在改革开放40年间，农业的发展仍然处于从传统农业向现代农业转变的过程中，要实现由传统农业向现代农业的根本转变，重要的是要解决现阶段农业市场经济发展中所面临的小生产与大市场的矛盾这一基本问题。农业产业组织的发育与完善是解决这一基本问题的根本出路。而农民专业合作社是农业产业组织里最主要的组织形式，对于现代农业的发展具有十分重要的意义。
中国农业产业组织变革与演变轨迹
自新中国建立以来，中国农业组织及其经营制度的演变，按照产业组织与制度的变革维度，可以分为三个重要阶段：
第一阶段（1949年—1978年）：新中国成立至改革开放。通过农业的社会主义改造，农业组织与经营从农户家庭经营和初级合作组织并存的经营组织体系演变为农村集体组织所有并统一经营的组织体系。
第二阶段（1978年—2007年）：从改革开放到农民专业合作社法的颁布。通过农户家庭承包经营制度的推行，农业组织从村集体所有和统一经营演变为村集体所有与农户家庭承包经营的双层经营组织体系。其间，1992年—1993年，为了解决农产品的过剩和农产品“卖难”问题，政府培育农业龙头企业，大力推进农业产业化经营，出现了以“公司+农户”为基本特征的农业产业化经营的组织模式。
第三阶段（2007年至今）：随着国家农民专业合作社法的颁发，农业组织体系从村集体与农户家庭的双层经营组织体系，进一步演变为农户家庭（社员）与农民专业合作组织的新型双层经营组织体系。在产业化组织层面，则出现了“公司+专业合作社+农户”为主要特征的农业产业化经营的组织模式。
中国农业合作组织的演变与发展
改革开放前30年，中国农业合作组织的发展过程是有异化的。农业生产合作社、供销合作社、信用社，在50年代中期的时候建了起来，是农民建立起真正的合作组织，但是很快就被异化。为什么异化?源自于当时一种脱离生产力基础的生产关系先行和意识形态的主导。
改革开放后30年，中国农业合作组织在很长一段时间里面是缺位的。原因是卖方市场的主导加之对农业合作组织缺乏科学认知所导致的“谈合色变”思想。
近10年来，中国农业合作组织得到了重生。主要是卖方市场和买方市场对产业组织及其变革有着不同影响，从卖方市场转变为买方市场以后，导致了农产品“卖难”。在这种情况下，产业组织制度的变革压力加大，不变革肯定会被淘汰，表现为单纯的农户家庭经营局限性开始显现。靠“公司+农户”的组织模式也存在局限性，因为两者不是一个利益共同体。在农业领域，既能发挥家庭经营组织制度优势，又能克服其局限性的组织制度安排，合作制是理想选择。
2007年，在国家农民专业合作社法颁布后，中国农业合作经济组织发展迅速。在数量、行业、类型与功能特征上，既体现了合作社发展的一般性，又体现了合作社发展的中国制度特征。
2007年1月—2017年7月间，中国农民专业合作社的数量、注册资本、社员总数和平均社员人数均有明显增长。2007年，中国农民专业合作社的数量仅为2.6万家，2017年7月增至193万家。截至2017年7月底，中国已有超过1亿名农户加入了各类农民专业合作社，占农户总数的46.8%。2007年，平均社员规模略大于13户，2017年增至约60户。虽然专业合作社的社员规模仍然不大，但社员规模超过100户的专业合作社的比例已从2008年的1.8%上升至2016年的3.8%。
从农业行业看，农民专业合作社的数量分布也不同。2017年种植业、畜牧业、服务业、林业、渔业和其他行业内的合作社数量占比分别为53.2%、24.3%、8.1%、5.9%、3.4%和5.1%。其中，在所有的种植业合作社中，38.9%的为粮食合作社、18%为蔬菜合作社。此外，还存在专门提供生产服务的合作社，如农机服务专业合作社、生产与加工相结合的专业合作社以及以某一产业为主并关联产业活动的合作社等。
在合作社类型上包括传统合作社、股份合作社、联合社。其中，股份合作社又包括土地股份合作社（集体土地与农户承包土地的入股，截至2015年底共有8.52万家土地股份合作社，占当年农民合作社总数的6.4%），其他要素入股的股份合作社；联合社包括专业合作与专业合作相联合的联合社，还有生产合作、供销合作、信用合作“三位一体”的联合社，专业合作与社区合作相联合的联合社。此类型还不普遍，因为涉及到村社区集体经济体制的改革，但却是中国农民合作组织发展值得关注的一个走向，目前这一类型通常体现为村干部兼专业合作社社长的状况。
合作社除了为社员提供产销基本服务外，通过产权制度和治理结构的不断完善，不少合作社已成为集新型经营主体与传统农户于一身，融生产与服务为一体的开放载体和多功能、多形式的农业产业组织，并且逐步形成了参与主体多元、利益分配多样、管理决策灵活的新型双层经营组织体系。
当前中国农业组织发展的新问题
目前，我国农业组织发展还存在一些问题。
第一，组织异化和主体行为扭曲问题。在市场经济下，产业组织制度和主体行为究竟应由政府主导，还是由市场主导?如何有效培育新型农业经营主体，真正发挥合作组织在农业产业体系中的主导作用?
第二，异质性农民的组织化滞后问题。组织化是否会遵循“物以类聚，人以群分”的定理?没有农民的组织化，能否实现小农与现代农业有的机衔接?
第三，产业纵向融合是否与组织设计匹配。如何从产业组织与制度安排的角度，降低农业一二三产融合发展中普通农民、家庭农场、专业大户、工商企业、互联网中介等不同主体之间的交易费用，提高相互协同度，并且确保普通农民在产业纵向融合过程中的利益不受侵害?
第四，集体组织与合作组织能否兼容。这是两种组织、两种制度、两种意涵，两者如何相互交融、共生发展?农村集体产权制度的改革能否兼顾这两种组织的共同发展?
第五，互联网对产业组织发展的影响。多种类型的互联网技术和交易方式，对消费者的影响相对明显，但对生产者及其组织的影响还不是很明了，要依据产业特性、产品形状，不同互联网技术对生产者生产和交易方式的不同影响及其对组织制度影响的分析，得出结论。
