人类具有认识宇宙的能力。就客体方面而言，宇宙是客观存在的；就主体方面而言，人类对于宇宙的认识不能脱离人类自身的思想。客体、主体这两个方面，是一事之两面，是统一的整体。周敦颐的哲学思想，近代、当代学者或称之为“濂溪哲学”“太极哲学”。但周敦颐的哲学贡献，突出表现为“无极”这一概念，应当称之为“无极哲学”，或者完整地看，应当称之为“太极-无极”哲学。其主张是将宇宙视为一个完整的整体，无极与太极、太极与人极，均统一为一个整体。周敦颐的哲学思想是统一了客观的宇宙真理与主观的人类精神的整体观哲学。“太极-无极”哲学是彻底的一元论，是物心合一，天人合一，是全面、整体、无一遗漏地看待世界。对于这种整体观哲学，不宜草率加以“唯心主义”的判断，认为反动，而加以否定。
儒家的哲学思想，自古以来，可以说没有不关心社会的，也没有不强调自身努力的。不能说一谈论身心就是“唯心”，更不能说一出现“心”字就是“唯心”。
从目的论的角度而言，人类归根结底要不断发展人类自身的能力，要谋求人类社会的共同利益和人人幸福。周敦颐的哲学思想也是一样，他的《通书》对于“人极”实际上投入了更多的关注，表现出一种人文主义立场，这也是儒家“仁学”的一贯精神。“仁者以天地万物为一体，莫非己也”，怕就怕“麻木不仁”，怕就怕冰冷的物质主义、对万物苍生渺无关怀。儒家从孔曾思孟，到周程张朱，以及陆王，从来都是忠于国家、关心民瘼、积极入世、进取有为的。这是一种精神境界，与“唯心主义”完全无关。
张立文曾经指出：“1949年后到文革前，在哲学研究中，强调唯物主义与唯心主义的斗争，进步阶级与反动阶级的斗争，以及辩证法与形而上学的对立。对哲学家进行定性的分析。”这种方法运用到宋明理学研究以至整个中国哲学的研究，便陷入了困境。究其原因，是中国古人的思维方式与西方人的思维方式不同。第一，中国哲学是体用一源，一体二用，西方是体用并立；第二，中国哲学是整体的思维，西方是分门别类。因此，文革以后，如何使宋明理学研究沿着适合于中国固有的思维方式进行，是哲学研究的一大课题。（张立文：《我的宋明理学研究》，《文史知识》1989年第6期；文章又见《朱子学刊》总第二辑，福建人民出版社1990年版。后者论述更加详尽。)
1949年后到文革前，有学者提出，周敦颐是宋代著名的唯心主义哲学家、周敦颐是客观唯心主义者。1961年李德永在《光明日报》发表《周敦颐的唯心主义哲学思想》（李德永：《周敦颐的唯心主义哲学思想》，《光明日报》1961年12月22日），1965年张岂之在《光明日报》发表《周敦颐太极图说的形而上学反动实质》（张岂之：《周敦颐太极图说的形而上学反动实质》，《光明日报》1965年9月17日）。同期，杨荣国也发表《周敦颐的哲学思想》，提出《太极图说》的宇宙本体和《通书》的整个体系“是彻头彻尾的唯心主义”（杨荣国：《周敦颐的哲学思想》，《学术月刊》1961年第9期）。
文革后，学者的认识有所转变。如张岂之撰文，强调“‘新儒学’即宋明理学的产生和发展反映中华文化的会通精神”“儒学对中国和世界都有深刻影响”。（张岂之：《从儒学认识今人精神历史来由》，《人民日报》2015年1月19日。）李德永撰文，认为：“宋明时期围绕周敦颐‘太极说’展开的哲学论争……以更典型的形式反映了中国中世纪哲学思维的特点和理论水平，是中国哲学史上一个重要的发展阶段。”“周敦颐被称为‘道学宗主’，是宋明理学的开创者。……‘无极而太极’的宇宙本体论，在酝酿理气关系和心物关系问题的讨论中具有理论上的‘发轫之功’。”（李德永：《由周敦颐“太极说”展开的哲学争论》，《论宋明理学：宋明理学讨论会论文集》，浙江人民出版社1983年版，第91、76页。）侧重肯定周敦颐思想的历史进步性。据郭齐勇追忆，“李老师十分欣赏周濂溪高洁的风范，肯定其贵真、志学、知几的‘乾乾不息’的人生哲学，指出：‘他主张贵真去伪，在思想情操上多做净化工作，让“纯粹至善”的心灵放射出“光风霁月”的道德光辉。这种圣洁光明的人生哲学具有永久的魅力。’李老师推崇圣贤人格，一生都在体验孔颜乐处。”（郭齐勇：《李德永先生的为人与治学》，《守先待后：文化与人生随笔》，北京师范大学出版社2011年版，第322页。）
周敦颐的哲学思想不是唯心主义，也不是唯物主义，更不是二元论。周敦颐的“太极-无极”哲学是彻底的一元论，是物心合一，天人合一，是全面、中正、整体、无一遗漏地看待世界。
周敦颐哲学思想的代表作是《太极图》和《太极图说》。
《太极图》和《太极图说》是象数和义理结合的表达，也是对宇宙万物和人类社会最简明的表达，因而也最能代表中国固有的整体性的思维方式。
朱熹称：“周子立象于前，为说于后，互相发明，平正洞达。”《太极图说》是义理的，《太极图》则是象数的（图中配有少量文字）。象数的表达一方面具有比文字更多的内涵，一方面又有比文字更加简明的形式。
《太极图》共有5层，自下而上分别是：
（1）万物化生
提出“万物”这一总谓的概念，表达着最大范围的关怀。万物一体，万物平等，万物无不相互关联；万物均有生命，万物都体现“道”。上承子思《中庸》的“赞天地之化育”，下启张载《西铭》的“民胞物与”。
在图象上，这一层代表宇宙万物的实存，是最具有感性的表象层面，应当有充盈饱满之象，应当完全涂实。传本作空白的圆形，是受刻版的局限。
（2）坤道成女，乾道成男
提出宇宙万物均可以区分有阴阳两类。男女亦即阴阳，阴阳彼此双方相互依赖而存在。因此男女平等，各得其分。
坤道乾道，对应着阴静阳动。坤与阴虽然是受动的，但却排序在乾与阳之前，因为坤与阴更加紧接宇宙万物的本原，所以周敦颐“主静”。
在图象上，这一层专门表达阴阳，传本空白的圆形中间，宜有一条均等的划线，如后世“阴阳鱼”的S形划线。
（3）水火木金土
提出宇宙万物又都基于五种元素构成的主张，在《易经》在两仪系统中融入五行系统，构成所谓“二五之精”。“行”即是“道”，五行就是“天道”运行的五个阶段。金是西方之行，木是东方之行，火是西方之行，水是北方之行，金木火水亦即东南西北，亦即春夏秋冬。所以水火木金土，相生相克；春夏秋冬，四时顺布。天道四时嬗替，五行各一其性，人类、万物的化生不仅原于阴阳，而且基于五行，意味着承认宇宙万物的运动性、多样性、复杂性。
在图象上，这一层应当仍为完整的圆形，五行、四时均统一于天道之内。传本或呈方形，或呈六边形，没有包裹的圆形，是由于表达之误。
（4）阴静阳动
提出宇宙万物是以阴、阳为基本元素的最大范围的统一体。阴阳对立而统一，各自以对方的存在作为自己存在的依据。阴阳相互环抱，互为首尾，你中有我，我中有你。阴阳一刚一柔，一主动一受动，相互运动与相互作用，推动着宇宙的发展变化。
在图象上，这一层中分为两半，阴阳各半；又细分为四个同心圆，亦阴阳各半。传本中间的圆形为纯白，不分阴阳，有误，宋本为阴阳各半。
若是纯白，则与第5层重复。四圆，完整体现阴阳相抱，动静相接。
（5）无名的圆框
宇宙万物的存在，是一个完整的整体，就其最大范围的包涵而言，犹如混沌。宇宙万物的性质，也只有一个共同的性质，就是物质性。所以宇宙又统称为“万物”，又称为“万有”“大有”，《易经》则称为“太极”。“太极”即是“大极”，即是最大范围的宇宙存在。而最大范围的宇宙存在是绝对的，绝对的宇宙存在是无可描述的，所以称为“无极”。
“书不尽言，图不尽意。”宇宙本原在哲学上是存在的，在物理上也是存在的，然而却是难以描述的，所以人类的认知会由物理的层面上升到形上的层面，即所谓“形而上者谓之道，形而下者谓之器”。（其原理有如《老子》所说“道可道，非常道”。）
确定宇宙万物是整体性的存在，故称之为“太极”。确定宇宙万物整体存在的绝对性，故称之为“无极”。“太极”“无极”是两个不同的概念，而表述的则是同一个宇宙。换言之，表述同一个宇宙，需要用两个不同的概念。（朱熹认为“太极”已经具备“无形”、“无方所顿放”“无限”“无名”“无以加”“一画亦未有”“无声臭之可言”的性质，所以可以再创“无极”的概念。朱熹认为“无极”概念由周敦颐自创，陆九渊认为“无极”概念源于道家老子。从微观一面看，儒家内部讲究醇之又醇，精而又精，所有概念均不与道家、佛教混杂；从宏观一面看，儒家、道家莫不是中国优秀文化传统，在思维上有所借鉴是必然之事，纠缠过甚实无必要。）
两个不同的概念，其实只是同一个内容，所以“无极”又就是“太极”，“太极”又就是“无极”。所以说“无极而太极”“太极本无极”。（“无极而太极”一语，另有“自无极而为太极”“无极而生太极”两种版本，朱熹之所以坚持认为“无极而太极”的表述最为合理，正是要说明“无极”“太极”本是一个、不可视为两个的原理。）
“《易》以道阴阳。”《易经》的基本概念是阴阳，而阴阳是相对的概念，只可互为消长，不可互相取代。周敦颐《太极图》与《太极图说》的最高概念却是无极、太极，无极、太极是绝对的概念，因此无极就是太极，太极就是无极，无极、太极是完全同一的。《易经》揭示了“阴”“阳”构成同一的宇宙整体，《太极图》与《太极图说》则是强调了宇宙整体的绝对性。
“不言无极，则太极同于一物，而不足为万化之根；不言太极，则无极沦于空寂，而不能为万化之根。”有“太极”而无“无极”，不免“一统就死”；有“无极”而无“太极”，不免“不统就乱”。
由此可见，“无极”“太极”是对“阴”“阳”的超越，是更加彻底的一元论。“无极”是绝对而无可描述的，意味着宇宙万物具有无限可能的发展变化。
在图象上，这一层有传本标出“无极而太极”，其实宋本并无一字。“太极”固然可以绘作圆形而涂实，但“无极”不仅不可涂实，甚至就连浅细的圆形边框都不可汇出。绘出边框，只是为了表达的权宜。
总之，《太极图》各层的圆形，表达的是宇宙万物为一个整体，完整无缺。
儒家哲学上的“无极-太极”一元论，对应着儒家历史学上的“《春秋》大一统”。（近代以来，史学家褒扬国家统一，而哲学家褒扬百家争鸣，史与哲分途，表明史、哲二科似均未达于一间。）
《太极图》的5层，分别是宇宙万物发展变化的5个阶段。5层之间有连线，表明5层相互连贯。宇宙万物的发展变化当然是一个整体，因此5层图绘需要上下叠加。分层绘图，是为了理解的需要。
因此，周敦颐的哲学思想，一言以蔽之，就是绝对的整体、绝对的同一。
周敦颐的哲学思想是一元论，不是二元论。二元论意味着宇宙的分裂和不可知，僵死而无变化。一元论意味着世界是统一的，万物有共同本质，宇宙有共同规律，宇宙一切现象最终都可以得到解释。
