近年来，随着城镇化进程的加快，侵犯农民土地权益的现象有加重趋势。健全土地管理制度，赋予农民更加充分而有保障的土地权利，依法保障农民土地权益不受侵犯，是“三农”政策的核心，也是保障城镇化健康发展的关键。“十二五”时期，应以保护农民土地权益为核心，加快改变“产权残缺、权利二元。政府垄断、管经不分”的土地管理制度。
一、赋予农民更加充分的土地承包经营权，加快建立全国统一、权威的农地权利登记体系
明确界定农民的土地权利是完善土地制度的一项基础性工作。目前，农民土地承包经营权权能不够充分，土地确权、登记等工作明显滞后。应进一步明确农户土地承包经营权“长久不变”，并赋予农民对承包土地更加充分而有保障地占有、使用、收益和处置的权利。允许土地承包权与经营权分离，承包权为田底权，经营权为田面权。承包权由承包农户永久持有，经营权是由承包权派生出来的权利，承包农户按承包权收取租金，拥有经营权的承租者享有土地的使用、收益、转让、抵押权。在土地流转过程中，要确保家庭经营的主体地位，严格用途管制，防止工商企业长时间、大面积租赁和经营农户承包地。在确权的基础上，统一进行农村土地的确权、登记、颁证工作，为农民颁发具有更明确法律效力的土地权利证书，形成全国统一、权威的农地权利登记体系。“十二五”期间可以先选择几个省进行试点，尽快在全国推开。
二、改变土地权利二元格局，真正实现国有土地与集体土地“同地，同价、同权”
按照土地管理法规定，城市土地属于国有，农村土地属于农民集体所有。因为所有制不同，在权利设置和利益分配上产生巨大鸿沟。土地权利的二元格局，造成了集体土地所有权的残缺，使得集体和农民难以分享土地长久的增值收益。必须构建与国有建设用地使用权权利体系一致、权能内容相衔接的集体土地产权制度，赋予集体建设用地与国有土地同等的占有、使用、收益和处置权，加快建立城乡统一的建设用地市场。对依法取得的经营性集体建设用地，允许转让、出租、抵押，纳入现行的土地市场统一管理。打破目前对城市规划圈内圈外土地按不同所有制准入的政策，城市规划圈内农民集体所有土地在符合用途管制前提下，也可不改变所有制性质进行非农建设。合理分配集体建设用地开发和流转的收益，保障农民土地权益。加快征地制度改革，逐步实行对失地农民的土地财产权的公平补偿，鼓励地方政府对失地农民集体采取留用地、物业置换、提高补偿标准等办法，增大失地农民的财产补偿份额。
三、严格规范农村土地整治和“城乡建设用地增减挂钩”试点工作，维护农民土地权益
近年来，宅基地整理与村庄整治在不少地区推进很快，利用“城乡建设用地增减挂钩”试点政策，为城镇发展和工业建设争取了用地指标，也为农村公共服务和基础设施建设搭建了投融资的平台。但是，这一政策的执行在不少地区走形变样，主要问题是：（1）单纯为满足城市用地需求，违背农民意愿搞大拆大建、强拆强建。（2）对农民房产、宅基地补偿不足。（3）许多地方都把建设农民公寓楼作为引导农民集中居住的主要形式，既破坏了原有乡村风貌，也不方便农民的生产生活。
农村土地整治和“城乡建设用地增减挂钩”既要为工业化、城镇化腾空间，更要为农民增利益。由于农村集体土地房屋拆迁、宅基地补偿等方面的法律法规不健全、政策不配套，“城乡建设用地增减挂钩”应当严格限定在试点范围内。在试点过程中，要保障农民全过程参与，真正把农民的知情权落到实处。“城乡建设用地增减挂钩”，要真正造福农村和农民，最重要的是不能以“挂钩”的名义把农民的集体土地大量转为国有土地。应尽快出台专门关于农村房屋拆迁的规范性法规政策。宅基地是农民的一项重要财产，尤其是在经济发达地区和城市郊区具有很高的价值。对于在土地整理中腾退出宅基地的农民，不能仅补偿其房屋，还应当补偿其宅基地权益。城市建设缺地，不能主要靠拆村腾地来解决；城市建设缺钱，更不能靠开发经营农村集体建设用地来筹措。必须最大限度地把农村土地整理节省出来的建设用地留给农村使用和开发，明确首先满足县域和小城镇发展非农产业，由村集体开发经营或以土地入股等方式，让农民长期分享宅基地整理带来的土地增值收益。
四、组建国有土地资产管理委员会，改革“管经合一”的土地管理模式
目前，政府及其职能部门既负责土地管理，又以土地所有者身份从事国有土地的经营。既是裁判员，又是运动员。管理职能服务于中央政府，经营职能服务于地方政府。地方政府承担土地经营的职能，追求土地收益最大化，“土地财政”日益强化，弊端日益显现。
应参照国有企业改革的经验，成立类似国资委那样的国有土地资产管理委员会，作为政府机构，专门负责国有土地经营方面的工作。同时，成立国有土地公司等经济组织，具体负责国有土地经营工作，负保值增值的责任，并向国家财政上缴土地收益。这些经济组织作为市场主体，按照统一的市场规则，接受政府的调控和监管。作为国有公司，还要接受国有土地资产管理委员会的管理和指导。
把经营土地的职能剥离出去以后，进一步明确和细化各级土地管理部门的土地管理职能。主要职能为：严格实施土地利用规划，加强土地用途管制，切实落实耕地保护，加强制度性基础设施建设，完善不同土地资源的确权、颁证和登记工作，平等保护各类土地产权，搭建交易平台，制定交易规则，规范交易行为，实施地价管理，构建城乡统一的土地市场。强化土地依法管理，加大土地督察、监察和违法惩处力度。
同时，要规范国有土地出让收益管理和监督使用。明确国有土地经营收益不能成为政府财政的当期盈余。专司土地经营的机构获得的国有土地出让收益，应进入与政府财政相分离的专门账户，由专门机构统一管理。土地出让收益的使用应经过本级人民代表大会审批。政府财政部门可做出土地收益的年度财政预算，报请本级人大审核。要从严掌握拟进入政府财政预算的土地出让金。人大审核通过后，交由政府使用。对于土地出让金的支出项目和经费使用情况，也要交地方人大审核，保证这笔资金使用得更透明、更合理。
