一、 法官在任职条件方面无法得到充分的保障，使得“身份独立”无从谈起。
目前法官的工资福利、退休等问题，实际仍按照普通公务员的方式进行管理，那种为现代法治社会所要求的诸如法官高薪、任职终身等项制度，在中国不仅没有得到实施，而且还被视为“违背中国国情”的制度设计。无论是普通的审判员、助理审判员，还是法院院长、副院长、庭长、审判委员会委员，尽管法律要求由法院同级人大或者其常委会加以选举或者任命，但其任职实际控制在各级组织部门和人事部门手里。由于法院内部在法官遴选或任命方面并无专门的特殊制度，而各级组织部门和人事部门又没有专门建立针对审判工作特点的人事制度，因此一些有悖于法官职业化和专业化的制度仍然在大行其道。
例如，尽管面临着较为广泛的非议和批评，许多因为“素质好”而流向法院的复转军人，仍然能够直接担任审判员，甚至成为审判委员会委员；尽管已经实施了所谓的初任审判员考试制度，但这一考试仍然不向社会开放，使得大量未曾受过法律教育的人通过所谓的“招干”途径成为法官；尽管已经漏洞百出，法院内部仍然在实行从书记员、秘书、行政管理人员甚至法警中直接“选拔”审判员的制度。尤其严重的是，众多法院的院长、副院长不是从优秀法官中加以遴选，而是从一般官员中直接选拔，出现了大量的下级领导担任上级法院院长的现象。这些官员之所以进入法院担任领导，不是因为精通审判业务，往往是因为其本人看中了法院院长的权势及其较高的行政级别。法官的遴选和任命是如此，升职和调转情况也是如此。
造成法官不能保持“身份独立”的原因，还有所谓的“错案追究制度”。中国古代历朝都曾实行过“法官责任制度”，使法官承担近乎苛刻的法律义务和责任，从而对法官进行政治上的控制。而目前中国的“错案追究制度”要比古代的法官责任制度更为严厉。因为所谓“错案”的标准被无限地扩大，几乎达到非常不合理的程度。
例如，在上级法院进行的第二审或再审中，下级法院的判决如果被认定事实不清、证据不足或者适用法律确有错误，并因而被撤销原判，发回重审或者直接改判，那么具体承办该案件的法官就被视为作出了误判，案件也随之被认定为“错案”。
又如，尽管法律并没有作出有关的规定，但很多地方的法院都在实行这样一种制度：对法官的奖惩与其所承办的案件上诉率直接挂钩。一审判决作出以后，如果当事人向上级法院提出上诉或者检察院提出抗诉，案件就被认为办成了“错案”，承办案件的法官则要承受一定的不利后果。
这种在诉讼程序尚未终结即按照裁判结果的“错误与否”对法官进行奖惩的制度，无疑使法官在审判过程中承受越来越大的职业压力和风险，并对其独立自主地进行审判造成极为不利的影响。近年以来，承办案件的法官经常主动要求院长、庭长、审判委员会进行审批或者讨论，更愿意人民陪审员参与审判案件，甚至在当地人大常委会实施“个案监督”时，主动加以配合，就几乎都包含着转移职业风险、免受错案追究的意味。在此情况下，即使法律明确赋予法官以独立审判权，愿意行使这一权力的法官也不会很多。
二、 在法院系统内部，法官相对于其同事、行政管理者和上级法院而言，也不具有独立自主的裁判权，从而造成“内部独立”难以实现。
目前，法院内部在司法裁判方面仍然具有较为明显的行政化倾向，严重背离了司法活动的基本规律。这主要表现在以下方面：
一是各级法院还程度不同地存在着院长、庭长“审批”案件的制度，使得院长、庭长等行政管理者可以直接审查和影响案件的裁判结论。一般而言，法院的业务庭庭长和主管副院长有权对某一法官或合议庭承办的具体案件进行审查和听取汇报，遇有庭长、主管副院长与法官、合议庭意见不一致的情况，案件可以被提交审判委员会进行讨论和决定，由后者以少数服从多数的表决方式对案件作出处理。当然，随着一些法院实行的所谓“主审法官”制度的逐步推开，随着法官个人在审判方面自主性的增强，这一问题也在发生着变化。但总体而言，院长、庭长审批案件的制度在各级、各地法院仍然存在着，并成为中国法院组织制度和审判制度上的一个问题。
第二个问题是法院的审判委员会仍然拥有讨论和决定具体案件的权力。名义上看，审判委员会是法院内部对审判工作实行集体领导的审判组织，是体现法院“民主集中制”组织原则的机构。但实际上，由于审判委员会的委员一般都由法院的院长、副院长以及各主要业务庭的庭长、研究室主任共同组成，而拥有这一职务的法官不一定是审判业务精通、经验丰富的资深法官，但一般都具有较高的行政级别，在法官官僚体系中处于中上层地位，因此，审判委员会带有较为明显的“行政会议”的性质。另一方面，审判委员会讨论案件的程序也是行政化的：审判委员会会议由法院院长召集；承办案件的法官向审判委员会就案件情况和争议点作口头汇报；审判委员会委员根据汇报进行讨论，并作出表决；审判委员会的决定按照少数服从多数的原则作出，该决定具有最终和权威的法律效力，合议庭必须照此进行判决。
最后一个问题是法院上下级之间经常就案件进行沟通和交流。最常见的情况有两种：一是下级法院在案件未作出裁判之前，主动向上级法院进行“请示”或者“汇报”，要求其给予“指示”或者“指导”；二是上级法院在下级法院就某一案件尚未作出裁判之前，直接给予“指导”，或者作出“批示”。由此，上级法院的意见就通过行政途径流入下级法院，并直接体现在下级法院的裁判结论之中。这不仅强化了业已存在的下级法院对上级法院的行政依附关系，而且导致两审终审制名存实亡。
三、 法院不独立于行政机关，尤其严重依附于地方行政势力，导致法院的“整体独立”难以实现。
长期以来，中国的法院是按照行政区划进行设置的：有一级政府，就有一级与之相“配套”的法院。中央如此，地方也是如此。甚至在一些较大的乡镇，也往往设有基层法院的“派出法庭”。这种派出法庭尽管名义上属于基层法院的组成部门，但往往与乡镇政府发生种种利益上的牵连。
各级政府对法院的控制和影响，主要是通过财政拨款的途径进行的。一般情况下，法院的经费开支和财政预算掌握在各级政府的财政部门手中，而财政部门对法院经费的确定和划拨又直接受制于各级政府的行政首长。在地方，政府财政部门对法院财政经费的控制尤其严重。根据这些部门的惯例，法院与其他部门，如公安机关、检察机关甚至工商、税务等部门，在财政经费的确定方面并没有本质上的区别。尤其是考虑到法院有着收取诉讼费的制度，财政部门有意无意地将法院与公安机关等部门共同视为“创收部门”，采取让其“自收自支”的做法，并由此减少法院的经费划拨。当然，最近实施的所谓法院“收支两条线”制度，使得法院不再直接将收取的诉讼费转化为办案经费，但财政部门划拨给法院的经费仍然与其“经济收入”紧密联系在一起，使得法院的财政拨款直接受制于其收费的数量。这种现实加剧了法院对各级政府的经济依赖，并最终使法院在审判方面受制于地方各级政府。司法实践中存在的“地方保护主义”和“部门保护主义”现象，之所以禁而不止并愈演愈烈，至少是由法院对地方政府的财政依附问题所造成的。
四、 在就个别案件的审判方面，法院越来越多地受到各级人大及其常委会对法院的影响和控制。
根据中国宪法，人民代表大会是国家的权力机关，法院、检察院和政府要由人大产生，受人大的领导和监督，向人大报告工作。从法院的情况来看，法院院长、副院长、庭长、审判委员会委员、审判员都要由人大或者其常委会加以选举或者任命。近年以来，鉴于法院内部存在着一定的司法腐败现象，有关加强人大及其常委会对法院审判工作“监督”的呼声日趋高涨。由于缺乏可操作的法律规范，人大及其常委会的监督经常演化为对具体案件审理方式和审理结果的干预活动。例如，有的地方人大常委会在进行“执法大检查”过程中经常查阅法院审理案件的卷宗材料，甚至就具体案件的处理作出具体决定。又如，一些地方的人大常委会在对法院审判活动进行“个案监督”时，直接出席法庭，在法庭设置的“监督席”或者“人大代表席”上就坐，并对案件审理结果直接向法庭发表意见。这种由人大及其常委会机关，或者由人大代表个人直接干预法院审判结果的做法，必然导致法院的独立审判权受到损害。
五、有关法官独立行使审判权的法律保障机制没有建立起来。
目前有关独立审判与新闻报道之间关系的规则还没有建立起来，法院和法官还不能完全独立于新闻媒体，后者经常以“舆论监督”为名，对法院的具体审判活动进行影响；那种专门旨在规范法官执业行为的职业道德规范没有得到完善的建立，诸如法官与当事人之间的“单方面接触”等具体事项不仅在法律上没有得到禁止，而且在实践中还较为广泛地存在着。另外，法官还远远没有实现职业化和专业化，外行人士担任法官的情况仍然较为严重地存在着。这很容易使法院审判丧失独立自主的品格。
为实现真正意义上的裁判独立，裁判者应当具有一系列特殊的职业保障，如高薪制、任职终身制等；法官的任职和升迁应当由独立的委员会通过审查加以决定，不能将法官的职业前途控制在行政机构、社会团体、地方党委甚至法院院长手里；法院内部应当按照司法的性质建立管理制度，如废止法院院长、庭长直接审批案件的做法，废止审判委员会这种实际上的行政会议制度，废止上下级法院之间就未决案件进行的沟通和交流做法，确保所有法官在裁判方面拥有平等的地位和权利；打破目前这种法院对地方政府的依附和屈从，将法院的人事、财政、装备和基础设施建设等事项从地方政府手中独立出来；打破那种按照地方行政区划设置法院的制度，在全国划定若干个司法巡回区；建立旨在规范法院与各级人大及其常委会、新闻媒介等关系的准则，防止法院的司法裁判活动受到无谓的干涉和不正当的控制……
与此同时，必须改革现行的人民陪审员制度，明确规范人民陪审员的资格、候选陪审员的遴选方式、担任合议庭组成人员的陪审员的审查和申请回避程序、陪审员参与案件裁判活动的具体方式等事项，使陪审员真正发挥保证公民参与行使司法裁判权这一本来目的。另外，必须实现法官、检察官的职业化和专业化，为此可以将法官、检察官和律师的产生途径统一化，在现行的全国律师资格考试制度的基础上，建立统一的国家司法考试制度，使法官、检察官、律师的任职资格逐步趋于统一。
