在中国现代史上傅斯年与陈独秀是道不甚同，交往不多的五四新文化运动的名人。二位的同代人曾说，傅斯年与陈独秀都是“急进的自由主义者”（程沧波：《记傅孟真》），但那是就思想倾向上而言，从现实上看，傅斯年对共产主义向无好感，而陈独秀恰恰是中国共产党的创始人和前五届的书记或总书记。他们至少从1920年到1932年之间，分处于政治旋涡的两极，各自行事，无所交集。
1920年以前，关于傅斯年与陈独秀交往的记载也很少。在北大，陈独秀是著名教授、文科学长，而傅斯年是国文门的著名学生，现在能够看到的，是《知堂回想录》中所载，说陈独秀初曾怀疑傅斯年是黄侃等北大旧派教授“派来做细作的”（《知堂回想录》，香港三育图书文具公司1980年版，第377页）；而傅斯年、罗家伦等人创办《新潮》杂志时，陈独秀爽快答应经费由校方负担，颇解傅等囊中羞涩之尴尬，让学生们也略感意外。
傅斯年最早发表在《新青年》上的文章是《文学革新申义》，刊1918年1月15日出版的4卷1号。《新青年》从第4卷开始实行轮流主编制，但4卷1号正是陈独秀负责编辑的。以后，傅斯年陆续发表了几篇文章，或由钱玄同，或由陶孟和编辑发表在《新青年》上，其所关心的问题，亦与陈独秀等新文化运动老师辈们相一致。
戏剧性的场面出现在“五四”学生运动“火烧赵家楼”事件之后。傅斯年由于不满学生的过激行为而离开运动中的同学，随后由山东公派出洋；陈独秀则以大学教授身份在6月11日，替学生出头，散发传单，用行为支持学生，因此被捕。傅斯年由里而外，而陈独秀由外而里，恰代表了“五四”后新文化人士学术研究与现实政治的两个不同的取向。
以后，差不多有二十年时间，傅斯年与陈独秀各自在自己的领域里奋斗，少有接触。1932年10月，陈独秀在上海岳州路永吉里11号寓所被公共租界捕房探员逮捕，消息一出，全国哗然。1933年2月5日，陈东晓在其编辑出版的《陈独秀评论》（北平东亚书局1933年3月版）一书序言中写道：“陈独秀的被捕，这乃是目前中国政治上一件非常重大的事件。我们只要看在陈独秀初被捕以至移送法院的那几天，全国各地报纸无一不以陈独秀的标题而作社论，甚至一次再次，表示全国舆论对于陈独秀案的重视。尤其在青年界以至党人中，无论其最近的思想变化如何，他们在过去的时候大半都受过陈独秀的影响，因此，对于今日的陈独秀案也就加以特别的注意。”
陈独秀既是现代中国思想界的名人，也是政界的名人，他的被捕引起人们的热议也是势所必然，并不稀奇。这些议论中，要将陈独秀处以极刑者自然是国民党中之少数极端保守派，而身处国民政府内外的陈独秀的朋友们则晓以大义，为陈说情，要求从宽处理，也可以想见。最让人感兴趣的是第三种意见，即自由派中，胡适、傅斯年等人的意见。而这中间又以傅斯年在《独立评论》第24号发表的《陈独秀案》最为典型，也最有意味。
陈独秀10月15日被捕，17日在公共租界捕房受审，其反对引渡的申请被判无效后，20日被押解至南京，而傅斯年的《陈独秀案》刊出的时间是30日，距离陈被捕也只有半个月，如果除去《独立评论》印刷的时间，傅斯年的文章很可能是得知陈独秀被捕的消息后，立即着手写作的，显然情况紧急，容不得半点耽搁。
然而，傅斯年发出的这第三种声音并不因为时间紧迫就失去了它的独到和理性。陈东晓说：这第三种声音“虽未直接提出对于陈独秀应如何处置，可是，在他们的字里行间，一方面着重于陈独秀个人在近代中国历史上所有的功绩，另一方面要求政府以法治精神处理此案”。因为此前，蔡元培、杨杏佛、柳亚子等人致电国民政府，从“情”的角度为陈独秀开脱，说“犹望矜惜耆旧，爱惜人才，特宽两观之诛，开其自新之路”已经受到《大公报》的批评。《大公报》的社评指出：“陈独秀是一个领袖，自有他的信仰和风格，所以只须给予他机会，叫他堂堂正正地主张意见，向公众公开申述，这正是尊重他爱护他的道理。如果用哀恳式的乞怜，感情式的缓颊，在法律以外去营救他，倒反转辱没了这位有骨头有意识的老革命家”。
其实，陈独秀个人对被捕之事倒也坦然。他也发表声明，表示“愿尊重国家法律，望政府秉承大公，不参加个人恩怨，法律判我是罪有应得者，当亦愿受”。
虽然是急就章，但傅斯年的《陈独秀案》是在认真查阅了陈独秀的相关资料后才下笔的。文中不少处都是从陈独秀在《新青年》上发表的文章中直取原文，没有认真查阅的工夫，是不可能完成的。
傅斯年首先从彼时国民党政府所实行的法律上立论。他认为，如果陈独秀是在江西或湖北中共苏区中被捕，“他是现行犯”，但现在陈是在公共租界被捕，又已经被中国共产党开除了党籍，从法律上看，既不属于“现行犯”，也与国民党所不能容忍的中共政治犯有别。当然，傅斯年不是法官，也不是执业律师，他也不想给人造成直接影响司法的印象。所以，他说，陈独秀“现在是不是现行犯自有法律决定，但他背后没有任何帝国主义，白色的和赤色的，是无疑的。”
从法律上去立论，在傅斯年也是有原因的。一方面，傅是自由主义者，他并无超越法律的意愿；另一方面也因为陈独秀被捕后，国民党中少数极端保守派恨不得以特殊政策，先斩后奏，处陈以极刑；或者以军事法庭来审理，秘密定罪，军法从事。广州的《民国日报》就接连发表文章，视陈犯“危害民国罪”无疑，主张“处以极刑，勿稍宽纵”。所以，傅斯年特别强调要将陈独秀移到普通法庭，公开审理，以便做到“最合法”。
但是，在对陈独秀的身份认知上，傅斯年与同是自由主义者的胡适却并不合拍。就在傅斯年为陈开脱，说陈此刻不是共产党时，胡适却仍认定陈独秀是信仰马克思主义的。他10月30日在北京大学题为《陈独秀与文学革命》的演讲与五四期间陈独秀被捕后写的《爱情与痛苦》一样，自然也是为陈的被捕而鸣不平的，但在演讲中，他说，20年代以后，陈独秀“已经转到马克思主义那方面去了”。大概在胡适这样讲宽容、容忍的自由知识分子那里，仅仅是转向马克思主义或信仰马克思主义这一点并不构成什么罪状。看来，胡适的“政治经验”确实不如傅斯年丰富。
傅斯年当然想到，国民党政府控制的法庭给陈独秀定罪、判刑已属必然，他只是希望在量刑上能够有些灵活度。他之所以详细列举陈独秀在近二十年中国革命史上的作用，也是在法律可能松动的前提下加以争取。在这里傅斯年把“革命史”的外延扩大到“一切政治的、思想的、社会的、文艺的相互改革”。他说，“否则革命只等于中国史上之换朝代”。
傅斯年不愧为史家，他既可以运用历史的资料，践履他的“史学只是史料学”的主张，而且也可以他卓越的见识，解读历史人物所做出的贡献。陈独秀参与辛亥革命的事迹，傅斯年了解甚多，像1913年反袁世凯称帝失败后，流亡日本的陈独秀所过的“穷得只有一件汗衫，其中无数虱子的生活”也提到了。而傅斯年更是将反袁的政治意义扩展到社会革命的意义上去。这也让人想到他自己“五四”时曾努力鼓吹过的“社会革命”。
傅斯年从陈独秀《袁世凯复活》一文中转引了蔡元培1916年9月15日在《旅欧杂志》第3期上发表的《对于送旧迎新二图之感想》中的看法，以为袁世凯不仅代表了帝制，也代表着旧社会的三种力量，即官僚、学究、方士。“畏强抑弱，假公济私，口蜜腹剑，穷奢极欲”，此为官僚之黑暗；“天坛祀帝，小学读经，复冕旒之饰，行拜跪之仪”，可见学究之顽旧；“武庙宣誓，教会祈祷，相士贡谀，神方治疾”，而表方士之迂怪。蔡元培还在此文中，谈到袁世凯称帝时的社会心理，他说：“中华民国约法，有责任内阁之制，而当时普遍心理，乃不以为然。言统一，言集权，言强有力政府。于是为野心家所利用，而演出总统制，又由总统制而演出帝制。此亦崇拜总统、依赖总统之心理有以养成之。”陈独秀创办《青年杂志》（《新青年》）虽是从青年入手，却不仅是为了打倒这三种旧势力，以“洗刷这千年的瑕秽”，而且伦理革命、思想层面变革，也是为了根本上改变中华民族的集体无意识。
新文化运动从伦理革命开始，这也是受民国初年如袁世凯称帝，康有为、陈焕章等向国会申请定儒教为“国教”以及政治活动上诸多黑暗刺激的结果。在传统相当浓厚之时，提倡反传统的新伦理遇上反弹是必然的。傅斯年描述说，那时陈独秀等人的反孔教“在南在北都受了无数的攻击、诽谤、及诬讥”。但陈独秀对中国革命的贡献也正在这里，“因为新的政治决不能建设在旧的伦理之上，支持封建时代社会组织之道德决不适用于民权时代，爱宗亲过于爱国者决不是现代的国民，而复辟与拜孔，家族主义与专制政治之相为因果，是不能否认的事实。”傅斯年强调说，“独秀看出徒然政治革命必是虎头蛇尾的，所以才有这样探本的主张”。
新文化运动时期的白话文运动始自1917年胡适《文学改良刍议》一文在《新青年》第2卷第5号上的发表以及随后陈独秀《文学革命论》的推波助澜。胡适、陈独秀在其中的功劳是无可抹煞的。但作为当事人，胡适、陈独秀之间在一些谈话或文章里，对此也多有谦让。1923年陈独秀在《〈科学与人生观〉序言》里是把白话文运动说成是“胡适之陈独秀一般人闹出来的”，他把胡适排在自己前面，晚年在《蔡孑民先生逝世后感言》中又说五四新文化运动虽然是“中国现代社会发展之必然的产物，无论是功是罪，都不应该专归到那几个人；可是蔡（元培）先生、（胡）适之和我，乃是当时在思想言论上负主要责任的人”。而此次陈独秀被捕后，胡适的《陈独秀与文学革命》则有意突出陈独秀的功绩。他把陈独秀对文学革命的贡献归纳成三点，即一、从语言工具的改革变成了文学革命；二、“把伦理道德政治的革命与文学合成一个大运动”；三、“他一往直前的精神，使得文学革命有了很大的收获”。
当事的提倡白话文领袖之间的相互谦让，多少反映出新文化运动的基本情况和他们自身的个人美德。作为跟随老师辈参与新文化运动的学生一辈，傅斯年虽有局内人的拘泥，却也有领袖们所不具备的局外人的客观。
他以为，白话文运动创于胡适之，而拓展其内容的则是陈独秀。白话文运动初期所寄望的工具改革，并不能从根本上达到剔除传统的负面因素以及传统的现代转型的目的。因为作为工具的白话“终不过是个寄托物。用白话来做写实主义的文学固然方便，用他来做古典主义也未尝不可，用他来写人道主义固然方便，用他来写萨胧生活也一般方便”。而陈独秀“开头便看得透辟，以为文学革命之凭借第一是用白话以代古文，第二是借欧洲新文艺之真实，以代中国传统文学之虚伪，所以当年文学改革运动不仅是个形式主义，且是一个质料问题”。
仅限于这样客观评价陈独秀，显然不够。陈独秀正面临着“军法处置”的可能，其生命危险随时存在。而在国民党内极端保守派以及极端守旧的地方军阀眼里，陈独秀不仅不革命，实在是个“反革命”。傅斯年现在要澄清的不只是历史事实，而且还要引导人们历史地看问题。作为一代史家，傅斯年的史识非一般人所能比。事实上，当时许多即便是为陈独秀辩护的人，也未见得都认识到陈独秀在中国革命史上的功绩。
历史地看问题与政治地看问题是不同的。历史讲传承、讲语境，政治则只讲现在的是与非。按照1927年国共分裂之后国民党的标准，曾是共产党创始人和前五届主要领导人的陈独秀自然被视作“反革命”。然而，傅斯年解释说，《新青年》第6卷起渐渐注重社会问题，到第7卷开始重视民众运动，而陈独秀“创此路径，只可看做前驱，不得视为反动”。因为1924年国民党改组以后，“国民党自身对民众运动之注意，特别在劳工运动上，不在共产党之下”。
1932年陈独秀被捕后，国民党极端保守派控制的报纸也迫不急待地将陈的“老底”揭开，用陈独秀以前的三次被捕来证明其“反动”的一贯性。傅斯年对此的解释仍是历史性的。他举“五四”学生运动后期，即上文提到的1919年6月11日陈独秀因支持“五四”学生运动被北京警察厅捕去一事为例，说陈独秀那次被捕“只是因为反对北洋安福之卖国行动，而捕他者恰是国民党所要打倒之军阀”，这又谈何“反动”？针对有报纸由陈独秀而涉及到李大钊，更是引发他为老师李大钊鸣不平的愿望。他在文中指出：“李虽是共产党员，然他是诚心与国民党合作之人，他死在帝国主义与张作霖合作的手中，死在国民党清共之前，然则他虽为共产党而死，也为国民党的事业而死，是被害，不是就刑！”他接着问道，如果现在国民党仍以为1928年奉系军阀张作霖杀得对，“今之国家岂不承袭了张作霖的正朔呢？”
傅斯年此刻虽是作历史的解读，但历史与现实又如何能够分开呢？作为自由主义者，傅斯年并不赞同共产主义，但他严守着宽容原则和法治精神。他希望国民党政府将陈独秀案由军事法庭交给地方法院，并且公开审理，他说，“我并不要求政府非法宽纵”。不过，在法律允许的情况下，傅斯年也没有排除“近情理”的可能性。所以，他也希望社会上非守旧的人士对陈独秀加以充分之考量，在法庭中判决有罪时，“不妨依据法律进行特赦运动”。他虽然强调“政府以其担负执法及维持社会秩序之责任，决无随便放人之理”，但他更担心国民党“在今日一切反动势力大膨胀中杀了”陈独秀“这个中国革命史上的光焰万丈的大彗星”。
傅斯年的政论在当时也引起过国民党正统派的非议。但诚如程沧波在《记傅孟真》中所言，傅斯年不是玩政治的政客，他对谈政治也会有厌倦，但“他的谈政治，多少是激发于一种正义，出于奋不顾身的一击”。程氏还把傅斯年看作是中国士大夫中的“通才”。他在《再记傅孟真》中说，中国的士大夫不代表哪个阶级的利益。他们的意识必然注重“公平”的原则，更没有忽视了“进步”或“改造”的需要，“自强不息”就是天天求进步，谋改进。士大夫没有“既得利益”，士大夫是要打破“既得利益”的。
在陈独秀被捕之初即有人在报刊上公开呼吁仿一年前的“牛兰案”进行处置。事实上，陈独秀所被监禁之地，也正是共产国际联络部在上海负责共产国际与中国共产党之间秘密转交文件、经费的乌克兰人亚可夫·马特耶维奇·鲁尼克（牛兰）及其夫人曾经监禁之所。而从军事法庭转向地方法院，由地方法院公开审理，至少在处置方式上也有相似之处。
被江宁高等法院判13年期有期徒刑后，陈独秀在南京老虎桥第一模范监狱服刑。由于监狱长年轻时对陈独秀颇崇拜，所以给予一切优惠待遇。陈独秀不仅可以自由读书、写作，而且可以自由会客。像胡适、蒋梦麟、段锡朋等老朋友、老学生都曾去监狱探望、慰问。1932年，傅斯年人在北平，主持中央研究院历史语言研究所工作，并在北京大学兼课，事务繁忙，交通也不便，他尚无机会前去探望。1936年，傅斯年移家至南京，才有了这种可能性。
1937年“八一三”淞沪抗战爆发后，日军飞机空袭南京，陈独秀所在监狱被炸，他所住监房坍塌，而此时又经胡适的极力争取，国民党终于10天后释放了陈独秀。8月23日，陈独秀出狱之时，傅斯年正好前来探望，他把后者接入家中暂住。这也是两人最后的交往记录。
但陈独秀在傅斯年家住了不满十天，他们的交往、交流则可能更短暂。其时，前方吃紧，南京城处于忙乱之中。傅斯年不仅是历史语言研究所所长，还兼任中央研究院的总干事，他整天忙于中央研究院院务和历史语言研究所的整体内迁、文物转移工作，并且很快随所内迁。所以，在傅宅附近遭日军飞机轰炸之后，陈独秀遂转居陈中凡家中。
傅斯年的历史语言研究所及所中文物先是迁住南昌、长沙，文物后转运重庆大学，研究所则迁至云南昆明。1940年冬，历史语言研究所迁往四川南溪县李庄。一年后，傅斯年家也搬至李庄。其间，傅斯年曾几次赴重庆参加国民参议会的大会，但似乎并未前去江津探访陈独秀。
对于晚年陈独秀回归新文化运动的基本立场，胡适非常兴奋。他把陈独秀称为“终身反对派”，与傅斯年说陈独秀思想中存在“尼采层”，即陈独秀“最不能对中国固有不合理的事物因循妥协”恰相吻合。胡适还将陈独秀晚年的部分书信、文章汇集成册，名之为《陈独秀的最后见解》，交由自由中国社出版部出版，并在太平洋中开往美国的威尔逊号上为此书作序，罗列陈之主要观点，对此颇为认同，大加赞赏。
与此时胡适主要从自由思想的回归上理解晚年陈独秀不同，在1952年12月20日傅斯年逝世两周年纪念会上，胡适更多地是从思想文化上肯定傅斯年的贡献。他在《傅孟真先生的思想》的演讲中指出：
“他（指傅斯年，下同——引者）晚年的思想，值得大家注意。我们也可以说，他从《新潮》时代以来三十多年中，只有一句话，就是希望国家近代化。反过来说，就是反中世纪主义；不要以中古时代的思想拿来误国误民，阻碍国家的前途。他说：民族的自信心是必须树立的；但是，与其自信过去，何如自信将来，而一步一步的作我们建国的努力。……我们的国粹运动，如果无节制的发挥出来，只是妨碍我们国家民族的近代化，其流弊是无穷的。”
1950年代，台湾的文化保守主义力量逐渐抬头，演成风气，胡适此时说这番话也多少有些针对性。但无论胡适、傅斯年，还是陈独秀，他们之间的思想差异有多大，在反对单一的传统崇拜，反传统中的负面因素，以使中国文化获得现代性转型的意见上是一致的，并且是各自一生都未曾改变的追求。
