一个革命政党在其政治成长历程中，大凡要经历两大难关：一是当创党的魅力领袖去世以后，最高权力的继替问题；二是当革命成功以后，由革命党向执政党转型之调适问题。前者有可能导致党的裂变；后者有可能导致党的蜕变。国民党显然未能顺利通过这两大关口。
国民党清党与其建国统一过程是同步进行的。前者是对付共产党，后者是对付北洋军阀。19271928年的清党运动，对共产党固然是一场劫难。对国民党自身而言，清党不仅没有起到纯洁党的队伍，严密党的组织和增强党的战斗力的作用，相反导致了党的分裂和党内人才的逆淘汰。在清党以后的相当一段时间里，国民党自中央至地方的整个组织系统几乎处于瘫痪状态。加之这个时期，蒋介石以军事领袖行使独裁，重军轻党，更使国民党自身的制度化和组织化的重建工作处于放任、停滞甚至退化状态。
另一方面，蒋介石清共反俄，被视为违背总理遗教。全党意识形态因此陷入混乱。党的继承人之争与党的路线之争相互纠缠不清。为了与共产党划清界线，国民党从政纲政策到组织路线，均改弦易辙，将三民主义意识形态中原有的“左”的和一切稍带急进和社会改革色彩的东西，统统被当作“共党”余毒抛弃掉。三民主义意识形态的社会魅力荡然无存，党民关系由动员体制转变为控制体制。与此同时，对执政以后政治权力带来的腐蚀，又未能加以有效防范和抑制。在裂变与蜕变交相作用下，执政未久的国民党即迅速演变为一个被国民厌弃的党。
清党与逆淘汰
清党对国民党自身所产生的负作用之大，对以后国民党政权的困扰时间之长，在国民党党史上堪称是一个重大的转折点。长期以来，人们主要关注清党对中共的沉重打击，其实清党带给国民党的自我创伤几乎等量沉重。张国焘回忆“四一二政变”前后的国共历史时，曾深有感触地说：“四一二这一幕后果的严重性，是无法精确估计的。即以蒋氏而论，他在这一幕中，固已获得胜利；但从长远来看，究竟是获利抑或负债，尚有待于历史的判断。”张国焘此言主要就“四一二政变”所激起的中共对国民党的仇恨而论，事实证明可以从更宽泛的意义上来理解张国焘这一段话的历史含义。可以说，清党对国民党自身也是一场灾难和浩劫。
谁是“共党”？
国共合作之际，共产党在国民党内的党团组织活动是秘密进行的。除少数中共要人外，绝大多数跨党的中共党员的身份并未公开。当蒋介石“清党”令下，除少数目标明确外，最大的难点，竟是难以分辨谁是“共党”。
据张国焘回忆，陈立夫曾在抗战时期的一次会议上追述清党情形时谈到，清党时最大的困难，是分不清谁是共产党，谁又不是共产党，他于是想出一个办法，在各地召集国民党大会时，要左倾的站在左边，其余的站在右边，然后要他们相互打起来，这样站左边的受到了应得的惩罚。这一如同儿戏的做法，令人难以置信。
1994年陈立夫回忆录出版后，发现张国焘的忆述，竟在陈的回忆录中得到印证。陈回忆清党情形称：“吴倚沧、我哥哥和我最关心的是如何找出谁是共产党，因为，中国共产党从来没有将他们党员名单交给我们过，因此，我们根本没有办法分辨谁是共产党，谁是纯粹的国民党员我告诉吴倚沧，唯一可做的就是打斗，因为一打了起来，国民党和共产党两边的人自然就会分出鸿沟来”。
除以打斗分鸿沟之外，在更多的地方，主要不是通过国民党组织力量进行政治清算，而是以军警力量直接进行暴力镇压。一场声势凶猛的清党运动不可避免地走向扩大化。除了真正的共产党员和青年团员外，一些平日思想比较急进的国民党员和平民群众势必受到牵连。广州清党时，军警将凡是穿西装、中山装和学生服的，以及头发向后梳的，统统当作共产党予以逮捕。上海清党时，清党委员会由陈群、杨虎二人负责，国民党上海市党部亦无权过问，以至陈群将市党部的一名国民党“忠贞党员”张君毅捕去杀害，市党部虽一再向警备司令部交涉亦无效。吴开先（其时在国民党上海市党部任组织部秘书，后成为CC系的一员干将）曾亲历上海清党时的纷乱情形。他事后向陈立夫言及“无辜人民之遭害者更不计其数，言之至为痛心”。陈立夫晚年亦承认，清党“对本党之失去学界同情及一般人民之失望，均属无可补偿之损失也。”
在这场以清党为名的白色恐怖运动中，到底有多少人被捕被杀，很难有精确统计。目前所见主要有以下几种不同的统计数字：
（1）中共“六大”所作的不完全统计，1927年4月至1928年上半年，在“清党”名义下被杀害的有31万多人，其中共产党员2．6万余人。
（2）当时全国各地慈善救济机关所作的不完全统计，在1927年4月至1928年7月间，全国各省被国民党逮捕和杀害的人数总计81055人，其中被杀害者40643人，被逮捕者40412人（见附表）。
（3）《大公报》比较笼统的说法，到1930年，已有数以十万计的人被杀害。
以上几种数字出入虽大，但有一点是可以肯定的，即在这场清洗运动中，被捕被杀的非共产党员人数远超过中共党员人数。内中国民党青年占有相当大的比例。如前章所述，国共合作时期因中共话语处于强势地位，大批国民党中下层党员受其影响而思想左倾。清党时由于难辨国共，势必殃及国民党人自身。如国民党江苏省党部在总结清党经验教训时声称：“清党运动发生以后，本党多数革命忠实份子却失其保障，随时有被土劣贪污构陷罗织之危险，其情形之悲惨，有如丧家之犬。”“丧家之犬”形象地描述了当时国民党中下层党员人人自危的心态和境遇。白色恐怖的阴云同样弥漫于国民党人的头顶。言行稍有不慎，“红帽子”即可能临头。诬人为共，是当时最易置人于死地的“高招”。往日与人有隙者，诬人为共可以泄私恨；平常与人有利害冲突者，诬人为共可以除对手；甚至有人索婚不遂，亦诬告对方为共。1928年4月10－11日国民党《中央日报》连载一封题为《在下层工作同志的伤心惨绝的呼声》的读者来信，清楚地反映了当时国民党地方党员惶惶不安的情形：
本党不幸，为实际需要所迫而有清党运动之发生，致予贪污豪劣及投机腐化分子以乘机崛起，向革命势力反攻机会，凡属忠实同志，受其诬谄摧残，几至与共产党同归于尽现在同志等均在腐化分子一网打尽之中，被殴辱者有之，被劫掠者有之，被杀害者有之，被诬告者有之，被缉拿者有之，被系狱者有之。
清党运动如同一把锋利的“双面刃”。它在重创共产党的同时，也对国民党自残不浅。除一部分国民党青年在这场运动中与“共产党同归于尽”外，还有相当多的国民党人因清党而灰心、失望以至脱党。如1928年江苏省党部举办国民党员总登记时，“党员对党灰心，不来登记者占十之三四；存观望登记者十之四五；因受反宣传不登记者十之二三。”这种情形不独江苏一省为然。广州市重新登记的国民党员不及全市原有党员的10％；广东全省申请登记者亦不过原有党员总数的35％。在汉口，清党前有党员3万多人，登记时仅5000人。在长沙，清党前号称有党员19万之多（此一数字可能有水分），清党后仅剩下“合格党员”1526人。这1500多名“合格党员”中，“农工两界寥寥无几”。清党前，全国国民党党员总数在100万以上。清党后，据1929年10月统计，国民党党员总数减至65万余人。减少了1/3。
这减少的30多万国民党员中，大概主要是两类人：一类是思想较为急进的青年党员；一类是下层农工党员。前者大多是被清洗，后者大多是自动脱党。可以说，在这场清党运动中，国民党内被淘汰、受打击的，主要是一批对革命有理想、有热情的党员。
实际上，被清除和自动脱党者可能还不止30多万。因为在农工党员和急进青年被清除出党的同时，亦有大批投机分子涌入党内。例如在成都，清党前原有党员仅3000余人，清党后申请登记者多达1万余人。四川全省在清党后登记党员10万以上，超过清党前党员人数数倍。江苏省国民党党部在清党后的工作报告中指出，各县“或党员甚多而登记极少，或党员极少而登记太多”。并称后者大半为投机分子。他们冒充党籍蒙混登记的情形约分四类：一是冀得党籍在政界活动；二是地痞流氓欲吃党饭；三是土劣爪牙混入党内以图维持其封建势力；四是党部委员植党营私。当时国民党内有人评曰：国民党“军事上虽得胜利，政治上却糟得不堪，土豪劣绅、投机分子潜形混入本党，冒充党员藉词诬害忠实同志比比皆是。武汉赤化，固属事实，而宁方腐化亦无可为讳。”“民众对于本党的信仰，在这时间，可算剥蚀尽净！”
对国民党而言，清党运动实际上是一场党内人才逆淘汰运动。不少真正有信仰有理想有革命热情的党员受清洗，被淘汰，有的因同工农群众打成一片而被当作共产党惨遭杀害。如浙江豪绅地主“藉清党之名，谬指各地之宣传主张减租者为共产党员，向各机关告发。各机关于接受告诉之后，大事搜捕，至无辜受累者难以数计。”这等于提醒那些尚留在国民党内的成员，不要再以激进的方法来解决社会和经济问题。另一方面，那些藉党为私的投机腐化分子和土豪劣绅群相涌入或原封不动地留在党内。
经过这样一场逆淘汰，民众对国民党的信仰一落千丈。国民党江苏省党部在清党报告中写道：“反革命之势稍杀，不革命之势代兴。土豪借名清党，实施报复而图复燃。共党要犯逸走，忠实遭污，清浊不分，是非颠倒。意志薄弱者视革命为畏途，感情热烈者，伤本党之无望，而投机腐化，纷至沓来”，从而导致“党德沦亡”，“党权日坠”，“党机毁灭”，“民众对党的信仰全失”。蒋介石也承认：“清党时期，倏逾半年，共产党之逆迹固已大暴国中，本党之精神亦日见湮没。”1929年国民党“三大”检讨清党运动时亦坦陈：清党的结果，“使本党起了一个很大的分化和损失”，“一般投机腐化恶化分子都纷纷混入本党”。
