。枪声一响杨杏佛立即扑到小佛身上，弹如雨下，他自己连中三弹，却保住了儿子的生命。附近一家汽车公司的职员贝柯克（俄国人）在流弹纷飞中闻声赶来，不顾安危将他们送到医院抢救，杨杏佛虽然双目未瞑，却已不能说话。9点20分，终因伤重气绝。那一年他不过40岁。这是一次早有预谋的杀戮，是坚持一党专政的国民党当局对杨杏佛他们呼吁民权的直接回应，纷飞的子弹回答了他们的呼号。
当天上午11点，蔡元培在中央研究院召开紧急会议，会连续开了7个小时，商讨善后问题，并致电南京政府要求立即缉拿凶手。宋庆龄获知噩耗，立即发表了严正声明，谴责这一暴行。19日，蔡元培对《申报》记者说：“杨为一文人，遭此非常变故，人民生命可谓毫无保障。”20日他率中央研究院全体同人举行公祭时，咽不成声地说：“人孰不死？所幸者先生之事业，先生之精神，永留人间。元培老矣，焉知不追随先生以去？同人等当以先生之事业为事业，先生之精神为精神，使后辈青年学子有所遵循，所以慰先生者如此而已。”
杨杏佛的事业就是科学与民权的事业，杨杏佛的精神就是五四追求的科学与民主精神。
1915年，陈独秀率先举起德先生、赛先生（即民主、科学）两面大旗，开创了五四新文化运动。差不多与此同时，在大洋彼岸的美国，一群怀抱科学报国理想的留学青年，他们后来大多成为有成就的科学家，如任鸿隽、赵元任、秉志、杨杏佛、胡刚复、竺可桢等一起发起成立了中国科学社（这是中国第一个综合性科学团体），举起科学这面旗帜。中国科学社酝酿发起于1914年夏天，1915年10月25日正式成立，并创办了《科学》月刊（这是中国第一个综合性科学刊物），1917年迁到上海，致力于普及科学知识，传播科学思想，在五四新文化运动中起重要作用，直到20世纪40年代末都是中国最有影响的科学团体和科学刊物，对推动中国现代科学事业功不可没。
对杨杏佛的死最伤心的也是科学社的同人和他在民权保障同盟的同志。中国科学社为他举行了隆重的社葬典礼，他的灵柩上覆盖着中国科学社的社旗。社友王季梁、胡刚复、丁巽甫、周仁等六位科学家亲自为他扶灵登车，车上满扎鲜花。灵车抵达万安公墓，仍由六人扶持下车，入土安葬。
从中国科学社到中国民权保障同盟，从两任孙中山秘书到出任中央研究院总干事，杨杏佛身上理想的激情始终没有泯灭。在他被杀害的1933年初，胡愈之在《东方》杂志发起“新年的梦想”征文，在回答“梦想中的未来中国”时，杨杏佛说：“我梦想中的未来中国应当是一个物质与精神并重的大同社会，人们有合理的自由，同时有工作的义务，一切斗争的动机和力量应用在创造和服务方面。物质的享用应当普遍而平等。”
在回答“个人生活中有什么梦想”时，他说，他个人生活的最大梦想，是希望建设一个儿童的乐园，使儿童都能受到教育，树立科学的人生观，成为未来大同世界的主人翁。
这不仅是杨杏佛1933年的梦想，也是他终生追求的理想。然而这一年的夏天，无情的子弹就击碎了他一切美好的梦想，击碎了一个理想主义者崇高而真诚的追求。暴力、杀戮是人类的天敌，也许它能得逞于一时，但蒋介石杀害杨杏佛、史量才、闻一多、李公朴（当然还有“四一二”、“一二·一”），和袁世凯杀害宋教仁、张作霖杀害邵飘萍、张宗昌杀害林白水……一样把他们的名字永远钉在了历史的耻辱柱上。
杨杏佛只活了40年，然而他走过的人生道路却是跌宕起伏、多姿多彩的。
杨杏佛一生中曾两度在孙中山身边工作，第一次是1912年，他在南京任总统府秘书处收发组长，被称为“青年才俊”。1925年春天，他辞去教育界的职务，随孙中山北上，再次成为孙先生的秘书。3月12日孙中山在北京病逝，他陪伴这位民国缔造者走完生命的最后一程，尤其在孙中山弥留之际那个霜寒月冷的夜晚，他闻到了孙中山先生最后的呼吸，心情激荡，悲急交加。孙中山去世后他任“总理葬事筹备处”总干事。
他一生中曾两度遇险，两度幸免于难。一次是1926年7月，蒋介石等在广东正式出师北伐。杨杏佛“负责北伐军在沪的地下工作”，在“总理葬事筹备处”内设立电台，“逐日将有关情报电达前方，以后被军阀孙传芳侦悉，令法捕房逮捕，准备移送华界处决，赖女律师郑毓秀及时向法方疏通释放，随后又借法军营电台通报。”（杨小佛《我父亲杨杏佛殉难经过》，《百科知识》1979年第2期）
“四一二”发生后，杨杏佛被扣押在上海警备司令部，差一点同被捕的共产党人一起枪决，幸获营救，这是他第二次幸免于难。
1912年他被公派到美国留学，先入康奈尔大学学机械工程，毕业后，又进哈佛大学商学院，专攻工商管理。留美期间，他和任鸿隽、胡适、梅光迪交往密切，被称为“四俊”。他参与发起组织中国科学社，创办《科学月刊》，担任编辑部长。
1918年10月学成回国，先后任汉冶萍公司汉阳铁厂会计处成本科科长、南京高等师范学校（东南大学前身）工科主任兼教授，一度想走实业救国和教育救国的道路。
1927年10月，大学院（全国最高学术教育行政机关）成立，蔡元培出任院长，杨杏佛为副院长。1928年4月，蔡元培创办并主持中央研究院，这是我国第一个综合性科学研究机构，杨杏佛出任总干事。这一时期，他大力支持社会学者调查上海日商纱厂的女工包身制和调查无锡、保定及东北的农村经济。1931年他到江西进行了几个星期的实地调查，写成一篇客观的考察报告《TheCommunistSituationinChina》发表在7月19日的英文报纸《字林西报》上，中文本在《民国日报》（7月17日至21日）连载时题目译为《赤祸与中国之存亡》。报告分三部分，第一部分回顾了中国共产主义运动的历史，第二部分报道了8个苏维埃区域的情况，第三部分介绍江西苏区红军成长的过程和三次反“围剿”的状况，结论指出“围剿”只能是治标的办法，只有避免内战，实现真正的三民主义，才能建成独立自由的中国。文章发表后，当局极为震怒，刚刚印好的中文合订本尚未全部分发就被收缴销毁。无疑这篇考察报告在当时产生了极大的影响，美国记者斯诺正是看到这篇报告，才激发了亲自去苏区采访的强烈愿望。他在《西行漫记》的注文中还专门提及这篇报告对他的影响，这也是杨杏佛后来遭到暗杀的主要原因之一。
“五卅惨案”发生后，杨杏佛在上海创办《民族日报》，一边咯着血、与肺病抗争，一边坚持采访、编辑、校对，他几乎每天撰写社论。从6月10日创刊，到25日停刊，虽然这份报纸只存在了16天，却在五卅运动中发挥了独特的舆论作用。
1925年9月，他领衔发起中国济难会，发起人中包括了张闻天、恽代英、陈望道、杨贤江等著名共产党人，于右任、戴季陶、李石岑等著名国民党人，以及郭沫若、茅盾、郑振铎、周予同、丰子恺等作家、学者、艺术家，杨杏佛在济难会上海总会成立会上被选为审查委员之一。济难会“以救济爱国运动和被难者为宗旨”，不遗余力做了大量救援、抚恤工作。
1927年，担任国民党上海市党部执行委员、宣传部长的杨杏佛积极支持共产党领导的上海工人武装起义。他被提名为上海市民大会十五名主席团成员之一。共产党在巴黎出版的《救国时报》在《上海起义的中心人物》文中称他的工作“大有助于上海起义的伟业”。
1932年“一二八”事变中，杨杏佛集合上海科研人员组织“技术合作委员会”，协助军队处理技术性工作，协助宋庆龄创办“国民伤兵医院”，大力抢救伤员。
发起成立中国民权保障同盟是他最后的辉煌。1931年邓演达被杀后，大约在1932年夏秋之际，宋庆龄开始考虑成立“专以保护及营救所有政治犯”的人权组织。这年12月18日，宋庆龄、蔡元培、杨杏佛等五人联名发表宣言，发起中国民权保障同盟，29日召开中外记者会，宣布正式成立。宋庆龄当选为主席、蔡元培为副主席，杨杏佛为总干事，负责具体事务。这是中国历史上第一个非政府的民权团体。它的诞生不是偶然的，首先是宋庆龄作为“国父”孙中山先生的夫人所享有的独一无二的地位，她被誉为“活的中国最卓越而辉煌的象征”，她在以三民主义为立国之本的中国所拥有的巨大感召力是任何其他人无法替代的，蒋介石既以孙中山继承者自居，就不能不有所顾忌。蔡元培的道德威望也如日中天，不仅在中国教育界、科学界、政界，在广大知识分子和青年当中，在国际上也有很大的影响力。但如果缺少了杨杏佛的热情、执著和实干精神，他办事的干练，同盟的工作恐怕也要大打折扣，至少不可能具有这样的效率，在短短半年中做了大量工作，成效卓著，影响巨大，让当权者忍无可忍，终于动了杀机。
蔡元培当时享有崇高威望，但是年过六十，精力有限，他的性格属于宽容迂缓。仅不惑之年的杨杏佛则年富力强，精明强干。蔡元培曾说过“正可以杨杏佛之长补我之短”，还说他是“勇于任事、努力服务之人”。在中央研究院是这样，在民权同盟也是如此。这位总干事名副其实，真正是干事的人，而且更重要的是杨杏佛与宋庆龄、蔡元培的渊源都极深，互相信任，杨在1912年和1925年两度出任孙中山秘书，1925年随孙中山北上时，宋庆龄也随行，他们那时就相识。后来他任“总理葬事筹备处”总干事，和宋庆龄也多有接触。1927年蒋介石上台后他们的政见比较一致。1932年他还协助宋庆龄创立了“国民伤兵医院”。杨杏佛比蔡元培年轻二十岁，虽然不知道他们何时结识，但1927年大学院成立以来他一直协助蔡工作，“待蔡如长辈，两人共事合作无间”，六年如一日，他是蔡的得心应手的主要助手。
作为同盟总干事，杨杏佛几乎参与了所有重大的决策与活动，并南北奔波，鞠躬尽瘁。他的工作大体上主要有这样几个方面：
营救政治犯。同盟成立前以个人身份参与营救牛兰夫妇和陈独秀等政治犯，同盟成立后以同盟名义营救了大批政治犯，如廖承志、许德珩、陈赓、丁玲等等。
发表宣言、声明，传播民权、民主思想。抗议、谴责践踏人权的行为。如抗议枪杀新闻记者刘煜生，如到德国领事馆递交抗议书，谴责希特勒政府迫害犹太人和其他人士的行径。举行记者招待会，发布消息。筹建上海、北京等地的分会组织。调查监狱政治犯状况。
负责同盟决议的实施。邹韬奋说“杨杏佛先生是总干事，决议案的执行当然偏重于他，他又热心干事，所以会务的进行很积极。杨先生平日的私人行为也许不尽人意，但是他为保障民权努力，为保障民权运动而牺牲了他自己的生命，就这一点说，他的死是值得永远纪念的。”
如果说宋庆龄、蔡元培是民权保障同盟的精神领袖或者说灵魂人物，那么杨杏佛就是同盟的实干领袖，是实干家。用邹韬奋的话说蔡先生“负党国重望，对于构成国家民族奠基石的优秀青年及人才尤爱护不遗余力。孙夫人向来主持正义，国际闻名。”独裁者“虽然胆大妄为，但对于党国元老如蔡、孙，究竟不敢遽下毒手”，所以他们就先选择杨杏佛下手了。他虽然也是大有功于国民党，有功于国家的人，但在蒋介石他们看来，他毕竟与宋庆龄所拥有的崇高声望、特殊地位无法相提并论，杀了他既可达到威胁宋庆龄他们、瓦解同盟的目的，又不至于引起轩然大波。
杨杏佛的死让民族精英们万念俱灰，在上海，于右任老泪纵横，鲁迅不顾当局流言的威胁参加了入殓式，在悲愤交加之中写出“岂有豪情似旧时，花开花落两由之。何期泪洒江南雨，又为斯民哭健儿”的诗句。在杭州，郁达夫闻讯写下《闻杨杏佛被害感书》：“风雨江城夏似春，闭门天许作闲人。恩牛怨李成何事，生死无由问伯仁！”在北京，许德珩奋笔写下《哭杨杏佛先生》：“天暗暗兮我心悲伤！血洒江南兮众情激荡！……”
杨杏佛留下的遗著有《杨杏佛文存》、《杨杏佛讲演集》、《社会改造思想大纲》，还有日记、家书和诗词稿《康桥集》。他的思想即使在他殉难68年之后的今天也没有过时。沧桑巨变，早已换了人间。我们早该整理出版杨杏佛的全集，发扬这位“为人权流血第一人”、中国科学社主要发起人的精神，继续他未竟的理想，全面推动本民族的现代化进程。
独裁者的逻辑就是暴力的逻辑。他们往往不知道，一个只能依靠杀戮来维持自身权力的政权是绝对不能长久的，一个戕害自己的优秀儿女的民族是没有希望的。杀害了杨杏佛、史量才、闻一多等民族精华的国民党政权，在杨身后不到16年就在大陆崩溃了。但是杨杏佛被杀，尽管宋庆龄发表声明要继续民权保障事业，同盟在失去了这样一位出色的活动家之后，实际上也就瓦解了。就如当年袁世凯杀宋教仁，瓦解了国民党一样。
