疆域空前的元帝国
１３世纪初在中国范围内存在着七个分裂的政权或区域：蒙古地区、西辽、西夏、金、南宋、大理、吐蕃地区。这七个单位中，五个是由一个政权统治着的，其中又以宋、金统一程度最高；吐蕃和蒙古地区内部也是分裂的。但将这七个单位统一起来的历史任务却由蒙古完成了。
蒙古族领袖奇渥温铁木真于１２０６年首先统一了蒙古各部，被称为成吉思汗。成吉思汗四年（１２０９年）蒙古进攻西夏，围国都中兴府，迫西夏求和而去。又攻西辽属国畏兀尔，取得今新疆乌鲁木齐、吐钽番和哈密一带。六年（１２１１年）攻取西辽另一属国剌钽，将疆域扩展到今巴尔喀什湖以东地区。同年秋，蒙古进攻金国，不久就攻入居庸关，威胁金的中都（今北京），并攻陷了今山西、河北、山东、河南大批州县。九年（１２１４年，金贞祜二年）初，蒙古军进抵中都，金宣宗求和，成吉思汗退兵。五月，金宣宗迁都南京（汴京，今河南开封）。蒙古军再次南下，并在次年二月破金中都。
十三年（１２１８年），蒙古军杀及蛮王屈出律，原西辽疆域全部由蒙古占领。蒙古军又先后攻下河东（今山西）、河北和山东。至成吉思汗十六年（１２１１年，金兴定五年），金黄河以北土地基本上已落入蒙古手中，只剩下河南的半壁江山了。二十一年（１２２６年），成吉思汗亲自率军攻西夏，夺取甘、肃等州，次年六月灭西夏。七月成吉思汗病死在清水（今甘肃清水县）行营。
他的儿子窝阔台汗（元太宗）继位后，继续对金的进攻，并与南宋议定南北夹击。六年（１２３４年）正月，蒙、宋军破蔡州（今河南汝南），金哀宗自杀，末帝死于乱军，金亡。同年窝阔台就与臣下议定攻宋，蒙古军袭败北上宋军。此后，灭宋的军事行动持续了四十多年，在长江小游的四川、中游的襄阳和淮河中游，战争进行得尤其激烈。蒙哥汗（元宪宗）二年（１２５２年），命忽必烈征大理。次年攻破大理城。四年大理国主段智兴被擒，大理国亡。
大约在此前的乃马真后三年（１２４４年），吐蕃宗教领袖八思巴的叔父萨斯迦班智达曾会见过蒙古的大将阔端，表示接受蒙古大汗的管辖；但一部分吐蕃贵族不愿服从蒙古。因此在灭大理后，蒙古军进入吐蕃，镇压了不服的贵族，完全控制了吐蕃地区。
在攻占了襄阳，夺取了四川大部以后，元世祖至元十一年（１２７４年，宋咸淳十年）下诏伐宋，发动全面进攻。至元十三年（宋德祜二年）正月，元兵逼近临安（今浙江杭州），宋廷奉表投降。尽管文天祥、张世杰等在继续抵抗，但终于回天无力，到十六年（宋祥兴二年）在崖山（今广东新会南海上）战败，宋朝的残余势力也覆灭了。
从消灭南宋残余势力的至元十六年开始，到元末红巾军起并形成割据的至正十二年（１３５２年），元朝的统一局面维持了七十三年。
从成吉思汗十五年（１２２０年）进行第一次西征开始，蒙古帝国的疆域迅速扩张到中亚、西亚直至欧洲。成吉思汗晚年实行分封，将今天山、阿尔泰山、额尔齐斯河以西的土地都封给了三个儿子。由于大家服从成吉思汗，帝国还是统一的。窝阔台当大汗时，也还可以指挥各部。但到蒙哥（宪宗）、忽必烈（世祖）时，各部已不相统属，互相争夺大汗的位置，蒙古帝国分裂成元帝国与三大汗国。
从元朝开始，整个青藏高原成为中原王朝的一部分，与中国其他部分结成了一个不可分割的整体。根据吐蕃地区普遍信奉喇嘛教的实际，元朝将它划归掌管全国佛教事务的机构－－宣政院（至元初设时称总置院，二十五年改名）管辖；并根据当地需要设分院驻理。这些机构有的管理军事，有的办理民事，有的兼管军民。因此尽管元朝在吐蕃地区实行不同于汉族地区的政策，但同样建立了一整套行政和军事机构，行使着完全的主权。
除了今新疆地区的较大变动外，元朝的疆域是稳定的：在北方，西起今额尔齐斯河，东至鄂霍次克海。在东部，拥有今朝鲜半岛的东北部。在西南，包括今克什米尔地区以及喜马拉雅山南麓的不丹、锡金等地，今缅甸东北部和泰国北部。
与汉、唐极盛时期的疆域相比，元朝不仅在面积上大大超过了它们，而且在控制程度上也远胜于它们。除了吐蕃地区以外，元朝在全国都设置了行中书省（简称行省），其中包括汉唐时从未正式设置过政区的阴山山脉和辽河以北地区。
退缩中的明朝
１３６８年（元至正二十八年），朱元璋在应天府（今南京）称帝，国号明。同年八月，明军攻占元大都，元帝北走。洪武十五年（１３８２年），明军平定云南。至此，除了元残余势力（北元）据有蒙古高原及其西北地区以外，明朝基本上继承了元朝的疆域。但明朝的疆域并不稳定，尤其是在北方和西南，处于收缩的趋势。
在东北方面，明初是以恢复元朝的疆域为目标的。特别是由于在朝鲜半岛的王氏高丽是亲元的，所以明太祖坚持以铁岭为界，在朝鲜半岛的东北部设置了屯驻军队的卫、所，与高丽发生过冲突。但到洪武二十五年，高丽由李氏取代，改而奉行亲明政策。因此明朝不再坚持在朝鲜半岛设置卫所，将这些卫所撤到鸭绿江以北，从此鸭绿江成了中国和朝鲜的界河。
在东北女真等部族地区，明朝陆续设置了一批羁縻卫、所，用以统治或控制当地民族。永乐七年（１４０９年）设置了奴尔干都司，管辖约三百多个羁縻卫、所；边境约包括今黑龙江、乌苏里江、松花江流域，北至外兴安岭以北。永乐九年又征服了苦兀，辖境扩大到库页岛（萨哈林岛）。由于属于羁縻性质，所以都司对各下属单位的控制程度差异很大，同一单位前后也不一样。
在北方，为了打击和消灭元朝的残余势力，明军不止一次发动进攻。洪武时的北界推进到了今西辽河、沙拉木伦河、内蒙古克什克腾旗、查干诺尔、阴山山脉和贺兰山一线，并设置了不少卫、所。但以后陆续后撤，到宣德五年（１４０３年），在今北京、河北、山西境内的明朝北界已经退到了长城。在今陕西、宁夏和甘肃境内的明朝疆域也是以长城一线为北界和西界了。
明朝初年，安南发生内乱，黎苍篡夺了陈氏的王位，又以陈氏绝后欺骗明朝，获得了明朝册封。不久，寮国将故安南国王之弟陈天平送到，明朝于永乐四年（１４０６年）送陈回国，被黎氏所杀。于是明朝派兵攻入安南，俘获黎苍。在没有找到陈氏子孙的情况下，于永乐五年在安南设置了交趾布政使司，置为明朝的正式政区。
但是越南脱离中国已经有四百多年，并不存在重新并入中国的充分条件，明朝的统治受到当地人民的反抗。加上一些官员处置失当，更使冲突激化。尽管明朝不断采取军事镇压，还是无法支持下去，终于在宣德三年（１４２８年）撤销交趾政司。
明初，在云南布政使司下除了正式府州外，还设有南甸、干崖两个宣抚司和十个宣慰司，以后逐渐形成了“三宣（宣抚司）六慰（宣慰司）”。明朝对它们的统治方式和控制程序并不相同，但它们都是明朝疆域的一部分。“三宣六慰”的范围除了今国内部分外，大致还包括今缅甸那加山脉、亲敦江和伊洛瓦底江以东地，泰国和寮国的北部。
１５３１年（明嘉靖十年），缅甸东吁王朝建立，逐步统一缅甸，并不断进攻明朝所属的土司。至十六世纪三十年代，“三宣六慰”全部落入缅甸手中。明朝出兵反击，收复了部分失地，并加强了边区的防守。但“六慰”中除寮国之外都已为缅甸所有，明朝仅保住了“三宣”。至此，明朝在今国界外的疆域主要还有：伊洛瓦底江上游的迈立开江以东、今云南盈江县以北地，萨尔温江以东、缅泰边界以北地以及寮国、越南北部的一些地方；其中包括当时的里麻司所在的江心坡（迈立开江和伊洛瓦底江另一条支流梅开江之间地）和茶山司所在的片马（恩梅开江至高黎贡山间地）。
明朝初建，西藏的政教领袖乌思藏摄帝师喃加巴藏卜在洪武五年（１３７２年）遣使纳贡，第二年就亲自入朝，受封为炽盛佛宝国师。明朝曾多次派使者去西藏地区，并在今西藏大部设置了乌思藏都指挥使司，在今昌都地区东部、四川甘孜和青海西南部设置了朵甘都指挥使司，在今喀什米尔地区东北部和西藏西部设置了俄力思军民元帅府；在这些机构下还分别设有主管或兼管宗教、军事、民政的阐化、阐教、辅教、赞善、护教五王，大宝、大乘、大慈三法王，俄力思三王以及行都司、万户、宣慰司、招讨司、卫、千户所等。尽管在明朝中期因国力衰落，朝廷与西藏的联系不如前期密切，但始终掌握着西藏的主权，西藏一直是明朝疆域的一部分。
今新疆、内蒙古、青海和甘肃的一部分在明朝大部分时间都外于它的疆域之外，在这些地区建立的政权主要有：
别失八里 １３７０年（明洪武三年）察合台汗国灭亡后其后裔所建，辖境包括今新疆除哈密和额尔齐斯河、乌伦古河以东北地区以外，境外巴尔喀什湖、塔什干以东和帕米尔高原。都城在别失八里城（今新疆吉木萨尔北破城子）。１４１８年（明永乐十六年）迁都亦力把里（一作亦力巴力，今新疆伊宁市），明朝人即将它改称为亦力把里。十六世纪后期，天山以北地区的东部已为瓦剌所占，其余也分裂为几部：吉利吉斯，在今巴尔喀什湖以东南一带；哈萨克，在今伊犁河流域；叶尔羌，在今塔里木河流域；土鲁番，在今天山以南东部和甘肃南部。
鞑靼、瓦剌 鞑靼的名称始见于唐代中叶，是突厥统治下的部族，以后兴起的蒙古人是其中的一支。元亡后，明朝又将蒙古高原东部蒙古成吉思汗后裔各部落都称为鞑靼。瓦剌，清以后称厄鲁特，本在叶尼塞河上游，被成吉思汗征服后成为蒙古的一部。明朝泛指蒙古高原西部和阿尔泰山一带的部族。
１３６８年（明洪武元年），元廷北走和林（今蒙古哈尔和林），１４０２年（明建文四年）取消国号，恢复部族，但各部不相统一。
１４３８年（明正统三年）以后，瓦剌首领脱颧统一了本部，进而征服了鞑靼，其子也先曾短期统一了蒙古各部。１４５４年（明景泰五年）也先死，瓦剌瓦解，各部又分裂。１４８０年（明成化十六年），鞑靼的达延汗出兵征服瓦剌，迫其西迁，又统一了蒙古各部。１６世纪前期达延汗死后，再次出现割据局面。鞑靼疆域的南界已在明长城一线，东界也已越过大兴安岭至明辽东边墙一线。
统一疆域的最终形成
建立清朝的爱新觉罗家族是东北女真部落的一支，属于明朝建州卫的一部。明万历十年（１５８２年），努尔哈赤的祖父建州左卫都指挥觉昌安（叫场）、父亲建州左卫指挥塔克世（塔失）遭明军误杀。为了补偿他们的冤死，努尔哈赤被袭封建州左卫都指挥使。努尔哈赤次年就以祖、父的遗甲十三副起兵，从此开始征服建州女真其他各部、海西女真和东海诸部。至１６１６年在赫图阿拉（今辽宁新宾东）称汗，建大金，史称后金。
后金天命二年（１６１７年，明万历四十五年），努尔哈赤兴兵反明，接连大败明军。以后，不仅不断攻占明朝在山海关外的据点，还多次越过长城，威胁北京。十年，迁都沈阳，称盛京。崇德元年（１６３６年），皇太极登位，改国号为清。到崇德八年，清朝的疆域已经扩大到明长城以北，包括今内蒙古、东北和境外外兴安岭以北、东至萨哈林岛（库页岛）间的地区。
明崇祯十七年（１６４４年，清顺治元年）三月，李自成进入北京，明亡。明驻守山海关的宁远总兵吴三桂引清军入关，击败李自成军。五月，清军占领北京。九月，福临（清世祖）到达北京，十月即皇帝位，北京成为清朝的首都。清军分路进攻明朝残余势力和李自成、张献忠的军队，到顺治十六年（１６５９年）清军占领云南，南明桂王（永历帝）逃往缅甸。至此，除福建厦门、金门等地还在忠于明朝的郑成功手中外，清朝已经拥有明朝的全部疆域了。
康熙二十二年（１６８３年），清军进攻台湾，郑成功之孙郑克爽投降。次年，清朝在台湾设府、县、总兵等官，隶属于福建省。从此，长期由当地人民自治的台湾岛由大陆政权设置了正式政区。
在十七世纪初，漠北的喀尔喀蒙古分为三部：土谢图汗、车臣汗和札萨克图汗。１６８８年（清康熙二十七年）三部发生内乱，准噶尔王噶尔丹乘机入侵。三部联合抵抗，但领土仍被噶尔丹侵占，只得南迁漠南（今内蒙古），向清朝求援。康熙二十九年噶尔丹进扰漠南，康熙下令亲征，开始了对噶尔丹的全面反击。
准噶尔是瓦剌的一部分。瓦剌在十七世纪初分为杜尔伯特、准噶尔、土尔扈特、和硕特四部，先后并吞了亦力巴里、吉利吉斯、哈萨克、叶尔羌、土鲁番诸部。其中和硕特部的固始可汗一支，自今新疆乌鲁木齐一带迁至今青海和套西（河套以西，今内蒙古蹬口以西地），１６４２年（明崇祯十五年）率兵进入西藏，灭了藏巴汗，与五世达赖共治西藏。准噶尔部兴起后，强占了和硕特原有的自今伊犁至乌鲁木齐的牧地，迫使土尔扈特部从塔尔巴哈台附近的雅尔（原苏联哈萨克塔匀巴哈台山以南、阿拉泊以北一带）西迁到额济勒河（今伏尔加河）下游，胁迫杜尔伯特部（原在额尔齐斯河上游）中的辉特部迁往塔尔巴哈台。到１７世纪７０年代以后，准噶尔部实际上控制了其他三部（土尔扈特西迁后为辉特部），占有的地域包括今新疆、西藏、青海、四川西部、甘肃西部和北部以及境外西起收尔喀什湖、帕米尔高原，东至蒙古高原的广大范围。
康熙二十九年（１６９０年），清军在乌兰布通（今内蒙古赤峰西北）大败噶丹。次年，康熙至多伦抚慰喀尔喀各部，并正式任命各部首领，编审成旗，建立了与内蒙古一致的行政区划。三十五年，康熙帝再次亲征，大破噶尔丹军，收复了蒙古高原，喀尔喀三部回到漠北。至此，内外蒙古完全统一于清朝。
当时，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦占有阿尔泰山以西各地，受到噶尔丹压迫的和硕特部青海各部乘机脱离噶尔丹。康熙三十六年，清军继续深入，噶尔丹自杀。三十七年，和硕特部固始汗第十子达什巴图尔降清，青海和套西归入清朝版图。
在清朝统一蒙古之前，蒙古和西藏的关系已经相当密切了，这是由于从１６世纪开始喇嘛教在蒙古地区的流传。喇嘛教早已流行于今青海地区，所以在蒙古的阿勒坦（俺答）汗（１５０７－１５８２年）占领青海地区以后，喇嘛教就传到了蒙古人中间。阿勒坦汗迎来宗喀巴的三传弟子索南嘉错，尊为达赖喇嘛（三世）。又将他迎至归化（今呼和浩特西南）传教。从此，喇嘛教格鲁派教）就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死后，阿勒坦汗的曾孙被认定为转世灵童，立为四世达赖。以后他派了一位大喇嘛去蒙古主持教务，成为以后世代相传的蒙古活佛。１６４２年（明崇祯十五年，清崇德七年），蒙古和硕特首领固始汗进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了后藏的红教。１６５４年（清顺治二年），固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅（前三世出于追认），驻后藏扎什伦布寺。至此，在宗教上，黄教统一了蒙古和西藏；在政治上，蒙古统一了青藏地区。由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。固始汗入藏后，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年（１６４７年），清朝派官员到达西藏，册封班禅为金刚上师。九年，达赖到达北京朝见清世祖，次年受清朝册封为“达赖喇嘛”。康熙四十八年（１７０９年），派侍郎赫寿信藏协助拉藏汗管理地方事务。五十二年，五世班禅被封为“班禅额尔德尼”。西藏政教合一的统治体制得到了清朝的正式承认，清朝在西藏的统治也得到确立。
噶尔丹死后，清朝让策妄布坦领其余众，停止了军事行动。策妄阿拉布坦乘机扩张，据有杜尔伯特、土尔扈特和和硕特各部的统治权，自立为准噶尔汗。康熙五十六年，准噶尔的策零敦多布率军六千从伊犁经阿里偷袭拉萨，杀拉藏汗，囚禁了拉藏汗所立达赖。五十七年，清军自青海入藏，但在那曲遭准噶尔军围攻，全军覆没。五十九年，清军从青海和四川两路入藏，原拉藏汗政权的官员也起兵响应，同年八月消灭了准噶尔军，西藏平定。
雍正六年（１７８２年），清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆下六年（１７５１年）设立西藏地方政府－－噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在五十七年（１７９２年）击退了入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事务的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大知佛转世时用金瓶掣签（将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定）办法并必须受大臣监督，自噶伦（噶厦的最高官员）以下僧俗官员必须由大臣任免；《章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役、及对外事宜都作了明确的规定。
雍正五年，策妄阿拉布坦死后，子噶尔丹策零继位，又不断侵扰哈密、喀尔喀蒙古等地。清军虽多次取得胜利，但一直没有能够彻底平定。乾隆十年（１７４５年）噶尔丹策零死后，准噶尔发生内乱，势力逐渐衰落。乾隆十八年，准噶尔的阿睦尔撒纳袭杀剌麻达尔札，推达瓦齐为汗，车凌乌巴什率部降清。十九年，乾隆决定趁机进兵，以结束数十年水了的战争。阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。次年，清军分兵两路，不久进占伊犁，准噶尔部基本平定。但阿睦尔撒纳又发动叛乱，而清军因天寒撤退，阿睦尔撒纳重新控制了准噶尔。乾隆二十二年清军再次进入伊犁，天山北路从此纳入清朝疆域。阿睦尔撒纳逃往俄国，不久病死。
原来在准噶尔统治下的回（维吾尔）部首领大小和卓木企图割据自立，清朝在乾隆二十四年攻下喀什噶尔和叶尔羌，大小和卓木逃往巴达克山部后被杀，天山南路也告平定，清朝统一中国的大业至此完成。
在这以前的康熙二十八年（１６９８年），清朝与俄国订立了《尼布楚条约》，确定了中俄东段的边界是外兴安岭和额尔古纳河。雍正五年，清朝与俄国签订《布连斯奇界约》和《恰克图条约》，规定了东起额尔古纳河及其支流开拉哩河（今海拉尔河相交处的阿巴该图，经恰克图（原苏联境内的恰克图和蒙古境内的阿尔丹布拉克），西至沙必乃达巴汉（一作沙宾达巴哈，原苏联西萨彦岭西北）的边界走向。
从秦始皇灭六国，开疆拓土，建立秦帝国开始，经过了近二千年，中国终于形成了一个北起飞 萨彦岭、额尔古纳河、外兴安岭，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，拥有一千多万平方公里国土的空前统一的国家。
内乱外患，国土沦丧
１８４０年（清道光二十年）以后，列强侵入中国，用武力迫使清朝签订了一系列不平等条约，攫取了中国的大片领土；甚至连条约也不签订，凭借实力造成既成事实。
中国失地最多的是在中俄边界。中俄《尼布楚条约》中将两国边界最东段乌第河以南一块列为“待议地区”，没有划定归属。俄国的势力扩张到远东后，便不经过任何谈判就占据了这一地区。库页岛一直是清朝的领土，但清朝只接受当地人的朝贡，从来不加经营，以至在俄国和日本都侵入该岛的还一无所知。直到１８５０年（道光三十年）俄国单方面宣布库页岛为俄国领土也未加过问。１８５８年（咸丰八年），通过《瑷珲条约》，俄国夺取了黑龙江北岸的土地。１８６０年的《北京条约》，俄国获得了《瑷珲条约》规定为“共管”的乌苏里江以东地区；并且规定库页岛上的“土人”不能再过海向清朝纳贡，实际上承认了俄国对该岛的占领。在黑龙江瑷珲（今黑河市）的东岸，有一片汉人聚居区，称为江东六十四屯，《瑷珲条约》规定仍归中国所有，条约签订后还划定了界线。但到１９００年俄国占领东北后，用烧杀手段驱赶中国居民，强占了这块地方。
１８６８（同治七年），俄国吞并了中亚的浩（霍）罕和布鲁特。１８７０年，又趁阿古柏叛乱之际，占据了中国的伊犁。光绪三年（１８７７年），清朝出兵平定新疆，要求俄国退出伊犁。俄国以改订《北京条约》的有关条款为撤退的条件，逼清朝签订了《伊犁条约》，使中国丧失了更多的领土。根据这两个条约而进行的勘界产生了十一个具体的界约，到１８８４年（光绪十年）确定了从沙必乃达巴汉到乌孜别里山中的中俄边界线，大致就是今天的中苏边界。这条界线以西至巴尔喀什湖、阿亚古斯河之间的数十万平方公里土地从此不再为中国所有了。
在平定阿古柏叛乱时，刘锦棠进入帕米尔高原，将八个帕（当地地名，指以谷地为中心的地区）中的六帕收回。１８８４年后，俄国继续向南扩张，英国也通过其保护国阿富汗侵入帕米尔。１８９５年（光绪二十一年），英、俄两国在伦敦订约，瓜分了属于中国的帕米尔大部，中国内剩下一帕（今新疆塔什库尔干县）。
此外，香港从１８４２年（道光二十二年）起被割让给英国，以后又增加了九龙的一部分。英国和葡萄牙还“租借”了九龙的大部和澳门。
