陈垣是史学大家，连毛泽东也称其为“国宝”。 法国著名汉学家伯希和认为，只有陈垣与王国维才称得上“中国近代之世界学者”。傅斯年说过“静庵先生(指王国维)驰誉海东于前，(陈垣)先生鹰扬河朔于后。”日本汉学权威桑原骘藏在陈垣《元西域人华化考》出版后，很快发表评论，称陈垣是现在中国历史学者中“犹为有价值之学者”。而陈寅恪的学生戴家祥回忆：陈师和我在校散步时，自称平生最佩服的是王静庵(王国维)先生，其次是陈垣。1949年他在国共之间选择了后者，婉拒蒋介石和老友胡适的赴台邀请，而是留在大陆当了多年的大学校长，文革正盛的1971年6月25日寿终正寝于北京，享年91岁。家属遵照他的遗嘱，将他珍藏的4万余册图书，近两千件文物和一生积蓄全部交公。图书及大部分文物现藏国家图书馆，281件珍贵文物现藏首都博物馆。4万元存款交北师大做党费。

1948年底，南京国民政府三次派飞机到围城中的北平，要接陈垣和其他一些著名学者南下，陈垣拒绝了。1949年1月底，北平和平解放，解放军进入北平城，年近古稀的陈垣在学生的陪同下，从兴化寺街5号步行到西直门迎接解放军，迎接解放。

这还不是此老对新政权最明显的支持表态。他还做了一件影响和争议巨大的事情。他于1949年5月11日在《人民日报》上发表《给胡适之一封公开信》。信中写道：“去年十二月十三夜，得到你临行前的一封信，讨论杨惺吾《邻苏老人年谱》中的问题。……当我接到这封信时，围城已很紧张，看报上说你已经乘飞机南下了。真使我觉得无限怅惆。记得去年我们曾谈过几回，关于北平的将来，中国的将来，你曾对我说：‘共产党来了，决无自由’。并且举克兰钦可的《我选择自由》一书为证。我不懂哲学，不懂英文，凡是关于这两方面的东西，我都请教你。我以为你比我看得远，比我看得多，你这样对我说，必定有事实的根据，所以这个错误的思想，曾在我脑里起了很大的作用。但是我也曾亲眼看见大批的青年都已走到解放区，又有多少青年，正在走向这条道路的时候，我想难道这许多青年——酷爱自由的青年们都不知道那里是‘决无自由’的吗？况且又有好些旧朋友在那里，于是你的话在我脑海里开始起了疑问……

陈垣写了对新生活的新感受，指出以往同胡适的论学方法只是“实证主义”的，在立场上“有着他基本错误的”。接着把写《公开信》的目的明确地宣布：“我现在明白了毛泽东的政治主张和实际情况，我愿贡献你这种版本，校正你孤证偏见的危险”。“在三十年前，你是青年‘导师’，你在这是非分明胜败昭然的时候，竟脱离了青年而加入反人民的集团，你为什么不再回到新青年的行列中来呢？ 我以为你不应当再坚持其以前的错误成见，应当有敢于否定过去观点错误的勇气。你应该转向人民……我现在很挚诚的告诉你，你应该正视现实，你应该转向人民，幡然觉悟，真心真意的向青年们学习，重新用真正的科学的方法来分析，批判你过去所有的学识，拿来为广大的人民服务，再见吧！希望我们将来能在一条路上相见”。

这封信影响到了陈垣在此后历次政治运动中的安危。同时也让陈垣的学问家形象复杂化。后人曾评述：陈垣与胡适的分道扬镳，深刻地反映出当年知识分子在新旧政权更替之际，对不同人生道路抉择时的心路历程。北平解放了，陈垣依旧做辅仁大学的校长，甚至“未尝一日废书，书案堆书如山” 从解放区归来的刘乃崇，把解放区的所见所闻尽述给陈垣；陈垣还找来毛泽东的《中国革命和中国共产党》《新民主主义论》等文章，手拿放大镜，一字一句地认真阅读。学习新理论，听了新报告，再结合北平城内的新见闻，陈垣思想为之一变，“朝闻道，夕死可矣。”

好一句“朝闻道，夕死可矣。”可惜，有句古话说得尖刻而真实，寿则多辱。陈先生高寿，最后却是赍恨以殁，完全没有享受到那种欣欣然了无牵挂的结局。

在他之前，为他润色那篇公开信的范文澜，已经于1969年7月29日逝世。范的晚年，也着实不易。1966年6月3日，《人民日报》发表了重头文章《打倒史学界的东霸天、西霸天》，矛头直指范文澜和翦伯赞。在经历了多次批判之后，1968年12月18日，绝望无助的翦伯赞与妻子一道服药自尽。好歹在庆祝1966年国庆大会上，范文澜被安排上了天安门城楼。那天，他站在城楼东头，离毛泽东较远。毛泽东看到他后，特意走过来，对他大声地说：“范文澜同志，有人要打倒你，我不打倒你。”蒙圣上特赦，范得以不死。1968年7月20日，毛泽东又派人到范文澜的住处传话，说：中国需要一部通史，在没有新的写法以前，还是按照你那种方法写下去。晚年他的主要工作就是肩负使命不停地修改、扩充他先前的那两部著作。范文澜去世后，毛泽东和周恩来等依然十分关注《中国通史》编写的进度，范去世不久的10月31日，周恩来批转《为继续编写〈中国通史〉的报告》给陈伯达，要求由陈负责，并说“这个任务很重要，这是主席交给的任务”。有人后来极尖酸地评论说，范、陈的路子差不多是要写成一部《中国古代党史》。一代历史学家，煌煌大作居然越改越差。嗟乎！

比起罹难的翦伯赞、吴晗和陈寅恪来，陈、范还算善终。不过，虽然早就被视为“国宝”，陈先生的研究成果在解放后就日渐稀少，多的不过是应景文章。陈垣和陈寅恪在解放后“立身处世，各走极端”，二人也不复有书信往来，陈垣选择脱胎换骨地改造自己，论著寥寥；陈寅恪以盲衰之躯《论再生缘》、《柳如是别传》等煌煌巨著。在“文革”中，陈垣没有受到直接伤害，是因为家人给中南海写过两封信，一封给周总理，一封给康生（康生其实也尊重有真学问的人）。 “过去的学校领导、朋友，不是靠边站，就是被批斗、被打倒，大家都自身难保，也就很难顾及于他了。他整天提心吊胆、闷闷不乐。对形势的发展陌生、担忧又不理解，只能保持沉默。”文革中他最不能忍受的是工作被迫停止了。一次，和曾庆瑛谈到书籍的出版问题时，他很不高兴地说：“现在什么事情也不能做了，让我等死么？”

1971年那个动荡的夏天，91岁的陈垣在病痛和苦闷中离世，留下他无法保护的学生和家人。这离1951年毛泽东在国宴上向人介绍“这是陈垣先生，读书很多，是我们国家的国宝”，相差正好20年。

胡适始终不相信那封所谓的公开信是陈垣的亲笔。无人知晓这封信的背后，埋藏着多少这位饱学之士的盲目乐观与难堪尴尬。陈垣曾经对国民党很失望，于是放弃赴台。待他再次失望，以中国之大，又能去哪里？选择总归不容易，但身为历史学家却看走了眼，终归是一种对自己学术的讽刺性否定。轻易为现实政治背书的个中滋味，只有当事人自己去慢慢咀嚼体会了。

最可悲的是，这样一位学界敬仰学富五车且以历史学为专攻术业的老人，居然忘了“是非分明、胜败昭然”这八个大字的分量而将其混为一谈。毕竟，成王败寇那是政治，并不是历史！看胜败易，察是非难。另一位在文革深受迫害的历史学家尚钺在最后一篇文章中曾说：“一个优秀的历史学家，……他所争的不是一时之是非，而是万世之是非；所追求的不是一时的荣显，而是客观真理。”以此观之，胡陈之高下，岂不一目了然。