学院的历史渊源有两个：一是希腊古典时期的雅典，二是意大利文艺复兴时期的佛罗伦萨。古希腊的学院是学者与艺术家集会和授徒的组织，将人对世界的掌握和解释作为活动内容，以科学和理性为基本观念和宗旨。文艺复兴时期的艺术家将艺术从手工劳动上升为一种人文科学，因此设立了美术学院，以区别于行会授徒模式。在美术学院中，观察和再现形象(现象)世界的原则和方法逐渐完善，它们与透视学、解剖学，以及光学和力学等自然科学的发展密切相关，并与化学、天文、地理、人的心理、文化等关于“七艺”的学科相关，再将希腊罗马的古典主义艺术作为艺术的最高经典，以之作为“艺术”这门学科的判断标准。这样就确立了学科的方法和标准。
科学和艺术共同构成了人类文明，但二者分属人性的不同方面，经由人的不同精神系统和生理感官作用于世界与生活。文艺复兴时期，达·芬奇和米开朗基罗的理想是将艺术提升为科学，他们并非不明了科学和艺术的不同，但是当时艺术与科学的概念和现代不同。当时艺术的主要目标是探究世界，并用图画、雕刻或其他方式表述人对世界的认识。艺术成为认识世界、表现世界的途径，与科学的目标相类似。这虽然是人文主义和理性主义的精神特色，追其源，终究是受制于希腊文化对艺术的定义和规范。
希腊艺术最根本的理念是理性和尺度。从表面形式上观察，希腊艺术的规则直接引自埃及，但是与埃及高度规程化和样式化的艺术相比，希腊的变革极为重要。简单来说，埃及的规则基于一种对规范的信仰，信仰基于人对于世界的信念，这种信念构成了意识形态，由法老和僧侣——政治和精神统治者用国家制度和教义来强制推行。埃及虽有以手指等为单位的度量规范，但这种规范是用教义命名和规定的，一旦确定，它就成为一种文化权威，被用来衡量世界上的事物和设计人类社会的制度，而且延伸到对死后世界的统辖。
无论如何解释“美术”之类的概念，埃及人和希腊人同样是用尺度和比例来建造与表达“完美”或“理想”的存在，但这两种尺度却来自于完全不同的人性方面，具有根本的差异。以此言之，希腊尺度是理性的结果，它相当于科学；而埃及尺度是教义的规定，相当于思想、宗教和意识形态。因此，学院就在这种精神状态或人性特质上建造起来。
清理了美术学院的根源之后，随即就产生这样的疑问，即艺术是否可以在学院被传授。作为中央美术学院院长，吴作人也一直留意这个问题。他拜托沈宝基译出了《美术能传授吗？》一书，书中提出了形成这种疑问的观念原因，即古典主义和浪漫主义艺术观念的冲突，其更为基本的原因是艺术与科学的差别。以科学性质(理性)为主导的作品，艺术上强调规律、准则、范式与和谐，以表现物质世界的现象和现象之上的“形而上”理想典范为最高目标，从而偏向古典主义；以艺术性质(情性)为主导的作品，艺术上强调自在、偶然、个性与激情，以表达人的精神为最高目标，从而偏向浪漫主义。人的本性的两个方面(理性和情性)本来与人的第三本性(思性)三性集于一身，并存于个人之中，并存于人口学(以人的群体划分其间的差异和相互构成关系)意义上的民族和文化之中，并存于人类之中。无论偏重哪一方面，都可以并存不悖，相安无事。但是由于人的第三本性是信仰、思想及其外在意识形态所依据的思想性，它既是人与生俱来的自由本性的原因，同时又是人间群组各自自我认同、党同伐异、引发最根本冲突的根源，这种冲突与集团利益冲突共同形成了文化的差异、国家和民族的区隔以及不同的艺术观。本来古典主义所说的“艺术”与浪漫主义所说的“艺术”不是同一件事情，它们却要在学院里面争占创作阵地和权力、抢夺教席以伸张自我的主张来教导学生。而美术学院本来是以偏向理性和科学的艺术观念为基础建造的，是古典主义艺术的基地，也是专门教授经典艺术的机构。但是当艺术家和思想家发现或者觉悟到艺术的本质并非仅仅如此，或者根本不是如此，问题就产生了。
第二个问题即美术学院教学与当代艺术实践之间的差异，其中包含着双重矛盾。第一重矛盾仍然是艺术和科学的矛盾，人们对艺术中不可规范的因素继续提出质疑，从而持续着学院内部的争论，似乎是古典主义和浪漫主义冲突的现代化。第二重矛盾更为深刻。现代艺术运动从19世纪80年代开始，已经进行了四次重大的艺术观念革命，现在我们所说的“当代艺术”中的“艺术”是一种美术学院史上从未遭遇、处理和研究过的人类精神新领域。面对面的、精准的指示，强制性的模式，以及关于风格的限制，这些现在都被一种自由的观念和一种伦理的维度取代。
在巴黎这个传统美术学院的核心基地，事情的发展更具有鲜明的革命性特征。Dufrêne教授的论文是这样描述的：
众多无论是法国本土抑或来自国外的艺术家，研习过素描、技法，聆听过教授们的指导，经历丰富(参加各种比赛，获得奖牌)。他们凭借自身的才华，借助工作室导师的提携，获得种种在法国或在国外(学成归国之后)的委托创作的机会。然而，这套体系完全不符合现代艺术，尤其是印象派出现之后的情况(1874)：一边是学院派艺术家，他们掌握一定的方法、技巧、传统，可以传给年轻人；另一边是自由艺术家，他们受大胆的批评家和画商支持，在他们的帮助下使自己新的艺术取向获得认可，使艺术活动成为一种持续的创新，从而激励年轻人寻找自己的创作方向。
这种艺术自身的结构性革命带来的后果，直接挑战美术学院的艺术观念和教学制度。表面上，问题似乎相同：“艺术是可以教授的吗？”但是，第一个问题追问的是传统意义上的艺术天才是否需要训练和培养，或者怎样培养；而第二个问题追问的是传统艺术是不是艺术的本质和最高形式？如果不是或不完全是，那么人们要在美术学院里做什么？这个问题首先在19世纪末欧洲的美术学院中提出，在上世纪60年代末70年代初演化为公开的讨论，从而彻底地改变了美术学院的建制与方法，越来越多的美术学院转向为设计学院和视觉创意学院，已经不再以培养自由艺术家即纯艺术家为职责，从学科的设置和教育的内容和方法上，返还到学院的科学训练和知识传授的方向，或者工程训练的方向，从而一次性消解了美术学院历史的两个问题和双重矛盾。
中国的美术学院自从引进西方观念之后，还存在着第三个问题，也就是希腊古典—文艺复兴艺术观念与中国的书画和“艺”，即中国传统的“艺术”观念之间的差异。在美术学院的立场上来看待这个问题，从消极的方面着眼，中西艺术观念的差异阻碍着美术学院的精神实质在中国传播，增加了学生用纯粹科学的方法观察世界、掌握造型手段的难度；从积极的方面来看，在中国，对于上述美术学院的双重问题一开始就有一种批判的、或者说审视的眼光。以画院制度为典型的中国艺术传统在经历了西方文化的冲击之后，为了救亡图存，国人利用各种渠道、各种方法向先行发达的国家求取复兴自己民族文化的教育制度、训练手段和创作方法。一方面学习西方，一方面独立发展自己的文化，这就构成了中国的美术学院建立近百年来丰富多彩、复杂深刻的历史。
