儒学来源于夏商周三代，特别是周代积累的礼乐传统。在儒学义理中，“礼”，是作为建构国家体制、社会秩序的整体思想理念和指导人们日常生活的具体行为规范而双重存在的。就前者而言，它是指导国家与社会运作的宪制性存在；就后者而言，它又是维护人伦秩序与处理人际关系的习惯法。而“乐”则与“礼”相辅相成，二者共同达成了天道与人道的和谐，维系着三代社会的运转。在此基础之上，宗周礼乐文明的开创者周公，又注入了“敬德保民”等德治思想的因素，使其具有道德伦理的深刻内涵，从而成为中华文明最耀眼的地方。
王国维《殷周制度论》云：“周人制度之大异于商者，一曰立子立嫡之制，由是而生宗法及丧服之制，并由是而有封建子弟之制，君天子、臣诸侯之制；二曰庙数之制；三曰同姓不婚之制。此数者，皆周之所以纲纪天下。其旨则在纳上下于道德，而合天子、诸侯、卿、大夫、士、庶民以成一道德之团体。周公制作之本意实在于此。”道德之意，构成周公制礼作乐之宗旨，“道德之团体”，也更成为三千年中国文明的基础。王国维所论甚允，立子立嫡之制，实对影响后世两千余年中国社会至为关键，因为周代王制的宗法与封建正藉此而推演。
但是进入春秋战国之后，周王室权威不再，无法维系封建邦国的秩序，天下进入礼崩乐坏之世。周秦之变是绵延数百年的社会大变革，这个过程焕发出来的能量是前无古人的，但带来的社会问题也是触目惊心的。当此环境下，规范被践踏，秩序被破坏，德治被抛弃，礼乐失去了旧日的尊严与力量，成为了当权者夸示与享乐的工具。频繁的战争让氏族、邦国成批量的解体，原子化的个人在变革大潮中无处容身；各国为了战争加强了政治的功利取向，打破了以往的行政规范，越来越倾向于惟力是视、尔虞我诈；周王室权威倒塌后，整个社会缺乏政治的、或道德的权威来源，社会的无序化摧毁了共识和底线，带来一派末世景象。文武之道、礼乐之制，当此濒临消亡之际，中华文化很有可能像后来的罗马帝国那样在享乐、堕落和战争中消亡。而在这样一个严峻的时刻，一个存亡继绝的伟大人物出现了，这便是先师孔子。
唯有明白了礼崩乐坏的可怕，才能理解先师孔子的伟大。
正是在这一片凋敝之中，孔子继承、整理和传播了礼乐文明，并进一步彰显了礼乐文明的精神与意义所在，强调礼乐文明的人伦教化和治世之功，同时将礼乐文明的思想精髓——王官学散入民间，开创了人类历史上平民教育的先河，从而为中国后世数千年的文明定下基调。并且，孔子立足于人类天赋的本性，以“仁”、“礼”为中心创立了儒家学说。试图以基于人性的差等之爱来重建社会秩序；把血缘之爱推及到治国理政上，实行“仁政”；重视礼乐的精神内核与象征意义，通过礼乐制度来重建权威，利用礼乐教化来挽救世道人心。
孔子创立的儒学，虽然因为当时各国忙于争霸，未能在政治中贯彻，但是由于其理论的完备却一直受到推崇和尊敬。在汉代“独尊儒术”之前，孔子已有圣人之名，其子孙也被视为“圣人之后”，得到各国的重视，各国对孔子后裔竞相礼聘，乃至孔子后裔亦有出仕各国甚至官至宰相者。战国之时，因为儒家重视教育，道、法、墨、名诸家学者多与儒家有教育上的联系，故而虽有争鸣，但并未被视若仇雠，不过等到崛起于西陲的秦国统一后，情况则大为改观。
秦国长期对社会贯彻严厉管束的法家制度，文化远远落后于东方六国，统治者的思辩水平和人文素养都无法与六国相比，对儒学难以产生任何共鸣和理解，故而对儒生试用之后发现水火不容，虽然在朝中保留了几个博士以作门面的点缀，但后来仍以“焚书坑儒”的手段，对儒学乃至关东地区的所有学说进行严酷的打击。不过秦国在暴政中很快崩塌，生长于山东六国地区的汉高祖刘邦虽然未必服膺儒学，但对圣人孔子却满怀景仰，以帝王之尊亲自祭祀，预示了儒学的复兴。至汉武帝时，随着汉初军功集团的凋零，以及儒生看到大一统帝国已成定局而作出的部分妥协，官方意识形态选择影响最大的儒学而非楚人重视的黄老之学，已经成为历史的必然。
两汉是儒学的黄金时代。西汉用儒者来妆点合法性，用文法吏来日常行政，此即汉宣帝所谓“霸王道杂之”。要言之，秦始皇以任法为主，列儒术为诸子之一；汉武帝虽尊孔子为宗师，实用管、商而佐治之。但随着儒学影响和声望的扩大，汉元帝之后开始纯任儒学，使儒者的地位提高，不少儒者能出任高官。《五经》的地位已经超越一切，成为政令与谏言合法性的来源。通晓经书，在宣帝之后已经成为做官的必要条件，博士弟子，也成为官员的储备队伍。而儒者们也逐渐由贾谊、董仲舒等气象恢弘的大儒，演变为拘泥于章句以求爵禄的经生。经生可致封侯，则士人争诵六艺，故元帝之后，一个庞大的经生官僚群体逐渐产生，并逐渐演化为后世的士大夫群体。两汉时代孔子的后裔多能祖述家学，在朝廷中有一席之地，甚至能出任三公级别的高官。汉成帝绥和元年（前8）孔子第十四代嫡孙孔吉的被封殷绍嘉侯、汉元帝初元元年（前48）孔子第十三代孙孔霸的被封关内侯，遂开孔子嫡裔晋侯爵之先河。汉朝赐予孔裔世袭爵位，以作为道统存续的象征，更翻开了历史上尊道崇儒的新篇章。西汉后期，儒生借助道统的力量来反对朝政的失政，最终选中了王莽来实现儒家的理想，但却因为不切实际而遭到惨败。东汉虽然表面上重视儒学，光武、明、章诸帝热心学习儒术，但实际上却是想让皇家来垄断儒学的解释权，当汉明帝得意洋洋的对大儒桓郁自称“我为孔子，卿为子夏”时，代表官方儒学的今文经学实际上沦为政治的附庸，陷入不可避免的衰微，将要暂时退居于新学术的身后。
萧公权《中国政治思想史》评论说：“盖西京儒学，经武帝之推尊而骤显。经生可致封侯，则士人争诵六艺。利禄所归，动机不纯。浸至朝廷以儒术为文师，士人藉《诗》《书》以干利禄。狡黠者或至窜乱经文，拘牵者不免泥滞章句。安、顺以后，时君不复措意，则并此名存实亡之状况亦不能维持。及至魏正始中，廷臣四百余，能操翰者竞未有十人。文化学术之本身且几于息绝，则儒术之衰，乃势所必至。论者每以秦始皇焚书坑儒为古今一大劫，而不知汉末‘圣文埃灭’之情形固几乎与汉初相似也。”儒学思想至东汉盛极而衰，迄魏晋几于熄灭。单就历史来看，自东汉以后，历经三国两晋南北朝，直到隋唐五代，都是儒学衰微、在思想上不再占有绝对统治地位的历史时期。而对于孔子嫡裔，也和儒学的时代地位密切相关，同时又由于长期的战乱，则更造成了骨肉的泮涣分离和代序失守。
两汉的今文经学，在日后大发展中逐渐掺杂了许多道家和阴阳家思想，而浸失原意。进入东汉以后，则又与皇室大力推崇、社会普遍迷信的符命谶纬牵扯到了一起，带有了许多神学的意味，于是天命流为图箓谶纬，灾异成为具文。但既然是神学，就讲究应验。然而东汉政治的黑暗，已然超越了人们所能想象的范畴，人们叫天不应，叫地不灵，于是在完全理想主义的王莽式改制之后，神学化了的今文经学也逐渐被人所抛弃。就在今文经学衰败的同时，讲求训诂、史事、制度名物，不拘泥于师法章句的古文经学在民间却流传开来。到了东汉末年，一代儒宗郑玄“囊括大典，网罗众说，删裁繁芜，刊改漏失，择善而从，自是学者略知所归”，生机勃勃的古文经学在学术上一举吞并了已经奄奄一息的今文经学。而随着曹魏九品官人法的实施，士大夫入仕无需再死守今文经学，郑学的地位因之从此确立。而这一变化，使得私学与地方学校大兴，并且兴起了一批儒学大族，使得原本的国家学术权社会化。又由于东汉末年以来，士人群体的数量已经超出国家官僚的需要，迫使一部分士大夫由治国转而治家，逐渐形成了重视家族利益胜过国家利益的风气。魏晋南北朝时期，更因为战争频繁，时局分裂动荡，为中国社会衰乱期，从而造成儒学的式微。受此影响，士人开始不守志节，放任个性，蔑视礼教，纵性情，安恣睢，所谓魏晋风流、名士风度亦随之开始出现。
三国时代，人们从先秦的诸子百家中寻找思想资源，用以道家思想为主，包含法家、名家、墨家思想的理论来解释儒学，从而催生了玄学，并很快蔚然成风，成为学术界的风尚。当玄学的理论在西晋末年郭象的手上快要完成闭环的时候，佛教又在北朝胡人的扶持下大昌，比玄理更为精深的佛理逐渐吞噬了玄理，佛学也因之兼并了玄学。而在南朝，原本较为松散的道教得到了整顿、提高、充实，并在与佛教的不断交涉中，共同发展成为中古时期信仰与思想世界的主流。在这个过程中，儒学虽然仍保持着官方意识形态的地位，但在思想层面上的成绩与影响实在是难以与二教相比。不过凭借对现实世界的关怀，以及政治运转中的需要，无论是两晋还是五胡十六国，南朝还是北朝，儒学都顽强的存在，并且继续有所发展。曹魏以来，祭祀先师孔子的释奠礼越来越受到重视，祭祀后由帝王或皇太子亲自讲经，到南朝时更是蔚然成风，后来在此基础之上又受到佛教的影响，乃至最终产生了一种新的经学注释文体——义疏。而随着南北的分裂，经学也形成了各具特色的南学与北学。概括而言，南学较多承袭了玄学影响，重视义理分析；北学则主要坚守汉学传统，重视章句名物。相较而言，北学更多保留了儒学正统。再加之留居北方的士族，对玄学研究不深，而且因修行方式与南朝不同，对佛理的了解亦不及南朝精深，儒学占据了更重要的地位。与学术相伴的是，当这一时期的孔子后裔在南朝的世系陷入混乱且欲断欲续之时，在北朝则受到尊崇并一脉相承，成为孔氏的正脉。
隋文帝开皇九年（589），隋灭陈。隋的平陈，是中国中古史上的重大事件，自西晋永嘉之乱后，近三百年的战乱和分裂至此而终归一统，而继之而起的李唐盛世，则更被史家视为其文治武功，震烁前古。随着隋唐时期统一的重新达成，经学也由对峙的南北二学而重新复归于一统。隋统一后，南学渐盛。陆德明作《经典释文》，偏重南学，风行一时。至唐太宗，以其经籍文字舛误甚多，乃于贞观之初即命颜师古考定五经。而贞观十二年，又以孔子第三十二代孙孔颖达奉命作《五经正义》为代表，标志着南学取代北学为结果，经学亦重新实现了统一。坚守汉学传统的北学败于了受玄学与佛教影响甚深的南学，看似费解，实际上却是时势的必然。虽然从短期的政治现实来看，南朝为北朝所灭，原本衰落的皇权在北朝得以重振。然而从长远的角度来看，唐代经济、政治、军事以及文化诸方面都发生了显著的变化，而这些变化中的最重要部分，则是对东晋南朝的继承，也就是史学界所说的“南朝化”。经学上的舍北从南既是南北朝以来学术文化倾向的表现之一，更是整个“南朝化”过程中的关键一环。在文化和学术上，随着《五经正义》的颁布，经学复定于一尊，同时更作为统一经学的代表而被作为科举考试的标准，这也就使得其更有了制度性的保障。
汉魏以降，世道丧乱，儒术式微，而相较于南北朝的分裂时期，隋唐大一统帝国的政治需求，则使儒学得到了极大的重视。终有唐一代，官方对于儒学的尊崇、和对于孔子后裔的优礼，都是前所未有的。然而此时的儒学更多的是被当成一种实用的学问而非践行的信仰，无论是士人还是民众，在思想与生活中更多的仍是受到佛、道二教的影响，可谓是“儒门淡泊，收拾不住”。而原本维护经学地位的科举考试，在盛唐以后变为首重以诗赋为主的进士科，士人群趋文辞而舍经书不观，甚至于一度出现了视明经科为“贱科”的现象。钱穆先生《朱子学提纲》亦云：“故通论有唐一代，儒学最为衰微，不仅不能比两汉，并亦不能比两晋南北朝。其开国时代之一番儒业，乃自周隋两代培植而来。其经学成绩，亦是东汉以下迄于隋代诸儒之成绩。唐初诸儒只加以一番之结集而已。”正是在这样的变化和背景之下，旧有的经学研究范式已经难以招架，汉魏诸儒的经注与官方的义疏也难以提供新的思想资源，迫使儒学必须经历一场内在的重大变革，才能重新焕发出生机与活力，进而夺回社会主流思想的地位。这一场重大的变革倘自唐代啖助、赵匡等人舍弃注疏，自义例入手直探《春秋》经文开始，到宋代朱熹才可以算是全部完成，其时间持续了近四百年。而这其中，在唐代起到承先启后，转旧为新的关键人物，就是韩愈。后世奉祀韩昌黎于孔庭，并以其嫡裔为世袭翰林院五经博士之一，良有以也。
在对于先师孔子的尊崇上，隋唐亦皆有可圈可点之处。隋代首定释奠乐章，唐代则首次追赠孔子以王爵。李唐王朝对先师孔子尊崇备至，唐高祖武德二年（619）六月，“令国子学立周公、孔子庙，四时致祭，仍博求其后。”（《旧唐书·卷一》高祖本纪第一）太宗贞观四年（630），诏州县皆立孔子庙。至高宗时，又勅“州县未立庙者速事营造”，从此，“孔子之庙遍天下矣。”（俞正燮:《癸巳存稿·卷九》）李唐对孔子祀典的另一大贡献和创举，则是正式列祭祀先师之礼为国家礼典名目，并因之底定了后世释奠礼千年之制度。但世俗界的反应总是比知识界要慢，尤其是自唐末丧乱，朝廷自顾不暇，政权更迭频繁，国家再次陷入分裂，中国历史也进入了最为黑暗的五代十国时期。这个时期的儒学、特别是经学，在很大程度上仅能依靠科举功令来勉强支撑。虽然后唐、后汉、后周都有尊崇孔子、优待圣裔的举措，但由于政局变化之快，加之战争等原因，很多难以落到实处。孔子后裔的袭封更不像唐代那样稳定，甚至爆发了传说中的所谓反仆为主的“孔末乱孔”血腥事件，世爵几被外人所窃取，这是孔氏阖族的巨大不幸。
宋代不但是中国古代社会经济发展的最高峰，也是古典文化发展的登峰造极之世。北宋开国之初，有鉴于唐末以来藩镇割据，军阀混战，政权频繁更迭，故而力行崇文抑武政策，对士大夫阶层的优待超过了此前及以后的任何一个时期，这就为宋代文化的繁荣打下了一个基础。但北宋自立国之初，就面临着北方少数民族政权的威胁，而抑武政策与失去燕云屏障的现实，又使得这一威胁在短期内难以消除。这样的背景，激发了宋代士大夫的责任意识与忧患意识，形成了宋代士大夫操守谨严的独有风气。这样的一种风气肇始自韩愈，而经由北宋初年的宋初三先生（孙复、胡瑗、石介）和范仲淹等人的塑造与推广，士大夫以儒学为内在修养的精神人格开始建立起来了。士大夫们以天下为己任，一方面希望能够得君行道，而另一方面又死守善道，坚持真理而奋不顾身，同时又极力维护作为士大夫的尊严。从北宋开国到宋仁宗初年，前后不过八十年，宋代便在五代之乱的文化废墟之上，重建了一个极为繁盛的人文时代。也就是陈寅恪先生所说“一匡五代之浇漓，返之淳正。故天水一朝之文化，竟为我民族遗留之瑰宝”之谓也。处于这样一个时代，朝廷对于孔子和儒学的推崇，以及对于孔子后裔的优礼也达到了一个新的高度，超越了之前的各个时代。宋太祖建隆二年（961）“诏贡举人就国子监谒先师，著为令。”真宗景德四年（1007）“太常院李维奏：诸州释奠，长吏不亲行礼，非尊师重教意，乃颁释奠仪于天下。”（《阙里文献考·卷十四》）大中祥符元年（1008）十一月，真宗亲谒阙里，“幸曲阜县，谒文宣王庙，靴袍再拜。幸叔梁紇堂。近臣分奠七十二弟子。遂幸孔林，加谥孔子曰玄圣文宣王，遣官祭以太牢，给近便十户奉茔庙，賜其家钱三十万，帛三百匹。”（《宋史·卷七》真宗本纪）而赵宋王朝对于孔子嫡裔的优礼上，从宋仁宗封孔宗愿为衍圣公开始，除去宋哲宗时曾短暂改为奉圣公，旋即改回以外，此后历朝历代，孔氏宗子代代承袭这一封号，直至民国时期国民政府改孔德成为大成至圣先师奉祀官为止。历时近九百年，不但是孔族史上沿用时间最久的一个封号，也是世界史、和中国史上承袭时间最长的由中央政府册封的一个世袭封号。
北宋钦宗靖康二年（1127年），金兵攻破东京汴梁，俘虏宋徽宗、宋钦宗父子以及后妃、宗室、公卿大臣等数千余人，押解北上，东京城中公私积蓄被劫掠一空，北宋灭亡。同年，唯一没有被俘虏的徽宗第九子康王赵构在南京应天府（今河南商丘）即皇帝位，改元建炎，建立南宋王朝。次年，衍圣公孔端友奉诏扬州陪祀，嘱其胞弟孔端操看守曲阜林庙，却随之有家难归，寓于三衢。时局的板荡，非但造成了骨肉的分离，更造成了孔子林庙的破坏。金朝虽然是由女真人建立的政权，但在占领了中原地区以后迅速地汉化，开始推崇儒学，并优礼孔子后裔。金熙宗天眷三年（1140年），金熙宗封孔端操之子孔璠为衍圣公，自此形成了南北各有一位衍圣公相对峙的局面。
南宋仅剩半壁江山，数次北伐也均以失败告终。但是在思想文化和学术上，沿袭自北宋以来的儒学新风却得到了进一步的发展，并最终形成了对日后中国影响殊为深远的理学。理学可谓是一种新儒学，宋代理学的初兴，约在北宋真宗、仁宗之际。初期的理学家以周敦颐、邵雍、张载为最著。而南宋时，理学又大为坚持“道统”之说，所谓道统，简言之即“道”的一脉相承，犹之政治上所谓的正统。朱子上接周、张、二程，定《论语》、《大学》、《中庸》、《孟子》，并特为作集注和章句，其道统说，步韩愈《原道》之主旨而发皇之，对后世的学术和政治均产生了巨大和难以估量的影响。理学的影响不仅局限在思想层面，还渗透进了百姓日常生活的方方面面。特别是对民间礼俗的重建，以及对书院与宗族的建设，深刻地影响了此后中国千年，也更使得儒学再一次成为了社会思想的主流，以及民众日常行事的依据与规范。而理学道统说的张扬，无疑对孔氏嫡裔带来了莫大的影响，因为作为孔子嫡裔的衍圣公，在此时的儒学语境中，恰恰正是道统的代表和象征。自宋理宗以后，理学与帝国的关系日趋紧密，这也成为后世帝王愈加优礼衍圣公的原因之一。
南宋少帝祥兴二年、即西元1279年，左丞相陆秀夫负少帝赵昺于崖山投海自尽，南宋灭亡，由蒙古人建立的元朝统一了全国。蒙古贵族恃其武力优势，并不重视文治。不但元代诸帝多有不习汉文者，就是官员群体中，不通文墨者也大有人在。虽然自忽必烈以来，也颇有知晓汉化重要性的皇帝及大臣，但在具体执行过程中则往往流于表面。一个典型的证明就是，元世祖忽必烈初期，曾诏罢阙里庙庭洒扫户，且令“祭不用公家钱”，并停修阙里孔子庙。同时，虽然也是从忽必烈开始就祭祀孔子，到元成宗、武宗时更对孔子大力推尊加封，并给予衍圣公前所未有的优渥待遇，大大提高了衍圣公的地位。然而，蒙古贵族始终无法真正理解士大夫阶层的意义，更不用说接受与士大夫共治天下的政治传统。另一方面，虽然元代也曾经实行科举，并且明确以朱子《四书章句集注》等书作为依据，最终为后来明清两朝所承袭，然而元代的科举举行时间不久，次数甚少，由科举入仕的人就更少了。从皇庆三年（1314年）开科到元代灭亡，六十年间一共只举行了七次进士考试，每次录取最多100人，最少仅50人，对政治、学术与社会的实际影响甚微。元代统治者表面上虽然也崇敬孔子，某种意义上也可以说尊儒重道，但这种尊崇实则并非对儒学思想的服膺，更多的是出于维护统治，特别是安抚南方汉人的需要。因此元代帝王不但对衍圣公的优礼前所未有，对于龙虎山张天师同样给予了与衍圣公基本相同的礼遇。元代实行的是三教并尊而不是特别崇儒，这也是不争的事实。由于元代这一特殊的政治环境，因而这一时期的儒学发展并没有什么特别出彩的地方。但是，由于统一的实现，使得南宋诸儒的学说，得以大量而完整地传往北方，大大地扩大了理学的影响。不过虽然有少数理学大儒如许衡、吴澄等被元朝统治者重用或是优礼，但士大夫阶层整体上已经降为从属的政治地位，因此只能在著书讲学上有所作为。
然而，道统至高至善，这一宋代以来理学的政治观点，在元代仍为广大理学士人所遵循。道统高于政统，更高于现世皇权，因此，无论是北上的南方理学家，还是接受了理学的北方儒生，大家都能够从维护道统的高度出发，在并不优越的环境下坚持儒学的传播与发扬。这一历史功绩，仍是值得后世所铭记的。而对于孔子和孔子嫡裔来说，元代把孔子谥号加至史上的最高，孔子之父亦进王爵，南宋开始的南北二宗并立局面也终于归正于北，衍圣公的待遇更是开始逐步提高；但另一方面，历史上唯一出现的一次孔氏世爵中断、孔子林庙无依和天下儒门无宗的43年，这样一个特殊现象也正是发生在此时。
历史降至明清时期，理学的官学地位得到了进一步的巩固。明代开国之初，朱元璋就大力崇尚儒学、特别是程朱理学，在这种热潮的驱动下，优礼孔子后裔已然成为帝国尊儒崇道的一项重要内容，故而对衍圣公也给予了超过前朝的优渥礼遇。然而，明清两朝同时又是中国古代君主专制集权得到空前强化的时期。专制皇权一直试图取代士大夫，霸占道统的解释权。朱元璋时期发生的《孟子节文》一事，便是一次具体的体现。
明代的学术，为后世广为诟病，乃至清初学人讥其“不读书”。明成祖永乐年间勅修的《四书大全》《五经大全》与《性理大全》，成为明代二百余年间科举的依据，同时确立了朱子之学作为国家统治思想的独尊地位。然而，这几部《大全》均是剿袭自几部元人著作，拼凑成书，几无学术价值。如此之书竟成为有明一代二百余年间开科取士的最基本依据，根柢已浅陋如此，是以饱受后人诟病的明代学术空疏、理学式微之势实则早在永乐时期就已经提前注定。再加之皇帝的大力弘扬推行，更使得学者不敢逾越朱学，甚至不敢逾越几部《大全》。因而，在这样的一个学风影响之下，明初学者普遍因袭前人，少有新见，一意以“尊朱”、“述朱”为鹄的。直到后来王阳明的出现，才彻底扭转了这一风气。然而，阳明之后的王学发展却走上了另一条歧路，以读书为支离，束书不观，竞尚空谈，却又以圣贤自命，以无根之人而讲空虚之学，流于妄诞和空疏狂肆。自晚明以来，就有不少学者试图矫正这一风气，尤其在明亡之后，士大夫们更是痛定思痛，认为晚明士人的放荡空谈对明亡有着不可推卸的责任，因此，遂又形成了经世致用之学风。而另一方面，无论是王学末流各派，还是与王学对垒的朱学各派，随着各自学术的不断发展，都已经无法单纯的靠思辨与体悟来论证他们的观点，必须转向经典本身寻求支持。因此，对于经典文本以及先儒注疏的整理、研究也就成为了必然，加之对于空疏学风的不满，实证的考据之学逐渐蔚然成风。
但明代对儒学、对孔庙祀典的一个影响深远的大事件就是著名的嘉靖厘正孔庙祀典，明世宗撤孔子王爵，设立启圣祠，去塑像、易木主，进退从祀诸儒，孔庙从祀制度经过了从唐代“代用其书、垂于国胄”到明代“崇德报功”标准的演变。嘉靖九年的厘定祀典，将唐代从祀的“诬陷忠良”的马融、“建短丧之议”的杜预、“尚老庄之学”的王弼和宋代从祀的“美化新莽、大义不存”的杨雄、“以性为恶、以礼为伪，大本已失，更学何事”的荀况，一并罢黜孔庭。孔庙从祀的这个标准和据之以作出的决定，自此以后为后世所遵守，成为制度，从而底定孔庙祀典至今。
清代与元代同样是异族入主中原，然而与元代不同的是，清代统治者对士大夫的作用与重要性有着十分清醒的认识，因此对于士大夫的监控也空前严厉。清代统治者对于任何反对的声音与迹象异常的敏感，吹毛求疵，无中生有的文字狱层出不穷，使得学者们不得不放弃经世致用之学，转而专走考据一途。这个时期的阙里孔氏在学术上，也与时代相契，大放异彩。但同时，清代的君主专制集权也达到了空前的高度，君权把持了道统的解释权，士大夫的独立性与人格尊严遭受到严重的践踏。虽然清代对衍圣公的优待达到了历史上的最高点，光绪末年更将孔子祀典由中祀升为大祀，然而，清代统治者对待衍圣公的态度可以说是优而不礼，只见优待少见尊重，与明朝待以宾礼实则迥然不同，孔氏宗子与帝国之关系、儒学之命运，再一次得到清晰的印证。
1911年的辛亥革命推翻了清王朝，也结束了中国的帝制，而在儒学义理中作为立国之基的“道统”之存续、和传承了近千年的衍圣公爵号如何适应共和国体，成为孔氏家族与当时的民国政府都必须要面对的问题。另一方面，与之前的历次改朝换代完全不同的是，民国的建立同时也伴随着西方思想与文化的冲击，士大夫阶层失去了制度的保证而趋于解体，古老的儒学受到了前所未有的挑战。由于近代以来的屈辱历史，国人急切地渴望着寻求一种快速的富强之路，而令人遗憾的是，这种热忱最终却演变成了文化上的激进主义路线与功利主义的取舍。在前者，批判传统文化、否定传统文化，甚至妖魔化传统文化，在20世纪中国文化界几乎成为一种常态。由于多年来的屈辱与自强复兴运动一而再的失败，便在苦闷与彷徨中，乃至将一切的“罪孽”推到了传统文化的身上。这实在是一种极其懦弱、舍本逐末而又不负责任的行为。至于后者，则在引进和学习西方文化时，只关心其能否尽快地解决中国的问题，至于有什么负面作用则一概置之不理，而其他的东西无论有多么重大的意义，只要对解决中国眼下的问题没有用，就全然不顾。此一功利心态，注定无法把握西方文化的精华，纵使把握，也消化不了。
任何一个民族的现代化如果没有本民族文化的根基来作为认同归宿、价值基础与缓冲带的话，都必然是一场灾难、乃至浩劫。激进主义与功利主义犹如脱缰野马一样不可收拾，整个民族陷入狂热与浮躁，“十年生聚十年教训”的古训早被抛诸脑后，恨不能一步登天。中国终于再次可悲地走向了建设地上天国这个大悲剧的道路，由此衍生出来的问题不计其数，以至于时至今日的人们依然要为这些问题买单。一代宗师钱穆说：“任何一个国家民族，它能绵延繁衍，必有一套文化传统来维系、来推动。倘使一民族本身无文化，专待学别人，其前途必有限，其希望亦黯淡。”西人梅尼克当年亦有着著名的追问：一个民族即使征服了全世界，却丧失了自己的灵魂，又有什么意义呢？今天，依然在拷问着所有的中国人。
在中国文化和历史上，有一个颇为古老和重大的概念，即“二王三恪”之礼。历代王朝赠封前代王室后裔以爵位，给予封邑，待以宾礼，使其宗庙有依，以示优礼和尊敬，彰显本朝所承继的统绪和正统的地位，这也正是中国文化极富人性的一面。不过，这一传统在宋代以后却发生了改变。元、明、清三代，虽然也对前朝皇室封以爵位，但却视之为臣子，而不再立为“宾恪”，但同时，对于孔氏嫡裔的优礼与尊崇却又有增无减。这一衰一荣的变化，颇值得读史者深思。明人王世贞《弇山堂别集》卷三十七曾论曰：“昔唐虞三代之盛，其子孙为宾恪者，久而或替。独孔子起韦布、践素王，以笔札绍明圣人之统，寖明寖昌，称万世师。爵则真王，礼乐则天子，其子孙亦以渐而隆崇，号为上公，秩乃六卿，虽以夷狄僭篡之主，不能有所裁损。呜呼，休哉！”但另一方面，孔氏嫡裔历汉唐至明清，由关内侯而衍圣公，衍圣公和衍圣公府的存在，正代表着王朝尊崇以儒学为中心的中国文化，以及道统的延续和王朝的正统性。1949年以后，“民国政府”在台中设立奉祀官府（今址为国立中兴大学国光路学生宿舍），作为奉祀官的办公地点。但随着上世纪八十年代以来岛内“台独”和“去中国化”气焰的日益甚嚣尘上，作为中华立国象征的千年道统亦未能幸免。早在1989年奉祀官府就遭到民进党“立委”的攻击，要求删除此项预算。1998年，更正式裁撤了“大成至圣先师奉祀官府”，仅保留奉祀官这一官职；2008年，“内政部”再将奉祀官改为无给职。但实际上，终孔德成先生一生，也并未领过奉祀官之职的任何俸禄。在孔德成先生逝世后，2009年7月23日，“内政部”又完成了《奉祀官修正案》，对奉祀官制度再度作出大幅调整，决定只保留“主祀”奉祀官（大成至圣先师奉祀官），而取消了“从祀”奉祀官（即复圣、宗圣、述圣、亚圣四配的奉祀官。颜氏宗子当年亦未去台）的继承。即四配奉祀官在现任去世后将不再袭职继承，同时正式将奉祀官改为无薪资的荣誉职。明人李之藻《頖宫礼乐疏》卷二曾论及：“配之有四，大抵以道统论。自颜子而外，曾、思、孟递演宗传。”而此制度的改变，距明代宗景泰二年（1451）为尊崇圣道、统承先范，而始设颜孟五经博士以承祀事以来，计五百五十九年。这非但标志着近六百年历史的终结，更说明了中华文化与道统在岛内日益边缘化的艰难处境。
汉末建安七子之一的徐干在其《中论》中曾说：“圣人亦相因而学也。孔子因于文武，文武因于成汤，成汤因于夏后，夏后因于尧舜。故六艺者，群圣相因之书也，其人虽亡，其道犹存。”孔子集前圣之大成，不但奠定了儒家学说的基础，更形成了中国文化的道统。中国民族珍视这一道统，所以代代相传不绝，而王夫之所揭橥的“政统可断，道统不可断”一语，更是影响至深至巨。日本学者薮内清在其《中国的科学》中也说：“一个民族的文化，像中国这样继续得如此长久，简直是世界的奇迹；曾以古老文化夸耀世界的近东诸多国家，早已灭亡，现尚残存的印度文化，可说是杂乱的民族集合体。”英国学者李约瑟在《中国科学技术史》中，也表达了同样的看法，可见道统的力量之大、之巨。然而，当此千年未有之大变局下，道统的赓续和文明的走向，难道真如唐君毅先生所慨叹的“花果飘零”一样吗？抑或如其师熊十力先生当年在四顾苍茫中所寄望于后世君子的那样：“游乎广天博地之间，将为世界文化开出新生命”？我们深信，剥极必复，贞下起元，就像中国五千年历史所昭示的那样，中国的未来，一定会重新回到返本开新的道路上来，继续她未完成的使命。对此，我们依旧充满希望。
