蔡元培认为：“大学并不是贩卖毕业证书的机关，也不是灌输固定知识的机关，而是研究学理的机关。”[1]如何提高大学研究水平而将大学切实建成近代中国学术研究中心？蔡元培在创建中国现代大学制度过程中，开始创办大学研究所，尝试建立中国现代大学研究院制度。中国现代大学研究院制度是怎样创建并不断得到完善的？大学研究院的性质和功能经历了怎样的变化？它与独立的专业研究院有着怎样的关联？它对中国现代学术研究起到了怎样的推进作用？这些问题无疑是值得认真讨论的。
一、北京大学研究所之创办
蔡元培对近代西方大学设置研究所之举极为关注，并力图加以效法。其云：“外国大学，每一科学，必有一研究所；研究所里面，有实验的仪器，参考的图书，陈列的标本，指导的范围，练习的课程，发行的杂志。”[2]故蔡氏倾向于在大学创建供师生研习学问之研究所。
1902年颁布的《钦定大学堂章程》仿效日本学制，把大学院改名为“通儒院”，限以五年。通儒院不同于后来的大学研究院，因为它实际上是专门研究学术的机关，相当于后来的专业研究院，并非单纯的大学研究生院：“清季的教育制度，于大学堂以上设通儒院，可以算是一种研究学术的机关。但这是法国法兰西学院、英国皇家学院的成例，专备少数宿学极深研究，不是多数学者所能加入的。”[3]清末新学制中的这种制度设计，还仅仅停留在纸面上，并未付诸实施。
民初制定公布之《大学令》及据此制定的《大学规程》中，蔡元培对大学研究院制度作了最初设计。《大学规程》规定：“大学院为大学教授与学生极深研几(究)之所。”大学院分为哲学院、史学院、植物学院等，各以其所研究之专门学命名；大学院以本门主任教授为院长，由院长延其他教授或聘绩学之士为导师；大学院不设讲座，由导师分任，各类于每学期之始提出条目，令学生分条研究，定期讲演讨论；大学院之讲演讨论，应记录保存；大学院生经院长许可，得在大学内担任讲授或实验；大学院生自认研究完毕欲受学位者，得就其研究事项提出论文，请求院长及导师审定，由教授会议决遵照学位令授以学位；大学院生如有新发明之学理或重要之著述，得由大学评议会议决，遵照学位令授予学位。[4]故蔡氏设计之大学院，实乃供师生研究之大学研究院，系大学本科学生继续深造之处，相当于今日之研究生院，而非后来独立之专门研究所。
民初对大学研究院之设计并未付诸实施。而将这种设想真正付诸实施并有成效者，为1917年出长北京大学的蔡元培。蔡氏以德国研究型大学为蓝本对北京大学进行改造，开始筹设北大的研究院。他后来承认：“清季的学制，于大学上，有一通儒院，为大学毕业生研究之所。我于大学令中改名为大学院，即在大学中，分设各种研究所。并规定大学高级生必须入所研究，俟所研究的问题解决后，始能毕业(此仿德国大学制)。”[5]故蔡氏改造北大之基本思路，是以大学及其研究所等现代学术建制推进学术研究。本着大学当研究高深学问之理念，蔡氏在北大创办各学科研究所。1917年底，文、理、法三科各学门分别成立了研究所，由校长于各所教授中推举一人为研究所主任。北大研究所规则规定，凡本校毕业生均可自愿入所研究；本校高年级学生，取得研究所主任认可后亦得入所研究；与本校毕业生有同等程度的学者，自愿入所研究者，经校长认可后得入研究所。同时规定：凡具备上述条件而不能到所研究者，经过校长或研究所主任特许可为通讯研究员。此时研究所尚未规定研究年限，凡符合条件之学生可选定研究科目，自愿入所在教授指导下从事研究。各科研究所工作有三：一是由各门教员分别确定研究科目，指导教员负责主讲，研究科目以本门教员为主，别门教员亦可根据自己意愿提出研究科目；二是各门研究所定期举行报告会，由研究员(相当于后来之研究生)报告研究心得和疑难问题，然后由有关教员和研究员讨论，提出意见；三是举行定期或不定期讲演会，邀请校内外专家作学术讲演。
1917年11月，北京大学公布《文科研究所办法》，规定文科研究所之研究办法为：一、研究科由教员指定所欲设之研究科目；每学年之始，各研究员须择定愿研究之科目，随时由教员指定书籍，自行参考；每项研究科每周或数周开会一次；开会时由本科教员讲演，本科研究院亦得讨论质问。二、特别研究方面，由研究员自择论题，经教员认可，或由各教员拟定若干题，听研究员选择之；择题既定，由各员自行研究，随时得请本科各教员指示参考书及商榷研究方法，即以所得结果做一篇论文；论文成立后，由本科研究所各教员公共阅看，其收受与否，由各教员开会定之；所收受之论文，由本研究所交付大学图书馆保存，或节要采登月刊；其未经收受者，由各教员指出应修改之处，付著作者自修正之。三、主科与副科方面，凡研究员特别研究论题所在之科，为其主科；主科之外可择一副科，其副科之范围，或为本门之一种(如哲学之专治论理学者，可择中国哲学史为副科)，或为与主科有关之他科(如治数学者，可择物理学或哲学为副科)；研究员于主科除特别研究之论题外，仍可习关于主科之研究科，于副科则唯选定关于副科之研究科，不为特别研究。四、教员共同研究方面，本门教员皆得提出特别问题，邀集同志教员共同研究；本校毕业学生，经主任职员特别许可亦得加入共同研究；研究之结果，或随时由月刊发表，或另刊专书。五、本科月会方面，本门教员及研究员每月开会一次；开会时由研究员一人或二人报告其特别研究之结果(即论文材料之一部分)，报告毕各教员及各研究员可自由讨论；本科月会亦得延请所外名人讲演。[6]
蔡元培所拟办的北大研究所，“为教授留校毕业生与高年级学生的研究机关”[7]，故特制定诸多相关章程以规范其学术活动。从上述研究办法看，北大各科研究所确为师生共同研究学术之处，而非后来之专业研究所；研究员多为毕业或高年级学生，并非专职研究者。到1918年初，北京大学文、理、法三科研究所有研究员148人(其中毕业生80人，高级生68人)，另有通信研究员32人。其中理科研究员仅18人，文科71人，范文澜、冯友兰、叶圣陶、俞平伯等均为文科研究员。1919年2月，因地质学系已有三年级学生，又决定增设地质学研究所，由何杰任主任。
1920年7月，为了办好北大各科研究所，蔡元培公布的《北京大学研究所简章布告》指出：“研究所仿德、美两国大学之Seminar，为专攻一种专门知识之所。”正式确定创办大学研究所主要是效仿德、美大学之举。他重新调整了研究所的设置布局，打破科系限制，将北大研究所分为四大门类：一是国学研究所，凡研究中国文学、历史、哲学之一种专门知识者属之；二是外国文学研究所，凡研究德、法、英、俄及其他外国文学之一种专门知识者属之；三是社会科学研究所，凡研究法律、政治、经济、外国历史、哲学之一种专门知识者属之；四是自然科学研究所，凡研究物理、化学、数学、地质学之一种专门知识者属之。研究所研究课程均列入各系科内；研究所之阅览室并入大学图书部；各学系之学课有专门研究之必要者，由教员指导学生研究之，名曰某课研究，并规定单位数；各种研究工作在图书馆或试验室内举行。[8]
为了吸收北大师生专门从事学术研究，蔡氏加快改组各门研究所。1921年12月14日，北京大学评议会第二次会议通过的《国立北京大学研究所组织大纲》规定：“本校为预备将来设大学院起见，设立研究所，为毕业生继续研究专门学术之所。”研究所分设自然科学、社会科学、国学和外国文学四门；所长由大学校长兼任，各门设主任一人，经理本门事务，由校长于本校教授中指任之，任期两年；此外，设助教及书记若干人，由所长指任，受本门主任之指挥，助理一切事务。各门研究的问题与方法，由相关各系之教员共同商定。该大纲还规定：“本所原为本校毕业生有专门研究之志愿及能力者而设，但未毕业之学生曾作特别研究已有成绩者，经所长及各该学系教授会之特许，亦得入所研究。”[9]
由于学校的经费和人力条件的限制，到1922年仅开办了研究所国学门。1922年3月，《国立北京大学研究所国学门研究规则》经评议会第七次会议讨论通过。该规则规定：一、凡本校毕业生有专门研究之志愿及能力者，又未毕业之学生及校外学者，或作特别研究已有成绩者，皆可随时到本学门登录室报名，填写研究项目；有著作者并呈送著作，一并由本学门委员会审查；其审查结果合格者，得领研究证到所研究。二、凡本校毕业生及校外学者，不能到校而有研究之志愿者，得通讯研究；其报名及审查手续均照上条办理。三、研究生须将关于研究之经过及其成绩随时报告，以便在本学门所办之杂志中发表或刊入丛书。四、研究生可要求本学门主任与有关系之各学系教授会，代请本校教员及国内外专门学者指导研究。五、本校教员可以自由入所研究。六、本校教员可以提出问题，招集研究生入所指导，或共同研究，唯须先期通知，经委员会通过。七、本学门随时聘请国内外学者为专门讲演。[10]
1922年1月，研究所国学门正式成立，研究对象包括中国文学、史学、哲学、语言学、考古学等众多领域，内设编辑室、考古研究室、歌谣研究会、风俗调查会、明清史料整理会、方言调查会等机构，研究科目为文字学、文学、史学、哲学、考古学等类。由蔡元培兼任研究所国学门委员会委员长，委员有顾孟余、沈兼士、胡适、马裕藻、钱玄同、李大钊、朱希祖、周作人等，沈兼士任国学门主任。聘请王国维、罗振玉、陈寅恪、朱希祖、马衡、刘复、沈兼士、周作人、钱玄同等人担任导师。改组后的研究所国学门比原来的研究所更趋于正规化：研究题目及研究方向由教授自由选定；有些研究课题由教授随时提出，有兴趣之学生可自由报名，经导师同意即入所研究。
除了指导研究生从事研究外，研究所国学门主要开展了三项工作。一是出版定期刊物。蔡元培将学术刊物视为研究者发表论著之园地，倡议以研究所各学门为基本，每学门出版一种杂志。经国学门委员会议决，由研究所四学门分任编辑，每年每学门共分配负责三期；外国文学、自然科学和社会科学三门未成立以前，由各相关学系分组担任。《国学门季刊》由胡适任主任编辑，发表了许多关于中国文学、史学、哲学、语言学以及考古学等方面的研究成果。该研究所先出版《歌谣周刊》，后改为《研究所国学门周刊》，不久改为月刊。二是考古调查和纂著考古方面书籍。研究所国学门成立时设立考古研究室及陈列室，后又组织古迹古物调查会。1923年5月成立的北大考古学会先后进行过多次考古调查和发掘工作，如河南新郑孟津两县出土的周代铜器、北京官山明代古迹、洛阳北部山出土文物、甘肃敦煌古迹调查等。编撰考古方面书籍，已印行者有《封泥存真》，成稿待印的有《甲骨刻辞》、《古明器图录》、《金石书目》、《缀遗斋彝器款识考释》、《艺风堂所藏金石文字增订目》、《大同云冈石刻》、《兴化寺壁画考》等。三是歌谣之征集和刊印。1918年2月1日，蔡元培在《北京大学日刊》上刊登“校长启事”：“本校现拟征集全国近世歌谣，除将简章登载《日刊分，敬请诸君帮同搜集材料外，所有内地各处报馆、学会及杂志社等，亦祈各就所知，将其名目、地址函交文科刘复君，以便邮寄简章，请其登载。”[11]同时刊登的《北京大学征集全国近世歌谣简章》规定所要征集的歌谣包括：有关一地方、一社会，或一时代之人情、风俗、政教沿革者；寓意深远，有类格言者；征夫、野老、游女、怨妇之辞，不涉淫亵，而自然成趣者；童谣、谶语，似解非解，而有天然之神韵者。歌谣征集由沈尹默负责编辑，刘复担任来稿之初审并编辑汇编，钱玄同、沈兼士考订方言。[12]
1920年10月，北京大学歌谣研究会成立，后并入研究所国学门。经整理、研究汇集成书者有《吴歌集》、《北京歌谣》、《河北歌谣》、《山歌一千首》、《南阳歌谣》、《昆明歌谣》等八种歌谣丛书，有《看见她》、《北京歇后语》等四种歌谣小丛书，以及《孟姜女故事歌曲甲集》、《孟姜女故事研究集》两种故事丛书。这些成绩对推动采集、整理和研究民谣民歌和民间故事起了促进作用。蔡元培对研究所国学门之成绩给予充分肯定：“三年以来，赖主任沈兼士先生的主持与国学门委员会诸先生的尽力，搜集、整理、发表，均有可观的成绩，我们虽然自己不满意的点，还是很多，然而这种研究，决不是徒劳的事。我们已经可以自信，若能广筹经费，多延同志，来此共同研究，将来学术上的贡献，一定可以增进。”[13]
二、大学研究院制度的完善
北京大学研究所之创办，为各大学创办研究院所提供了示范性样本。1920年代中期，大学设立研究所成为一种发展趋势。除了北京大学研究所国学门外，清华国学研究院、厦门大学国学院先后创办，东南大学、中山大学亦开始筹设研究所。蔡元培在《十五年来我国大学教育之进步》中，对近代以来筹设大学研究所之历程作了回顾，并对当时设立之大学研究院所特别给予赞扬，看到了“现在大学渐共趋于设立研究所之一途”的趋势：“原大学的责任，本不但在养成一种人才，能以现在已有的学术，来处理现在已有的事业，而在乎时时有新的发见与发明，指导事业界，促其进步。所以大学不但是教育传授学术于学生的机关，而实在是教员与学生共同研究的机关。”他指出：“最近两年来，清华大学已设立研究院，而厦门大学也有国学研究所的组织，这尤是大学教育进步的明证。”[14]
梁启超亦将大学视为学术研究之重镇：“研究高深之学理，发挥本国之文明，以贡献于世界之文明是焉。”[15]为此，他设想在南开大学创办东方文化学院。1923年初，梁启超起草《为创办文化学院事求助于国中同志》，对设想中之文化学院性质、办法及使命作了阐述。其云：“设一讲学机关，名曰文化学院，采用半学校半书院的组织，精神方面力求人格的互发，智识方面专重方法之指导，其规程当续布。”他自任院长，约定六七位同人任分科教导员。该文化学院拟收容学员有四种类型：(一)本班收容中学毕业学生。(二)研究班收容大学及高等专门毕业学生，或经特别测验后由学院许可者。(三)补习班收容高师学生，专教导以国史、国文之教授法。(四)函授班收容国内有志斯学而不能来院者。文化学院院舍设在天津南开大学新校址中，故其学课与南开保相当之联络。该文化学院“教导以外拟办诸事”包括：整理重要古籍，令人能读且乐读；将旧籍或新著翻译欧文；编定学校用之国史、国文及人生哲学教本；以定期出版物公布同人研究所得；巡回讲演。[16]梁氏创办文化学院之设想公诸报端后，立即引起学界关注和赞同。有人致函梁氏：“顷阅报载先生欲鸠集同志，创设文化学院，以整理国故，培植青年，沟通东西之文明，慰解人类之沉闷，开物成务，继往兴来。读竟不觉如火如沸之热潮，突涌而起，遂忘其疏愚。”[17]然而，由于缺乏办学资金及人事方面之原因，梁启超创设文化学院之举未能实现。
梁启超所要创办之文化学院，实乃中国传统书院制度与英国伦敦学院制度之混合组织，颇具近代大学研究院性质。梁氏设想虽未实现，但随后创办之清华国学研究院却与其设想颇为相似。清华国学研究院《章程缘起》云：“学问者一无穷之事业也。其在人类，则与人类相终始；在国民，则与一国相终始；在个人，则与其一身相终始。今之施高等教育专门教育者，不过与以必要之预备，示以未来之途径，使之他日得以深造而已。故东西各国大学，于本科之上更设大学院，以为毕业生研究之地。”[18]故清华国学研究院实际上相当于大学研究生院，以“研究高深学术、造就专门人才”为宗旨，其目的专在养成两项人才：一为以著述为毕生事业者，二是各种学校之国学教师。
清华国学研究院在教学研究体制上，受传统书院制度之影响，梁启超等人主张采纳英国伦敦学院和中国书院自由讲学制度，主张“兼学堂、书院二者之长，兼学西文者为内课，用学堂之法教之；专学中学不学西文者为外课，用书院法行之”[19]。清华校务会议通过的《研究院章程》规定：“本院略仿旧日书院及英国大学制度：研究之法，注重个人自修，教授专任指导，其分组不以学科，而以教授个人为主，期使学员与教授关系异常密切，而学员在此短时期中，于国学根柢及研究方法，均能确有收获。”[20]据1928年毕业于清华研究院的蓝文徵称，清华校长曹云祥请胡适帮助设计研究院的组织，“胡氏略仿昔日书院及英国大学制，为研究院绘一蓝图，其特点为置导师数人(不称教授)，常川驻院，主讲国学重要科目，指定研究生专题研究，并共同治校；置特别讲师，讲授专门学科。后来研究院的规章，大致即本此蓝图”[21]。故清华国学研究院实乃效仿中国传统书院及英国大学制度而来，为中国传统书院制度与英国大学制度结合之产物。从这种意义上看，清华国学院与北大研究所国学门颇有差异。
尽管清华大学、北京大学先后建立了大学研究院，但从总体上看，20年代全国设立大学研究院所还是很少的，人们对大学设立研究院所的重要性尚未普遍认清，故胡适、蔡元培、任鸿隽等人极力呼吁各大学创建研究院所。任氏认为，只有创办大学研究院所，才能形成完整的近代大学制度，才是“造就人才的完全组织”，才能“使他成功一个独立的学者”。他强调：“严格说来，凡没有设立毕业院或研究所的都不能称为大学。这个定义，可以说是竖的定义。它是以程度的高深来定大学的标准的。”[22]针对国民政府教育部规定要有三个以上独立学院的方才可称大学、其余只有一个独立学院的只能称学院的做法，任氏认为“这是以范围的广狭来定大学的标准的”。在他看来，教育部此项规定“虽然可以革除许多组织不完、规模不备的野鸡大学，但对于提高大学程度的一层并不发生影响。不特如此，有许多学校，因为要勉强适合教育部的规定而保存一个大学的名称，于是本是工科学院，而无理的添上些文科理科。结果，大学是成功了，而学科程度则毫不加高，甚且因经费少而设科多的原故，大学的学科反而比专科的程度低”。[23]故欲真正提升中国大学之学术水平，必须从大学“竖的定义”入手，创办大学研究院。
蔡元培、胡适等人对欧美大学创办研究院促进学术发展之法极为赞赏，并大加介绍。蔡元培云：“而余尚有一种提议，即大学中可有一种专设研究院，以收容大学毕业生，而不授四年级之课程者，此于省立大学为最相宜。……尔时余曾提议，省立大学，可专设几种研究所，如地质、生物、理化、经济、教育等等，视本省所需要者而次第设之。”[24]国联教育考察团考察中国大学教育现状后，同样强调设置大学研究院之迫切性，并认为创设大学研究院“实为居教育中心之大学所不可少者”。其云：“一教授对于其所教之科目，若不与时俱进，则其授给学生之知识，必不免陈书而机械。研究可使教学有生气，而教授又使研究增加兴味，二者有相互助长之妙。”[25]故其主张“应于现有大学中择出数校，作为研究院之用”[26]。
社会各界创办大学研究院之呼声，逐渐变成政府创办大学研究院之制度规划，并付诸实施。1929年7月，国民政府公布的《大学组织法》第八条规定：大学得设研究院。全国各大学，如中央大学、中山大学、燕京大学、辅仁大学等纷纷筹设大学研究院。为了规范各大学研究院所之设置，教育部于1934年5月19日颁布《大学研究院暂行组织规程》，对大学研究院之性质、组织机构、研究生资格及考试、管理等作了统一规定。该规程规定：“大学为招收大学本科毕业生研究高深学术，并供给教员研究便利起见，得依大学组织法第八条之规定，设研究院。”[27]大学研究院分文、理、法、教育、农、工、商、医各研究所，分别称为文科研究所、理科研究所、法科研究所、教育研究所、农科研究所、工科研究所、商科研究所、医科研究所。凡具备三个研究所以上者，始得称研究院，在未成立研究所以前，各大学所设各科研究所不冠“研究院”名称。各研究所依其本科所设各系分若干部，称其研究所某部，如理科研究所物理部等。该《规程》还对设立研究院所之大学资格作了限定，规定设置研究院所之大学须具备三项条件：“一、除大学本科经费外，有确定充足之经费专供研究之用；二、图书仪器建筑等设备，堪供研究工作之需；三、师资优越。”该《规程》对研究生资格作了统一规定：以国立、省立及立案之私立大学与独立学院毕业生经公开考试及格者为限，并不得限于本校毕业生；在外国大学本科毕业者亦得应前项考试。研究院各研究所或部于必要时得停止招收研究生。各大学依本规程所招收之研究生，应于取录后一个月内连同资格证件报部审核备案。该《规程》还规定，在《学位法》未颁布以前，各研究生研究期限暂定为至少二年，期满考核成绩及格，由大学发给研究期满考试及格之证件；研究生不得兼任校内职务，成绩优异者得给予奖学金。[28]
国民政府颁布之《大学研究院暂行组织规程》，使设立大学研究院有了统一参照标准和制度上的保障，标志着大学研究院制度之规范化。随后，已于此前设立研究院所之各大学，据此进行整顿；而此前未设立研究院所之大学亦据此纷纷创设，在1930年代初形成了创设大学研究所的高潮。
早在1926年8月，东南大学颁布的《组织大纲修正稿》第五条规定：“本大学为研究高深学术起见，得增设研究院。”[29]同年11月18日通过的《国立东南大学研究院简章》规定，研究院设高等学位委员会，其职权为：主持研究院行政事务，每年汇报各系研究生之应得学位者于校长，以便授予学位；聘定各系所推举之研究指导员；聘定各科研究生之考试委员；审查研究生入学及毕业之资格。该简章还规定：大学本科毕业生经本校系教授会推荐及高等学位委员会认可者，方得为本院研究生；研究生除国文必须通畅外，兼须能以英、德、法或他国文字之一种，作通畅之论文；研究生须在院继续从事二学期以上之研究；研究生每学期除研究学科外，须修习九学分本系或副系课程；研究生须将其研究所得作一优良论文，表明其有独立研究能力及在学术上确有贡献；研究生除所选十八学分课程与所作论文外，须经过口试，有必要时可再加笔试；各研究生之考试委员会，由高等学位委员会委定同数之教授组织。[30]东南大学研究院根据此简章开始筹办。1927年5月，国民政府接收东南大学，随即改组为第四中山大学，次年定名为国立中央大学。1934年10月，中央大学再次筹设大学研究所，并先后创设理科研究所数学部、农科研究所农艺部。次年8月，理科研究所数学部率先招收2名研究生，标志着中央大学研究院之正式开张。
1930年12月，蒋梦麟出长北京大学，提出“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的办学方针。次年6月，北大研究所国学门招收21名研究生，并确定了相关导师及研究课题：马裕藻——古声韵；马衡——金石学；叶翰——雕刻瓷器研究；沈兼士——文字学；刘复——语音学、方言研究；朱希祖——明清史；陈垣——中国基督教史研究等；徐炳昶——中国古代哲学史；钢和泰——宗教史等；黄节——魏汉六朝诗；周作人——中国歌谣；钱玄同——音韵沿革研究等；沈尹默——唐诗研究；许元衡——词典研究。[31]1932年6月颁布的《国立北京大学组织大纲》将北大研究所升格为北大研究院，由校长兼任研究院院长，改国学门为文史部，另增自然科学部和社会科学部。10月，文史部录取新生12名，自然科学部录取3名，社会科学部录取10名。1935年6月修订公布的《国立北京大学研究院暂行规程》规定，北京大学研究院“为北京大学及国内外大学毕业生继续研究高深学术之所”[32]。研究院院长由本校校长兼任；原设三部更名为文科研究所、理科研究所、法科研究所，由文、理、法三院院长兼任各研究所主任；规定报考资格须具备大学本科毕业或具有同等学力者；同等学力者须经过规定之入学考试；研究生修业年限为2-5年，前2年必须在院研究；导师由本科教授担任，每位导师同时指导之研究生人数不得超过5人；研究生最后成绩论文占70％，口试占30％。[33]
根据国民政府颁布的《大学组织法》第八条“各大学得设研究所”之规定，1932年制定的《国立北平师范大学研究所章程》将该校研究所任务规定为：研究教育实际问题、培养教育学术专家、搜集整理并编纂各科教材。该校研究所委员会决定全所工作方针，其委员由校长于本校教授中聘任；该所设所长一人，由校长兼任；设主任导师若干人，分掌教育研究及各科教材纂辑事宜；设导师及助教若干人，商承主任导师指导并训练研究生，从事教育研究调查统计等工作。国立省立或教育部立案之私立大学毕业生，经该所入学考试及格后为研究生。研究生研究期限为1-3年；其学程终了时提出毕业论文经本所认可并考试合格者，给予本所毕业证书，并依教育部之规定给予学位。本所设奖学金给予研究生成绩最优异者，其金额及给予方法，由研究生细则规定之。[34]1934年制定的《国立北平师范大学研究所委员会章程》规定，该委员会职权为：拟定全所进行方针，拟制全所预算，审核并通过研究生入学及毕业之成绩，审核并通过奖学金之给予，认可导师纂辑员助教等之资格，审核研究及纂辑之工作成绩等。[35]
1933年夏，辅仁大学董事会决定，为毕业学生有志深造者作各种高深学术之研究起见，特设立研究院以养成各项专门人才。校务会议通过《北平辅仁大学研究院入学简章》，拟于研究院之下设立中国语言文学研究所、史学研究所、哲学研究所、社会学及人种(类)学研究所、教育学研究所等5个研究所。教育部颁发《大学研究院暂行组织规程》后，辅仁大学决定先设置文、理两科研究所，并拟具《文理两科研究所组织规程》及担任研究科目的教授名单，呈报教育部核准：文科研究所史学部主任为陈垣(校长兼任)，人类学部主任为雷冕(社会学系主任兼任)，经济学部主任为赵锡禹(经济学系主任兼任)，理科研究所物理学部主任为欧思德(物理学系主任兼任)，化学部主任为卡乐天(化学系主任兼任)，生物学部主任为张汉民(生物学系主任兼任)。到1952年院系调整前，该校培养了包括赵光贤、葛信益、陈祥春、叶德禄、赵卫邦、刘乃和、郭预衡、张阜权、李津、李桓、蔡文焕、张永仑、叶德礼等在内的研究生达202名之多。[36]
关于清华大学研究院之进展情况，校长梅贻琦1936年报告称：1929年6月呈准政府设研究院，照本科各院系分别筹设研究所部，1930年夏开始招生，现设文、理、法三科研究所，文科研究所设中国文学、外国语文、哲学、历史学及社会学五部，理科研究所设物理、化学、算学、地学、生物、心理六部(其中社会学、地学、心理学三部于1934年度暂停招生)，法律研究所设政治、经济二部。研究院院长及各所各部主任现均暂由本校校长、各学院院长、各系主任分别兼任。各部研究生人数，1931年度为41人，1935年则为43人。研究生之学程初定为三年，近遵部令改为二年，其毕业者计1933年6人、1934年4人、1935年7人。其对清华大学研究院之培育学术人才之功给予充分肯定：“研究生毕业以后，多半出国留学，再图深造，或在国内大学担任教职，总之对于研究学问，均能努力从事，始终不懈，将来于学术上可有贡献于国家者，数年之后，可以见之矣。”[37]
据国民政府教育部编撰之《第二次中国教育年鉴》统计，除中央大学、西南联合大学外，至1941年底，全国设有研究院所者，尚有中山大学、武汉大学、浙江大学、四川大学、东北大学等16所院校，共有35个研究所、62个学部。[38]1946年12月，教育部将《大学研究院暂行组织规程》加以修改，更名为《大学研究所暂行组织规程》，废除了研究院与研究学部，一律改为研究所，使其与“学系”打成一片，并依学系名称，称为某某研究所。到1947年，公立各大学设立了研究所者达26校，有134个研究所。[39]
大学研究院与后来“中央”研究院这种独立之研究机构在功能上是有很大区别的。在1920年代专业研究所尚不发达之时，大学研究所除了具有研究生院这样的培养研究生之功能外，兼有某种专业研究所从事专门学术研究之特殊功能，北大研究所国学门、清华国学研究院之学术活动即为较典型之例证。但到1930年代以后，随着专业研究院之普遍建立，尤其是“中央”研究院这种国家级专业研究机构之建立，大学研究院与独立研究院之间逐渐有了明确分工，不再像北大研究所国学门及清华国学研究院那样，以大学研究所而同时兼具多种学术功能。大致说来，大学研究院以培养研究生为主，由教授开设各种研究项目，予大学毕业生以深造机会；独立研究院则主要供给学者以精深研究之地，使其专门从事学术研究。1930年，蔡元培在《在“中央”研究院招待二届全教会会员宴会上的致词》中，对独立研究院与大学研究院作了明确区别：“研究院系国家设立，其性质与大学之研究院不同，大学校之研究院，系为大学毕业生造就更高深的学问而设，研究院的性质，则在使学者依其兴趣，得一自由研究机会，有时选择几个切用于应用的问题去研究，供给社会政治教育各种事业的参考。”[40]其复比较云：“大学研究院，既须兼顾教员、毕业生、高级生三方面之方便，故其所设研究所之门类，愈多愈善，凡大学各院中主要科目，以能完全成立为最善，庶不至使一部分之教员与学生失望。独立研究院，以研究员为主体，故外国间有以研究员之姓名为一个研究所之标志者。其科目不求备，视有特殊之研究员与社会有特别之需要而设之，除研究员所需要之助理外，是否有兼收研究生之需要与可能，完全由研究员决定之。前者稍偏于博大，而后者稍偏于精深，不必强求其一致也。”[41]
无论大学研究院所，还是独立的专业研究院所，均为中国现代学术研究之重要机构。这些学术机构成立后，对学术研究之促进作用甚大。蔡元培在1935年撰写的《论大学应设各科研究所之理由》中，认为大学创办研究院，对教员、毕业生及在校学生均有极大益处，并反过来对没有大学研究所之害作了阐述：一、大学无研究院，则教员易陷于抄发讲义、不求进步之陋习；二、大学毕业生除留学外国外，无更求深造之机会：“现在大学毕业生因社会需要或个人经济关系，急求一职以自赡者，固居多数；然亦有少数对于学术有特殊兴趣、不以在大学所已受之教育自封者，辄要求以自费或公费留学外国，而社会上对于留学归国之学生，亦特别器重。此亦非全由崇拜外人之心理，实以欧美各国，除独立研究院外，各大学无不有相当之研究院故也。”三、未毕业之高级生，无自由研究之机会：“惟大学既设研究院以后，高年级生之富于学问兴趣、而并不以学位有无为意者，可采德制精神，由研究所导师以严格的试验，定允许其入所与否，此亦奖进学者之一法。”[42]
正因设立大学研究院有三方面益处并可消除多方面害处，故蔡氏反复强调大学设置研究院之必要性。大学研究院设立后，确实发挥了蔡元培所设想之三方面益处，促进了大学的学术研究，提升了大学的学术水准，使大学具备了成为近代学术研究中心的基本条件。对此，蔡元培概述道：“现在，几乎每一所学校都拥有一些同欧洲从事科研工作的学校所拥有的相同的仪器设备，并且还拥有实验室。在每一所实验室，我们都可以看见师生们一起研究科学，诸如物理、化学、生物等等。特别是我们的大学，它们为科学教育的发展，为科学应用的发展尽了最大的力量，贡献出了最大的能力，并且在此过程中，表示出希望中国在不久的将来，通过科学的发现与工业的发展，对当代世界文化作出新的贡献。”[43]朱自清后来亦评价道：“战前的十年来，我们的学术确在长足的进步。“中央”研究院和一些大学的研究院的工作都渐渐有了分量。于是没有研究院的大学都纷纷设立研究院，一些独立的研究机构也或多或少在外国人资助之下办起来了。于是研究的风气盛极一时，学术空气浓厚到无视大学本科教学。……那时候教授隐然分为两等，研究教授第一等，大学教授第二等。知识或学术的估价算是到了最高峰。这也未尝不是好好现象，结果无论在人文科学或自然科学方面都有了新发展。”[44]
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