随着反思的深入，人们越来越注意到，印顺“导师”的“大乘非佛说”不仅丧失了大乘佛子的应有信仰立场，而且在具体论证中学术的严谨性也有严重的不足。这一点在明舒法师发表于第二届佛教义学研讨会的长篇论文“己意进退还是回归本怀?解偏重构还是打落凡尘?——评释印顺的所谓“佛学思想”及其“研究”方法”中讲得很清楚，这里就不再赘述了。
印顺“导师”的研究结果有如此众多严重的问题，根源在哪儿？他的研究方法有什么错？一位具有虔诚大乘佛教信仰的佛子，是否可以成为一位优秀的佛教研究者？佛教研究所要求的如实理智，是否会冲击佛子的信仰？这是关涉到佛教义学在当代如何进行的核心问题。
印顺法师算是近代以来中国佛教界对于佛教研究方法论具有明确自觉意识的少有学者，有关佛教研究方法论的论述不少，影响很大。一个很重要的方面就是强调考证与历史。他提出：“中国传统佛教，似乎都不满历史考证的研究法……我国大乘信徒，对考证与历史，是更加深恶痛绝了。其实，如事实确乎如此，重真理而不是迷信的佛弟子，就应该勇敢的接受历史的事实，而不应痛恶。如认为不对，那就应本着护法的精神，去批驳他，纠正他……惟有以考证对考证，以历史对历史，才是一条光明的路。”(《无诤之辩》〈十一、谈入世与佛学〉〈三 佛教思想──佛学与学佛〉)
他的观点乍看起来很有道理，佛弟子当然应该勇敢面对历史事实，应该追求真理而不是死抱迷信。但是把“以考证对考证，以历史对历史”作为解决方案却未必正确。因为，在急急忙忙冲进历史学竞技场，展开考据大PK之前，我们可能首先要展开方法论的反思，“历史的事实”是怎么来界定的？佛教的事实、真理是否只能在世俗历史学中来寻找？印顺法师的这种求佛教之事实、真理于世俗历史研究的方法本身就是值得质疑的。其次，姑且假设可以用历史学来寻找，历史学研究有没有解决这个特定问题的能力？这需要审慎的探究，而不能无原则地接受。最后，对于佛教传统认可的事相的质疑，举证责任在谁？是要佛子拿出历史证据来证明，还是应该由否定、怀疑者拿出证据来支持他们的断言？
比如说，对于华严经的传出问题，佛教传统认为，华严经是由龙树菩萨从龙宫中取出。有许多历史学者对这种说法嗤之以鼻，他们说龙宫是不存在的，只是神话传说。他们认为这种说法不值一驳，这反而说明华严经是后来人编造的。不少学者们认为：只有接受这种观点才是中立、客观、理性的，所有相信龙宫真的存在的佛子，都是用感情来代替理性，用迷信来代替事实。对此，历史学如何来研究？对于否定质疑者，我们该如何“以考证对考证，以历史对历史”来回应？难道佛子们为了迎合这些学者们所谓的“中立、客观、理性”，就必须要放弃自己的信仰，跟着他们说：龙宫是想象的，六道轮回都不存在，三世因果都不存在，人死如灯灭……？这些否定者在没有研究之前，就先把自己的信仰（别忘了：龙宫是想象的，六道轮回都不存在，三世因果都不存在，人死如灯灭……这些也是信仰）强加于佛子，先全面否定超出自己认知能力和理解范围的、佛子的信仰，这算哪门子“客观、理性、中立”？
当然不是说，要研究这样的问题，每一个学者都必须要先皈依三宝，先成为一位佛教徒，也不是说，其他信仰的人士不可以研究佛教问题。当然可以研究，他们可以不相信龙宫的存在，可以不相信华严经是由龙树菩萨从龙宫中取出的。对于龙宫的存在、华严经是由龙树菩萨从龙宫中取出，这样的问题在历史学考据上是既无法证明，也无法否定的，是历史学研究所不能解决的问题。既然双方都有信仰，也无法由学术来决断，那么对这样的问题，历史学真正“中立、客观、理性”的做法是悬置判断，不要以无充分根据的质疑进行武断的断言，每个人可以按照自己的信仰去抉择。不能因为不信佛的人可能较多，就把多数人的世俗信仰当作公认的事实来强加于佛子，这种做法显然是不理性的。
有些朋友可能会说，你说得太扯了，龙宫当然不存在，科学早已证明了这一点。这样说的朋友，可能对科学的严谨性了解不足。实际上，没有任何科学研究的一个或者一组实验实验，能够证明龙宫不存在。科学家个人可能自己会相信龙宫不存在，会觉得龙宫的存在与已有的科学知识体系很难协调融贯，可能会有一种强烈的信念认为龙宫不存在。但是，如果真正符合科学精神严谨地说，只能是：迄今为止尚无严格的科学证据证明龙宫的确存在。的确，大多数人都不相信龙宫的存在，大多数人会以此假定来安排自己的生活，但是这只是流行的信念，与科学事实不是一回事。真正的科学家对于科学认识能力的评估，要比一知半见不了解科学的人更谨慎。因为他们知道，人类认识能力是多么的有限，已经做的工作在宇宙中是何等的渺小，局部范围获得的认识要推广普遍化，要受到多大的限制。反而是普通人炫目于科学的进步，往往会对科学认识能力有不切实际的幻想。
印顺法师和许多没有佛教信仰的普通人一样，因为对科学缺乏了解，在科学主义的猛烈进攻前，难以招架，就接受了“龙宫不存在”、“华严经由龙树菩萨从龙宫中取出是神话传说”的流行观点，不仅在信仰上有所缺失，而且在“中立客观理性”方面也不够严谨。在这个方面，印顺法师可说是科学主义的受害者。
因为印顺法师不小心把科学时代流行的观念当作必须接受的科学事实，觉得大乘经典的来源有问题，所以，他就觉得自己必须要另辟蹊径来证明佛教传统的观念具有合理性，哪怕是打了折的合理性。所以，他很努力地在阿含经中寻找大乘教理的线索和根据。平心而论，这个方面的工作本身很有价值，但也不必过分夸大其价值。在传统佛教看来，阿含经中有大乘教理的成分和线索，这是显然的，因为佛陀先讲了华严经，小乘根基的佛子接受不了，佛陀只好再讲阿含，先度声闻乘行人。但是佛陀的本怀是讲一乘佛法，度一切众生成佛，所以，在阿含经中不仅讲声闻乘，也随缘讲大乘菩萨道。这样，少数有大乘根基的佛子，直接被教化大乘菩萨道。而对于大多数具有声闻乘根基的佛子，则先在解脱道上进行度化，一方面也埋下伏笔，暗暗培养他们的大乘根基，而后来等到他们的大乘善根成熟了，又更加系统、完整地宣讲了大乘教。
印顺法师用具体工作告诉大家，阿含经中包含了许多大乘教理，包含了大乘菩萨道的内容，的确有利于接引声闻行人进而求取大乘佛果，在这一点上功德无量。所以，周贵华教授赞叹他，“从小乘本位看，他是一位有更大关怀的进道者。……他以更大的悲心，试图引导声闻乘走向大乘，所以说是一个进道者。”（周贵华，印顺法师佛教研究和佛学思想略观，第二届佛教义学研讨会论文集）
在我们看来，印顺法师在认为自己不得不接受“大乘（经典）非佛说”的前提下，尽可能说明大乘义理具有合理性，哪怕是打了折扣的合理性。从这个角度看，他是一位悲壮的、失败的大乘护道者。之所以说他是失败的，因为他虽然力图捍卫他主张的“大乘是佛说”，但是事实上他的整个工作所预设的理论前提和后来实际所主张、弘扬的却是“大乘非佛说”。之所以说他是悲壮的，因为他本来可以不必接受“大乘非佛说”流行观念作为自己研究前提的，他本来是不必自己提出证据来为“大乘是佛说”辩护的，因为自始至终质疑、否定方是拿不出充足的证据来质疑、否定“大乘是佛说”的。
而一旦我们傻傻地接受了这一不公平的规则，真的认为要我们有必要甚至必须提出证据来证明“我妈是我妈”，“我自己还活着”的时候，就陷入了宗舜法师指出的“大乘非佛说”主张者所构建的循环论证的陷阱了。
宗舜法师说：
如果今天我们对于大乘佛法还停留在他们（学者）的预设中——坚决否认没有造像，说优填王造像是传说，是大乘佛教徒后来编造出来的，说佛去世若干年都是菩提树的崇拜，是佛的光、佛的金刚座的崇拜，没有佛像，像的崇拜很晚才出现。我们即使举大量的大乘经论，他也会说这个不能算数，为什么呢？他说所有大乘经论都是后期编造的。
他有一个循环论证，以大乘的经是伪的，就否定掉一切实物，以实物不符合经的记述，又否定掉那些实物。比如，因为今天的考古学没有发现公元1世纪之前的佛像，就定论说早期不存在佛像。如果某一天挖出来一个公元1世纪前的佛像，他就会说这个不符合佛像的发展史，因为佛像都是在2世纪以后出现的，你现在挖出来1世纪前的佛像，只能证明这是后人伪造的。他有这样的循环论证，你怎么说他都不会相信，因为他陷在自我的循环论证的逻辑中去了，所以你说有像，他就说没有经，你搬出经，他说那是伪的，你问什么是真的经呢？“噢，《阿含》是真的”“《阿含》里面没有写佛像”。《阿含经》里面没有写的东西太多了！那只要《阿含经》没有讲的，或者小乘律典里面没有讲的内容，都不是佛说的，都不是佛在世的时候存在的事情或者人物。百科全书都做不到啊！百科全书的词条还是有限的，听起来叫百科，其实百科全书很少，相对于芸芸大千，百科全书算什么？
所以你拿《阿含》去套一切的时候，就会出现这样的问题：《阿含》能不能够穷尽一切现象？能不能够回答一切的问题、解决一切的可能？就像这里佛像的问题，佛经的问题。比如我们现在提倡抄经，有的人就说《阿含》时代，哪里有佛经呢？怎么会讲抄写的功德呢？因此，如果这部经里讲抄写的功德，肯定是伪经，或者说肯定是后期大乘编造的。咋一听很有道理，对不对？好像内证很严密。但是他忘记了一个现实，就是众生的多样性和佛说法的时候对治的多样性。（宗舜法师：民国佛教最重要的四个关键词：佛教、中国、人生、时代——从太虚大师"新佛教"观看民国佛教大师的精神特质，2014年10月24日在西园寺的讲座）
回到原点，即便我们为了弘扬佛法而准备权且以学术为方便来护教的时候，我们要有一种佛教义学研究的方法论意识，不能不加反思地接受有偏见者制定的规则，要对他隐含的前提假定展开反思，不能傻乎乎地在接受一个事先已经否定了我们根本信仰的前提下，去“以考证对考证，以历史对历史”地为佛法辩护。一旦落入这样的观念陷阱，那越是努力用学术为佛教辩护，就是越容易落入类似于印顺法师这样一位既虔诚、勤奋又富有才华的佛学大家的悲壮的护教结局。
一位具有虔诚大乘佛教信仰的佛子，当然可以成为一位优秀的佛教研究者。无论是龙树、无着、世亲、道安、慧远、玄奘、义净、蕅益、太虚、还是道宣、弘一等诸位大师都是杰出的佛教研究者，这是连不信佛的世俗学者也不会否认的。佛教研究所要求的如实、理智，是否会冲击佛子的信仰？这也不是问题。难道佛门的不妄语戒不是根本戒吗？难道佛门最基本的目标不是开发智慧吗？只是，对于什么是如实、理智的标准和涵义，要预先进行深刻的反思，千万要小心，不可将今天世俗学者中普遍流行的偏见、假定当作必须接受的事实前提。佛子们所接受和坚守的信仰，未必要世俗学者们勉强接受。但是，不同信仰的研究者们在同一个研究场域的平等理性地对话和交流，有助于促进现代社会所推崇的多元化，也有利于提醒世俗学者们反省那些被无意识地接受的流行前提的假定性，有助于真正理性、客观的实现。这是佛教义学对于佛教学术研究的根本贡献。
印顺法师的相关论述还有一个很大的问题，那就是他似乎缺乏明确的对话语境的意识，所有研究都是对所有人讲的。就大乘佛教的相关论述而言，我们必须要认识到，至少可以分为三类人：不信佛的世俗学者、小乘学者、大乘学者。对于大乘学者而言，大家都有共同的大乘信仰，不必再在大乘是否佛说的问题上纠缠，尽可以在别的具体问题上展开讨论了。“大乘是佛说”可以成为大家讨论问题的默认前提。
而如果与小乘学者交流，即使小乘行人不接受大乘经为佛说，我们也可以各自坚持自己的主张，侧重在将阿含经所说的内容作为前提下，发挥阿含经中的菩萨道，来为大乘菩萨道辩护，方便接引小乘行人修学大乘菩萨道。对于世俗学者，今天他们可能连六道轮回、三世因果等观念都不接受，只相信龙宫是想象的，六道轮回都不存在，三世因果都不存在，人死如灯灭这些观念，我们仍然可以各自坚持自己的信念，但是可以在双方共许的一些前提下展开交流讨论，仍然有足够的空间对一些问题进行理性交流。在进行交流的时候，特别要注意，不可轻易为对方所转。也就是说，对于对方不接受的观念，我们固然不必以此作为说服对方的论述基础，但是，也不可轻易把他们对我们信仰的否定作为大家讨论的前提，而要指出各自具有不同的信仰，理性的讨论应该以澄清和尊重双方的信仰为前提才可以进行。世俗学者的信念，不能因为其为很多人共同认可，貌似不言而喻、不证自明，没有理论化、系统化，比较微细、隐蔽，就忽视其也是一种信仰，就变成了共许的事实。那是不公平的。
为印顺法师辩护的角度来揣测，印顺法师是过分慈悲，俯就机宜，试图接引各种根基的众生来发挥他心目中大乘的教理；抑或是，他是大乘道的向道者、慕道者，徘徊在小乘通往大乘的道路上。而从批评的角度看，印顺法师可说是立足未稳的菩萨为众生所转，为科学主义的威势所震慑，迷失了方向。这样一来，他由于丧失了大乘佛子本来该有的立场，未必能接引小乘进修大乘，未必能接引外道学佛。反而却因为在佛子、大乘佛子中，不必要地随顺世俗学者、小乘佛子的立场，真正弘扬的是“山寨大乘伪佛教”，反而动摇了佛子、大乘佛子的信心。这样说来，周贵华教授提出的大乘佛法“失道者”、“弃道者”、“坏道者”的评语，也不冤枉。
