1945年，抗战胜利，西南联大解散，北大、清大、南开等校纷纷复校，必须再次大规模迁徙；此时兼任北大校长的胡适出任国民政府驻美大使，因公滞美未归，面临大学复员回北京的难题，然而抗战期间，由日本傀儡政权扶植的伪北大，也有教职员安置问题，酿成伪北大教职员街头抗议事件。胡适与蒋介石属意改由傅斯年出任北大代理校长，挑起复员迁校回北京与接收重任。
傅斯年代理北大校长后多次声明，北大决不录用伪北大教职员，指大学须在“礼义廉耻”四字上做不折不扣的榜样，给后代青年们看看，让青年正是非、辨忠奸，否则“下一代的青年不知所取，今天负教育责任的人将成国家的罪人”。甚至痛斥为接收日据时期伪校产与伪北大教授打过招呼的陈雪屏，“汉贼不两立，连握手也不应该”。
燕京大学对参加伪北大的教授一律解聘，傅斯年说，如果北大做不到，“真没脸见燕京的朋友了”。他又直指舍不得离开的人如果不受谴责，对不起那些长途跋涉到大后方，拋家别子，坚持国家民族大义的教授与学生。强硬手腕终于敲定北大复员难题。在开除依附日军的伪北大教职员，并上书指责国民党政府在战后未能严审、严惩汉奸后，傅斯年说，“我知道恨我的人一定很多，但我不能作乡愿”！
傅斯年虽接手北大，化解伪北大教职员难题，却认定胡适适合当全国最高学府校长职务，始终定位自己是暂代校长。他努力不懈，为北大争取到新校地、校产，目的是为“断然不愿与别人抢东西”的胡适当开路先锋；当胡适自美返国后，他立刻辞职让胡适重返北大，毫不留恋，也不接受蒋介石慰留，依旧回历史语言研究所。
1948年12月，情势更加紧张，国民政府即将全面迁台，蒋介石决定由具学界硕儒身分的傅斯年出掌台大。拗不过蒋介石与教育部长、老长官朱家骅连番游说，傅斯年于1949年1月20日赴台接任台大校长，行前傅斯年却对朱家骅说，“你把我害了，恐我的命要断送在台大了”。
傅斯年之所以受老蒋器重，一方面因其学术地位，也因为行政干才与魄力非比寻常，为大学校务，他可以放下身段到处奔走，上穷碧落下黄泉地要钱，除陈诚、吴国祯两任台湾省主席外，甚至直接找老蒋，绝不空手而回。傅斯年曾自负地说：“胡适比我伟大，但我比胡适能干”。
出掌台大，傅斯年绝非想和稀泥、作烂好人，而是捐弃民初以来建“大学堂”的观念，树立一所现代化的大学，成为学术重镇。
在傅斯年推动下，台湾大学成为以自由学术精神为基本原则的一所大学。上承胡适等人在五四运动提倡的启蒙观念，尊重个人、注重人性、提倡正义，并将追求真理当作大学存在目的与指针，力求以具体行动矫正当时教育制度流弊。
傅斯年在台大被后人津津乐道的治校经验，便是他用极短的时间，为这所学校建立起长远的制度以及校风，形成学术独立精神与传统。大学自由学风能在国民党戒严时期坚持下去，实不容易。
傅斯年对独立人格的重视，藉北大台大教育精神形成传统，傅斯年个人也因为对权贵不买帐的作风而闻名。1949年，美国将领、盟军统帅麦克阿瑟访问台湾，当然受到国民党政府盛大欢迎，所有政要在旁恭迎，唯独受蒋介石之托而来接机、素称自己“坐无坐相、立无立相”的傅斯年，硬是翘着二郎腿、抽着烟斗，坐在蒋介石与麦克阿瑟旁边的沙发上，以大学校长身份与两人平起平坐。
傅斯年本人却是个人情味很浓的自由派学者，台大多名教授回忆，度量大、肯认错、不记仇是傅斯年的特质。他乐于接近学生、关心学生，以平等观念对待师生，在严师如严父的年代，甚至以被学生敲竹杠而请客为荣，对学生的请见与回信，绝不假手他人。据闻他有次踱过台大生物实验室，看到学生正在观察草履虫，便说他在伦敦时也看过，有位学生开玩笑地说“吹牛”，傅斯年则大笑而去。他也争取让全体台大学生进行X光检查，避免感染肺结核，检查后轻微患者由台大拨给宿舍暂住，且有工友照顾；重病者准许休学，公费照发，并加发菜金三十元；在资源困难时代，他也要求台大农场硬挤出鸡蛋、鱼肝油、奶粉等补给品定期供患病学生疗养。
傅斯年早年丧父，全赖父亲门人提携照料，因此他毕生乐于帮助故人子弟。胡适夫人与钱思亮一家来台后，没有地方居住，都是由傅斯年先提供自己位于福州街二十号的台大校长宿舍暂住，再想办法帮朋友找栖身之所。为帮助穷学生，傅斯年积极设立多项奖学金，鼓励清寒学生继续奋斗，以求人人机会均等，避免大学教育成为阶级、有钱人的专利。台湾中研院院士李亦园回忆，他于1948年来台后考进台大历史系，两年后想降级转读新成立的文化人类系，因此找傅斯年商量，争取打破规定让他保留奖学金作为生活保障；傅斯年仅训示他研究考古、人类学、从事田野调查都是苦事，需耐得住寂寞与辛苦，也立即同意他的请求。
傅斯年虽是台大校长，但两袖清风，同在台大外文系教书的妻子俞大彩有回还不得已借钱买米。但他曾为了董作宾等几位更穷的朋友，把自己藏书卖了换钱救急。
随手一个烟斗、一顶呢毡帽、一袭长袍是傅斯年标准造型。但因家贫买不起好烟丝，傅斯年在台湾都是把劣质烟拆开，把烟丝放到烟斗里抽，好过过瘾。傅斯年身前最后一篇文章稿费，原想拿来作条棉裤，最后他还是指示台大，查查看哪个学生最穷，就把钱送给他。最后只拜托留下二十块，打算请学生吃顿锅贴。
傅斯年一生虽然清贫，却从不为兼职领双薪，利与官场之名之于他十分淡薄。甚至蒋介石赠他“总统府资政”头衔与名位，连他的秘书都不曾听他提起。傅斯年在海外没拿到博士学位，有记者尊称他“傅校长博士先生”，傅斯年就说，他的博士头衔不过是海外颁发哲学荣誉博士，还是以“先生”称谓为宜，博士头衔“不值一道”。
当时发生一起轰动台湾社会的年轻男女殉情事件，男子获救，女孩陈素卿香消玉殒。陈女绝笔书经报刊披露，优美文采让人一掬同情之泪。傅斯年因此与数名台大教授提议将这名女孩葬在台大校园立碑纪念，后虽因殉情案另有内情打消念头，由此却可看出他感性的一面。
他以校长之尊，仍经常自顾自地在其它教授前戏谑吵闹、做鬼脸；他的生活态度随便、俭朴，不爱狗，只爱看书，靠薪水过活。据他的夫人回忆，傅斯年脑子里全是“书本、书本、工作、工作”，不喜欢家人办生日，更不记得自己生日，但母亲生日时，傅斯年却总是身穿长袍下跪磕头，展现孝道。
傅斯年晚年糖尿病与高血压严重，夫人早就下了禁口令，每天只能吃半碗白饭、青菜与半个木瓜，也不给零用钱，避免到处乱吃，坏了身体；但傅斯年嘴馋远近驰名，尤其爱吃鱼翅，只要有人以鱼翅请客，傅斯年不问是谁，绝不缺席。钱思亮的儿子，日后当上台湾国大议长的钱复，小时后寄住在傅斯年宿舍中，他回忆，每次傅斯年领到稿费，都会偷偷找他去打牙祭，最喜欢吃卤猪脚沾上许多酱油。傅斯年不摆架子，爱下棋的他，他的司机杨国成就是棋友，也就是这位棋友，常偷偷带他到南昌街等地吃些小吃解馋，全是杨国成付帐。
傅斯年的身体状况长期不佳，加上宵旰从公，每天在台大工作十多个小时以上，欠缺休息，在外邀约演说不断，让他高血压与糖尿病病情持续恶化，并患有胆结石毛病。他的司机说，傅斯年不是不知道身体不好，需要检查；但就是怕检查后需要休息，而傅斯年就是不肯休息。
1950年12月20日，傅斯年上午先参加蒋梦麟主持的农委会会议，争取保送大量的台大学生出国深造，下午出席位于台北市南海路的台湾省议会第五次会议。一向问政激切的台湾省议员郭国基提出一连串质询，包括教育部保存在台大的教育器材遭窃问题，质疑台大想搞“秀才教育”？不打算普及于一般民众？傅斯年疾呼：“奖学金制度不应废止，对资质好、有才能、有智力而肯用功的，仅为了钱不能升学的青年，我是万分同情的，绝对要扶植他们，不能让他们被摒弃在校门之外”，“办学应先替学生解决困难，让他们有安心求学的环境，才能要求他们勤心用功，不替他们解决困难，要他们尽心用功，是不近人情的”。
未料他深恶痛绝的盗窃教材器具案，让傅斯年情绪激动、无法平复，步下讲台枯坐到散会时，仅说了句“不好，我不行了”，随即跌倒昏迷，抢救至深夜十一时无效瘁逝，享年55岁。
傅斯年深受学生爱戴，“傅斯年被郭国基气死”的流言四散，台大学生情绪激动，差点串联包围省议会找郭国基算帐。也由于傅斯年已成为台大精神象征，身后安葬就在台大校门旁空地，这座小型墓园被称为“傅园”。
当年“傅园”地处僻静，紧邻着占用校地的一排违章木造屋。傅斯年生前认为违章建筑的主人都是做小生意过活，没必要为难人家，也就默许书店、豆浆店、钟表店在校门旁营业，傅斯年过世后，台大直到1978年才将违章木造屋拆除。
傅园是由台大邀知名建筑师吴炎设计，有十六根圆柱的希腊式纪念亭，大理石制墓墎放置其中，一旁几何形水池、埃及方尖碑，呈现浓厚西洋古典建筑风格，展现当时学术界对西方大学的仰慕。如今的“傅园”和台大校园融为一体，提醒上下课的钟声就是由傅园内的“傅钟”传来，数十年来不停歇。最特别的是，每节上下课，“傅钟”都是敲21响，这是源自傅斯年的一席话，“一个人在一天24小时，要留下3小时作为沉思”。
创办广州中山大学文学院与语言历史研究所；创办中央研究院历史语言研究所；主持北大复员；开台大之先河，治学与办事能力兼具，是胡适认为傅斯年毕生的四大成就。
1943年，英国知名历史学者李约瑟到中国访问，由傅斯年接待，这位日后以《中国之科学与文明》闻名的学者，回忆傅斯年是个外型相当胖、头型奇特，而又健谈、西化、有趣的人。李约瑟回国前，傅斯年在一把折扇上写了《道德经》相赠，李约瑟日后则以《中国之科学与文明》第五卷第七分册献给傅斯年与俞大维，见证这段奇异的东西方历史学者的相遇。这是傅斯年的温文儒雅。
因为傅斯年的真，让他敢于包容朋友，给予温情与照料，让他敢于说出真话，为被捕的陈独秀辩驳是“中国革命史上光芒万丈的大慧星”；直言批评从容就义的李大钊不是“就刑”而是“被害”；直斥批评胡适者，“你们不配骂胡适之”。因他的直，他敢批判孔宋家族；敢怒批蒋介石，让目不识丁的军阀老粗张宗昌掌理孔孟故乡山东政务，“以为山东无人了吗”？
综观傅斯年一生起起伏伏，虽波澜壮阔，却也充满矛盾。他早年力主全盘西化，反对旧传统、旧学问，批判封建道德，鼓吹个人自由，甚至说保存国粹相当可笑，需全面废除文言文；他期待藉文学革命达到思想革命目的，建立西方个人主义、自由主义信仰，寻找让中国启蒙契机。
但傅斯年侧重文学革命层次的议论，仅停留在书生论政与学术圈生活，无论政治与社会改革等议题上均缺乏有力行动。到了中、晚年，国家遭遇变动之际，他坚持国家气运是匹夫无可逃避的责任，展现的却是传统知识分子格局。而且傅斯年虽未任官，却与蒋介石、国民党关系深厚，介入政务过深，都让他对外难以辨明。
傅斯年的局限，正凸显五四以降，知识分子的不安与矛盾，以及中国面对现代化过程中的混乱。傅斯年的分量与影响力，又因为他的政治立场明显遭低估。这位五四健将、中国现代史学的先驱，最后被局限在孤岛一隅的国民党做小了，更是大时代悲剧的剪影。
无论如何，傅斯年一生在民族原则与精神上的坚持无庸置疑的。他坚持抵御日本侵华，注重培养学生民族气节，面对日本入侵华北，施以恐怖与威吓统治，傅斯年在北京仍毫不畏惧，鼓吹抗日，以“不屈服”的立场对抗军事强权；九一八事变后，傅斯年以北大历史系主任的身分，提出“书生如何报国”的质疑；为彰显民族气节，以保国家气运，以及国家必需有史鉴提振民族精神的主张，促成北大教授编纂属于中国人的通史，也就是钱穆的巨著《国史大纲》。
毛子水誉他有“浩然之气”，傅斯年有话直说、不惧权贵，即使面对亦师亦友的胡适也一样。日军入侵华北、热河之际，胡适反对“宁为玉碎、不为瓦全”论调，主张积极对日交涉，保存实力，遭傅斯年激烈反对，扬言退出独立评论，贯彻“老百姓第一愿望是让国家统一”主张。他期勉儿子，做人之道必发端于正气，“若不能看破生死，必为生死所困”。
尤其是虽仅治校年余，奠定学术自由风气让傅斯年受台湾大学后人景仰，一如自由主义将大学视为公共领域中的批判性言论的知识来源，傅斯年的个人风格形成对大学的想象，在威权统治时期，他化身学术独立的神圣性，成为台湾抵抗政治高压的共同荣耀。其后五十年，台大数次校园抗争事件，都在傅园内的傅钟前、杜鹃花旁慷慨上演，纪念傅斯年的“傅钟”成了台大自由校风的重要象征。
来源: 《移居台湾的九大师》
