当前中国知识界主要致力于两个方向：消极而言，是如何切实有效地防范学术腐败，给学术生产制造一个健康的环境；积极方面来说，是怎样创建一个好的学术体制，从而生产一流的学术成果。这些问题的解决，不仅是一个学术道德和学术规范的问题，而是必须全面地检讨中国当下的知识生产体制，才能从根本上正本清源。在当今时代，知识产品也具有与商品类似的属性，是一整套体制化的运作下的结果。在传统社会，学术的积累和生产更多的是个人化的行为，像董仲舒或朱熹，更多的是通过私人著述、个人传道授业、与学生的私人交流方式完成的。在欧洲的启蒙时代，卢梭、伏尔泰、洛克、亚当·斯密、孟德斯鸠等人，他们学术创造也是以一种相对个人化的方式进行的，而不是像今天这样规模化的社会化知识生产。然而，随着知识的专业化、学院化时代的到来，学术生产已经不再仅仅是个人或某个群体的行为，知识生产和学术创造都已经充分地建制化。学术知识就像物质性的商品一样有着它自身的生产、流通（传播）和消费领域，构成了一个完整的互动式的链条和体系。
因此，要对当前中国学术期刊进行反思，就必须把学术期刊放在中国整个知识生产体制中来进行考量和权衡，才能把握学术期刊在这一体制中所承担的功能。简而言之，学术期刊的功能主要是知识的传播功能和评价功能。学术知识生产完成之后，必须借助相应的学术刊物，才能实现知识产品的社会化和公共化。本来是与研究者主体密不可分的知识，一旦发表以后就成为客观独立的文本化知识，接受同行和公众的评阅。从历史的角度来看，学术期刊的诞生并成为知识传播的主要载体的历史并不很长，最多也是一两百年历史，学术期刊的繁荣是与整个知识生产体制的成型和建制化息息相关的。可以这样说，学术期刊在知识生产和再生产体制中处于轴心的位置。学术期刊的兴盛自然有其内在的逻辑和理由，各种类型、各种学科的学术期刊的存在，使得专业知识通过印刷品的形式广泛地传播，从而使知识迅速地学科化、专业化和公共化。
与学术期刊的传播功能相对应的是它的评价功能。学术期刊除了发表专题性的学术论文之外，另一种重要的作用就是发表学术评论和书评，它们的主要功能就是对已经发表的学术论文和专著进行“学术鉴定”，通过专业的讨论，判断其学术水准和学术价值。学术产品的最终命运如何，并不取决于作者的自我炒作，而是纳入相应的学科评价机制中，接受来自同行、专家以及公众的批判和评论。作为学术评价机制的学术期刊，其权威性，既不是来自作为某种具有终极判断标准的元话语或意识形态，也不是来自某一个德高望重的学术权威，而是同行专家的平等的公共讨论，通过公开的、理性的学术争鸣，形成公共的学术评价机制，推进知识的进步。今年我在加拿大不列颠哥伦比亚大学亚洲研究所访问，特意考察了该所办的《太平洋事务》杂志，发现刊物有一半篇幅是发表最新出版的有关亚洲和太平洋地区研究著作的书评。该刊主编告诉我，这些书评的组稿和发表都与作者无关，通常由相关出版社向杂志社赠送新书，然后让研究所的专家在世界范围内推荐书评的作者，由编辑去组稿。这就意味着，学术刊物除了发表论文之外，独立地组织书评，乃至各种专题讨论，是建立其专业权威的更重要的途径。
自20世纪80年代以来，中国的学术期刊出现了一个“黄金时代”，数量急剧增长，似乎呈现出一片繁荣的景象。然而，在其背后，却遮蔽了种种体制性的弊端。整体而言，对于当前中国来说，学术期刊在整个学术生产体制中的位置虽然很重要，却是整个体制中比较薄弱的环节。学术期刊的数量增长了，但真正具有学术公信力和良好学术声誉的杂志却又屈指可数。那么，问题究竟出在什么地方呢？在我看来，至少有以下四个方面。
首先，学术期刊的单位化。中国学术界有一种很奇怪的现象，从中央级研究机构，到地方性社科院，从全国重点大学，到地方各级院校乃至地区师专，几乎无一例外地都拥有自己的学报。学报与单位的利益是紧密地捆绑在一起的。中国的学术期刊在本质上是计划经济时代单位所有制的产物，它并没有被推向知识的学术市场，不必受学术市场的自然筛选，也没有相应的优胜劣汰的竞争机制，每份学术刊物都有一个幕后的单位实体在支撑，主要是各级高校，社科院和社联三大网络。不少学术刊物的存在似乎主要不是公开的学术交流，而是本单位研究者自产自销的“学术自留地”。它似乎不受知识市场波动的影响，也不必面对学术市场的竞争压力，办好办坏一个样，是永远不破的铁饭碗。这些刊物与其说是公共的、开放的，不如说是家族的、封闭的。其质量当然可以想象。而一些刊物为了解决所谓的部门创收，更是公开的或私下的卖版面、卖刊号、出增刊，不惜败坏学术的公信力。
其二，缺乏严格的同行匿名评审制度。在西方国家，学术期刊用稿是很严肃的，除了少数综合性的同人刊物之外，基本都采取专家匿名评审制，通过建立完善的同行评价机制来保障学术生产的秩序和质量。但在中国，大部分学术期刊至今没有实行匿名评审制度，而宣称实行匿名评审制度的刊物，又有相当一部分只是招牌而已，有名无实。或者只是部分执行，编辑吃不准的时候，再让专家把一下关。中国许多学术刊物至今实行的，依然不是以同行为核心的专家匿名评审，而是以主编为核心的编辑主审制。这就为学术寻租打开了方便之门。即使编辑们是正派的，甚至拥有一流的学术鉴赏能力，在这样一个学术高度专业化的时代，他也不可能完全了解学术的最新趋向，作出明智的取舍判断。许多学术期刊之所以大量刊发平庸的、缺乏学术创新价值的成果，其中一个原因就是审稿者自身学术水平的低下。
其三，专业性刊物与综合性刊物在数量上不成比例。或许只有在中国，由于单位所有制缘故，才会有这么多综合性的大学学报或社科院、社联综合刊物。而在北美的学术刊物中，这类横跨人文、社会科学十多个学科的综合性刊物寥寥无几，更多的是各专业学会或专业同人主办的专业刊物。每一个学术刊物的背后，都是一个空前活跃的学术社群，他们形成了一个非常专业的学术共同体，经常有自己的学术研讨会和学术交流，拥有非常专业的学术标准和学术行规，而学术刊物通常就是这些学术社群的标志，体现了他们独特的学术价值、问题意识、学科倾向和专业尺度。但在中国，由于学术长期受到以单位为核心的国家意志的支配，缺乏学术社群，即使有专业社团和学术社群，也大半没有办杂志的资格，拿不到刊物的配额。由于以单位为中心对学术刊物的垄断，使得中国学术至今还笼罩着浓厚的行政权力阴影（比如刊物主编就是由本单位任命的行政官僚），始终无法形成学术的民间社会和自主性的学术空间。
最后，学术刊物的分层高度行政化。在知识生产和流通过程中，各学术期刊根据其学术公信力的大小，逐渐分层为核心权威刊物和一般性刊物。在国外，这种分层并非国家意志或学术权威意志的产物，而是在长期的学术市场运作中，通过学术的竞争自然形成的，而且保持着动态性的上下流动。反观中国的学术期刊的分层体系，与其刊物在学术圈内部的公信力并没有直接的关系，只是取决于该期刊所在单位的“行政级别”。主办单位的行政级别越高，刊物的等级地位也就越高；反之亦然。比如中国现在所推行的所谓中文核心期刊、人文社会科学核心期刊、CSCII、双效期刊等学术期刊分层制度，通常将中国社科院的各类刊物视作核心中的核心：中央级刊物（因为其主办单位都在厅局级以上），其次是学术中心城市有关刊物，以此类推等等。虽然这些中央级或核心级的刊物相比较而言，大部分都不差，有些的确比较优秀，但也有一些盛名之下，其实难符。近年来，不少学术社群通过以书代刊的形式，办了一批专业性的或综合性的学术丛刊，其中一些丛刊积累有年，已经在国内外颇有声誉和口碑，有些学术社群通过以书代刊办杂志，逐渐形成了公认的学术影响，比如商务印书馆出版的《中国学术》。但因为其背后没有单位，一直无法被正式的学术体制所承认，其论文也不能在单位里面作为统计成果，一直被打入另册。这种以单位行政级别为轴心建立起来的学术期刊分层制，极大地妨碍了学术期刊的自由竞争和发展。
总而言之，由于学术期刊的单位化、行政化和非专业化，使得其本来在知识生产和再生产机制中的流通、筛选和评价功能受到了根本性的限制。而说到底，学术期刊的弊端又不是孤立的，可以说是整个知识生产机制的整体性问题。层出不穷的学术腐败、学术不端，就是在这样的漏洞中滋长出来的。
如何解决这些问题？在我看来，惟有寄希望以学术期刊乃至整个知识生产体制的改革。改革的方向是三个：一是逐渐淡化学术期刊的单位色彩和行政本位；与相应的学术社群建立有机的、内在的联系；二是以学术自主性为原则，切实落实专家同行说了算的匿名审稿制，并逐渐创造学术的公共评论空间；三是放开学术杂志的刊号管制，逐渐形成开放的、竞争性的学术市场。 （文汇报）
