公元1861年1月20日，当咸丰十年十二月初十，咸丰帝明发上谕：“京师设立总理各国通商事务衙门，著即派恭亲王奕訢 、大学士桂良、户部左侍郎文祥管理，并著礼部颁给‘钦命总理各国通商事务'关防。”（咸丰朝《筹办夷务始末》卷七二，下引同。）
这是咸丰帝得到恭亲王三人于同月13日“ 奏统计全局酌拟章程六条呈览请议遵行折”及附件章程六条，命热河行营王大臣审议后，正式准行的硃谕。它对原拟章程有所改动，最重要的是原件请设“总理各国事务衙门”，意为办理一切对外事务，而上谕定名“总理各国通商事务衙门”，将衙门权力限于“通商”即对外贸易。印信规定为“关防”，即明清朝廷颁给执行临时特别任务的官员的长方形图章，表明这个新设衙门，非但职责止于外贸，而且随时可以裁撤。
恭亲王原来不通“夷务”，在咸丰帝出逃热河前，被迫留京议和，由其岳父桂良和早任军机大臣的文祥辅佐。之后，从惧洋到知洋，恭亲王也对其兄咸丰帝面对洋人色厉内荏的心态洞若观火。恭亲王等与英法俄签订《北京条约》以后，深感清廷于“夷务”处理混乱不堪，弊在体制。朝廷各部和地方督抚司道，面对涉外的政军商教事务，都需处理而无章可循，不知所措又必有所措，常因小事却酿大祸。他们是否在与英法俄美使节谈判过程中，得知后者俱受本国外交部门指授，从中得到启迪，萌生帝国外交也应建立专门衙门的共识尚不清楚。但由他们共拟的章程，指出外交应统筹全局，设置事权归一而章法分明的总理衙门，却不可不说他们已觉察到外交体制需要走出中世纪传统，适应国际交往的现状。
当然恭亲王他们很了解传统权力机制。尤其咸丰初恭亲王曾任领军机大臣，不久便因太能干而被其兄咸丰帝罢官，遣回上书房重作学生。他因乱复出，与英法俄美议和，居然在签订新一轮屈辱的《北京条约》之后，英国联军依约撤出北京。于是满清官绅士民，交口称颂恭亲王折冲尊俎有功。他与桂良、文祥，遂借机向咸丰提议设置专办外交的衙门。前揭咸丰十年十二月初三他们的联名奏折，劈头所述此前六十年的帝国外交失败史，颇有趣，引如次：
“窃为夷情之强悍，萌于嘉庆年间。迨江宁换约，鸱张弥甚。至本年直入京城，要挟狂悖，夷祸之烈极矣！
论者引历代夷患为前车之鉴，专意用剿（按，用兵为剿，议和称抚），自古御夷之策，固未有外于此者。
然臣等揆时度势，各夷以英国为强悍，俄国为叵测，而佛、米从而阴附之。（按，佛指法国，米指美国，原文英、佛、米三字，均有口旁。）
窃谓大沽未败以前（按，指1860年8月15日，僧格林沁亲王奉咸丰帝密谕，弃守天津塘沽要塞之前），其时可剿而亦可抚；大沽既败而后，其时能抚而不能剿；至夷兵入城（按，指1860年10月13日，北京留守王大臣，从英法联军通牒，开放安定门，容联军不战而入京城），战守一无足恃，则剿亦害，抚亦害。就两者轻重论之，不得不权宜办理，以救目前之急。
自换约以后（按，指1860年10月24、25日恭亲王在京中礼部，与英使额尔金、法使葛罗，相继签订北京条约，并互换天津条约之后），该夷退回天津，纷纷南驶，而所请尚执条约为据，是该夷并不利我土地人民，犹可以信义笼络，驯服其性，自图振兴，似与前代之事稍异。”
末语“前代之事”，并非远指。明崇祯十七年（1644），吴三桂引满洲八旗入关击败李自成军，长驱直入明都北京。然后鹊巢鸠占，从此满清将北京作为征服全国的号令中心。时过二百十六年，英法联军侵占清都北京，竟未如法炮制，没有如当初满洲那样在北京另建新朝，却信守条约，退出北京乃至回师其国，怎不使这帮满洲王大臣诧异？他们绞尽脑汁也想不通个中缘由，可以理解。难得的是恭亲王，也许首先是文祥，由这一事实开始领悟，他们祖辈恪守的丛林法则，在当前域外世界已被另一种法则代替。他们于是想到仿效。尽管还自欺欺人，说是对这班远夷，“犹可以信义笼络，驯服其性”，其实以为学彼等作为，“自图振兴”，才是实话。
咸丰帝既然闻夷而逃，甚至在热河也感到不安全，想逃到更遥远的西安，那他在恭亲王签订《北京条约》后，仍用种种托辞，拒绝“回銮”北京，并不奇怪。奇怪的倒是他还自以为有力量迫使北京留守政府就范。证明就是恭亲王们请设总理各国事务衙门，他无力阻止，仍想限制，规定其权止于“通商”，颁布“关防”以示该衙门不过是临时机构。
恭亲王们似乎逆料流亡核心将出此招，于前揭奏折及章程之后还夹有几通密奏附片。其中之一，声明章程第二则要在总理衙门之下，增设天津通商大臣，理由呢？“如天津办理得宜，则虽有夷酋驻京，无事可办，久必废然思返，是天津通商大臣最关紧要。”清英、清法北京条约不是明定列强公使可以常驻北京么？皇帝迟迟不肯“回銮”，不是最怕夷使坚持觐见又拒绝跪拜而大扫面子么？照恭亲王、文祥设计的章程，那么有天津通商大臣和总理衙门两道关卡，皇帝颜面当得保护。
不宁唯是，恭亲王们又奏英使威妥玛“来京探询片”。片谓威妥玛抵京，实因怕驻津英军尽撤而于条约实行不利。“臣等相机开导，以释其疑，微露有设立总理外国事务衙门，专办外国事务。该公使闻之，甚为欣悦，以为向来广东不办，推之上海，上海不办，不得已而来京。如能设立专办外国事处地方，则数十年求之不得，天朝既不漠视，外国断不敢另有枝节各等语。”照此说来，设立总理各国事务衙门，已得二十年来屡成天朝首患的英国支持，皇帝岂可不准所奏？
如前所述，咸丰帝准奏了，却还想限制该衙门权力为做生意，更只许它作为临时机构。对此，恭亲王等岂会退让？同年1月26日，在京的恭亲王、文祥奉到咸丰帝1月20日硃谕之后，便再上奏折附片密陈，说：“该夷虽惟利是图，而外貌总以官体自居，不肯自认为通商，防我轻视。今既知设有总理衙门，则各国与中国交涉事件，该夷皆恃臣等为之总理，藉以通达其情。若见照会文移内有‘通商'二字，必疑臣等专办通商，不与理事，饶舌必多，又滋疑虑。”
怎么办呢？恭亲王们当然表示全力维护皇帝权威，既然上谕不可改，唯有两个办法，一是告知那班夷酋，“臣等即系总理各国事务”，二是行知礼部，将铸造关防中节去“通商”二字，“嗣后各处行文，亦不用此二字，免致该夷有所借口。”
可怜的咸丰帝，已经丢失首都，幸得其弟恭亲王说退夷人而复国，还能有别的选择吗？他只好在“奕訢等又奏请关防及行文不用通商二字片”上，硃批“依议”。
于是，总理各国事务衙门，成立了，还因“军务”与“外国事务”的纠葛越发不清，该衙门的权重越发超过军机处。那是后话。
