一场台风“莫拉克”，给台湾民众特别是南部乡亲造成了巨大的损失，也把马英九的政治统治和民意支持度逼到了历史最低点，离“贪腐大王”陈水扁的民调支持率不太远了。
马英九的执政作风和能力上的弱点突显了出来：反应慢半拍，照章办事、不知道灵活处理和应变，尤其是在灾难和非常时期。马英九的优点在灾难和非常时期恰恰成了明显的缺点：依法办事却成了教条主义，弄不清状况，不知道轻重缓急；良好的教育变成了食洋不化的书虫子，优柔寡断；平时亲民的形象到关键时刻显出大多为作秀，对于受灾乡亲的下情并无切身感受。
在此灾难来临时，台湾整个行政部门反应慢，包括调动军队也拖拖拉拉，以致关键的72小时没有什么成效，失去了良好的抢救生命的战机。而各个行政部门负责人的表现也让人很不满，以致要求“倒阁”的呼声非常强烈。
面对急剧跌落的民意，马英九一再道歉，并且才开始到现场视察了解民情。整个行政部门也开始动起来。但目前看来，所谓九月的行政部门大换班，仍然是刘主导。其实，早在一年多前，马的行政部门班子一宣布，就有许多人不看好其行政能力，果然不错，一遇到大事，这一缺点便暴露无遗。马刘的整个行政班子充满了高学历特别是洋学历的首长，却不是行政能力良好、了解下情、善于决断的优秀管理者。本来，清廉老实是优点，但作为行政首长，还需要良好的行政管理和执政能力。本来，蓝营包括国民党和亲民党有相当一些行政能力强、为人也正派的官员，比如宋楚瑜、胡志强、朱立伦，但是，这些人几乎都没有入阁。马英九怕“功高震主”的心态起了重要的作用。
台湾的政治前景，2012年是关键，多数选民怕民进党上台，因为其大多数人政治人物都不干净，政治道德堪忧。但继续选马英九，其执政能力同样让人担忧，他还刚刚再度当选国民党的党主席。一些能干的蓝营干部难以在行政团队中发挥积极的作用。于是，台湾政治似乎出现了一个相当大的困局。如果蓝营本身能够掀起一股改革之风，至少对马英九在改组行政团队上形成强大的压力并且改组成功，那么，今后的台湾政局或许有良好的转机。当然，国民党的少壮改革派如果能够推出新的候选人取代马竞选2012的领导人，那将是戏剧性的场面。但就目前台湾包括国民党的政治文化而言，此种可能性甚小。
