大学的理念，当年洪堡已经阐述得很清楚了：学术自由、教学自由，教学和研究相结合。大学就是进行教学和学术研究的地方，本人认为：教学方面，大学要么进行精英教育，培养独立思考的人，或者进行实用教育，培养掌握了实用知识与技能的人，既进行精英教育又进行实用教育，由于大学教育仅四年时间，恐怕难于做到。学术方面，学术自由是科学生存和发展的基础，学术自由是真学术的基石，学术研究是由学者组成的学术共同体进行的，因此学术的权力必须归学者，教学、学术自主，教授治校。中国大学的改革具体方案必须是能够真正提高中国大学的教育与学术研究水平，而不能够是表现官员政绩的数字一大堆，实际的教育与学术研究水平却往下滑坡。我想，在这些方面，我与甘阳、陈平原诸君都能够取得共识的。
但在这样的共识的基础上，本人依旧认为北大的改革方案第二稿平庸，中山大学已经定稿的改革方案蹩脚。许纪霖在《北大改革与学术自主》中说：“据报道，在即将推出的第三稿中，将有重大的突破，将设计一套比较客观、公正的评审制度，重点在于院系一级将成立‘学术自主的教授委员会’，负责教师的职务晋升和考核工作。假如这是方案的最终结果的话，我们有理由说，北大改革开始向旧体制的核心问题开刀了。”由于没有看到第三稿，目前还不能够确定，如果第三稿能够真正做到评价体系公正合理，院系一级实现教授治学，民主自治，北大改革方案可以认为在大环境的约束下达到次优了，中山大学的改革方案相比之下就太差了。
由于本人依旧坚持《令人忧心的大学改革方案——再评北大改革以及中山大学改革方案》中的观点，认为中山大学的改革方案很差，略微说明一下：本人1982年进入华东师范大学生物系学习，毕业后也一直与北大、中山大学都无任何关系和利害冲突，做这些讨论也只是为了中国的高等教育健康发展。
甘阳认为“中山大学的改革强调依法办事，保障教师合法权益，……而北京大学的‘方案’则有一种以行政当局居高临下对待教师的傲慢。……尊重历史的中山、割断历史的北大。”在我看来两个大学在这方面其实都是半斤八两，在中国大学官本位的情况下，改革都只能够由党政主导，教授教师们几乎毫无权力，都是征询大家的意见、建议，都根据意见、建议进行修改，只不过两个大学拿出方案、讨论方案的时间有先后，更重要的是情况不同，南方日报的报道说：“随着招生规模的逐渐扩大，特别是研究生招生人数的较快增长，中大的教师编制数也处在相应增加的态势之中，目前学校大多数学院教师处于缺编状态，而北大则是在高级学术职位已经基本满员、拿着高薪水的教师们没有一个人愿走的背景下进行改革的，在一个最不适合改革的时刻选择了改革，其艰难可想而知。”所以两个大学的学官们的办法不同，北大领导的方案第一稿就把副教授也纳入了要部分裁员的计划，只给教授终身教职，再加上方案第一稿的诸多缺陷，文史哲方面对外部评价的不认同，终于引起了从互联网到媒体的大讨论。
一般情况下，副教授职称应该与终身教职基本重合，本人曾经奇怪北大为何这样做并认为不行，但没有非常在意。北大退休教授武际可最早地指出了副教授不属于终身教职，规定教员获得终身职业的条件要15年的不现实和巨大危害，是瞎指挥。甘阳进一步阐述了它的不公正，不合理，重申了终身聘任应改为定在副教授，才能够“理顺全部关系”。北大改革方案在这一点上确实需要改变。我再多说一句：如果没有官本位、学术自由等方面的诸多问题，终身聘任定在教授还是副教授，对北大确实是一个不那么容易判断的利弊衡量选择问题，但以中国现在大学的情况，终身聘任定在教授一级基本上能够肯定是成本大于收益。除非北大现在的领导能够象蔡元培、蒋梦麟、胡适、傅斯年等人那样既有公德心，又有很高的威望。
但甘阳的另一个结论“实际上中山大学改革方案已经提供了最现成的更完善方案，足以替代目前的北大方案”根本不能够成立。中山大学改革方案有一些好的东西，如更加细致，有部分的程序公正的规定，有申诉与仲裁程序，连讲师都有带薪的学术休假等，值得北大借鉴，但改革的目的就是要提高大学的教育、学术水平，可是中山大学改革方案在关键环节的学术评价体系上很不好，还是会降低中国科学技术和教育水平的量化考评制度，外部评议几乎只是摆设，又没有进行教授治学，学者自治的改革，即中山大学改革方案没有实质性的改革，不能够实质性地提高教育、学术水平。
虽说“勿以善小而不为”，但一个没有实质性的改革方案是不能够说是更完善的方案，不宜过高估计把终身聘任与副教授职称重合这样一个优点的价值。
更何况，中山大学改革方案没有解决历史遗留的学术腐败问题，比北大方案还强化了官本位，依旧是官大学问大，体现在至关重要的“院系教师职务聘任委员由学校教师编制核定与职务聘任委员会委派，其成员包括院系党政负责人、本院系教授和相关学科专家，院长或系主任为委员会当然主任委员。”
说到官本位，北大退休教授武际可说：“党委书记任彦申到校不久，就被聘任为教授，而且还拿到了博士导师的头衔，首开了恶劣的先例。这就在学校里树立了一个无形的标准，只要当了官，在学术上也就达到了最高水平，其结果是把学术职称政治化了，政治地位就等于学术水平。接着，从教育部下来的红头文件，大量聘任所谓德育教授。又把大批没有摸过粉笔头的人弄成了教授。
这种措施的恶劣影响并不在于，在教授队伍中增加了一部分不从事教学的教授。严重的是，树立了教授可以不教课先例。既然教授可以不教学，这种榜样一出，就使得本来是做教学工作的教授也不教学了。在五十年代，北大从上到下，只要是教授的，没有不讲课的。愈是有名的教授便愈是教基础课，而且几乎每学期都在上课，还要不断开设新课。而现在各系大约有半数的教授不上课。”这导致了北大的教育水平的滑坡。
因此，大学的官本位必须改革，绝对不能够再评什么官吏教授，已经有的那些靠做官当教授的也必须废除。不做到这一点，北大恐怕不能够让人相信改革是为了提高北大的教育与学术水平，只会让人觉得改革只是要压榨青年教师。官吏教授对辛苦教学、辛苦研究才当上教授的人极其不公平合理，这样对教师的士气打压很大，这样还有谁会去努力教学和搞科研，只会去努力钻营官场，当了官就什么都有了，这是真正的学术腐败，这样，中国的大学如何能够提高水平？教育部当年这样做是带头搞学术腐败。（在我的记忆里，这是比封建时代还不如，封建时代进士必须是考出来的，皇帝要封赏功臣，有赐“同进士出身”的，没见过赐进士的。教育部权力没皇帝大，赐“翰林”头衔倒大把地封赏。）
对已有的历史，应该做一个基本承接，但“德育教授”、“管理学教授”这样贻害中国教育科技的官员教授必须取消，学术腐败问题必须解决。如果北大真取消这种官员教授，那是一个很好的进步，而且是破除中国大学中已经非常糟糕的官本位的重要一步，说明改革者确实是要提高北大的教学和学术水平，目的真正是为了北大，而不是只想压榨青年教师。官员教授之外确实不称职的教授、副教授，制订公正合理的标准与程序后，以个案方式辞退为好。
既然是教育部下发文件搞官员教授，中山大学估计也应该也有这些学术腐败，但却没有取消。所以，中山大学改革方案不过是蹩脚的方案而已。
陈平原的《国际视野与本土情怀》，特别提到：今日谈论大学改革者，缺的不是"国际视野"，而是在全球化潮流之中仍然保持对"传统中国"以及"现代中国"的理解和尊重。"
对此，我的看法很简单：上个世纪的大师王国维自沉，陈寅恪认为是殉中华文化，大师一清二楚地知道中华文化的死亡，再详细点就是：中华文明的轴心是儒家文化，以仁、义、道、德为中心，实际上是阳儒阴法，1840年以来中国、中华文明的进化过程就是轴心转换过程，或者说是全面世界化，现代中国的情况是个大杂烩，法家、儒家的遗留一点，马列主义一点，自由、民主、科学一点，但中华文明的轴心必定要全面转换到自由、民主、科学。现在最缺、最重要的是自由、民主、科学，而不是对"传统中国"以及"现代中国"的理解和尊重。中国比日本更早向西方学习，但由于日本文明没有轴心，没有轴心转换等原因，学习西方比中国快、全面，在政治、经济、科技等方面、富国强兵效果方面比中国强太多，导致中国根本不是日本的对手，一再失败，抗日战争主要靠美国出手帮助才胜利。现在的中国还不如日本，因此，我们要努力向西方学习。
陈平原的《大学三问》还特别提出"人文有无用处？管理是否万能？榜样如何获得？"这样三个问题，指出中国大学改革并没有现成的制度可以照搬，对于欧美大学制度必须经过一番创造性转化，方具有可操作性。
人文有无用处？当然很有意义，但纯粹是重复性的泡沫的假人文社科成果毫无意义。所以人文评价体系必须依靠学者自治和同行评议，其中包括海外华人甚至外国人的评议。由于有些人认为量化考评制度是理工科思维错误地用在人文学科，我再重复一遍，缺乏定性正确基础的量化考评制度根本不科学、不客观、不精确，根本不是什么理工科思维。人文、社科方面，中国肯定能够和外国一样使用相同的外部评价制度，而且大多数情况下，连评价标准都能够相同（此结论将另文论证）。管理是否万能？依靠量化考评制度的管理是污七八糟。榜样如何获得？不需要榜样。只有蹩脚的学生需要榜样，一模一样地去做，中国大学的管理者、教授们还是要一招一式都需要模仿的学生吗？
李猛的《如何改革大学？--对北京大学人事改革方案逻辑的几点研究》，分析了北大改革方案强调的竞争和流动机制，是嫁接并依赖于美国已有的评价体制上的，却缺乏各种真正有效的学术机制，因此整个体制的运转要倚赖于老机制，结果必定“北大付出巨大代价得到的只不过是旧体制变本加厉的回归罢了。而且这种旧体制的翻版，由于‘竞争’环境更恶劣，连旧体制相对较宽松的环境这一优点都丧失了。”"不过是提高了旧的运作机制中竞争的风险，但却根本没有办法创造新的机制。"
在这一点上，本人的看法与李猛极其接近，不过本人不认为“根本没有办法创造新的机制”，本人从其它角度考虑，认为北大方案缺乏了教授治校的核心一环，缺少了教授治校，连从美国引进的外部评价制度都不能够保证公平合理地实现。所以，一定要有教授治校，在目前的环境下至少要做到学术自由、学术自主，教授治学。系一级实现教授治系，民主自治，行政后勤人员按照教师们选举产生出的各种委员会的命令进行服务工作，没有行政决定权。这样就初步建立了真正有效的学术机制的关键部分。
即使实现了教授治校，大学也仍然是以教学、学术研究为本位，而不是以教授为本位，教授会的权力也不能够是大学中的最高权力。权力必须是相互制约的，信息必须尽可能公开，以保证公正与效率；即在学术评价方面，必须是国外、国内权威的评价与本单位教授的评价相互制约，靠学术水平决定；学术权力方面，必须是教授会、学术委员会和系主任、院长、校长之间相互制约，以达到实质性的公正。不这样做的话，“学阀”、“学霸”的出现恐怕不可避免。
以学者晋升为例，中国现在的学者晋升情况是权力和人情、资历的影响很大或者是数论文、专著数量，不公正也缺乏效率。北大改革方案以及网络上有人主张由系主任、院长聘请外单位优秀学者参加学术委员会以保证公正，但这对一些部门也许既不必要，也有不利于培养北大自己的学术共同体、不利于培养北大自己的学术权威等缺陷。
一个学术机构，重要的是学者民主自治，教授水平高的系，所有教授学术权利平等，都是一票，系主任、院长、校长在相应的学科也只是一票，系里有教授会就不需要学术委员会。如果教授水平参差不齐，就不需要教授会，有一个简单办法可以基本保证学术委员会由本院系学术素质最高、品格正直的优秀学者组成，那就是规定每一个候选者的外部评议书，隐去外部评议人的姓名和所在学术机构情况后，本学院的教师都可以自由阅览。教授会、学术委员会当然必须看到全部信息，开会讨论必须首先决定是否认可外部评议，并根据外部评议确定候选者是否能够晋升，（并根据这些加上教学、服务情况排列出晋升的序列），若出现了否决外部评价的情况，教授会、学术委员会必须重新写出评议书，详细阐述充分的和确凿的理由，结论要让外行都能够看懂，而且这些评议书将寄给外部评议人员，请外部评议人员发表意见。这样，国外、国内权威的评价与本单位教授的评价相互制约，靠学术水平决定。本单位的教授如果学术水平不高，否决外部评价就是自取其辱。学术委员必须由教师连署提名，全系、全学院教师无记名投票方式产生，首先是因为教师的自利行为都会让他们选举高水平的优秀学者，如果外部评议出现错误，全靠学术委员会品格正直教授的学术水平高来纠正错误，如果他们投票选出的教授很平庸，平庸的教授绝对不敢否决外部评议，待晋升者的命运就全部由外部评价决定了，根本没有纠正错误的机会。其次是如果选出的是平庸的教授，这些人面对同一学院其它系或其它学院的教授因为晋升候选者相对水平问题产生争执，平庸的教授连说话都不响，更不用说据理力争。三、如果一个院系的合格教授少，可以让系主任、院长额外提名一些能够参加学术委员会会议的外单位优秀学者，但还必须由投票选举产生，如果由系主任、院长直接聘请，系主任、院长聘请来的人会不顾他们提出的要求吗？这样就不能够保证学术委员会和系主任、院长相互制约，也就难于保证实质公正，会由于人情、权力等原因而产生各种问题的。
总之，教授会、学术委员会不能够成为官员的傀儡。而且，这个办法能够有利于北大自己的学者树立学术权威，有利于培养北大自己的学术共同体。
另外，实行了这样的改革，终身教职的授予就是一个重要工作。终身教职与副教授职称基本重合，则对副教授的要求就要更高，也必须经过外部评议，教授会或学术委员会评议通过后，才能够得到终身教职。
