顶层设计被政策层面提出始于2010年10月中央关于“十二五”规划的建议。习近平总书记在十八届中共中央政治局就坚定不移推进改革开放进行第二次集体学习时指出，“要加强宏观思考和顶层设计，更加注重改革的系统性、整体性、协同性。”在2013年9 月举行的党外人士座谈会上，习近平总书记再次指出，“全面深化改革是一项复杂的系统工程，需要加强顶层设计和整体谋划。”党的十八届三中全会更是明确提出坚持“加强顶层设计和摸着石头过河相结合”。改革步入攻坚期和深水区后，改革牵涉的利益主体愈来愈多，难度越来越大，单项改革的效果越来越不明显，在此情境下，加强改革顶层设计，增强改革的系统性、整体性、协调性成为社会各界共识。
与此同时，对于顶层设计的一些关键性问题，学术界和政策层面还缺乏深入的思考和讨论。认识上的一些混乱和误区，不仅给改革的顶层设计造成了负面影响，而且影响了改革的整体进程。
一、顶层设计的动力
改革必然涉及利益的调整和重新分配，在改革步入攻坚期和深水区后，利益关系调整牵涉面更广、难度更大，因而必须有足够的动力才能推进改革。在改革开放初期，改革的动力较强，如家庭联产承包责任制，就来自于农民的自发改革；再如股份合作制，也是企业的自发改革，而不是先进行顶层设计的。顶层设计应选择那些改革动力不强、市场主体和民众不愿推进改革的领域。凡是群众有改革积极性的，应充分尊重群众的意愿，让其自主推进改革。此外，凡是地方有改革积极性的，可以由地方进行自主试验。过去30多年的改革形成了一个基本的经验：突破在地方，规范在中央。因此，改革可能还是要地方先突破，然后由中央再进行规范。
二、顶层设计的主体
加强顶层设计，必须明确顶层设计的主体，其中的一个核心问题是如何处理好政府与市场的关系。对于市场能够发挥作用的领域，应该让市场在资源配置中发挥决定性作用。公共品（服务）不同于一般竞争品，一般由政府配置。反过来，非公共品即一般竞争性资源的配置，就要交给市场，政府应该让位。当然，这么做并不是说市场配置无交易费用，交易费用仍然有，但相对政府配置会低很多。
从邓小平发表南方谈话起，国内关于政府与市场关系的争论已有20年。不过争论归争论，中央高层推动市场化改革的取向从未改变。党的十八届三中全会强调，要使市场在资源配置中起决定性作用。此提法前所未有。市场在资源配置中发挥决定性作用，最关键的有两点：一是市场决定价格，准确地讲应该是供求决定价格。价格若脱离供求，资源配置必方寸大乱。可令人遗憾的是，时下有不少人坚持政府管价格，认为不如此就无法照顾低收入者。其实这看法似是而非，政府照顾低收入者可给他们补贴而未必要管价格；管价格只会适得其反，令短缺商品更短缺。二是由价格调节供求。事实上，价格调节供求的过程就是结构调整的过程。比如某商品价格上涨，表明供应短缺，受价格指引企业会多生产；某商品价格下跌表明过剩，企业会少生产。这样看，生产什么或生产多少要由企业作主。
在政府与市场的关系问题上，还有一个重要的问题需要讨论，即调整经济结构的主体应该是谁，或者说应由谁来主导调结构？如果政府要作为经济结构调整的主体，在理论上至少有三个前提要成立：第一个前提是政府要事先清楚什么样的结构是一个好结构。既然政府要主导调整结构，那么事先必须知道什么样的结构是合理的结构。因为市场瞬息万变，政府不可能提前知道市场将来的变化。所以这个前提不成立。第二个前提是政府要作为调结构的主体，政府官员要比企业家更懂市场、更关注市场。政府官员和企业家的利益约束不同，企业家是拿自己的钱投资，要自负盈亏，他们一定会更关注市场。第三个前提是政府要作为经济结构调整的主体，就说明行政手段要比市场手段更有效。如果在公共产品、公共服务领域、国家安全领域或者自然垄断领域，行政手段肯定比市场手段有效。然而，在一般竞争性行业，行政手段是不是也比市场手段有效？答案可能是否定的。相反，让企业家主导调结构可能更为有效。为此，政府要做好如下工作：一是放开一般竞争性商品的价格，让价格反映需求；二是尽量压缩政府投资，增加企业投资；三是明确界定政府投资的领域。政府投资什么、不投资什么，应严格按政府的职能来确定。
三、顶层设计与政府改革
政府改革直接关系到官员的职位和收入，政府官员可能缺乏改革的动力，这就要求中央进行顶层设计。时下学术界有一种观点认为政府改革滞后了，这应该主要指改革效果，而非改革时间。回顾以往的政府改革，动作较大的有七次，且重点皆是裁撤机构、精简人员。之所以这么做，初衷是想“撤庙赶和尚”逼政府瘦身。然而效果并不能令人满意，机构不仅未明显消肿，而且有些部门的人员还不减反增。何以如此？根源可能在于行政审批。
近年来的政府改革经验表明，有审批权与没审批权的部门比，前者人员精简要难得多：一是搞审批要有人手；二是审批权背后有利益，利益所系，当事者当然不愿被精简。当前，中央已将深化行政审批制度改革作为改革的重点领域之一。国务院总理李克强在2014年的《政府工作报告》中提出，2014 年要再取消和下放行政审批事项200项以上。确需设置的行政审批事项，要建立权力清单制度，一律向社会公开。清单之外的，一律不得实施审批。行政审批制度改革的深化，对政府机构改革将起到很大的助推作用。若行政审批制不改，机构改革会阻力重重。除非中央大力压缩行政审批，将审批制改为备案制，不然机构改革会旷日持久，无论怎么改都是新瓶装旧酒、换汤不换药。由此可得出几点结论：一是政府改革应先改“审批”再改“机构”，绝不能倒过来，否则会劳民伤财、事倍功半；二是改革审批不是完全不要审批，有关国家安全与公共服务的项目，该审批的还得审批，但审批过程要有监督，能公开的一律公开；三是取消哪些审批应由中央顶层设计，不能由审批者自行取舍。
