1937年8月13日爆发淞沪大战，日本陆海军迭次增兵，先有海军陆战队近两千人从旅顺驰援，随后日本陆军登场：8月23日第3师团、第11师团（欠天谷支队）登陆吴淞、川沙，9月第9、13、101师团与天谷支队、重藤支队相继到达，11月初第6、18、114师团与国崎支队在杭州湾北岸登陆，11月7日组建华中方面军统一指挥，13日第16师团在长江南岸白茆口登陆，至此日本陆军华中方面军序列达39个步兵联队规模：
上海派遣军（26个步兵联队）——第3、9、11、13、16、101师团，（第11师团）天谷直次郎支队、（台湾军）重藤千秋支队；
第10军（13个步兵联队）——第6、18、114师团，（第5师团）国崎登支队。
一、攻占南京城的日军地面部队
11月8日淞沪战场中国军队开始撤退，12日日军占领上海，日军前锋很快逼近苏州-嘉兴限制线。淞沪作战后期，日本参谋本部已研讨是否突破苏嘉限制线问题。11月19日日军第10军报告：本日中午占领嘉兴，将全力向南京追击,同日上海派遣军第16师团占领常熟城。24日大本营决定取消苏嘉限制线，上海派遣军、第10军随即分别攻占太湖北南之无锡、湖州，12月1日大本营正式下达攻占南京的《大陆命第8号》。
上海派遣军12月3日令：第16师团沿句容-汤水-南京公路向西进击；第9师团沿天王寺-淳化-南京公路向西北进击；天谷支队自常州出发夺取镇江后渡江占领扬州，控制江左运河；第13师团已于12月2日攻占江阴，沼田支队渡江占领靖江，主力继天谷支队进入镇江，由此渡江经仪征、六合进攻滁县以控制津浦铁路；第3师团置于第9、16师团后方作为预备兵力；第101师团在上海西北太仓一线担任警备。
第10军早在11月19日的报告已部署进军南京路线：全军经太湖南西进，在湖州、长兴、广德相继分兵，第18、114师团指向南京，国崎支队占领芜湖以切断中国军队溯江退路，第6师团暂置于湖州。第10军后来的执行略有差别：第6、114师团进攻南京城，国崎支队经广德、郎溪，渡石臼湖在当涂县慈湖渡江进占浦口，第18师团经广德、宣城占领芜湖。
攻占南京城作战末期又增派第13师团的山田支队、第3师团的一个步兵联队。
浦口是南京在长江彼岸的门户，9月中国南京警备司令部《南京防御阵地编成计划》将浦口为中心的长江左岸列为南京环形要塞一部分。日军国崎支队在南京城破的12月13日占领浦口，“在浦口和江心洲枪杀了俘虏的3000余人”，国崎支队应当算作攻城作战部队。
综上所述，参加攻占南京城的日军地面部队19个步兵联队是：
上海派遣军——第9、16师团，（第13师团）山田栴二支队，第3师团步兵第68联队；
第10军——第6、114师团，（华北方面军第5师团）国崎登支队。
日军华中方面军其他地面部队态势是：
上海派遣军第13师团主力从镇江渡江攻占津浦铁路滁县，第3师团担任预备兵力，第101师团担任后方警备，天谷支队从镇江渡江控制运河，第10军第18师团攻占芜湖。
日军大本营计划12月中攻取广州，第11师团（欠天谷支队）与重藤千秋支队已于11月底调离华中方面军，编入在台湾新成立的第5军。
附：以下四种资料关于攻占南京城日军部队叙述的错漏情况。
1.《中国抗日战争正面战场作战记》上册（郭汝瑰、黄玉章，江苏人民出版社2002年）第655页“日军攻占南京指挥系统表（1937年11-12月）：
上海派遣军——第9、13、16师团，第10旅团（引注：意指第11师团天谷支队，辖一个步兵联队）；
第10军——第6、18、114师团，第9旅团（引注：意指国崎支队，辖一个步兵联队）。”
若包括南京外围作战，则该书遗漏了在无锡、太仓一线担任预备与后方警备的日军第3、101师团；若仅指南京城作战，则遗漏了第3师团先遣队，而天谷支队、第13师团主力、第18师团并未直接攻打南京城。该书“南京保卫战作战经过要图”未能区分第13师团与派出的山田支队，攻取幕府山的应是山田支队被错成天谷支队。
2.《日军侵华战争》（王辅，辽宁人民出版社1990年）称“担任攻击南京城的敌第6、第114、第9、第3、第16师团，于12月8日到达了华中方面军12月4日规定的攻城准备线，即上元门（幕府山南）、小卫（孝陵卫西）、高桥门（秦淮河南）、雨花台、棉花堤（江心洲南）这一线地带”。第3师团其实是位于第9师团之后的二线兵力，12月2日位于苏州，11日才奉命支援第9师团左翼作战方向，其先头部队步兵第68联队12月12日投入武定门、通济门方向（13日南京陷落）。该书还遗漏作战末期增派的第13师团山田支队。
3.《南京战.寻找被封闭的记忆——侵华日军原士兵102人的证言》（松冈环著,新内如等译，上海辞书出版社2002年）一书刊载署名林伯耀文章，其中有“中支那方面军编成表和进攻南京的线路”（第21页），实际内容却是日军华中方面军最大编制时所有部队的态势，例如第11师团（欠天谷支队）与重藤支队已于11月底调离。另外，第114师团的步兵第115联队被错为第112联队。
4.《东史郎日记》（江苏教育出版社1999年，序第6页）所载“参加攻打南京的日军主要部队”：
上海派遣军——第9、16师团，第13师团山田支队，以及“其他：第13师团主力已去扬子江北岸，第3师团参加的只是先遣部队，第11、101师团担任后方警备”；
第10军——第6、114师团。以及“其他：第18师团、国崎支队分别开赴芜湖方面和扬子江对岸浦口”（第6页）。
所称“第11师团担任后方警备”的说法错误（如前所述），第11师团（欠天谷支队）已脱离华中方面军，天谷支队则参加了南京外围作战。
二、攻占南京城日军地面部队番号、指挥官、态势
南京攻城前夕松井石根免兼上海派遣军司令，日本陆军两级首脑机关构成是：
华中方面军：司令松井石根（陆士9期），参谋长冢田攻（19期），参谋副长武藤章（25期），参谋副长西原一策（25期），作战主任参谋公平匡武（31期），情报主任参谋长勇（28期）。
上海派遣军：司令朝香宫鸠彦王（20期），参谋长饭沼守（21期），第1课长西原一策
（25期），第2课长长勇（28期）。
第10军：司令柳川平助（12期），参谋长田边盛武（22期），第1课长藤本铁熊（26
期），第2课长井上靖（26期）。
参加攻占南京城的日军师团-旅团-联队三级地面部队番号、指挥官、态势（次序是从进攻幕府山的山田支队开始，依顺时针方向环绕南京城）：
1.上海派遣军山田支队：幕府山、上元门；
支队长第13师团步兵第103旅团长山田栴二（18期），辖歩兵第65联队（两角业作，
22期）等。
2.上海派遣军第16师团：紫金山北侧至下关，中山门、太平门；
师团长中岛今朝吾（15期），参谋长中泽三夫（24期）；
步兵第19旅团（草场辰巳，20期），辖歩兵第9联队（片桐护郎，20期）、歩兵第20
联队（大野宣明，23期）；
步兵第30旅团（佐佐木到一，18期），辖歩兵第33联队（野田谦吾，24期）、歩兵第
38联队（助川静二，19期）；
骑兵第20联队（笠井敏松，21期）；
野炮兵第22联队（三国直福，25期）；
工兵第16联队（今中武义，18期）；
辎重兵第16联队（柄泽畔夫，22期）。
3.上海派遣军第9师团：中山门至光华门一线；
师团长吉住良辅（17期），参谋长中川广（22期）；
步兵第6旅团（秋山义兑，20期），辖歩兵第7联队（伊佐一男，23期）、歩兵第35
联队（富士井末吉，19期）；
步兵第18旅团（井出宣时，21期），辖歩兵第19联队（人見秀三，23期），歩兵第36
联队（胁坂次郎，19期）；
骑兵第9联队（森吾六，23期）；
山炮兵第9联队（芹泽透，20期）；
工兵第9联队（野中利贞，18期）；
辎重兵第9联队（三田村正之助，22期）。
4.上海派遣军第3师团先遣队：武定门、通济门；
即步兵第68联队（鹰森孝，20期）。
5.第10军第114师团：雨花台、中华门；
师团长末松茂治（14期），参谋长矶田三郎（25期）；
步兵第127旅团（秋山充三郎，18期），辖步兵第66联队（山田常太，24期）、步兵第
102联队（千叶小太郎，21期）；
步兵第128旅团（奥保夫，17期），辖步兵第115联队（矢ヶ崎节三，27期）、步兵第
150联队（山本重惪，23期）；
骑兵第118大队（天城干七郎，27期）；
野炮兵第120联队（大塚升，25期）；
工兵第114联队（野口胜之助，28期）；
辎重兵第114联队（中岛秀次，26期）。
6.第10军第6师团：雨花台、中华门以西，下关；
师团长谷寿夫（15期），参谋长下野一霍（23期）；
步兵第11旅团（坂井德太郎，17期），辖歩兵第13联队（冈本保之，21期）、歩兵第
47联队（长谷川正宪，24期）；
步兵第36旅团（牛岛满，20期），辖歩兵第23联队（冈本镇臣，22期）、歩兵第45
联队（竹下义晴，23期）；
骑兵第6联队（猪木近太，23期）；
野炮兵第6联队（藤村让，26期）；
工兵第6联队（中村诚一，22期）；
辎重兵第6联队（川真田国卫，22期）。
7.第10军国崎支队：浦口方向；
支队长即第5师团步兵第9旅团长国崎登（19期）,辖歩兵第41联队（山田鉄二郎，
20期）、独立山炮兵第３联队（月野木正雄，22期）等。
《东史郎日记》将歩兵第45联队长竹下义晴错为“神田正种”，神田正种实为前任；步兵第150联队长山本重惪中佐错为“山本重省中佐”，山本重省（26期）另有其人。
三、攻占南京城日军各师团、支队沿革
1、第6师团，1937年8月登陆大沽，后经历武汉会战、南昌会战、三次长沙会战、鄂东南作战。1942年增援瓜岛，后驻北所罗门布干维尔岛，终战时残部6000人被澳军围困在布因。步兵第47联队1940年参与组建第48师团，经历福州、南洋作战，后驻防帝汶岛。
2、第9师团，1937年10月登陆吴淞，后经历徐州会战、武汉会战。1939年6月回国，次年调关东军，终战驻台湾新竹。步兵第36联队参与组建第28师团，终战驻宫古岛。
3、第16师团，1937年9月登陆大沽。担任南京城警备，后经历徐州会战、武汉会战、随枣会战，1939年7月回国。1941年12月参加攻占菲律宾，1944年在莱特岛作战惨败，3个步兵联队长战死，师团长自杀，残部仅余600人。步兵第38联队参与组建第29师团，在关岛战败覆没。
4、第114师团，1937年11月登陆金山卫。后经历徐州会战，1939年8月回国撤编。1940年7月步兵第66、102、115联队再组建为第51师团，先后属关东军、华南第23军，1943年增援新几内亚岛，终战时残部3000人。步兵第150联队参与组建第52师团，终战驻特鲁克群岛。
5、第5师团国崎支队与步兵第41联队
日本陆军当局10月9日令华北方面军抽调一个常设师团与第5师团一个步兵联队，合并本土第18、114师团编成第10军投入淞沪战场。当时第5师团主力与关东军混成第2、15旅团正在忻口、太原方面作战，第6师团与第5师团一部刚结束平汉铁路北段作战分别位于正定、保定地区，华北方面军决定将第5师团一部编成国崎支队，与第6师团派往淞沪战场。国崎支队编制为步兵第41联队、独立山炮兵第3联队（欠第2大队）及骑兵、工兵、辎重兵部队，步兵第9旅团长国崎登任支队长。国崎支队11月5日登陆杭州湾参加淞沪作战，南京作战期间12月9日占领当涂，10日渡江进占浦口。12月底国崎支队回华北方面军预定侵占青岛，不久归建第5师团。步兵第41联队1942年4月后脱离第5师团，参加菲律宾作战，巴布亚半岛作战惨败，残部调朝鲜整补参与组建第30师团，1944年10月增援莱特岛再遭惨败。
6、第3师团步兵第68联队，资料多称“第3师团先遣队”，这其实不是番号。第3师团是位于第9师团之后的二线兵力，12月2日到达苏州，11日奉命支援第9师团左翼作战方向，其先头部队步兵第68联队12月12日投入武定门、通济门战斗，次日南京城即陷落。步兵第68联队经历侵华战争全过程，日本投降后从湖南岳阳云溪转至镇江缴械。
7、第13师团山田支队
第16师团12月10日起攻击紫金山及其两侧地区，上海派遣军决定加强其右翼，11日下令在镇江等待渡河的第13师团派出山田支队到南京北侧第16师团右翼方向。山田支队由步兵第65联队、山炮兵第19联队第3大队、骑兵第17大队于12月12日编成，当日17时出发，13日攻占乌龙山、幕府山。12月20日山田支队从下关过江在全椒归还建制。第65联队经历侵华战争全过程，日本投降后从湖南衡阳、零陵一线转至江西湖口缴械。
8、第11师团天谷支队未参加南京攻城战，1938年1月16日接替第16师团担任南京警备。
1937年8月15日上海派遣军（第3、11师团）组建时，以第11师团步兵第12联队、山炮兵第11联队第3大队等另组建天谷支队，第10旅团长天谷直次郎任支队长，由参谋总长直接掌握执行侵占青岛任务。后因暂缓执行侵占青岛，天谷支队于9月3日登陆吴淞，曾归第11师团指挥，但仍有一定独立性。日军占领上海后第11师团主力调出预定参加广东作战，天谷支队留现地参加南京外围作战，占领镇江、扬州。广东作战取消后第11师团主力回国，天谷支队担任南京警备，1938年3月回国归建。
四、攻占南京城的其他日军部队
1.属炮兵
日军师团炮兵多装备75毫米野炮或山炮，第6师团配有12门91式10厘米榴弹炮。野战重炮兵旅团多配备100毫米以上炮，野战重炮兵第1、2旅团已在华北战场。淞沪作战新组建野战重炮兵第5、6旅团，分别编入上海派遣军、第10军。日军攻打南京城只有数日时间，参战的主要是野战重炮兵第6旅团（石田保道，18期）所辖野战重炮兵第13联队（桥本欣五郎，23期）、野战重炮兵第14联队（井手龙男），分别配属上海派遣军、第10军。重炮还是长江水域船舶的主要杀手，野战重炮兵第13联队轰击从南京撤退的中国船只，12日击伤英国炮舰帕托夫人号，桥本欣五郎再次被免职，解除预备役召集。
2.陆军航空部队——临时航空兵团第3飞行群（值贺忠治，19期）
1937年日本陆军航空部队组织关系是：航空兵团——第1~3飞行群（即“飛行団/Flying Brigade”）——飞行联队——飞行大队——飞行中队。七七事变后航空兵团长德川好敏率6个飞行大队投入侵华作战，称陆军临时航空兵团。
第3飞行群原驻台湾屏东，辖第8、14飞行联队，淞沪作战时出动飞行第3、8大队，辖侦察机中队2个、轻爆击机中队2个、重爆击机中队1个、战斗机中队1个。南京作战时第3飞行群以王浜（上海宝山丁家桥）、龙华为基地，在常州、广德、长兴设前进机场。
3.海军舰艇部队——中国方面舰队第3舰队第11战队
第11战队组建于1933年5月，长期担任长江沿岸租界及侨民保护，七七事变时辖炮舰安宅（旗舰）、鸟羽、比良、势多、坚田、保津、热海、二见、栗、栂、莲号等。淞沪作战时谷本马太郎任第11战队司令，12月1日近藤英次郎（海兵36期）接任。第11战队舰艇封锁下关江面，炮击南京城，随舰陆战队官兵登陆中山码头，由挹江门入城。
4.海军岸基航空部队——第2联合航空队（三并贞三，海兵37期）下辖：
第12航空队（三木森彦，海兵40期）装备95式舰上战斗机、94式舰上爆击机；
第13航空队（千田贞敏，海兵40期）装备96式舰上爆击机、96式舰上攻击机（以上均为双翼舰载机，移作陆基机）。
12月12日第12、13航空队从常州起飞24架战斗机、爆击机、攻击机，在南京上游攻击中国撤退船只时击沉美军炮舰帕奈号，三并贞三因此被免职回国（实际转任第2航空战队司令），冢原二四三（海兵36期）12月15日接任。
5.独立轻装甲车第2中队（藤田实彦，陆士33期），独立轻装甲车第6、7、8中队。
除作战部队外，还有各种支援保障部队参与南京攻城、占领、屠杀，例如《南京战.寻找被封闭的记忆——侵华日军原士兵102人的证言》第334-339页、第400-403页记载日本陆军第1船舶输送司令部第2、3碇泊场官兵的屠戮行为。
大屠杀事件期间原田熊吉（陆士22期）任日本驻南京大使馆附武官，佐方繁木（陆士32期）任南京特务机关长，均难逃罪责。
五、凶犯结局
1.甲级战犯3人
远东国际军事检察团起诉28名甲级战犯，包括华中方面军司令松井石根、参谋副长武藤章，野战重炮兵第13联队长桥本欣五郎。
2.重要战犯22人
1947年7月中国公布日本重要战犯261人名单，甲级战犯松井石根、桥本欣五郎在内。攻打南京城日军指挥官还有17人：上海派遣军司令朝香宫鸠彦王、参谋长饭沼守；第10军参谋长田边盛武；4个师团的师团长与参谋长——第9师团吉住良辅、中川广，第16师团中岛今朝吾、中泽三夫，第6师团谷寿夫、下野一霍，第114师团末松茂治、矶田三郎；以及第16师团第30旅团长佐佐木到一；第9师团第35联队长富士井末吉、第19联队长人見秀三，第3师团第68联队长鹰森孝，第6师团第45联队长竹下义晴，第16师团野炮兵第22联队长三国直福。
驻南京大使馆附武官原田熊吉，后期担任南京警备的天谷支队长天谷直次郎、步兵第12联队长安达二十三也列为重要战犯。
3.死于非命者
松井石根、武藤章1948年12月被远东国际军事法庭执行死刑。
南京作战期间松井石根在苏州养病，参谋长冢田攻实际负责前线指挥，1942年12月第11军司令冢田攻中将从南京飞往汉口途中在安徽境内坠机死亡。
与杀俘命令极有关系的华中方面军情报课长长勇，任第32军参谋长在冲绳岛兵败自杀。
华中方面军作战参谋公平匡武，任第31军参谋副长塞班岛兵败自杀。
第16师团参谋大须贺应，任第109师团附时硫磺岛兵败自杀。
步兵第6旅团长秋山义兑，任北部朝鲜定平第137师团长，1945年8月17日自杀。
步兵第19联队长人見秀三终战第12师团长，1946年在台南自杀。
步兵第19旅团长草场辰巳，终战关东军大陆铁道司令，关押西伯利亚，东京审判期间1946年9月出庭作证前自杀。
步兵第30旅团长佐佐木到一，1945年任关东军第149师团长，1955年死于抚顺监狱。
第10军参谋长田边盛武，终战苏门答腊第25军司令，1949年荷兰军事法庭处决。
第6师团长谷寿夫中将，1945年8月12日任广岛第59军司令，1947年4月中国军事法庭处死。
步兵第36旅团长牛岛满，任第32军司令冲绳岛兵败自杀。
步兵第102联队长千叶小太郎大佐，1939年4月在华北战死。
驻南京大使馆附武官原田熊吉，终战第55军司令，1947年英国军事法庭处决。
步兵第12联队长安达二十三，终战东部新几内亚第18军司令，1947年羁押中自杀。
除第10军司令柳川平助外，日军方面军、军、师团三级主官与参谋长都列为重要战犯。柳川平助为何没有列为重要战犯？柳川平助病死于1945年1月，但261名重要战犯名单中有30多名已死者，此问题至今尚未有令人信服的解释。
中国政府在筹划审判南京暴行日军方面军、军、师团三级主官时，松井石根已列甲级战犯，朝香宫作为皇族盟军最高当局决定不引渡（1947年10月朝香宫遵盟军令脱离皇族），柳川平助已亡。4个师团首恶是第16师团，淞沪作战最后阶段第16师团才进场、兵力最强，围攻南京城担任作战面最宽，12月22日始又担任南京城警备。中国政府最初要求引渡中岛今朝吾，被告知其已于1945年10月亡。最终是第6师团长谷寿夫受审伏法，与松井石根并列为最高职务的“南京大屠杀”负罪者。由此带来一些资料的误解，如称日军“在华中方面军司令松井石根与第6师团长谷寿夫指挥下，进行……大屠杀”（李巨廉等《第二次世界大战百科辞典》,上海辞书出版社1994）。至于第9师团长吉住良辅、第114师团长末松茂治为何没有受审，也许与两人在1939年即退出现役、再未召集有关。
1938年2月14日大本营下令撤销华中方面军、上海派遣军、第10军序列，3个司令部人员回国（但有华中方面军参谋副长武藤章、作战主任公平匡武、航空主任光成省三留任华中派遣军司令部），松井石根、柳川平助解除预备役召集、再未任军职，朝香宫至终战再未任实职。撤销华中方面军同日又在南京成立华中派遣军司令部，致使一些中文资料说是华中方面军改称华中派遣军。日军此举实为刻意消除南京暴行痕迹。
