邓广铭先生和季羡林先生是多年要好的老友。邓广铭先生对季先生担任总编纂的《存目丛书》的出版提出批评，使有的人担心会不会影响两人的友情。但在丛书编委会的一次会议上，季先生还特别谈到，邓先生、宿先生发表的批评文章，用意都是好的，让大家要正确对待。应该说，学术上的争论是为促进学术的发展，是不会伤害年深日久的友谊的。
1994年，父亲邓广铭(北京大学历史系教授)已是87岁高龄，为使整理出版中国古籍的工作走一条正路，他写了一篇《论〈四库全书存目丛书〉不宜刊行》的文章，发表于该年7月29日《光明日报》的《读书与出版》专刊，引起文史学界一场不大不小的争论。
在文中，他举出清乾隆时期编纂《四库全书》，列入“存目”的可分为三类:第一类是为避免重复而把一些书列入“存目”；第二类是被纂修人员判定为伪冒的书籍，其判定至少有百分之九十五以上是准确的；第三类是因内容不符合纂修人员的价值观念而被列入“存目”的，但这些书也未必都符合我们今日的价值观念。因此“存目”中值得印行的数量有限，不值得浪费很大的财力物力将其全部印行。
他在文中建议，要严格区分“国粹”与“国渣”，取优汰劣，组织专家学者认真审查鉴别，将真正有价值的书籍编一套《四库全书存目选本丛书》，并重新为每一本书写一篇“平反提要”。
在发表文章之初，父亲就对我说，这套丛书的出版，从前一年就开始筹措了。主办人是北京大学历史系的一位姓刘的教授，已筹措到600万元资金(出一集需5万元，要出1600集)，并已造了一定的舆论声势，李鹏等都为它题了字。父亲说，在这种情况下，唱此反调，很难说能起到多大作用，但他不能不提出自己的意见。这是父亲生前所做的最后一次论战。虽然《存目丛书》还是陆续出版了，但是父亲以对学术负责、对历史负责的态度，毅然发难。我感到他的这种精神实是可佩的。
文章发表后，《瞭望》杂志的副总编辑陈四益访问了父亲，写了两千多字的文章《〈四库全书存目〉及其他》，署了叶芝余的笔名，刊登在《瞭望》第37期(1994年9月12日)。他开始就说，读了邓广铭先生的文章，“精神为之一振，觉得北大毕竟有人。”接着他说，在《四库全书存目丛书》的编纂方作了热热闹闹的高调宣传之后，父亲“敢于力排众议，不仅需要见识，而且需要勇气”。他同意父亲对存目书籍的分析，他说:“把尚存的4000余种、6万余卷《四库》存目之书，不分青红皂白统统印出，并称之为‘全世界最后一笔、最大一宗文化遗产’，岂不是要愧对前人，遗讥来者？就说这‘全世界最后一笔、最大一宗文化遗产’的提法也不通之至。人类社会并未终结，人类文化仍在发展，这‘最后’之说，从何谈起？”“古籍整理是要下苦功夫的。我们何不抛弃些急功近利的念头，发扬些严谨认真的学风呢？”这些问号实使对方难以答辩。
《存目从书》的编纂者自然不甘寂寞。9月2日，《光明日报》的同一专刊登出杨素娥的《论〈四库全书存目丛书〉亟宜刊行——兼答邓广铭先生》，文中说，对印行《存目丛书》，“学界翘首引颈以待之”，而父亲的文章“独唱反调，实欠允当”，认为父亲的文章中“作为‘不宜刊行’的具体理由，且不说其所分三类是否正确，但其理由却是荒诞的”。他认为，刊行《存目丛书》的理由，“一曰抢救古代文献”，“二曰便于学界，推动学术研究。”
这里说个小插曲:《光明日报》记者在发表杨素娥的文章前和父亲打了招呼，把原稿拿给他看了，妹妹小南也看了。小南认为文中有些话说得很不礼貌，使她很生气(后来报纸发表时，编辑删去了一些)，一夜没睡好觉。第二天早上她问父亲睡得好不好，答说睡得挺好；她说:“我可没睡好”，父亲说:“这就是被动吸烟和主动吸烟的区别了。”老人真是幽默！
父亲还认定，杨素娥就是那位刘教授，是有意选了一个女性化的笔名。接着，《光明日报》于9月9日发表了北京大学考古系宿白教授的文章《建议改出〈四库存目选粹丛书〉》。他支持父亲的看法和建议，但提出将父亲建议的《四库全书存目选本丛书》改为《四库存目选粹丛书》。他说已经看到了《四库全书存目丛书》第二册的样书，其中收录的十种书籍，有九种“或属假冒伪劣，或属定本已入《四库》，或属鄙陋愚妄，为什么还要让这批‘国渣’在我们的传统文化之中鱼目混珠呢？”他的责问是很有说服力的。
9月16日，《光明日报》又发表施蛰存老先生以杂文笔法写的《也谈〈存目丛书〉》。这篇千余字的楷体文，先谈《四库全书》及“存目”的由来，然后说，看到父亲的文章，“其中有些意见，也正是我们的意见。”又针对杨素娥的文章说:“这位杨素娥女士的文章，似乎火气太大。她说邓广铭的‘不宜刊行’是‘独唱反调’。这句话把我吓倒了，决计不再多嘴，虽然我可以证明邓广铭不是在‘独唱’。至于‘反调’这两个字，在二十年前就很吓人。我是从各种‘反’字风波偷生过来的人，这回就不敢冒犯‘正调’了。”
关于这篇文章，也有一个有趣的插曲:由于父亲早年同施蛰存之间有一桩“公案”，所以他一看到作者的名字，就急于知道文章是支持谁的。但从题目上看不出来；看前几段，也看不出来；看到后面，才知道是同自己“合唱”的。
提起那桩“公案”，那是在1935年，父亲还是北大史学系的学生，他曾在大公报社出版的《国闻周报》(11月4日)发表文章，批评施蛰存、阿英主编的《中国文学珍本丛书》第一辑，说:“他们毕竟是商人气氛多而学人气氛少，对于读校古书并不当行，勉强作来遂不能自掩其丑。”
施蛰存于该年11月25日也在《国闻周报》发表《关于中国文学珍本丛书——我的告白》，辩解说:“虽然失败，虽然出丑，幸而并不能算是造了什么大罪过。因为充其量还不过是印出了一些草率的书来，到底并没有出卖了别人的灵魂与血肉来为自己的‘养生主’，如别的文人们也。”
邓的批评和施的辩驳引起了鲁迅的注意，他化名齐物论写了一篇《文人比较学》(发表于1936年1月，见《且介亭杂文末编》)，文中说，《国闻周报》刊有邓恭三(邓广铭)的评中国文学珍本丛书第一辑一文，指出这一辑丛书的“计划之草率、选本之不当、标点之谬误”三点。而针对施的辩驳，鲁迅挖苦说，他“活活的画出了‘洋场恶少’的嘴脸，——不过这也并不是‘什么大罪过’，‘如别的一些文人也。’”
后来父亲才知道，这些丛书是施蛰存、阿英雇用张春桥等人标点的。
时至1994年，施蛰存已是九十多岁高龄。他的这篇《也谈〈存目丛书〉》一文是自发来稿，说明完全出自他的本心。也说明事隔多年，老先生为捍卫真理，早已不计前嫌了。
在杨素娥的文章见报后，父亲又写了一篇《再谈〈四库全书存目丛书〉》，对杨文进行反驳。我和小南都劝他，岁数这么大了，再在这件事上花费精力不值得，还是干点该干的(他正修订已出版的几本宋人传记)。我们还凑了八个字送他:“见好就收，过犹不及。”《光明日报》的责任编辑也说，宿白的文章从学术上支持了他，施蛰存的文章从道义上支持了他，有了这两篇，就可以到此为止了。但父亲却是欲罢不能，执意写出第二篇。
12月2日，《光明日报》又发表了王绍曾的《印行〈四库全书存目丛书〉之我见》，是赞成出书的。一周后，12月9日，又发表了父亲的第二篇文章《再谈〈四库全书存目丛书〉》。原文中有些比较尖刻的批评，以及他指出杨素娥就是那个刘教授的话，被编辑删去了，他对此还颇为不快。
父亲和季羡林先生是山东同乡，又是多年要好的老友。这次季先生被聘请担任了《存目丛书》的总编纂，而父亲对这套丛书的出版提出批评，这使有的人担心会不会影响两人的友情。听父亲说，那段时间，他和季几次一起乘车出去开会，季都不提丛书的事，而是同他谈一些其他话题。10月，在丛书编委会的一次会议上，季先生还特别谈到，邓先生、宿先生发表的批评文章，用意都是好的，让大家要正确对待。应该说，学术上的争论是为促进学术的发展，是不会伤害年深日久的友谊的。10月7日，我随二位老人到北京图书馆参加“臧克家文学创作生涯65年展览”。在开幕式上，臧、季、邓三位老友肩并肩亲切地站在主席台上。新闻记者为他们拍下了合影。这是一个多么值得纪念的时刻！
