文祥是晚清总理各国事务衙门的创始人之一。从这个衙门于清咸丰十一年二月初一（1861年3月11日）正式启用关防伊始，他便以军机大臣兼总理衙门大臣，成为恭亲王的主要副手，直到清光绪二年五月初四（1876年5月26日）病逝，担任此职长达十五又两个半月。
在这期间，满清三易其帝，出现慈禧与慈安两位太后二度“垂帘听政”，而恭亲王与慈禧的叔嫂斗法已导致他三度被黜，因此文祥作为总理衙门的实际主持人，对于咸同到同光之际的满清外交连续与转折的重要性，应说不言而喻。
据《文文忠公自订年谱》，他是满洲正红旗人，瓜尔佳氏，世居满洲故都盛京，无世职，靠个人苦读，得中道光二十五年（1845）进士，时年二十七岁。嗣后做京官，由主事而郎中而侍郎，咸丰八年（1858）五月，以内阁学士、署刑部左侍郎，“在军机大臣上学习行走”（见《清史稿》军机大臣年表），随改礼部、吏部右侍郎，又转工部、户部右侍郎。就是说，他四十岁入军机，不到两年已遍历中枢六部的五部。他的政绩不详。英法联军迫近京郊，被吓坏的皇帝准备逃往热河，遭到众多王大臣反对，“军机文祥争之尤力”（《翁同龢日记》咸丰十年八月初一）。或因此，同年八月初八咸丰帝弃圆明园而“秋狝木兰”， 在军机大臣中唯独留下文祥。
同时，咸丰帝起用御弟恭亲王为钦差大臣，留京为英法联军议和，而指定大学士桂良、户部右侍郎文祥，为其辅佐。恭亲王于外事隔膜，他的岳父桂良年老昏聩，因而与英法联军谈判，唯靠文祥。
《翁同龢日记》表明，这位咸丰六年状元，早在注视文祥动向。他记咸丰帝出逃后，北京大乱，“署步军统领文祥，忠义奋发，周视九门，守城兵不满万人，驻守各门者多满洲一二品大员，不受节制也。文公力任开仓放米，户部侍郎宝鋆亦力任开库拨银，人心稍定。”（见该日记咸丰十年八月十一）步军统领，相当于后来的首都卫戍司令。但文祥临危受命，北京九门没有一门的满洲驻军将领听其指挥，无非因为品级比他高。他还是与同为关外满人的宝鋆合作，极力安抚京师驻防旗人，使北京免遭更大混乱。
以后清廷与英法俄相继签订“北京条约”。流亡在热河的咸丰帝及其“总理行营王大臣”，多半照准。留京的王大臣，既然被赋予同英法俄美谈判的全权，既然已享有热河行宫与北京政府及各行省联系中转的特权，而皇帝又躲在热河迟迟不肯“回銮”，那么恭亲王在北京不是朝廷的表征吗？因而，当咸丰十年冬，流亡皇帝因处理夷务而要求恭亲王等“妥议章程具奏”，同年十二月初三（1861年1月13日），恭亲王、桂良、文祥便“奏统计全局酌拟章程六条呈览请议遵行折”，表明恭亲王们早有准备。其附件章程六条，最重要的是第一条，“京师请设立总理各国事务衙门”。由文祥的传记资料，可知这点子是他出的。从此清廷便有了专办外交的部门。
如前已述，满清自雍正、乾隆父子越来越视国事为皇帝家事，甚至连奉旨可以说话的科道言官，敢于批评皇帝的亲信奴才，也被他们认作干预皇帝的家事，不遭贬黜，便遭流放。他们的继承人嘉庆、道光、咸丰三帝，一个比一个更无能，却越发借口祖制，唯恐政府体制稍有变动，便削弱皇帝的个人独裁。因而，当年咸丰帝批准在北京设置总理衙门，一是强调其性质在于“通商”，二是由给于关防而示其为临时性特设机构。岂知形势已变，恭亲王和文祥、桂良，通过掌握与英法俄议和的全权，而留京王大臣唯彼等马首是瞻，已形成足与咸丰帝及其“总理行营”王大臣抗衡的另一个权力核心。
于是，咸丰及其行营王大臣，面对重组的权力二元格局，不得不屈从既成事实。经恭亲王一辩，咸丰帝便同意取消总理衙门关防内“通商”二字，等于出默认它是外交部，而不是外贸部。但关防依旧，表明咸丰帝及其亲信，仍视此衙门为临时机构，不可列入祖传的内阁编制。
结果，总理各国事务衙门， 尽管地位重要，尽管已从军机处夺取了外交决策权，但历经咸丰、同治到光绪三朝，它还是临时机构。直到清光绪二十七年（1901），流亡在西安的慈禧政府，被迫同意辛丑和约，为博“与国之欢心”，而下诏改官制，首先改总理各国事务衙门为外务部，列于“新官制”之首，就是说时隔总理衙门设置四十年，才将它由临时机构改为正式部门。不仅如此，“新官制”还规定外务部在尚书、侍郎之上，还设总理大臣、会办大臣，等同于内阁总理，其职常由领军机大臣兼任。这个变化，发生于文祥去世四分之一世纪。
晚清的总理各国事务衙门，作为当时事实上的外交部或更高层次的对外政军商文的统筹机构，在体制中如此重要，却因其临时性，在号称正史的《清史稿》的表志中甚至不列专篇，不仅可笑，而且荒唐。
满清是保存中世纪中国君主专制形态的最后一个王朝。君主专制，无论古近中外，权力运作的一大特色，就是人治，“人在政存，人去政息”，或者说“有治人无治法”。所谓治人，并非如孔子所谓“不在其位，不谋其政”，而是往往相反，“不在其位，要谋其政”。在咸丰朝，肃顺不过是宗室庶子，直到咸丰十年“行在”至热河，才由御前大臣、户部尚书，晋协办大学士、署领侍卫内大臣，终身未入军机处，就是说从未有“宰执”名义，却权倾朝野。与他相对，文祥虽早入军机，官仅侍郎，但在留京王大臣中位卑而权重。正如咸丰帝死，肃顺成为热河行在顾命八大臣的实际领袖，而文祥也早为在京的恭亲王第二政府的主要决策者。辛酉政变，恭亲王与慈禧内外勾结，搞掉了肃顺为权首的顾命大臣。其间文祥的作用，史阙记述。但《清史稿》将他与文庆、宝鋆列为同传，特别称道他“洵社稷臣”。美国的中国史家芮玛丽（Mary C. Wright）的名著《同治中兴》，也认为他是总理衙门的“主要决策人”。因而文祥在晚清对外关系史上迹近埋没，当然需要再研究。
