近20年来，我的调查研究工作主要围绕四个问题展开的。其一，1998年至2003年，调查农民税费负担及其引发的各种抗争，写出和发表了长篇调查报告《农民有组织抗争及其政治后果：湖南衡阳调查》，主张取消农业税。2004年，国家取消了农业税，我的这项研究也就完成了。其二，2002年至2012年，我调查劳动教养制度存在的问题及其危害，撰写了《中国劳动教养制度批判：对100例上访劳教案的分析》一书，主张废除劳动教养制度。2013年，国家废除了劳动教养制度，我的这本书的目的也就达到了。其三，2008年至2013年，我作为国家社科基金重大招标项目户籍制度改革的首席专家，我主张彻底改革户籍制度，将户籍制度中社会福利与户籍管理分离。其成果受到各方面重视，评价正面。其四，1999年至今，对信访制度运行机制及其存在的问题进行调查和研究，我主张废除信访制度。可以说，我对信访制度调查研究得时间最长，花的心血最多；研究的成果和主张，受到了官方甚至民间部分人士的激烈批评，争议最大。
我对信访制度的最初关注，是在1999年调查农民抗税费时，发现的一个很有意思的现象：许多农民因不满地方政府加重农民负担的行为，到北京找中央上访；地方官员则采取各种方式阻止农民上访，甚至对上访的农民进行打击迫害；而中央政府一方面对上访农民进行安抚，另一方面又为了北京的治安，默许甚至纵容地方官员采取非法手段进行截访。
我决定研究为什么会有如此这般的博弈。在完成初步的调查基础上，2004年5月至10月，在国家软科学的支持下，我组织了一个课题组对我国的信访制度状况及改革方向进行了专项调查研究，发表了一份题为《信访的制度性缺失及其政治后果》的调查报告。
我认为，信访制度作为一项具有中国特色的政治参与和权利救济制度，其理念基础是驭民乃至人治,设立信访制度的初衷是建立一条民意“上达”的渠道，而不是民意“表达”的渠道。由于它存在诸多缺陷，已不适应目前的市场经济环境，在客观上成为了国家政治认同性流失的重要渠道，如果不进行彻底的改革，将会产生十分严重的政治后果。
这些缺陷主要有三个方面：信访体制不顺，机构庞杂，缺乏整体系统性，导致各种问题和矛盾焦点向中央聚集，在客观上造成了中央政治权威的流失；信访功能错位，责重权轻，人治色彩浓厚，消解了国家司法机关的权威，从体制上动摇了现代国家治理的基础；信访程序缺失，立案不规范，终结机制不完善，政治迫害和政治激进主义相伴而生，不断诱发较严重的冲突事件。
因此，我主张从国家政权建设和社会稳定的高度来认识对信访制度进行改革的重要性，并从政治体制现代化的视野来重新确定信功能目标和信访体制。具体来说，首先要重新确定信访的功能目标，即在强化和程序化信访制度作为公民政治参与渠道的同时，要把公民权利救济方面功能从信访制度分离出去，以确定司法救济的权威性。其次要改革目前的信访体制，可以考虑撤销各部门的信访机构，把信访全部集中到各级人民代表大会，通过人民代表来监督一府两院的工作，以加强系统性和协调性。再次，也是最为重要的是，要切实保障信访人的合法权益，对少数地方党政迫害信访者的案件要坚决查处。
当时，我主张从行政、法律、政治三个层面考虑如何对信访制度进行稳妥而有步骤的改革。
短期的行政治标之策是给各级党政部门减压和给信访公民松绑，以减小信访的规模和冲击性，维护社会稳定。主要措施是：中央减少对地方党政领导的压力，不按信访量给各地排名，取消信访责任追究制，不要求地方政府来京接访；中央信访部门不再给省市开信访移办单；不对信访公民的信访级别作特别的限制，由信访地公安机关依法处理因信访而发生的治安案件。
中期的法律治标之策是强化各级司法机关接受公民告诉、申诉及处理案件的责任和能力，由司法机关承办目前积压在信访部门的案件。主要措施有：由上级法院和检察院下派一级设立告诉申诉案件受理机构；扩大诉讼受理范围，对关系到民众生活的案件可以考虑缓收、减收或免收诉讼费；加强新闻媒体和社会力量对司法机关的监督，克服司法腐败；司法机关对受理的告诉和申诉案件要在限期内给予答复；由司法部门依法查处信访人迫害案件；组织社会中介机构对群众告诉申诉进行法律援助；增加司法机构的资源投入，并在制度上确立法院和检察院的重要人员和经费均由上一级法院和检察院管理和保障。通过树立国家司法机构的权威，可以把社会矛盾的解决引导到正规的司法渠道，逐步减少信访以及伴随信访的非制度化公民政治行动。
长期的政治治本之策是撤销各级政府职能部门的信访机构，把信访集中到各级人民代表大会，通过人民代表来监督一府两院的工作,并系统地建立民众的利益表达组织。主要措施是：组织各级人民代表对本选区的重要信访案件进行调查和督办；公布各级人民代表的联系方式；建立全国信访网，并把一些重大问题的信访资料上网公示让民众评议。允许社会各阶层建立利益表达组织，以法律允许的方式让他们通过集会示威等方式表达利益。
我的这份调查报吿及主张，受到朝野关注并引发了一场有关信访制度何去何从的争论。国内最具影响的媒体《南方周末》曾以《我国首份调查报告被高层重视》为题对此进行了报道，并评论说：“于建嵘在这场争论中是比较孤独的一个。他的‘弱化信访权利救济功能’观点遭到了强有力的质疑。有人认为是不考虑中国国情的理想主义，更有人认为是迂腐。”虽然我对许多媒体的相关报道并不完全认同，却不得不承认上述有关我目前处境“孤独”的描述是比较客观的。的确，在我每天接到的数十个电话或邮件中，虽有人对我表示关心和慰问或求助，但鲜有明确表示同意我观点的，更多的是不满或指责。
这样的指责主要来自三个方面，其一是国家信访系统的官员，特别是那些要求强化信访的官员，就有地方信访官员从南方飞到北京来，其目的就是要当面指责我：“如果不给我们信访部门实权，那老百姓的冤屈如何才能解决呢？！”。其二是那些称之为公共知识分子的学者如康晓光等人，他们的理由是中国是一个以行政主导的国家，加强信访机构的权力来解决社会问题是“亲民”和“仁政”的重要表现；其三是一些信访群众和具有社会底层关怀的学者。有一位打算到北京来上访的江西农民给我写信说，如果没有信访了，中央如何才能帮我们解决问题呢？就连我十分敬重的秦晖教授也质问说，“如果取消了信访制度，人民还有说话的地方吗？”
2005年1月5日，国务院通过的《信访条例》采用了与我的主张完全相反的方向。毫无疑问，从国家政策层面上来说，我是这场争论的失败者。
2005年1月5日，国务院通过的《信访条例》选择了与我的主张完全相反的方向。1月7日，国务院法制办主要负责人奉命与我有一次单独的正式谈话。他主要谈到了新条例有畅通信访渠道、建立网络信访系统、规范信访人的行为、强化信访工作的责任几大亮点。可我认为，这次《信访条例》修改虽在保障信访人权利等方面有所进步，但只是应急之作，没有体现信访制度改革的方向，不仅不能有效地化解目前存在的信访洪峰，而且有可能产生一系列新的问题。
第一，新《信访条例》的主旨还是在于「束民」而不「约官」，虽然把保障信访人的权利作为重要的原则确定了下来，但同时又为各级政府打击迫害信访人预设了各种理由和借口。由于现实中打击迫害信访人的情况非常普遍并产生了十分严重的政治后果，所以新条例把「任何组织和个人不得打击报复信访人」提到了总则。但问题是，新条例同时规定了许多所谓「规范」信访行为的条款，比如，第十八条规定「多人采用走访形式提出共同的信访事项的，应当推选代表，代表人数不得超过五人」，可条例中并没有对如何推选代表等问题进行相应的规定。而在现实中，要推选代表就要开会，地方政府就会定一个「非法聚会」或「煽动、串联、胁迫、以财物诱使、幕后操纵他人信访」的罪名；要选代表就得要支付一定的上访费用，就可以定一个“以信访为名借机敛财”的罪名。再比如，第二十条规定，信访人不得“在国家机关办公场所周围、公共场所非法聚集”，不得“在信访接待场所滞留”。否则，按条例第四十七条规定，要受到有关国家机关工作人员的劝阻、批评或者教育。“经劝阻、批评和教育无效的，由公安机关予以警告、训诫或者制止；违反集会游行示威的法律、行政法规，或者构成违反治安管理行为的，由公安机关依法采取必要的现场处置措施、给予治安管理处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”可见，这些条款都可成为打击迫害信访人的理由和借口，已严重侵害了公民的宪法权利。
第二，信访制度中的压力体制仍然没有改变，反而因赋予了政府信访机构的调查、直接移交和督办权而有所加强，这种自上而下的压力体制有可能诱发更多问题，造成更大的信访洪峰。中国现行信访制度的基本特点是权力压力型，主要表现为两个方面：其一是首长的压力，即某某领导批示，这主要针对个案而言的。其二是上级排名的压力，即各级政府都有关于各地上访的数量和规模的排名并与政绩挂钩。各级信访部门虽然可以依靠这两种压力来促使具体工作部门解决一些问题，但是在中央的高压下，地方政府为了息访，对于信访民众不是收买或欺骗，就是打击迫害，从而诱发更多的信访案件。新条例不仅没有改变这种状况，反而将其法规制度化。比如，条例第七条规定：“各级人民政府应当建立健全信访工作责任制，对信访工作中的失职、渎职行为，严格依照有关法律、行政法规和条例的规定，追究有关责任人员的责任，并在一定范围内予以通报；各级人民政府应当将信访工作绩效纳入公务员考核体系。”这种压力型信访体制能否化解目前已十分严重的信访形势呢？据我最近对有关部委七十多位来自基层省市的信访干部的调查表明，他们中有近六成的人认为，如果还搞信访排名甚至与政绩挂鈎的话，地方党政会采取更为严厉手段打击信访人，这样也会有更多的人进京上访。
国务院法制办负责人没有反驳我的观点，只是要求我配合新《条例》的宣传。我拒绝参与任何宣讲活动，并表示未来会证明我是正确的。
2007年3月28日，国务院召开了信访工作会议，宣称新《条例》实施以来，长期困扰中国政府和民众的信访问题解决了。
与此同时，我又发表了新的调查报告。2007年4月5日《南方周末》以《社科院报告直面信访严峻形势》为题，披露了这份报告的部分内容。
我的调查结论是，新《条例》实施以来，给地方政府带来了巨大压力，地方政府为了应对这些压力，想一切办法对付信访民众。这其中，地方派人到各级信访接待场所拦截正常上访群众的“截访”现象十分严重。各级信访部门对信访数量有统计和通报制度，这一制度被认为对地方官员造成巨大压力。一些地方党政机关通过各种手段如“销账”等，在信访记录和统计数据上弄虚作假。
2008年12月27日上午，我应邀在国家信访局研究室和中央党校政法部联合召开的“信访•法治•科学发展观”研讨会上作了“信访责任追究制——绩效和悖论”的演讲。演讲结束后，国家信访局研究室主任张严对我的观点进行了批评。在与张严的辩论中，我一再强调，目前信访体制存在的问题，与信访制度的压力机制密切相关。我国现行信访制度的基本特点是与权力压力型。在中央的高压下，地方政府为了息访，为了不被追究，对于信访公民不是收买或欺骗，就是打击迫害，从而诱发更多的信访案件。这样的制度性后果，任何一个有点科学精神的人进行一些社会调查都可以看到。但是，身居研究室主任的张严和权位比他更高的要人就硬是视而不见。为何如此，在我看来部门利益或迷信“一票否决”的权力理论让他们丧失了起码的洞察力。
我的这些言行，让国家信访局负责人非常恼火。从此以后，他们将我视为国家信访制度的破坏者，国家信访局的敌人。
十八大以后，中央对信访制度进行了一系列改革。这些改革的方向是正确的，这就是弱化信访，加强法治。但现实中，做得还远远不够。比如，取消了排名通报制，又搞了一个点对点的通报制。比如，要求省委书记一年接访两次等等。可以说，有进步，但还没有根本性的改变。
为什么会岀现这种情况？我想大体有如下几个方面的原因。
其一，执政者还没有清楚地认识到信访制度的根本性缺陷，还是将它作为一种社会治理的手段。用信访制度来缓和社会矛盾和冲突，促使地方政府满足民众的一些诉求，克服地方官员的官僚主乂，强化中央对地方政权和官员的控制，还是执政者的现实考虑。
其二，制度惯性的作用。信访制度运作了60多年，它的许多规则已经成为了执政者行使权力的习惯，甚至民众的社会生活的组成部分。要改变这些习惯，有一个过程。
其三，替代性制度尚未建立。从目前信访制度承担的功能来说，信访制度不仅是社会纠纷的处理方式，还是社会信息流动的手段，还具有执政者控制地方官员的目标，还承担了一定的社会心理疏导功能，甚至还有执政者意识形态的宣示作用。这五个方面，需要不同的社会制度来替代。
考虑到目前中国的具体情况，我认为是应该明确提出废除信访制度这个目标的时候了。这不仅在于，废弃信访制度是建立法治社会的必然选择；而且就是从社会治理的角度上讲，信访的社会成本已经非常之高，各级政府已经难以承受。
但是一项制度的废立不是主观随意的，其制本身具有的功能必须有相应的替代，否则就会因系统功能缺失而引发一系列的问题。信访制度在创设之初是作为政治系统的政治参与和权利救济的替代性渠道而存在的。其制度异化反映了两个深层次的问题，一是主要的政治参与和权利救济渠道的堵塞，导致信访这样一个非正常的替代性制度成为社会权利救济和政治参与的主角，从而引发信访系统的大拥堵和各级政府的不堪重负；二是信访这样一种前现代的政治制度已经无法在一个信息高度密集，以高度理性化的科层制为政治主干的现代化社会正常地扮演其原初角色，发挥其本来的功能。
因此，废弃信访制度不是简单地废除一个不合时宜的制度设置，更重要是找回其缺失的功能，创设全新的制度来弥补当前中国政治体制缺失的政治参与和权利救济的功能。按照现代政治的通行做法，政治参与的基本渠道必然是代议民主，而一个法治社会最主要的权利救济途径也应该是司法，舍此再无其他。当前中国的政治制度架构中，有明确的代议制民主机关和司法系统，但是由于种种复杂的体制原因和社会环境，这两大基本系统都没能充分发挥其应有的作用。因此，要想从根本上解决信访治理的问题，实际上也是突破中国政治转型的困境，必须站在国家政权现代化建设的高度上，以非凡的勇气和开阔长远的视角对当代中国的代议民主制度和司法制度进行一系列配套改革。只有高效独立的司法机关才能真正承担起转型社会权利救济的重任，重建社会对法律权威的信仰；也只有真正代表民众利益，并且手握实权的代议机关，才能将社会转型期复杂的利益冲突进行有效地整合，重建民众对政府的信任，巩固国家的合法性基础。