藏密之所以成为神秘的特点，它最重要的部分，便是神咒“声密”的秘密。这里所谓的“声密”，就是密宗所称三密之一的“口密”，也便是一般人所谓的“咒语”。
密宗既然如此重视音声的神秘，难道音声的本身，真正具有神秘的作用吗？事实上，这是真的。综合东西双方的学问知识，人类的文化虽然有了上下五千年的成就，但对于音声的神秘功能，直到目前为止仍然还没有穷其究竟。古今中外所有的音声之学，也只是为了文字言语上的应用而加以研究，并未真能做到更进一步的探讨。
在物理科学上，虽然对声学与光学的研究，已经有了超过前人的成就，但是也只限于在传播人类文化、思想、情感的作用。甚至，最新的科学，正在追求银河系统的音波作用，但所研究的目标，也还没有转移到探讨音声与宇宙万有生命关系的神秘功能。可是至少比过去大有进步，在人类的知识范围里，总算已经知道宇宙间还有许多音声的存在，而且用人类的耳朵，绝对是无法听见的事实。例如频率过高与频率太低的音波，人们都无法听到，这已是大家知道的事实。
所以老子所说：“大音希声”，也很自然地巧合于科学的道理了。但是透过有形音声的作用与功能，在人类的知识范围里，已经有如上述许多的无知，更何况还有无形象可得的心声的神秘呢！
东密与藏密最大的差别，就是对身密修持方法的不同。东密所传对身密修持的方法，大多都是配合梵文字轮的观想，布满身体内外的各部分，它仍是利用心意识趋向“专一”的定境。藏密对于身密修持的方法，除了一部分仍然保持字轮的观想，配合身体内外各部分的作用以外，它唯一的特点，就是特别注重气脉的修持。
这在原始密教所传的经典文献中，几乎是找不出同样的根据，显见它与东密是另一传承。所以东密原始传统尊重龙树或龙猛。藏密的原始传统，却别树一帜，推尊莲花生大师。但因藏密传承，特别注重气脉的关系，它与中国道家的修炼方法，有许多地方非常相似。因此便有人怀疑藏密的修法，实含有道家的成分。
甚至，也有人干脆认为藏密之中的有关身密的修法，便是道家丹道方术的变相。并且因藏密的弘开，以及传说莲花生大师入藏传授密教的时期，正当初唐的时代，也便是唐文成公主下嫁藏王松赞干布和蕃之后。
而当文成公主入藏的时期，她曾经带去道士及儒生各若干人。于是就以此事作为有力的证据，认为藏密对于身密的修法，实在是与道家的丹法有关。相反的，有人认为道家丹法的修炼方法，实含有佛教密宗的成分。甚至，还有人认为道家大部分的方术，都从印度神秘学派等传进来的。
因为在秦、汉以前的道家修炼方法，与汉、魏以后，显然是有区别的。但在秦始皇时代，所谓梵僧婆罗门，已经有人到过中国。这事在《佛祖历代通载》上，也曾经有过记载，因此特别提出作为证明。
这些有关文化历史考证的事故，确实很难断定，在此只列举双方的论据要点，稍加牵涉而不愿再作深入的探讨。
不过，在过去的西藏，的确早有“太极图”的标记，而且喇嘛们运用念佛珠等的占卜方法，大体上，与中国的天干、地支的占卜方术，也实有相同之处。究竟是“老子化胡”，或“迦叶变老子”，我认为与真正修持的经验谈，都不关紧要。关于这些问题，正如清初诗人吴梅村所谓：“故留残阙处，付与竖儒争。”所谓“古今多少事，都付笑谈中”而已。
声音对人体神妙的作用——声音的妙密
密宗所标榜的“口密”，就是修习密宗的人口里所念诵密咒的奥秘，有时又称为“真言”，这具有信仰的作用。从尊敬修法的观念而来，认为世界的文字言语，都是虚妄不实、变动不拘的假法，只有佛菩萨等神秘的咒语，才是真实不虚，通于人天之间极为奥密的至言。是否果真如此，那是一个非常复杂的问题，留待将来神秘科学去研究探讨。现在要讲的，便是音声对有关人体妙密的问题。
音声在物理世界中的作用，到目前为止，除了自然科学已经了解声学的原理和应用以外，至于宇宙间的生命与音声的关系，以及植物和矿物等有无音波辐射和反应等问题，都还是尚未发掘的领域。音声对于人类和其他动物的作用，早已被世人所知。但人类对于音声的学识，耳熟能详的，还只知其能沟通人与人之间，人与动物之间的思想、情感等。至于利用音声促使人与动物等的生命，得以启发生机，或者感受死亡的秘密等，在目前的科学知识范围里，还是一片空白，尚须有待新的研究和努力。
如果从密宗念诵咒语的修习方法来讲，它是利用一种特别的音符，震动身体内部的气脉，使它发出生命的潜能，变为超越惯有现象界中的作用，而进入神妙的领域，乃至可以启发神通与高度的智慧等。所以在东密的三部密法中，如金刚部、胎藏部、莲花部，便各有不同的咒语，使修习者为不同之目的而达到不同的效果。如果从这一观点的立场来说，密宗咒语的音声秘密的最大重心是音声与人体气脉的关系，纯粹是一种超越宇宙中物理的神密作用。一方面可以摆脱对另一超人信仰的神秘观念，而完全从理性中去寻求真义，但另一方面也可以透过纯理智的了解，而毕竟归向于坚定的恭敬信仰。
据密宗的说法与显教经论的教义来说，咒语的秘密只有八地以上的菩萨可以了解，而证到八地以上的菩萨，也能自说咒语。在中国佛教的禅宗里，就有普庵印肃禅师，曾经自说一种咒言传给后人。因此，一般习惯叫它为“普庵咒”。这个咒语的本身非常单调而复杂，但念诵起来却很灵验。所谓单调，它是许多单音的组合，犹如虫鸣鸟叫，或如密雨淋淋，但闻一片浙沥哗啦之声，洋洋洒洒。所谓复杂，它把这许多单音参差组合，构成一个自然的旋律，犹如天籁与地籁的悠扬肃穆，听了使人自然进入清净空灵的境界。由此可知，真正的悟道证道者，能够了解密咒的作用，并自能宣说密咒的说法，并非是子虚乌有的事。
三字根本咒与人体气机的关系
东密与藏密念诵咒语的原始根据，都是从印度中古时期的梵文发音而来。据玄奘大师留学印度时代的考察，梵文有南印度与北印度等不同的差别，《大唐西域记》卷二曰：“详其文字，梵天所制。原始垂则，四十七言也。……因地随人，微有改变。语其大较，未异本源。而中印度特为详正，辞调和雅，与天同音。”梵文书体右行，为古今印度文字之本源。南北发展各异，行于北者多方形，行于南者多圆形。但唵（读如嗡音）、啊（读如阿音）、吽（读如哄音）三个字，却是梵文声母的总纲。因此只用此三个字的发音，组合成为一个咒语，便是普贤如来的三字根本咒了。普贤如来，是意译的妙密，也有意译为普现的。普贤就是普遍而贤善地充满一切处所，无时无处而不存在的意思。
唵字，也就是宇宙原始生命能量的根本音。它含有无穷、无尽的功能。在人体而言，它是头顶内部的音声。和人们掩盖耳朵时，自己所听到心脏与血脉流动的声音相近。所以凡念诵唵字部发音的咒语，必须要懂得它发音机括的妙用。最低效果，它可以使头脑清醒、精神振发。如是伤风感冒，连续不断地念此字音，可以使头部发汗，得到不药而愈的效果。
啊字，是宇宙开辟，万有生命生发的根本音。它具有无量、无际的功能。同时，阿字是开口音，是世界一切生命，开始散发的音声。例如中国佛教净土宗的念诵“阿弥陀佛”，便是属于密宗阿部的开口音。也可以说，它是莲花部基本的声密。如果能够懂得连用阿部音的妙用，就可以打开身体内脏的脉结，同时可以清理腑脏之间的各种宿疾。真能了解而合法修习，久而久之，自然可以体会到内脏气脉震动的效果。
眸字，是万有生命潜藏生发的根本音。也可以说，眸字，是形而上天部的音声；吟字，是物理世间的地部的音声；啊字，是人部的音声，是人与动物生命之间的开口音。在人体而言，吽字是丹田的音声。如果懂得以吽部音来念诵，可以震开脉结，启永发新的生机。最低限度，也可以达到健康长寿的效果。例如东密藏密共同所传的观世音菩萨的六字大明咒：“唵、嘛、呢、叭、咪、吽。”它便概括了唵字与吽字的咒身，至于其中“嘛、呢、叭、咪”四字之音，都是阿部音变化妙用。
总之，有关密宗咒语与音声神秘作用，以及咒语的音声与人体的奥秘关系，的确不是片言可尽其妙。而且以上所说念诵方法的巧妙，也无法以我笨拙的文字表达它的究竟。一切均需自己潜心钻研，同时求乞名师经验的教导，以身体力行加以求证的结果，或者可以了解它的奥妙于万一。
除此以外，中国的文字语言，在魏、晋以后，有了“切音”（拼音）方法的出现，实亦是当时从西域过来的和尚们，为了翻译之便，根据梵文拼切的作用而创造了“反切”拼音的方法。演变到现在，有了汉语拼音，它的源流渊源，实亦由此而来。有关密宗的“声密”，暂时到此为止，以下应当转入“意密”的研究了。
