多数唯识学经论中，皆说心由八种识构成。如《入楞伽经》卷九谓“心意识八种，俗故相有别”——从世俗谛而言，心识有八种。但有些佛经中于八识之外还说涅?心、真识、如来藏识、阿摩罗识等为清净离染的真常心，它究竟是第八识所转，还是八识底层的最深心灵构件第九识，或是心识的体性，是一个中国佛教界直到今天尚有争议的重大问题。
一、真识、如来藏识、根本心、泥洹识、阿摩罗识
《楞伽》等经论中虽然有阿赖耶识即如来藏的说法，但又多处说阿赖耶识是应断灭的杂染法或生灭与不生灭和合，而如来藏是纯净无染、不生不灭的，阿赖耶与如来藏并非完全同一，如魏译《入楞伽经》卷七云：
如来藏识不在阿梨耶识中，是故七种识有生有灭，如来藏识不生不灭。
明言如来藏识非阿赖耶识。宋译《楞伽经》卷四云：
菩萨摩诃萨欲求胜进者，当净如来藏及识藏名。
以如来藏(识)和识藏(藏识)为二。同经卷一以“真识”或“自真相识”为三种识之首，按后文之义并对照另外两个译本，虽然应指藏识的真相、真性，而一般从相用上讲的杂染或染净和合的阿赖耶，不大能称得起真识。经言：
转识、藏识、真相若异者，藏识非因；若不异者，转识灭，藏识亦应灭，而自真相识实不灭。
谓七转识及第八藏识与真相识(即真识)非一非异，若异，则杂染生灭的藏识不能作为七转识的依因，依因必不生不灭故；若不异，则圣者灭七转识，其藏识亦应随之而灭，就完全没有心识了，实则其“自真相识”或真心不灭。这与藏识、转识非一非异、实常不灭的真识或真相、自真相识，也可以说为第九识。《入楞伽经》卷九既说心意识八种，又说“八、九种种识，如水中诸波”。《密严经》卷中也说：
心有八种，或复有九。与无明俱，为世间因。世间悉是心、心法现，是心、心法及以诸根，生灭流转，为无明等之所变异，其根本心，坚固不动。
如果立第九识，那只能是“真识”或坚固不动的“根本心”了。
第九识，多名阿摩罗(梵amala)识，一作庵摩罗识、阿末罗识，意译无垢识、清净识、白净识、如来识，其名目见于《如来功德庄严经》、《密严经》、《楞严经》、《金刚三昧经》等经。真谛译《十八空论》(《中边分别论》注释的一部分)及《决定藏论》(《瑜伽师地论·摄抉择分》异译)、《转识论》、《唯识论》、《三无性论》等，皆说阿摩罗识。
又《菩萨本业璎珞经》卷二，说有“泥洹识”，又名无为识、住识、无染污识，此识与有为的动识不同，常住不灭、不变易、不受染污：
虽身取灭度，住识不变易。
无染污识不为染污识。何以故？识性常住不变易，无生灭着断。
此“无所猗”、“独无侣”、“无所在”，真常不易、独立无依的泥洹(涅?)识，见于《阿含经》，也可说为第九识。
二、作为佛等圣众清净心的真常心、阿摩罗识
经论中所说阿摩罗识、泥洹识，多指诸佛及阿罗汉、菩萨完全净化、转化(唯识学称“转依”)了的清净心，如《如来出现功德庄严经》云：
如来无垢识，是净无漏界。
解脱一切障，圆镜智相应。
无垢识，即阿摩罗，乃佛的清净心，又名如来藏心。《楞伽经》卷一谓离名、相妄想，以正智证如如时，名“成自性如来藏心”，此心实即阿摩罗识。同经卷三说佛的自觉圣境界“超度一切心、意、意识”，超越八种识。《入楞伽经》卷八云：
言刹尼迦者，名之为空阿梨耶识，名如来藏。无共意、转识熏习，故名为空。具足无漏熏习法故，名为不空。……金刚如来藏，如来证法，非刹那不住。
谓如来藏又名空阿梨耶识，性为无漏，无七转识的熏习故说为空，具足清净功德故名不空，非如八识皆刹那灭，乃佛所证，即阿摩罗识。《金刚三昧经》更多说庵摩罗识：
诸佛如来常以一觉而转诸识入庵摩罗识。
觉本无生，离众生垢；觉本无寂，离涅?动。住如是心，心无所住，无有出入，入庵摩罗识。
八识海澄，九识流净。
《楞严经》卷四说在佛果位上，菩提、涅?、真如、佛性、庵摩罗识、空如来藏、大圆镜智七种，名异义同，“清净圆满，体性坚凝，如金刚王，常住不坏”。
阿摩罗识也可以通称已经断尽烦恼、转舍了阿赖耶识的阿罗汉、缘觉、八地以上菩萨的清净心，乃至初地菩萨初证真如的无分别智。《决定藏论》谓对治阿罗耶识而证阿摩罗识，此阿摩罗识，玄奘译《瑜伽师地论》中皆作“转依”——转舍杂染所依的阿赖耶识而转得清净所依的阿摩罗识。真谛译《三无性论》卷上云：
由分别性永无故，依他性亦不有，此二无所有，即是阿摩罗识。……先以唯一乱识遣于外境，次阿摩罗识遣于乱识故，究竟唯一净识也。
谓由遣除乱识、离分别性(即遍计所执性)与依他起性，证真实性(圆成实性)的唯一净识即是阿摩罗识，此清净心的证得，一般说在初地菩萨见道位。
摄论师所译印度大乘论典中，还有说阿摩罗识即是真如(梵tathada)或实性、如如者，如《三无性论》说阿摩罗识“独无变易，故称如如”。《转识论》谓“境、识俱泯,即是实性，实性即是阿摩罗识”。实性(圆成实性)、如如，即真如，指真实不妄、常恒不变的实在。这两部论中所言即是真如、实性的阿摩罗识，指菩萨入初地见道时证真如、实性的心，“自性清净心”，“真如心”、“心真如”、“如来藏心”、“真心”等，实皆为其别称。《十八空论》说：
阿摩罗识是自性清净心，但为客尘所污，故名不净；为客尘尽，故立为净。
无著造《大乘庄严经论》卷六云：
说心真如，名之为心，即说此心为自性清净，此心即是，即是阿摩罗识。
三、凡夫本具的真心、阿摩罗识
圣者们修行证得的阿摩罗识，是否乃凡夫众生所本具？如果说阿摩罗识非本具而为修得，那么它岂非有成为不离造作的有为法之嫌，岂能称得起“独无变易”的真如？独无变易的真如乃超越时空等因缘和一切二元对立的无为法，必定是本来具有，非经造作修为而成。世亲《佛性论》卷二云：
若至果时，方言得性者，此性便是无常。非如得故，故如本有，是故说常。
如果说真如是本然之理，而诸经论皆说真如非依缘而起、生灭变易的眼等六识所能了知，亦应非念念执我的末那识和“恒转如暴流”、杂染的阿赖耶识所能证知，乃至“非智所知，非识所识”，“离心、意、识”。《大乘止观》卷一说，净心非缘虑所知，如眼不自见。凡夫分别净心，“即如痴人大张己眼还觅己眼”。同论卷三说，见净心时，意识自灭，以净心非可见之法故，“定知意识不见心也”；“七识是我执识故，不能见心本寂”。前七识皆不能见真如，那么修行者究竟用哪个心识去证知真如而得阿摩罗识呢？如果众生不是本来潜具能证知真如的心识作用，又凭何去证得真如、阿摩罗识？《十八空论》说由正观唯识荡遣尽一切虚妄识心及其境界时，“唯有阿摩罗识清净心也”，就像遮蔽蓝天的云雾被风吹散后，自有蓝天的本来面目显现。此说大有阿摩罗识乃众生心本来具有之意。
能证真如或即是真如的自性清净心，从绝对一元论的角度，应说一切众生本来具有，晋译《华严经·如来出现品》即说：
无一众生而不具有如来智慧，但以妄想执著而不证得。若离妄想，一切智、自然智、无碍智，即得现前。
此言被大乘佛教如来藏系奉为一切众生皆具佛性、本觉真心的经典依据。具有一切智、自然智、无碍智的心，即自性清净心，也可看作第九识。
四、从结构论建立第九识
本来具有自性清净心及自然智等智慧，可以从两条思路去理解：一是从结构论的角度，将其看作心识的最深层次，即第九识。
据唐代新罗僧圆测(玄奘之徒)的《解深密经疏》卷三所言，摄论宗真谛依世亲门下唯识十大论师之一安慧之说，立阿摩罗识为第九识，作如是说：
第九阿摩罗识，此云无垢识，真如为体。于一真如，有其二义：一者所缘之境，名为真如及实际等；二者能缘之义，名无垢识，亦名本觉。
将能证真如的心名为阿摩罗识，所证的理名为真如，以真如为阿摩罗识之体，阿摩罗识则应为真如之用。吉藏《中论疏》卷七说摄论师以八识为虚妄，九识为真实，认为妄识至成佛时灭，若无第九识，何以论佛果？
《大乘义章》卷三说，地论师北道派解释《入楞伽经》“八九种种识”之“九”有二义：一、真妄和合以说九种识，妄识指前七识，真识分二，即阿摩罗及阿梨耶。二、真妄离合以说九识，真识唯一，即本净阿摩罗识。真妄和合，共八种识。从《起信论》一心二门言，阿摩罗识即是心真如门，染净和合的阿黎耶识为心生灭门。如此，则阿摩罗识也可立为第九识。
诸经论中一致说，真如超能证、所证的二元对待，在证知真如时，能证之心与所证真如一如不二，如《成唯识论》卷九所言“智与真如平等平等，俱离能取所取相故”，名证得真如。按此，则真如从主观能证知的角度，也是对修行者而言最为切近的角度，可以看作一种绝对清净的心，名之为阿摩罗识、真识、自性清净心、真如心、本觉等。真谛译世亲《唯识论》说有(与烦恼)相应心及不相应心两种心，前者包括心、意、识亦即八识，后者名“第一义谛常住不变自性清净心”，可谓第九识。
天台宗也有第九庵摩罗识之说，智?《金光明经玄义》卷上有云：
庵摩罗识，是第九不动识，若分别之，即是佛识。
智?《法华释签》卷五说阿摩罗识是第九识，本理无染；阿梨耶是第八识，又名无没无明。
唐玄赞《释摩诃衍论疏》卷二据《大乘起信论》一心二门，说从生灭门言，以庵摩罗为第九识，而以庵摩罗所入为第十识，称“一切一心识”。从真如门言，以生灭所入的“多一识心”为第九识，以真如所入的“一一识心”(一心一心识)为第十识。认为前九识皆不缘真理，唯第十识“体能鉴用，照体独立”，缘真如理，又名 “一心”、“俱非念”、“寂灭寂静念”。
密教《金刚顶经》及藏传密法等也立第九庵摩罗识，以五、六、七、八、九五层心识与五方佛、五种佛智相配，第九阿摩罗识配中央毗卢遮那佛，表法界体性智(证知真如的智慧)，表示众生心识本具毗卢遮那佛的法界体性智。又说能自见真如本面的本觉、法身与迷染的阿赖耶识不同，此本觉、法身当为阿摩罗识异称。唐密还采用《释摩诃衍论疏》之说，以八叶心莲及中台之本尊含摄一切心主，为第九识；以摄十佛刹微尘数之一切心主为第十识，见空海《秘藏记》。
藏传密教又说众生本来具有心体光明(同自性清净心)，为心识的最内核或最底层，被世间妄心遮蔽而不现。噶举派将心识分为三大层次，第二层细心，指与贪等80种本能性心理活动(“八十性妄”)相俱的一切心，相当于阿赖耶或阿陀那(第七识执受第八)识及其相应心所；第三层最细心，亦称“本来心”、“本元心”，指与本来空性相应、能证知真如的“明空不二”之心，相当于第九阿摩罗识。宁玛派所谓“大菩提心”，噶举派所谓“俱生智”，萨迦派所谓“本元俱生智”，觉囊派所谓“胜义有”，实际皆指此心。陈健民《曲肱斋全集》(三)云：
密宗建立第九识，即如来藏识，此识即果位本具佛识，必至一切微细修垢完全清净，本来之如来藏全部圆满显现。
五、以真心为心的体性而不立第九识
本来具有真常心的第二条思路，是从本体论或体用论的角度，将真常心看作众生心本来如是的体性。体，指“主质”、质料，如金镯、金耳环、金杯等金器皆以金为体。性，谓本来具有的或本然、本性、本体，一般是从本体论角度讲，有时也被理解为一种心理状态。从体性论角度讲的真心，可不立第九识。
以真心为心体者，如《楞严经》中，通过层层辨析，说明众生本具“妙明真心”、“妙净明体”、“常住真心、性净明体”、“无始菩提涅?元清净体”、“清净妙净明心”、“真心”、“妙明真精妙心”，亦称“本元真如”、“如来藏”，是发生见闻觉知之根本而其自体又离见闻觉知。
地论师南道派及天台、华严、禅宗等，多从体、相、用的哲学角度，以真心为心的体性，妄心(八识)为真心的相用。地论师南道派立阿赖耶识为真常净识，此外别无真心，《大乘义章》卷三说该派认为《胜鬘经》之如来藏、《菩萨地持经》之“一心”，皆指第八真心，此心为前七识之依持，相隐性实，能为妄本，住持于妄，真心为体，妄识为用，用依体起。这种真体妄用、从真起妄说，对天台、华严等宗的心性论颇有影响。《大乘止观》卷二谓一切凡圣唯以一心为体之一心或如来藏，从体、相角度分为两种：一是“真如平等心”，为体，即是一切凡圣平等共相法身；二是阿梨耶识，即是相。阿梨耶识复有二种：一者清净分依他性，亦名清净和合识，即是一切圣人之体；二者染着分依他性，亦名染着和合识，即是一切众生之体。此二种依他性，其用虽别，而体融一味，唯是一真如平等心。同论卷一云：
即此心性能持、能现二种功能，及所持、所现二种染法，皆依此一心而立，与心不一不异，故名此心以为法身。此能持之功能与所持之气和合故，名为子时阿梨耶识也。依熏现法之能与所现之相和合故，名为果报阿梨耶识。此二识体一用异也。然此阿梨耶识中，即有二分，一者染分，即是业与果报之相；二者净分，即是心性及能熏净法，名为净分。以其染性即是净性，更无别法故。
因能藏、所藏、能生三义，名此心为如来藏。同论卷四说真心即是本识之体，“本识之外，无别真心可得”。明确说真心非第九识。
六、从结构论反对立第九识
从结构论角度反对立第九识，以慈恩宗为代表，认为阿赖耶识是杂染的，必须经修行而转为清净的阿摩罗识。阿摩罗识与阿赖耶识非为两个，只是“分位”不同，为阿赖耶识的异称之一，是佛地被转化了的阿赖耶识。《成唯识论》卷三说第八识在不同的分位有不同的名字，阿摩罗识者，“最极清净诸无漏法所依止故，此名唯在如来地(相续执持位)有”，“无垢识体无有舍时，利乐有情无尽时故。”窥基《成唯识论述记》卷三批评摄论师等立阿摩罗为第九识是错误的：
《楞伽经》中兼说识性，或以第八染净别开，故言九识，非是依他识体有九，亦非体类别有九识。
认为经中说九种识，只是将第八识分为染净二分，算作九识，并非说识实有九种。《大乘法苑义林章》卷三谓《入楞伽经》说九种识是“因果合说”，《大乘同性经》、《无相论》说九种识则是真俗合说，“今取净位第八本识以为第九，染净本识各别说故”。慈恩宗也不认同地论师南道派的阿赖耶识即是真常净识说，认为阿赖耶乃杂染，只有修行圆满成佛时才转阿赖耶为真常净识。众生杂染的第八识为阿赖耶，菩萨在净化中的第八识名“空如来藏”，佛完全净化了的第八识名“不空如来藏”，即阿摩罗识。
至于成佛之因，慈恩宗说为阿赖耶识中本有的或寄附的无漏净种子，由净缘熏习增长，转识成智。《成唯识论》卷二云：
有诸有情无始时来，有无漏种，不由熏习，法尔成就，后胜进位，熏令增长，无漏法起，以此为因；无漏起时，复熏成种。
若问以哪个心证得真如而转阿赖耶为阿摩罗？按唯识今学的理论，菩萨入初地以上证得真如的心，是经正智观修而转化为妙观察智的第六意识。
慈恩宗也反对以真如为第九识，而以真如为唯识实性，即人法二无我性。太虚《阿陀那识论》宗慈恩之义，说真谛立真如为第九识乃传释之错误：
真如为识之体性，识实性故，假名为识，理亦可通，但不应以庵摩罗名。考《如来出现功德经》颂文，庵摩罗固以名清净第八，不以指真如及可别名为第九也。……真谛以庵摩罗为第九，则不是用遍一切法之平等真如性为第九，乃是别指第八净分以为第九，故不宜也。
今人萧平实在《略说第九识与第八识并存等之过失》中，引经据典，列举立第九识之过失达190种。
藏传佛教也有不立第九识，即以阿赖耶识为本觉、如来藏者，也有说如来藏是阿赖耶识所转者。
七、关于第九识争议的评议
阿摩罗识或真心，蕴含的实质性问题是如来藏亦即众生证知真如、成佛的根本依据和可能性，对佛教信仰的确立和宗教修持来讲至关重大。大乘诸学在解决这一重大问题时大略有三种思路：
1、护法系唯识今学从结构论着眼，将成佛之因摄于真如理和阿赖耶识所寄藏的有为无漏种子，立八种识，说转阿赖耶识所知依而成阿摩罗识。其说严谨精密，其实践是有为的、革新式的，具经历长劫转识成智的积极精神，但其转识成智说有落于有为造作之嫌，亦难满足急求顿证者的需求。
2、安慧系唯识古学及中国摄论师等也从结构论着眼，而着重区分染净之因，立能证真如理者或阿赖耶识清净分为本具第九阿摩罗识，以解决证知真如的依据问题，但其所立阿摩罗识较难通过分析众生现前心识而确立，整个学说不及护法系严密。
3、真常心系(天台、华严、禅宗、密教等)从体用论、体相论着眼，说心体或心识最深层有本具真心，将此真心等同于真如，持一体八用的九识说，或不以真心为第九识。其理论立足点高，超越了结构论的局限，修证是返本式的，适合急求顿证者的需要，指导实修易收顿悟之效，但也面临酣眠、闷绝时真常心何在等诘难及由承当“本来是佛”导致放任的弊端。
三种说法，在大乘经中都各有其依据。作为一种用于建立信仰和指导修持的言说，各有其价值和所适应的对象，也各有长短，大概无必要作是非之辨。三种说法的共同点，是都认为众生现行的心识为杂染，而心识深处潜藏有清净不染的因素或可能性，使众生能证得无垢识；遣除或看破遍计所执的妄心，与诸法无我的真实相应，是证得无垢(阿摩罗)识之要道。正如印顺《摄大乘论讲记》所说，真心、妄心(唯识今学)二派“所说明的事实是一样的，不过各依其一据点说明罢了。以妄心为主体的，有漏法的产生，很容易说明，而清净寄于其中，从虚妄而转成清净(转依)，就比较困难了。以真心为主体的，无漏法的生起，很容易明白，而杂染覆净而不染，及依真起妄，又似乎困难了些”。
诸家建立真心、阿摩罗识，都以确信佛已证得真心、阿摩罗识之果境为出发点，亦以此为真心、阿摩罗识实有的基本证据。至于此识是修得还是本有，实际上是从不同哲学角度对同一佛果境界或证知真如的经验所作的不同解释。说阿摩罗识是心与真如完全相应或“转依”时所得(由修而得)，与说本具阿摩罗识由与真如相应而显(由修而显)，实质上并无多大区别，后者从体用论角度立论，也只是一种哲学思辩的理，现实是：诸佛及任何人的真心、阿摩罗识，都是经修行而证得。
如果要从哲理上论证真心、阿摩罗识必有或必能证得，则如《入楞伽经》卷九偈所言：
若无清净法，亦无有于染；
以有清净心，而见有染法。
从“凡有对法皆不相离”(《瑜伽师地论》)——一切互为矛盾关系者皆以对方为自己存在的条件之缘起法则看，既有现前杂染、生灭之妄心，则必应有清净、真常之真心、阿摩罗识，而且这真心、阿摩罗识，有佛及许多圣弟子的修证经验为据，任何人都可以通过如法修行去实验验证。故第九识、真常心，以信仰佛果境界为出发点，而终归须以各自修行的实践(可以看作超心理学的实验)去验证，不是哲学思辩和佛学研究所能解决的问题。
