破科研事业单位体制需要“三去”：一是去行政化，把科研事业单位从政府体系中剥离出来，纳入社会化体系之中，成为独立的社会主体；二是去编制化，从编制体系中剥离出来，破除编制的身份标识和歧视，真正实行全员聘任，使科研事业单位人员同工同酬同机会；三是去预算化，使科研院所从“预算单位”转变为“补助单位”，从政府预算体系中剥离出来，就像当年的国营企业一样。
科研事业单位改革自1985年启动至今已33年，最近的一次改革是1998年242个科研院所转制为国有科技型企业，此后基本上处于停滞状态。作为国家创新体系中的重要创新主体，科研事业单位改革的滞后，无疑严重制约了科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略的实施，妨碍创新型国家建设。
现行科研事业单位体制架空了战略政策
党的十八大以来，党中央提出了科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略。为此，从中央到国务院各部委，分别出台了多份文件，单就人才政策而言，从中央层面涉及全局的就有十多份，在地方层面多达数十项，有的地方有77 项。
这些政策对我国人才发展和科教事业的兴旺无疑是利好，但现行体制却使这些政策要么使之无法落地，要么发生扭曲变形，以致有“文件空转”之说。究其根源，是因为事业单位的定位及其宏观管理体制依然沿袭了计划体制时期的基本框架，单项的政策总是被原体制的条条框框搁住了，难以落实。
体制是根本，没有事业单位管理体制的突破，再好的政策都可能陷入“空转”。
当前虽然尝试了一些改革试点，也有个别科研事业单位主动改革探索，但在既有体制环境下，改革的风险大，随时可能退回去。现实中，已经出现了改革政策翻烧饼的现象，通过单项政策文件下放的权力以另一种方式变相回收。
解放发展社会生产力，在新时代，必先解放科研事业单位，释放人才的创造力。人才，才是真正的社会生产力。
科研事业单位应定位为公立自治法人
科研院所虽然称之为事业单位，但从性质上看，属于广义的社会组织，既不是授权运作的行政组织，也不是利润导向的经济组织。和民办社会组织相比，科研事业单位属于公立，在所有制属性上不同，而在社会属性上是一致的，都是公益导向的社会组织。
但需要说明的是，公益导向的组织也叫非盈利组织，并非不能有经营性收益，只是利润不能分配给投资人，只能用于公益目的。
国外出现了“社会企业”这种新型组织形式，界于经济组织和社会组织之间，以商业方式存在，但以公益为目的。这对我国科研事业单位这类创新主体来说有借鉴意义。
科研事业单位改革不是政府与市场关系的范畴，而是政府与社会关系的范畴，应走入社会，通过社会化改革，让其成为独立的社会主体（少部分通过市场化改革，可进入市场，成为市场主体），而不是基于国有属性把它和行政部门绑在一起。这个定位至关重要，事关改革的方向、目标以及人事、财务、薪酬等一系列的制度安排。
在全面深化改革进程中，虽出台有针对科研事业单位的激励政策，但由于其主体定位不明确，激励政策成了一棵小草，而各种管制却是一块大石头。
科研事业单位名义上是法人，却无法人自主权，像木偶一样被现有体制机制的各条绳索牵扯着，严重缺乏内在动力。
国家培养的大量人才不少也就因此而被埋没浪费了，这是较之于财物浪费来说更大的浪费，是比国有资产流失还要严重的问题。我国近几年出现不少黑科技，那只是一些“点”上的情况，很难说是“面”上的改善，不能一叶障目。
以“三去”破解科研事业单位体制
科研事业单位作为社会主体，应回归其社会本位，并通过立法确立其法人主体地位。这就需要“三去”，即去行政化、去编制化、去预算化，以重塑我国科研事业单位管理体制和重构微观基础。
（一）去行政化，从政府体系中剥离出来
把科研事业单位从行政化的政府体系中剥离出来，作为公立社会组织来管理，依法自治。十九大提出的“政事分开、事企分开、管办分离”为此提供了依据。按照事业单位的社会属性，落实事业单位的法人自主权。作为公立的社会组织，事业单位与民办社会组织都属于社会主体，其法律地位应平等。这就像国企与民企一样，都是市场主体，仅仅是所有制不同。只有这样，才能真正解放和激发社会活力。
（二）去编制化，破除身份歧视
“去编制化”就是把科研事业单位从编制体系中剥离出来，让科研人员从“政府人”变成“社会人”，为科研人员合理流动，实现产、学、研深度融合扫除障碍，为人才发展创造良好的体制环境。
行政审批下的编制已经成为科研院所的羁绊，而所谓的事业编身份成为捆住科研人员创新创业的绳索，却是庸人懒人的庇护所。一个单位内存在编制内外的身份，也造成同工不同酬，机会不公，不能调动所有人的积极性，等于浪费人力资源和人才。在大力推进全员聘任制的条件下，编制的正面作用不断弱化，而负面作用却是越来越大。
传统的编制化管理在计划体制下行得通，在市场经济条件下，在新时代，对科研院所已不相适应。
（三）去预算化，从“预算单位”转变为“补助单位”
作为自治的法人主体，科研事业单位应从政府的部门预算管理体系中剥离，使科研事业单位从“预算单位”转变为“补助单位”，彻底解决因“预算单位”这种身份而导致的资金使用体制性束缚。政府的财政管理从直接变为间接，主要通过完善法人治理结构、内控机制来实现政府补助的政策目标——推动创新。凡是有利于激发创新活力的资金使用方式方法都可以尝试。也可以探索以事定费、购买服务、专项补助相结合的财政补助机制。
当前正在推行的事业单位绩效工资政策相当于改革开放初期给国营企业的利润留成政策，看似给了一些分配自主权，但与当前现实已经格格不入，且不说大量社会化招聘人员无法纳入，也无法体现以增加知识价值为导向的分配，科研院所最终会因人才流失而失去创新功能。
