要科学地研究中国哲学史，总结中华民族理论思维的经验和教训，首先需要有科学的方法论。本书在哲学史研究的方法论上，作了下面的探讨。
一、把握哲学历史发展的根据
哲学作为以理论思维掌握世界的方式之一，其发展的根据是什么？这是哲学史研究的方法论必须回答的问题。这个问题可以从普遍和特殊互相联结的观点来考察。从理论思维的共同根据来看，哲学同科学和其他意识形态一样，根源于社会实践并受其制约，不过，社会实践的这种制约作用往往是通过某些中间环节来实现的。就哲学而言，这种中间环节有两个方面：一是反映一定时代经济关系的政治思想（以及伦理思想）的斗争；一是体现一定时代社会生产力的自然科学的发展，以及科学反对迷信的斗争。这两个方面就是推动哲学前进的两条腿，这两条腿立在同一个基础上，统一于社会实践。我们基于这样的基本观点来把握中国哲学历史发展的根据。
中国各个社会历史时期的重大政治思想斗争都给予哲学发展以巨大的影响，但也需要作具体的分析。一般地说，在先秦和近代这两个社会大变革的时期，政治思想斗争对哲学的推动比较显著。先秦时期反映地主阶级变法改革的“古今”“礼法”之争和近代反映人民大众反对封建主义、帝国主义的“古今”“中西”之争，都深刻地、明显地制约着这两个时期的哲学的发展，同时这两个时期的哲学革命又为政治变革作了先导。当然，我们也不能忽视这两个时期的科学发展与哲学的关系。例如，墨家、荀子的朴素唯物主义形态与古代自然科学是密切联系的，近代的进化论哲学是以西方传来的近代科学为基础的。
秦汉至鸦片战争前的哲学发展的情况，与先秦和近代这样的变革时期有所不同。这是封建社会相对稳定发展的时期，哲学斗争主要在地主阶级内部进行。地主阶级内部的政治思想斗争（如义利、理欲之辩）是这个时期哲学发展的一方面根据，然而，推动这一时期的哲学发展的，主要的、首先的是物质生产的发展带来的自然科学的进步。这个时期哲学的发展更多地依赖于科学反对迷信的斗争。例如，从王充到王夫之的唯物主义哲学都以气一元论形态出现，就与当时的农学、天文、历法、音律、医学等科学都以气分阴阳、阴阳相互作用的理论作为基本观点有关。可以说，这一时期有比较突出成就的哲学家，如王充、范缜、柳宗元、张载、王夫之、黄宗羲、戴震等，都与科学有比较密切的联系。
再从哲学的特殊矛盾来看，哲学不同于具体科学和其他意识形态之处，在于它将思维与存在的关系作为自己的基本问题。哲学的基本问题，在中国哲学史的各个不同阶段有不同的表现，这是需要在哲学史研究中认真考察的。例如，哲学基本问题在先秦表现为“天人”之辩、“名实”之辩；在两汉表现为“或使”“莫为”之争和“形神”之辩；经过曲折的发展，到宋明又表现为“理气（道器）”之辩、“心物（知行）”之辩等。思维与存在的关系客观上包括三项，即物质世界、主观精神和概念（范畴、规律）。这三项在中国哲学术语里则分别是“气”“心”“理”或“道”。上述的哲学基本问题表现于中国哲学各阶段的争论，归结起来，就是争论物、心、理三者的关系。因而中国古代哲学发展到最后，就形成了三种形态：气一元论（主张物质第一性的唯物论）、心一元论（主张主观精神第一性的主观唯心论）、理一元论（主张概念第一性的客观唯心论）。
把思维与存在的同一作为一个辩证的发展过程来看，其中包括感性与理性、绝对与相对、客观规律性与主观能动性这些认识过程的必要环节。这些环节也构成矛盾，在一定条件下也成为哲学争论的重要问题。同时，哲学家在进行哲学争论时，都把逻辑范畴作为工具，以一定的方式来论证自己的学说并驳斥别人。这样，围绕着逻辑方法和逻辑范畴又引起了新的争论。比如，先秦时期的“同异”“坚白”之辩，以及贯彻于中国古代哲学的关于“类”“故”“理”的逻辑范畴的探讨。这就说明，哲学的基本问题不仅在不同历史时期有不同的表现，而且还和其他从属的问题相联系。
综上所述，哲学一方面具有同科学和其他意识形态共同的根据——社会实践，另一方面还有其特殊的根据——思维与存在的关系这个基本问题。我们把上述两方面的考察结合起来，就能把握哲学的历史发展。
所以，哲学史的定义可以表述为：根源于人类社会实践，主要围绕着思维和存在关系问题而展开的认识的辩证运动。
二、历史的方法与逻辑的方法相结合
历史的方法与逻辑的方法相结合，是黑格尔哲学中的合理因素。这一合理因素为辩证唯物主义所吸取。这就要求我们在哲学史研究中，一方面坚持唯物主义，把现实的历史看作逻辑思维的出发点和基础；另一方面必须善于剥掉哲学体系的外在形式，摆脱历史偶然性的干扰，以便在历史现象中认出逻辑发展的环节来。所谓历史的方法，就是要把握所考察对象的基本的历史线索，看它在历史上是怎样发生的，根据是什么；又是怎样发展的，经历了哪些阶段。要真正把握基本的历史联系，就须清除掉外在形式和偶然的东西，以便对对象的本质的矛盾进行具体分析，对每一发展阶段或环节都能从其典型形式上进行考察，而后综合起来，把握其逻辑的联系和发展的规律，这也就是逻辑的方法。所以，历史的方法和逻辑的方法是统一的。
哲学史表现为互相对立的哲学体系更迭的历史，历史上每个重要的哲学家的哲学体系，都是对自己的宗旨进行阐明和论证而形成的概念结构。哲学史研究要完整地、准确地把握历史上的各个哲学体系，而又必须粉碎这些体系，把其中所包含的作为人类认识史的必要环节揭露出来。为了做到这一点，就必须把历史上每一个哲学体系放在当时的历史条件中进行考察，从它的社会历史条件和认识论根源来进行分析。比如，孔子的哲学，从社会根源来看，他的天命论反映了维护旧传统的保守立场；但从认识论根源来分析，他的仁智统一的学说在人类认识的大树上是有根基的，因为它包含着人类认识的辩证运动的一个必要环节：理性的能动作用。但孔子把这一环节片面地夸大了，把理性原则绝对化，变成了唯心论的体系。如果我们能够对历史上各种哲学体系作社会根源和认识论根源的具体分析，就能揭示出它们所包含的人类认识运动的一些环节。这样，我们就能把握作为人类认识史精华的哲学历史的逻辑发展。
用历史的方法与逻辑的方法相结合来考察哲学史，就可以看到，哲学史体现了认识的矛盾运动：哲学家们所争论的问题就是矛盾，某个矛盾产生、发展、解决了，另一个新的矛盾又产生，经过发展得到解决……这是一个在循环往复中前进的过程。这样的过程表现为近似于螺旋形上升的曲线或一串圆圈。所以，全部哲学史可以比喻为一个大的圆圈，而这个大圆圈又是由许多小圆圈构成的。
以这样的观点来看中国哲学史，那么，中国哲学主要有这么三个圆圈：中国哲学发端于原始的阴阳说，先秦时期争论的“天人”“名实”关系问题，由荀子作了比较正确、比较全面的总结，达到了朴素唯物论与朴素辩证法的统一，仿佛回复到出发点，这可以说是完成了一个圆圈。秦汉以降，哲学上的论争后来归结到“理气（道器）”之辩与“心物（知行）”之辩，由王夫之作了比较正确、比较全面的总结，在更高阶段达到朴素唯物论和朴素辩证法的统一，完成了又一个圆圈。自鸦片战争开始的近代，哲学争论的主要领域是历史观和认识论，这两个领域后来都集中到“心物”之辩（意识和存在的关系），马克思主义哲学在中国化的过程中，吸取中国哲学的优秀传统，以能动的革命的反映论总结了近代哲学的“心物”之辩，仿佛是向荀子和王夫之复归，完成了一个相对独立发展的圆圈。这三个圆圈又可以分成若干更小的圆圈。正是这样一串圆圈构成中国哲学史发展的阶段，每经历一个圆圈，哲学向前推进了一步。所以，本书对中国哲学的论述分为三篇：先秦、秦汉至鸦片战争前、近代（1840—1949年）。
中国几千年的哲学史非常丰富，包含着很多值得我们吸取的智慧。然而，在中国历史上有影响的每个哲学体系，其积极因素与局限性常常是互相联系着的。因此，我们对于这些哲学体系，不能原封不动地加以吸取，而要在吸取其积极成果的同时，批判它们的局限性。同时，也绝不能因为它们有局限性就一笔抹杀，而是必须进行具体分析，批判地吸取其成果与教训。
