由于2011年11月份北约空袭造成24名巴基斯坦士兵丧生事件，使得巴基斯坦关闭了北约通往阿富汗的补给线。美国和巴基斯坦之间的关系一直处于非常紧张的状态，双方之间的深层矛盾已严重影响到了双边关系的发展，美国和巴基斯坦难以和解。

2012年7月份，美国国务卿希拉里.克林顿就北约空袭巴检查站一事道歉后，巴基斯坦才决定重开北约补给线，美、巴两国达成了妥协，从而打破了双方长达7个月的外交僵局，意味着双方在彼此的战略中扮演着不可或缺的角色。但是，美、巴两国之间的深层次矛盾并未得到彻底解决。

巴基斯坦在阿富汗和平进程中扮演着重要角色，在维护该地区的长期稳定找发挥着不可替代的作用，而与拥有核武器的巴基斯坦保持长期稳定关系也符合美国的自身利益。巴基斯坦是美国在阿富汗反恐行动的重要战略伙伴，也是美国向驻阿北约部队运送军需的重要中转站。美、巴之间的僵局不仅危及到双方的反恐合作，使北约从阿富汗撤军计划更加复杂化。

但是，美、巴关系长时间冷淡，其间龃龉不断，目前主要分歧也没有得到消除，美、巴在诸多问题上存在着分歧。美国希望巴基斯坦阻止塔利班武装人员利用其领土越界袭击驻阿富汗美军和北约部队，同时指责巴方庇护塔利班武装人员。巴军方公开反对美国利用无人机对巴境内“基地”组织和塔利班武装人员发动袭击，称此举不仅侵犯巴基斯坦主权，而且威胁平民生命安全。虽然出于各自利益，巴基斯坦接受美方道歉重启北约补给线，表面看双方重归于好。但由于存在深层次矛盾和分歧，美、巴之间的长远关系依然难言乐观。

7月底，美国国务卿克里开始对巴基斯坦进行为期3天的正式访问。这是巴基斯坦新政府6月成立以来到访的最高级别美国官员。克里会见了巴基斯坦总理谢里夫，就双边关系和地区形势与其他巴方高级官员进行了对话，双方期待恢复战略对话以及包括能源领域在内的各领域合作。美、巴两国同意修复因美国无人驾驶飞机越境空袭等受损的“全面伙伴关系”，宣布恢复两国暂停了两年半的部长级战略对话。美国邀请巴基斯坦总理谢里夫访问美国与奥巴马会谈。

美国不希望与巴基斯坦发展“交易型”关系，美国决心把美巴关系恢复到“应有的全面伙伴关系”水准，寻找应对“个别议题”的方式，以克服过去几年“刺激”两国关系的负面因素。

巴基斯坦准备好支援北大西洋公约组织国际安全援助部队撤离阿富汗。显示美、巴关系显着改善。巴基斯坦将争取与美国恢复战略对话。美、巴双方同意重建全面伙伴关系。美、巴两国都决心推进双边关系，并同时寻找方法以应对引起双边矛盾的课题。巴基斯坦一直要求美国停止在巴内展开无人机空袭，美国则指责巴国未积极肃清塔利班武装分子。

美巴关系牵动着南亚主要国家以及地区大国的神经，美巴关系走向很大程度上反映了美国在阿富汗反恐战争的前景。美巴关系也成为影响该地区局势发展的关键因素。美巴关系的变化将不可避免地对南亚及周边国际局势产生重大影响，并波及到中国。

美国推翻阿富汗塔利班政权后，塔利班开始越过边界向巴基斯坦渗透，并在西北部部落地区拥有了相当势力。2007年12月，巴基斯坦全国塔利班运动正式成立，巴基斯坦西北边境的斯瓦特山谷及其周边地区成为一个“无法无天的国中之国”。

美国不愿意看到巴基斯坦陷入动荡和混乱之中。而且，巴基斯坦同样离不开美国。首先，经济上美援至关重要。巴基斯坦当前安全形势不佳，经济大受影响，外汇储备不足进口生活必需品，而且国内社会、民生问题重重，积重难返，巴曾多次向国际货币基金组织借款以暂渡难关，在当前环境下，每年40多亿军事、民生援助对巴基斯坦至关重要，与美国交恶将带来难以承受之后果。安全上美国仍是地区主导国家。巴基斯坦需美国支持稳定周边环境。

在持续互不信任的情况下，美、巴之间那些公认的棘手问题迟迟无法得到解决。鉴于美、巴双方利益纠葛，彼此依赖，在一定时间内，美、巴关系难以发生实质性变化，但美、巴两国反恐合作仍将持续下去。美、巴双边全面伙伴关系的重建尚需时日。