蒋南翔与清华之间有着不解之缘，他是老清华的学子，更是新清华的首任校长。１９５２年１１月，蒋南翔受命出任清华大学校长。但他并未立即走马上任，而是在团中央组织东北考察团，亲自实地考察了东北多地，其中重点考察了一批工业基地及哈尔滨工业大学和大连工学院等校———在当时，东北地区是我国基础最好的工业基地；而哈工大及大连工学院则是高校系统最早学习苏联的典型。对当时清华的现状，蒋南翔已颇为了解，对学校未来的发展方向，蒋南翔也已逐步酝酿出一系列构想。
一、优化学科布局的努力
在建国前后的短短几年中，中国的政治环境发生了一系列急遽变化。清华也因之经历过诸多变化。从抗战时期开始，联大的领导者就希望日后建立具有更完备学科体系的“大大学”。１９４５年１０月，梅贻琦在谈及清华复原时，指出“已向教育部说明发展计划，以后人才训练、学术研究并重”，并将加办农学院、化工系、建筑系、语言人类学系，同时将气象组扩大为系。① 当时，化工、航天、建筑被认为是新型工科，而传统工科则主要是土木、机械、电机等三大类。１９４６年，清华从联大复原后大幅扩张，由此形成了文、法、理、工、农５学院、２２个系。
１９４８年北平和平解放后，多方面都开始酝酿对清华进行新的调整。在学校有关领导的精心筹划之下，清华向“大清华”方向发展。相关的系科进一步升级、完善。学校在１９５１年５月的规划中，拟将使学校扩建到１４个学院，４３个系，初具多科性“巨型大学”的雏形。但主管部门则倾向于将其改造为较为纯粹的理工科大学。１９５１年１１月，中央人民政府召开了全国工学院院长会议，拟定了翌年高等工业教育院系调整方案。① 据统计，截止１９５１年１１月，全国共有工科系科（含地质系，下同）４４种，２３３个系科，共计教师３０９７人，学生３４５９７人（其中缺地质学一年级生的统计）②。高教部长马叙伦认为：“若以经济建设方面的要求来衡量，要想在今后五六年内培养出十五万人的高级技术干部和管理干部，那是万万做不到的，尤其以工业建设的培养为最严重。”③于是开展了全国规模的院系大调整。清华的学科布局发生极大变故，其办学理念、领导体制、治理结构也因之而变，从此，教授“分别参加教研组，不属于系”，学校也由“系办学”变为“教研组办学”。学校还着重批判“全面扩充”和“包罗万象”的思想。院系调整中，北大按莫斯科大学的模式进行重组；清华则按照列宁格勒工学院的思路进行了调整，由一所具备文、法、理、工、农５大学科的国际知名的综合性大学变为多科性工业大学。经此调整，清华原有系科仅保留７个，并新增了石油工程系。１９５３年９月，钢铁学院、航空学院及石油工程系等又从清华独立出去，这进一步削弱了清华的实力。
此次调整极大地影响了清华原有的学术基础、人才团队和学科布局；其基础研究的团队和学术根基都被基本抽空，师资力量明显下行。学校的规模亦在短期内急遽扩张。院系调整后，清华的院系及优秀教师数量大幅减少，在校生则由原先的２０００余人急遽膨胀至６０００余人；这样一来，师资严重匮缺，优良教师更是不足。学校在规模、质量和结构等方面都出现了严重失衡，这是其在短期内无论如何难以“消化”的。这不可避免地大幅削弱了清华在全国学界的领先地位。“此后相当一段时期内，教学工作和实用性研究成为其主要的职能”，清华如何前进，这是摆在校长面前一个十分严峻的根本问题。
１９５２年底，蒋南翔回母校履新。在翌春的干部会上，他批评了清华的三件事，其一就是把整个理学院调走了。综合性大学对培养人才有其无法取代的意义，理工分校的消极影响是短期内难以弥补的。他把这比作是清华的一次大“腹泻”。为此，他在学科布局、人才培养和硬件建设等方面都大刀阔斧地推行了新举措。学校在“文革”前十余年间，始终在想方设法扩张，再度恢复较完备合理的学科布局。
在院系大调整中，清华原有的化工、航天、建筑等新兴的工程学科被彻底撤并；尤其是化工系的调出，使清华发展齐全的新兴工学的体系基础荡然无存。对于此次调整，尤其是造成的“理工分校”的结果，当时清华方面普遍持保留态度。蒋南翔更是认为：作为一个高等学府，清华不能只有一个工学院；清华的传统是文理结合、理工结合。但这样的调整下来，许多优势都失去了。这对学生培养不利、对各院系之间的相互支援也不利。在东北考察时，蒋南翔就反复表示：把清华的理学院撤销出去是很不合适的，没有好的理科是办不好工科的；必须设法恢复清华的理学院④。为逐步恢复较完整的学科布局，蒋南翔决意巧妙地通过发展新型工科，部分地恢复清华的理科。因清华已成工科大学，很多学校纷纷要把清华图书馆的文科书籍调走。蒋南翔阻止道：我们自己不但要保留这些文科书，我们还要增加文科的书，这对学生的全面培养、提高学生的素质是有益处的。他的努力为清华保留了很多重要的图书资料。
蒋南翔还特地在１９５６年的北京市教研工作会议上说：理工应结合，不应完全分开，我们把全国最强的两个理科给拆了，清华的到了北大。ＭＩＴ是理工合校的，我们为什么要分开？他还认为：在此次调整中，清华“工科方面的教师没有得到增加，相反是受到相当大的削弱”，学生突然增多，而教师大为减少，缺乏师资的问题非常尖锐；“清华大学的师资，不但是数量太少，而且质量也差。”因此，清华一要团结改造原有教师，二要有计划地大胆放手培养新师资。⑤“理工分校”已是既成事实，只能采取相应的变通措施以逐步恢复清华的综合性大学的布局，至少是恢复到理工大学的格局。这无疑是一个紧迫而艰巨的任务。素为中国理学院最强重镇的清华，在院系调整后由一所具有较完备学科体系的综合性大学，变成了一所只有“土水建、机动电”等基础工科的工科大学，其文科面非常窄，只有马列教育。① 无疑地，这大幅损耗了此前清华几十年的历史积累。经此调整，清华只剩下８个系（均为工科）、２２个专业、１５个专修科；北大则从６个学院、３３个系、２个专修科，变为１２个系，３３个专业和７个专修科；清华的教授副教授只有１００人左右，讲师以上总计百余人；而北大的教授副教授则增至２１８人，内有大量名教授。在１９５５年学部委员遴选中，膺选的清华教授仅７人；远远少于北大的２７人。１９５６年全国教授分级，清华仅有一级教授９名，２级教授１３名，１－２级教授１名；而同期北大一级教授２７名，二级教授５４名，１－２级教授１名；北京医学院一级教授１２名，二级教授５名。在师资力量上，曾长期与北大并驾齐驱的清华，一时间已难望北大之项背。蒋南翔当时经常引用老校长的“大师论”，也深知“大师”对“大学”之意义；他自然更深知：在此情势下，清华若要在教学、科研等领域恢复全面领先的地位，必须另辟蹊径。
为了弥补理学院调整出去的不足，蒋南翔在１９５６－１９５８年间先后增设了一批新兴的高科技专业。其中有计算机、半导体、自动化、材料科学和原子能等。他还建议在无线电系建立电子计算机专业，在电机系建立自动学远动专业.１９５５年１月，党中央作出了发展原子能事业的重大决策。蒋南翔主动请缨，请求由清华和北大一起承担原子能人才培养和科研工作；得到首肯后，清华于１９５５年春开始筹备工程物理系。在此形势下，蒋南翔站在国家战略的高度强调，清华只搞传统工科是不够的，要建新专业。他立即开始了大规模拓展升级清华的学科布局，增设一系列了新兴的学科。１９５５年９月，蒋南翔率团访苏，就和平利用原子能和培养人才等问题进行考察。回国后，他立即向上级详细报告了北京大学和清华大学设置新专业的计划和采取的措施，并向有关部门报请增设了十个新专业，其中９个在工程物理系、１个在工程化学系。工物系也成为全校新学科成长的“工作母机”。清华逐步创建了一系列新兴工程学科，这成为日后理科复建的基础。
这些新设的新专业都是理工结合的交叉学科。这样一来，事实上乃部分地恢复了数、理、化等理科的一些基本学科，也就等于把已拆解调整出来的理科系统隐形地复建起来（尽管主要是应用理科专业）；学校也在传统的系科群外，发展出了一系列新兴系科，以及有关的基础学科。此外，蒋南翔还根据当时的战略形势，将“一尖（航天）、一圆（原子能）”列为重点发展的学科，明确指定要为“一尖、一圆”服务。这与当时中国未来的发展需求高度相关，与国际学术前沿的进展也比较接近。
这一具有远见和魄力的举措，不仅使清华拥有了一批全国少有的新兴专业，确保了清华日后几十年在全国教育、学术界的领先地位，且使学校构成了相对健全的学科体系，发展出了理工科大学的雏形。而这种理工俱备的富有张力的学科布局，又使“教学、科研、生产三结合”的办学理念也有具体的依托和持续的后劲。这为学校日后几十年的长远奋斗打下了极为关键的基础。这一学科建设，是高瞻远瞩的抉择。由此一来，清华很好地适应了日后社会发展的需求，而且紧紧瞄准国际前沿、跟上了国际范围内第三次科技革命的浪潮，使中国在相对闭塞的条件下，能够基本追随世界尖端科技的发展。在当时的中国，能够在这新一轮的科技革命中引领中国对接世界的，首推清华。可见，这一学科布局是结合校情、立足国情、通观世情放眼国际“三结合”的硕果。在蒋南翔治下，清华的硬件建设也实现长足进展；学科建设更稳步前进，成就斐然。１９５５年１０月，清华只有７个系。１９５９年，全校为１１个系。到１９６２年前后，一个新的学科体系在清华基本建成。至１９６６年，全校已发展到１２个系４０个专业。
蒋南翔自始就主张，我们需要学习苏联先进经验，但不能迷信不能盲目照搬，不惟洋，只惟实。有人提出“苏联的经验就是我们的法令”，但他坚持实事求是，认为不能迷信苏联经验。在当时一边倒的全面学苏的大潮中，蒋南翔在积极借鉴原解放区和苏联经验经验的同时，还提出要批判地继承老清华的一些做法，并学习西方的先进经验。蒋南翔就是这样通过批判地继承，实现了综合创新，实现了清华学科布局的纵深突破，逐步探索出新清华的办学道路。
蒋南翔认为教育有两个根本问题：一是方向问题，即为什么人服务，二是质量问题，即怎样服务好。他认为我们的大学必须坚持社会主义方向，在质量上也须是高水平的。一句话，“社会主义的大学必须是高水平的。”他期待中国的若干所重点大学，不仅要接近苏联大学的水平，也要赶超欧美名校，因为没有高水平的大学，就无法持续培养一大批高水平的人才，不能实现学术独立和民族独立。
蒋南翔的努力使清华优化了学科布局和办学体制，为清华日后恢复文科，复建为综合性大学奠定了基础。清华终于东山再起，与综合性大学并驾齐驱，引领中国知识界追求学术独立和民族复兴。若非如此，清华绝不会有日后的地位，中国高教界亦难有今日的格局。
二、以“培养‘人’”为根本
蒋南翔不仅重视学科建设，而且也重视人才培养。在办学工作中，他始终以人才培养为根本，强调面向国家需要培养人才。在清华的办学理念中，集中体现为“一个根本（培养人）、两个中心（教学中心和科研中心）、三方面结合（教学、科研和生产相结合）”。其中，人才培养的中心地位始终不曾动摇。而人才培养，应考虑到社会需求和国家中长期战略的需要。因此我们的大学要面向社会需要，坚持为国家为人民服务的办学方向，实现办学的高水平，培养大批高水平人才。唯此，才能真正实现学术独立，巩固民族独立，实现民族复兴。
在２０世纪５０年代中期，蒋南翔最早响应中央号召，提出清华要培养“红色工程师”；但不少人据此简单化地理解为清华大学就只是要为国家培养红色工程师。蒋南翔在６０年代纠正道：这话不完全对，清华大学的确应该为国家培养红色工程师，但我们更要为国家培养各项事业最优秀的接班人①。———从办学目标看，这显然是一个高水平综合性大学的定位，而非纯工科大学的定位。蒋南翔要求学生上爱国主义、集体主义和共产主义“三层楼”；他注重学生的全面发展，也强调要在此基础上因材施教，推动学生个性化发展。学校注重选拔和培养尖子生，尤其是“千字号”、“万字号”的尖子生。这类尖子生大致被分成三支代表队：政治代表队、业务代表队和文体代表队。政治代表队即通过学生辅导员制度，从中等成绩以上的学生中选拔有组织才能的学生从事思想政治工作，使他们得到全面的培养。大跃进时，有部分成绩中等以下的学生也被选拔到辅导员队伍中。蒋南翔对此提出异议，他明确表示成绩不好的不能当辅导员，也不能参加文艺社团。蒋南翔希望将来从中能涌现一批党和国家的干部，包括部长、省长甚至副总理。他在６０年代总结辅导员制度十年实践的基础上，在一次党员干部学习会上指出：“政治辅导员制度不仅是我们培养学校党政骨干的主要方式，而且是学校为国家培养党政干部的有效途径，将来在清华毕业生中会出现一批部长、省委书记。”②无疑地，蒋南翔最“偏爱”的那些全面发展的尖子生。而所有尖子生中，政治辅导员队伍又是其中最突出的代表。清华敢为人先地在全国首创政治辅导员制度，这是在清华育人工作中一项极富远见的战略决策，是新中国教育史上的创举。这一制度在当时就初见成效；而随着时间的推移，其效果日益突出，一批批人才由此而成长起来。在中国共产党的十四大、十五大、十六大选举产生的中央委员会成员中，每届都有９名中央委员及候补中央委员二十世纪五六十年代在清华学习期间担任过政治辅导员。党的十六大选举产生的党中央领导集体中，政治局常委中有４人曾在清华大学学习过，其中３人曾担任过政治辅导员（胡锦涛、吴邦国、吴官正）。③ 胡锦涛同志在校期间就同时是三支代表队的成员，既是政治上的尖子，也是业务尖子、文体尖子，在因材施教、又红又专等方面都极为突出。学校的报告亦特别提及，“政治辅导员胡锦涛，是水利系水工五一学生，他政治责任感强，努力钻研党的方针政策，学习成绩全部优秀，除完成一般学习任务外，还选修了土力学试验，教师反映他独立工作能力强，有创造性的见解。”①在清华校内，自上世纪六十年代以来的相当一部分中高层领导干部，均曾担任过政治辅导员；首届辅导员方惠坚、第二批辅导员贺美英，都成为校党委书记。这一大批骨干，极大地推动了清华长期的发展。
清华的“业务代表队”，目标之一就是培养具有国际水准的科学家。为此，蒋南翔特别重视选拔和培养极个别尖子生。因材施教是选拔极少数学有余力的尖子生进行更高深的学习和研究，促使他们得到更好更快的个性化发展。为了培养更多高水平的研究型人才，蒋南翔还大力发展研究生教育。他把培养研究生视为选拔国际科学文化上的“登山队”，他指出：作为一个独立国家，我们本国所需要的高深学术人才，应该由本国培养；这是关系到我国教育独立和学术独立的大问题。
蒋南翔不赞成学生成为没有业余爱好和特长的“干面包”；他希望学生们能够成为多才多艺的人才，既有助于提高自己的文艺修养，也有助于“为祖国健康工作五十年”。为此，他极重视学校的体育工作，还努力推动学校建立“文体代表队”，使学生在“又红又专”的基础上保持健康的体魄，实现真正的全面发展。从１９５８年开始，学校专门分别抽调了１００人组成文体团队。对这部分人，实行了“两个集体”（班集体及课外活动集体）②。这样双重领导的模式，是全国高教界的一大创新。蒋南翔以“又红又专又健”来要求青年学生，他认为只有三方面都突出的学生日后才能更容易成长为领军人物。日后，这些学子的发展证明了他的观点的正确性。
蒋南翔认为，办教育有两个关键：一是方向问题，一是质量问题。所谓方向，是要坚持为人民服务的社会主义方向；所谓质量，就是必须确保教育质量，坚持质量第一。一句话，“社会主义的大学必须是高质量的”。为提高学生的培养质量，清华两度延长学制，１９５３年由４年延为５年，１９５９年延长至６年。清华在人才培养过程中，既非常注重基本理论，又非常强调实践环节，培养学生的动手能力。学生在校前三年学习基础课，之后有各种实习，最后一年至一年半“真刀真枪做毕业设计”。这样的毕业生，相当于其他学校的硕士生水平。因此，清华毕业生非常受欢迎。
在这样学科布局并不全面、“有工无理”的情况下，清华仍能以“理工结合”的培养模式使其人才培养工作领先全国。其毕业生大都成为擅长理论也擅长动手的复合型人才。在日后的院士遴选中，清华校友不仅在工程院院士方面首屈一指，而且作为工科大学，其理科方面的院士也是全国领先的；这绝非偶然，它在很大程度上显然是受益于其“理工结合”的培养理念。而且其“双肩挑”等全面培养的模式，使学生在科技及工程管理、社会政治服务等方面也有突出成绩，其中不少人因此而成长为党和国家的领导人。
三、对教育发展的“中国道路”的探索
蒋南翔在办学过程中重要的贡献之一，就是逐步形成了清华独特的教育风格和办学理念，并以此有效地推动了办学实践的进展。自出掌清华开始，蒋南翔就开始自觉地在理论高度上进行一系列探讨。到２０世纪６０年代初，他提出著名的“三阶段、两点论”。
早在１９５４年，蒋南翔谈及清华工作时就说：“说革命，不是要把旧的一切都打碎，相反的要尊重原有的传统。”他在学校里也常说：“老清华早有门槛高、底子厚（基础理论学得好）、后劲大这些好传统，要继承.”１９５６年６月，他在起草的给中央的报告中谈到：“我们认为学习苏联经验进行院系调整在总的方面是对的，这使我国高等教育更加适应社会主义建设的需要，但当时没有更多地考虑到不要破坏我国原有的基础和传统，对于我国过去学习英美资产阶级的方法办了几十年教育，其中某些有用的经验也没有采取批判的态度来吸收，而有一概否定的倾向。”他还说：“我们在总结经验时，历史上好的东西就要继承下来，在继承的基础上进行发展。这里首先是要善于继承，只有善于继承，才能更好地发展。”①
１９５６年８月，蒋南翔与杨述、宋硕联合撰文指出：“向苏联先进经验学习，这是我国高等教育的主要方向，但并不是它的惟一内容。我们还要向人民民主国家的先进经验学习，同时也要向英美等资本主义国家学习有用的东西。……任何资本主义国家的新的科学技术，我们应该虚心学习。”蒋南翔还表示要继承老清华的好传统。他不仅重视继承，还强调要超越，他说：青出于蓝而胜于蓝，可以超越过去。要敢于超越，开创我们自己新的道路。②
１９５８年开始，清华开始探索自己的道路；而这一系列探索，最后则发展为系统的“三阶段、两点论”。１９６２年８月在党委工作会议上，蒋南翔正式提出：“第一阶段是老清华，第二阶段是１９５２年学苏，第三阶段是１９５８年以后。每个阶段好的都应保留，有缺点都应想办法克服，肯定成绩，克服缺点，推陈出新。……应该是‘三阶段，两点论’。”这段话对统一学校领导班子对于办学方针的认识，具有非常重要的意义。“三阶段，两点论”思想是蒋南翔对他到清华十年办学历程的初步总结，也是他办学智慧的结晶。它源于蒋南翔丰富的工作历练，在哲学理念上则源于“一分为二”辩证法的思想。１９６５年８月，他在给毕业生讲话时，说：“毛主席告诉我们，什么事情都要‘一分为二’，我们对人，也是‘一分为二’。……‘一分为二’即总有好的，也还有不足的地方。正因为有不足，才要更进步嘛。……假使我们不懂得‘一分为二’，那就是只有一点论！实际上是‘一分为二’，是两点论。”他还说：“应当用‘一分为二’的观点，来对待学习苏联经验的问题，来对待我们学校中的工作估计问题。我们应当正视自己工作中的缺点、错误，不断地努力加以克服。”应当“善于全面地正确地分清是非轻重，分清九个指头与一个指头之别，分清主流与非主流之别”。③ 这些论述，已不仅仅是介绍哲学思想和工作经验，而且是对为人处世的见道之言。
四、从“解剖麻雀”到综揽全局
蒋南翔绝非一般意义上的大学校长，他不仅有教育家的品格，而且有政治家的智慧和战略家的眼光。他上任不久，就于１９５３年致函习仲勋等中央领导同志，建议国家重点建设少数几所基础较好的大学，充分发挥重点大学的带头作用；其中建议将清华列入这批重点大学之中。这一建议很快得到采纳，清华受到重点扶持后很快东山再起，蒋南翔本人也成为高教界的头面人物，清华的办学经验因之广受瞩目。１９５５年他在全国高校会议上重点介绍了清华独特的办学措施，其中有政治辅导员制度、理工结合、劳卫制等具有清华特色的政策和措施。这在当时产生了全国性的影响，不少兄弟院校亦从中多有借鉴。
在担任了７年清华大学校长之后，蒋南翔被任命为教育部副部长，同时继续担任清华大学的党政领导职务；１９６１年７月任教育部党组副书记。三年困难时期后，国家进入“调整、巩固、充实、提高”的阶段，教育文化领域中也存在同样的问题。１９６１年１月，毛泽东在党的八届九中全会上号召全党大兴调查研究之风。是年３月，教育部根据党中央和毛泽东的指示，在中共中央总书记邓小平的直接领导下，从调查研究入手，开始草拟关于各级各类学校的工作条例。教育部副部长蒋南翔把主要精力用于草拟高等学校的工作条例。针对高等教育中存在的问题，教育部在听取各方面意见的基础上拟就《教育部直属高等学校暂行工作条例》（“高校六十条”）初稿报党中央审核。同年７月，邓小平主持中央书记处会议，听取蒋南翔对于该条例的起草说明并进行了讨论。８月，书记处连续召开会议，对条例草案修改稿进行逐条讨论和反复修改。８月５日，大家还讨论了中央关于讨论和试行这个条例草案的指示草稿，以及邓小平和有关负责人彭真、陆定一、康生联名写给毛泽东及中央政治局常委各同志的信，信中汇报了条例草案的制定过程及其中一些较重要的内容①。
８月２３日至９月１６日，在庐山召开的中央工作会议上，对“高校六十条”草案和中央关于讨论和试行这个条例的指示稿又进行了讨论。９月１４日，中共中央书记处讨论通过了条例，并得到毛泽东的核准。毛泽东说：“总算有了自己的东西。”意即肯定该条例在探索我国自己的办学道路上所取得的初步成果。９月１５日，中共中央发出《关于讨论和试行教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）的指示》，同时发布了这个条例。此后，蒋南翔于１９６１年９月在教育部贯彻“高校六十条”会议上对这个条例进行了详细说明。在讲话中，他强调整个条例的实现要有一个过程，不能操之过急；要从实际出发，要适可而止，留有余地。
此后，他还主持起草了“中学五十条”和“小学四十条”。“高校六十条”发布后受到高校广大教职工的欢迎。各高等学校通过讨论这一文献，使学校工作很快走上正轨并初见成效。实践证明，“高校六十条符合”我国国情和高教办学规律并具有一些中国特色，为办好中国社会主义大学制定出一系列重要方针政策。在该文献的形成过程中，清华发挥了重要作用，在蒋南翔之外，何东昌等人也直接参与了起草工作。在起草过程中，蒋南翔等与中央领导同志保持着密切的互动，尤其是与邓小平、林枫等同志时有沟通。他们在教育思想、办学理念等方面达成了一系列共识。这一文献极为务实且富有哲学智慧，它是新中国教育家在探索中国特色的高水平大学建设之路的重要成果。
蒋南翔１９６０年升任教育部副部长，后又接长高教部，并继续担任清华校长。在新中国史上，以教育部、高教部主要领导的身份而兼大学校长的情况，这是惟一特例。
五、“在时代曲折中开拓”
蒋南翔是党内负有盛名的大知识分子，他尊重知识分子，并有着独立的思考。他初到清华时，校内教授副教授大部分是老清华留下的，旧教师们常常自觉是“未改造好的资产阶级知识分子”，情绪低落。当时中央的政策是老知识分子中有５％的右派，但蒋南翔则提出要“争取团结百分之百”，努力团结全体教师。他主张充分发挥新老两类教师的各自的优势，还重视职工的作用，说“教师和职工是学校的两个车轮，缺一不可”，让职工也感到了地位的提升。②
自１９５７年以后，由于大环境影响，校内一部分学生和青年教师出现了“宁‘左’勿右”的倾向，有一部分人主张红专分工、先红后专，在实际操作中，有人则倾向于只红不专甚至发展到“以红代专”③，将红与专割裂开来甚至对立起来，认为搞业务就是走白专道路。有的学生批评“劳逸结合”，认为“劳”是劳动，是劳动人民、无产阶级；而“逸”是贪图安逸享乐，是资产阶级。于是乎，全校范围内也普遍批“白专”，甚至爱因斯坦、居里夫人也被批判为资产阶级“白专”典型。蒋南翔立即纠正了这种倾向，他指出：“不能这么说，如果清华能培养出爱因斯坦、居里夫人这样的科学家，那也是我们的光荣”，并说：“如果清华不能培养出林家翘这样的科学家，那不能说清华的教育改革是成功的。”
在此种环境下，业务工作受到较大的阻力，很多学生不敢放胆搞业务，便是学习专业知识，也用《资本论》盖在上面打掩护。他针对当时一些学生中出现的不敢读书，不敢多学习业务，唯恐被别人说是“捞一把”的情况，纠正说：“到清华大学念书怎么能叫捞一把呢？假如这叫捞一把，那就是要捞一把嘛，要不，你为什么要到学校来念书啊？”他还针对当时批判“知识私有”的现象说：知识就是属于私人的；假使知识不能私有，那么就不应该有知识，一穷二白最好，最革命；有知识就是资产阶级，没有知识就是无产阶级，这一来就糟糕了，这无产阶级还能建设社会主义吗？现在不应批判知识私有，而是要把知识拿到手。当时社会上大力提倡工农群众知识化，知识分子劳动化；有的人则将此推到极端，提倡说清华大学培养的应该是普通劳动者。蒋南翔知道后，纠正道：不能这么说，所谓培养普通劳动者是指要有普通劳动者的精神状态和阶级立场，而“清华大学是国家重点建设的大学，必须为国家培养高级专门人才；如果只培养出普通劳动者，那是不合适的”；青年们如果只满足于成为普通劳动者，那就不需要上大学，更不需要上清华大学。在复杂的环境中，蒋南翔坚持既要解放思想、又要实事求是，要唯实创新，排除来自“左”和右的各种干扰。
蒋南翔曾说：“看学生的质量不仅要看现在，还要看三年、五年、十年、二十年”；教育制度的得失成败亦然。正是对学科发展、人才成长的规律的深刻认识，使蒋南翔等人在具体工作中能有效地应对各种挑战，不唯上、不唯书、不惟洋，只惟实。他善于探求真理，更敢于坚持真理。作为校长，蒋南翔始终强调既要有革命精神，又要有科学精神。这不能不说是一种难得的政治品格。
六、小结
蒋南翔到清华后，开始了大刀阔斧的变革，在学科建设、团队建设、人才培养、办学思想、社会服务和文化引领等方面都有一系列开创性成就，也在办学理念、治校风格、学科布局、制度设计、领导体制、权力运作模式等方面塑造了新清华的基本形态，奠定了此后清华半个多世纪的基本框架。
蒋南翔富有国家意识和国际视野。其理工结合、又红又专的策略，非常有效地推动了清华的发展。在学科布局方面，他巩固了传统工科，又创建了新型工科和尖端科技，顺应了国家需要和战略规划，推动清华由工科大学演变为理工科大学，并为改革开放后复建为综合性大学奠定了关键性基础。在团队建设方面，清华养成了一支精干而坚强而年轻的干部队伍。学校要求干部“双肩挑”，基本消除了不懂业务的纯政工干部。学校干部队伍也成为一个“不漏气的发动机”，蒋南翔则是这一干部队伍的核心人物，他有很高的领导水平和很强的工作能力。在思想建设方面，清华凝聚出了一整套系统的办学思想，而所有这些，都是以人才培养为始基。其人才培养的突出成绩，则在此后几十年中彰显了巨大的威力，极大地推动了国家的发展和学校自身的成长。
蒋南翔是迄今为止新清华历史上任期最长的校长，是新清华的主要奠基者。在上世纪五六十年代，新清华因蒋南翔等人而成为中国的旗舰大学，蒋南翔亦因新清华而成为头等教育家和新中国高教事业奠基者之一。他是一位富有全局性前瞻性眼光的战略型教育家，也是一位极富政治智慧的教育家。
