我国农村土地流转是一个涉及面广、各种关系错综复杂的系统工程。为了使农村土地流转收到预期成效，我们必须按照科学发展观的要求，审时度势，因地制宜、因势利导，处理好农村土地流转中的各种关系。
一、正确处理农村农业用地流转与农村建设用地流转之间的关系
我国农村土地大致可分为两大类型：农村农业用地与农村建设用地。目前，我国农村集体所有制的农业用地主要由农民的土地承包经营土地和农村集体经济组织经营土地构成，后者除了农村集体经济组织保留的未承包地之外，还包括经过农地整理而取得的农业用地。农业用地中的“精华”是基本农田。农村建设用地除了农村公共基础设施用地、公共事业用地、农村企业用地之外，还包括农民的宅基地及其宅基地周围的附属用地等。这两类不同属性用地的流转关系一定要妥善处理好。
农村农业用地流转的关键在于要保证农民流转利益的同时，确保18亿亩耕地不减少，保证我国的粮食安全。所以，其流转后的农业用途不能改变，而且还要贡献更多更高品质的农副产品。事实上，农业用地的市场化流转与耕地被改变用途有一定的关联，但并不是必然联系。因为，我们所主张的农业用地的市场化流转，主要是耕地在农地经营者之间的流转，是以不减少耕地为前提的。即便是一些农地私有化的国家，其耕地的转让并非是完全自由的。例如，为保护耕地，法国的法律规定，私有的农地必须要用于农业，不准弃耕、劣耕、搞房地产开发与旅游休闲项目。为此，法国政府设立了专门的农地整治公司。农场主在出卖土地时，必须通知农地整治公司。如果农地整治公司认为其买卖不合理，有可能出现弃耕、劣耕情况，它就会提出收购农场主土地的动议。法国这种农地买卖的限制制度对我国土地承包经营权的市场化流转具有一定的借鉴意义。
国土管理部门、农业部门严守住18亿亩耕地红线不突破，从技术上讲，通过GPS全球定位系统“天上看、地上查、网上管”的有机结合，建立“横向到边、纵向到底”的执法监察网络，可以管住明目张胆改变承包土地用途的情况，但是对于变相改变承包土地用途，变相弃耕，劣耕则必须建立农业用地特别是基本农田的具体用途的严格管制制度。在目前的农村农业用地的流转中，一是要严格禁止和严厉查处将农业用地转变为建设用地或事实上的建设用地；二是要防止农业用地流转后打“擦边球”：将农业用地“劣化”为不产粮食和其他农副产品的“观赏用地”、“旅游用地”、“公园用地”、“房地产开发的配套用地”。笔者以为，国土管理部门应该加强对农业用地流转的“全程监管”，建立与完善农业用地流转后的质量评估与用途质量的督察制度，约束农业用地流转后的“擦边球”现象。市场化流转的农业用地特别是基本农田的用途管制应该具体化与明细化，要类似于企业主营项目、兼营项目以文字形式载于企业营业执照之中那样，根据农业用地的质量与最佳用途属性，将农业用地的具体用途，包括种粮食、种油菜、种有关经济作物等的明细用途明确记载于颁发的土地承包经营权证之中。凡是超出该农业用地经营权证记载的用途范围的，应该通过国土管理部门审批后才能改变。这样，才能遏制农业用地流转后的“用途扭曲”。
在严格农业用地用途规制来“堵”的同时，我们还要通过财政杠杆、金融杠杆、收购价格杠杆调动农民种粮食的积极性，让农民种粮食、种农作物也能得到实实在在的好处，从而才能确保农业用地流转后的用途不改变。例如，成都市建立了耕地分级保护制度，占用耕地必须开垦同等质量数量的耕地，不能开垦的，按等级收取开垦费。成立成都市耕地保护基金，耕地保护基金年度规模达到26亿元左右，按照一类耕地保护到户补贴每年360元/亩和二类耕地每年270元/亩的标准，对耕地保护责任主体进行补贴，并以契约形式配套耕地保护登记、合同签订、目标责任监管等系列措施，形成了耕地保护、农业用地流转收益增加的“双赢”新格局。
农村土地的另一部分是农村集体建设用地。我国集体建设用地大约为2.5亿亩，规模十分可观，可流转的空间余地大。随着城镇化与工业化的深入推进，城乡人口不断向小城镇、中小城市、甚至大城市集聚与集中。与此同时，其人口平均占有建设用地的水平在递减，或者说，建设用地的利用效率在提高。这样，农村建设用地客观上就要求流动出来，以满足城镇化与工业化对建设用地的需求，同时也使得农村建设用地的实物财富形态转化为货币财富形态，为社会主义新农村建设和农业现代化提供更大的资金支持。可以说，农村集体建设用地的有序流转既是城镇化与工业化加速推进的必然结果，也是进一步推进城镇化与工业化的加速器。
农村集体建设用地流转不存在系统性风险。农村建设用地流转是农村集体建设用地存量在空间与时间的重新排列与组合。也就是说，农村建设用地流转不仅不会危及农业安全与国家的粮食安全，而且还会提高农地规模经营与产业化经营的水平，促进农副产品产量与品质的提高；同时，农村建设用地的保障性功能较之于承包土地的保障性功能而言较弱，它的有序流转，不仅不会危及农民的生存与发展，而且有助于农民享受土地的发展权。事实上，土地能否抵押融资，土地抵押融资会不会导致系统性的金融风险，会不会产生农民失地、失业、失利、失所的社会性风险，是其流转市场化与可操作性的关键。
农村集体建设用地流转有利于土地资源的优化配置和国家对耕地的保护。由于农村居民居住分散、平均宅基地面积过大、空心村现象大量存在以及乡镇企业用地大量闲置等原因，农村集体土地的利用一直处于一种低效率的状态。农村集体建设用地使用权通过出租、抵押、拍卖、入股等方式流转，可以为乡镇企业和小城镇发展积聚资金，有利于土地资源的优化配置和国家对耕地的保护。由于农村集体建设用地使用权的流转，实现了土地与资本的市场流动，二者就能实现最佳结合，产生最佳效益。许多经营不佳的乡镇企业因土地流转引入资金而起死回生，许多进入城镇的农民因宅地流转而收回建房资金，充实进城实力。新的投资可因为存量建设用地的流转而减少建设用地增量的增加，减少闲置土地数量，从而减少占用耕地。
农村集体建设用地流转比农业用地流转的收益大。因为，作为建设用地的级差地租与级差地价能够通过合理有序的流转而凸显出来，为流出主体带来级差收益。同时，农村集体建设用地可以成规模、成批量地进行。另外，农村建设用地的流转既为城市向农村注入工业文明、现代商贸文明提供了空间载体与簇群发展的空间载体，也为城市建设与发展提供了要素配置的重要土地资源。
因此，笔者以为，在农村土地流转中应该优先地、更多地推进农村建设用地的流转。农村集体建设用地流转的财富效应明显，对“三农”的支持最大，现实可操作性较强。农村集体建设用地流转顺应了市场配置农村集体建设用地资源的要求，农村集体建设用地不仅可以通过对价，投资入股、合资合作、出让、出租，尤其可以有条件地成为抵押融资品。因此，农村集体建设用地有序流转、城乡建设用地增减挂钩的改革试验可以在更大范围内推广，放量操作。
农村建设用地的流转存在指标流转与实物流转两种形式。农村建设用地的流转要注意把握若干关键性环节。一是，不能借农村建设用地流转之名，变农业用地为建设用地；二是，农村建设用地指标流转到异地置换为实际用地时，不仅其指标要严格审核，而且不能置换优质耕地；三是，农村建设用地在流转必须以农民住房问题妥善解决为前提，不能因此而导致农民“失地失所”；四是，农村建设用地在流转时可以从年期上分阶段进行，以降低其流转的价格门槛和提高其流转的可持续效益；五是，对于关系地区社会经济发展的重大项目或重点项目，最好采用征地来解决其用地，以避免产生项目后续利益上的纷争。
二、正确处理农村土地流转收益与流转风险之间的关系
在农村土地流转中，我们一度比较关注与看重其流转收益，特别是土地流转的即期收益。然而，农村土地流转是一种市场行为。在市场经济条件下，农村土地的流转收益与农村土地的流转风险是对称的。因此，在农村土地流转的过程中，我们要统筹兼顾流转收益与流转风险之间的关系。
事实上，作为农村土地承包经营权载体的土地，不仅是农民的基本生产资料，而且是农民的生存保障资料。在土地承包经营权的市场化流转中，如果农民的土地承包经营权由于各种原因而丢失，自身既没有新的就业渠道和其他生活资料的来源，社会又没有相应的保障制度给予援助的话，就会导致在土地承包经营权在流转中农民的失地、失利、失业、失所，从而势必导致农民的绝对贫困现象，以至引发社会的不稳定。由于农业中存在较为严重的信息不对称，如果信贷及保险市场不健全、不完善。一旦遇到自然灾害，农民就有可能将土地承包经营权低价转让以度灾荒；而到了正常年份，土地承包经营权的转让价格可能会增高，这些农户很难将土地承包经营权回购。这必然会加剧土地兼并与集中，导致许多社会问题①。尤其在农民人口还占大多数且农村社会保障与医疗保障制度还不完善的条件下，那是非常可怕的社会风险。正是基于可能出现的社会风险的防范，《中华人民共和国担保法》等法规规定，农民土地承包经营权不能抵押，但承包林地、四荒地的经营权可以用于抵押。其原因在于，前者是农民生活的必需品，而后者是农民维持温饱所需之外的生产资料。实践证明，用土地承包经营权、宅基地和农民房产作抵押并不能有效规避银行贷款风险。从我国国有银行剥离几万亿不良贷款，到美国由不良贷款所引发的次贷危机，都证明了抵押并不能解决不良贷款问题。在推进土地承包经营权市场化的过程中，土地承包经营权、宅基地和农民房产作为抵押品只能在农村社会保障制度和医疗保险制度比较健全的地区试行，否则会产生“新失地农民”，从而会影响社会的稳定。从这个意义上讲，土地承包经营权的市场化流转仍然要“摸着石头过河”。
笔者以为，无论是社会商业占地、国家公益性征地，还是农村土地的市场化流转，都要依市场价格与农民交易，使农民在丧失土地后有能力转业从事其他工作和成为社会保障的对象。许多国家的经验证明，只要有完善的配套制度，特别是有公正的法制环境、有效的社会保障制度和医疗保险制度等公共产品与公共服务供应制度，农民才不会因为有了明晰的土地财产权而大量地随意彻底转出承包土地。所以，我们要构建城乡一体的户籍制度、就业制度、教育制度以及各种公共产品与公共服务供应制度，在全面实施新型农村合作医疗制度的基础上，改革完善农民医疗保险统筹模式，提高保障水平，建立城市和农村政策统一、标准统一、管理统一的城乡居民基本医疗保险制度。扩大城乡社会保险覆盖面，探索建立城乡社会保险制度对接的机制办法，逐步建立制度统一、缴费和待遇多层次的城乡养老保险制度。加快建立进城务工农村劳动者养老、失业、工伤、医疗、生育保险制度，鼓励用人单位将稳定就业的进城务工农村劳动者转入城镇基本社会保险，逐步实现应保尽保，为农民进入非农产业增加务工收入、加快推进城镇化创造有利条件。
特别是在土地承包经营权市场化流转的过程中，不仅要尊重农民的意愿和选择，而且要进一步细化农地合理流转的相应调控措施，避免出现“新失地农民”的社会风险。
土地承包经营权的折价入股或长期租赁到公司进行产业化运作，应该与社会保障和医疗保险体系的年度缴费制度挂钩。因为，企业难免在经营中出现这样或那样的风险，这样，入股或长期租赁到公司这部分农地就有可能出现被处置的风险；另外，鉴于目前相当部分的农户素质较低，一次性拿到长期租赁费之后急功近利，可能会导致今后的生活无着落，从而形成社会潜在的不稳定因素。公司应该将应付给农民的红利、租金等款项的一定比例，直接转入为其建立的社会保障与医疗保障账户，并将社会保障与医疗保障账户管理和户籍管理联系起来管理。
土地承包经营权流转的直接收益必须由土地承包经营权流转出的农户享有，要防止变相摊派占有土地承包经营权流转的直接收益。从土地承包经营权流转的层面上讲，稳定和保护农户的土地承包经营权，必须落脚到保障土地承包经营权流转的收益权上。
土地承包经营权流转的收益权应该是现实收益权。因此，要尽量鼓励土地承包经营权的年租和短期租赁制，使农户在土地承包经营权流转中得到现实的货币。
土地承包经营权流转要鼓励流出土地承包经营权的农户继续在原来的土地上通过劳动投入获得收益的土地承包经营权流转模式。因为，这些土地承包经营权流转模式使这些农户既获得土地承包经营权流转的收益，又使流出土地承包经营权的农户继续发挥劳动积累对资源和资金的部分替代作用，并从中获得一份作为农业工人的劳动收入。
农户的初始土地承包经营权以最高年期一次性转出，应该以该初始土地承包经营权拥有者的农民已经进入社会保障与医疗保障系统为前提。同时，配套实施能够使农民获得劳动收入与其他多种收入的运作方式。比如，除了股金收入、租金收入、薪金收入之外，还有房屋资产、企业资产等方面的经营收入；如果出现生活困难，还有社会最低保障金的维持与援助。
三、正确处理无期限的农地承包经营权与流转农地产权有期限之间的关系
党的十七届三中全会通过的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》指出，要“赋予农民更加充分而有保障的土地承包经营权，现有土地承包关系要保持稳定并长久不变。”同时，“按照依法自愿有偿原则，允许农民以转包、出租、互换、转让、股份合作等形式流转土地承包经营权”。②在市场经济条件下，农地的承包经营权本质上属于农地产权。产权对应的英文是PropertyRights，所有权对应的英文是Ownership。在不严格的情况下，这两个词往往相互替换，可以通用。但是，在马克思主义经济学中，产权与所有权是有所区别的。农村集体土地所有权在处分权能上是决定性和终极性的，作为土地承包经营权的产权在处分权能上则是有限性和相对性的。因此，土地承包经营权的权能边界在时空上要明晰。比如，某位农户拥有某一宗地30年的土地承包经营权，在30年之内，该农户可以在法律法规的框架下，使用该宗地或者将其转包、出租、互换、转让、股份合作，甚至抵押。但30年后，其土地承包经营权或者展期、或者授予、或者收归农村集体土地所有者。就像大家买商品房，得到的不是国有土地永久的所有权，而是70年的国有土地使用权。国家可以将土地承包经营权界定为“长期不变”。但是，土地承包经营权的“长期不变”不等于“无限期流转”。即使将土地承包经营权界定为土地的永佃权，但其流转年期也应该有最高的限制。“永久耕作使用”是对于承包人而言的，它与“永久流转”也不能同日而语。我们必须要处理好无期限的农地承包经营权与流转农地产权有期限之间的关系。
土地承包经营权流转年期模糊，一是，导致在土地上的长期投资没有准确的回报预期，从而便会使土地经营者缺乏对农地进行长期投资的冲动，农地质量的可持续提高势必乏力；二是，土地承包经营权虽然流转了，但是由于其流转年期模糊，导致土地承包经营权的拥有者不便对集中的农地进行整理后打通使用；三是，由于其流转年期模糊，没法对其产权价格从年期角度定位，从而难以显示土地承包经营权转包、出租、互换、转让、股份合作的对价信息，更没法进行抵押融资；四是，土地承包经营权流转年期的模糊极易导致其永久性的流转，而土地承包经营权的永久性流转，就等于事实上的土地所有权的流转，“不得改变土地集体所有性质”的规定就成为一纸空文，从坚持农村土地集体所有制的层面上思考，也应该界定土地承包经营权流转年期；五是，土地承包经营权流转年期的模糊使农民对其土地产权在期限上没底，不如把其年期说的更加实在。
所以，土地承包经营权“长期不变”的“长期”究竟是多长，是30年，是长于30年，甚至长于50年，甚至是70年或者更长，应该从法律层面与实践操作层面加以明确。同时，即使是土地承包经营权“长期不变”，也不等于土地承包经营权流转的无期限。例如，有关法律明确规定，我国城市土地使用权，商业用地的最高年期为40年，工业与综合用地的最高年期为50年，住宅用地的最高年期为70年。2008年7月公布的《中共中央国务院关于全面推进集体林权制度改革的意见》已经明确规定，农村集体林地的承包经营权为70年。从我国目前的农村实行了免去农业税政策的基本前提下，土地承包经营权应该失去了原有意义，因为以前土地承包之说是基于完成农业税即交国家公粮和购粮。现在，不存在农业税，土地承包经营制实际上可以说变成了土地使用权。因此，笔者建议，可以直接将农民的土地承包经营权就直接变为土地使用权，取消土地承包经营权的称谓，真正地让农民行使对土地的长期使用权，可以将农地使用权的最高年期确定为50年、70年甚至确定为永佃制。因此，农户拥有初始土地承包经营权具体年期怎么界定，应该根据农民可以接受的程度，参考国内有关土地使用权的最高年期与惯例，尽快通过法律法规来明确和规范，为土地承包经营权的市场化流转扫清障碍。
四、正确处理农村土地流转地的城市化、工业化、农业现代化与农地流转绩效之间的关系
农村土地流转的根本目的，就是要使其流转收益能够足够大到能够使农民与业主都能得到比未流转时的更多实惠。这是农村土地流转的绩效所在。
理论与实践都充分证明，农村土地流转的价格定位与农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化的进程息息相关。当农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化程度较高时，农村土地流转的频率高，其流转价格也高，从而农村土地流转的绩效高；反之，当农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化程度较低时，农村土地流转的频率低，其流转价格也低，从而农村土地流转的绩效低。因此，农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化程度与其农村土地流转频率、流转价格、流转绩效呈正方向的关系。也就是说，当农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化程度较低时，农村土地流转不可能应运而生。在这样的背景下，如果不适当地用外力来推进农村土地流转将是事倍功半，而且即使农村土地流转成功，其价格较低，从而不能给转出土地的农民带来收益的增加，反而会带来失地、失利、失业和失所的风险；还会带来农村土地流转后，农民毁约现象的大面积出现，从而给农村土地流转后的转入业主留下可持续经营的隐患。
笔者以为，农村土地流转是农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化进展到一定程度的经济现象。这正是发达地区特别是大城市郊区农村土地流转频繁、流转价格较高、流转绩效较好的根本原因。所以，对农村土地流转，我们只能根据农村土地流转地的城市化、工业化与农业现代化进程，遵循社会经济发展规律审时度势，因地制宜、因势利导、循序渐进，不能人为地强制推进、加快推进、拔苗助长。否则，按行政办法来搞农村土地流转的“政绩工程”，势必欲速则不达。
五、正确处理农村建设用地与城市国有土地的“同地、同权、同价”之间的关系
2008年11月10日上午，成都市锦江区农村土地房屋交易中心首次公开挂牌成功出让两宗共计20余亩的农村集体建设用地，这标志着作为全国统筹城乡综合配套改革试验区的成都市，历史性地迈出了城乡建设用地“同地同价”的第一步。事实上，“同地、同权、同价”是城乡土地制度改革理想取向的模糊判断。从严格的意义上考量，宗地之间绝对不存在“同地”的现象。因为，作为微观上的不动产，不同的宗地固定在不同的区位上，是不同的宗地。我们一定要把“同地”理解为大体相同的土地，而且必须从某一视角来观察。因为，即使区位大体相当的宗地，其规划条件也不相同；其规划条件大体相当，其周边的配套设施也不一致，等等。再说“同权”，农村建设用地与城市国有土地本身就是“不同权”的：农村建设用地是农村集体所有制，城市国有土地是全民所有制。所以，“同权”必须理解为土地产权的“权利束”大体相同。
一是，农村建设用地与城市国有土地宗地之间的“同地”与“同权”是其“同价”前提。如果说，农村建设用地与城市国有土地宗地之间的不“同地”、不“同权”，其不“同价”就是很正常的。即使是在城市国有土地的宗地之间，由于宗地区位的不同、由于宗地使用年限的不同、由于宗地用地性质的不同等，其宗地之间也是不“同价”的。
二是，农村建设用地与城市国有土地宗地之间的“同地”、“同权”往往受到宗地用途规制、用地性质、用地规划、用地年期的约束，这些约束并不是基于土地所有制歧视，而是基于城乡统筹规划之需要。由此产生的不“同地”、不“同权”，从而不“同价”，是无可厚非、理所当然的。
三是，“同地”、“同权”、“同价”是农村集体建设用地流转范围区内的“同地”、“同权”、“同价”。农村集体建设用地流转作为不动产市场，有一个管理与调控的边界。在边界范围内，只要“同地”、“同权”，就应该“同价”；超过其管理与调控的边界，即使“同地”、“同权”，也不会“同价”。
也就是说，城乡建设用地的“同地”、“同权”、“同价”，是就城市土地与农村建设用地总体的地价形成机制和地价水平而言的。就城乡建设的宗地而言，必须根据其宗地的区位、使用年限、用地性质等“权利束”，同“权利束”就应该“同价”，而不应该以城市土地和农村建设用地来定位地价的依据。
六、正确处理农村建设用地流转的划拨方式与出让方式之间的关系
农村建设用地不能全部搞市场化流转。在农村建设用地的资源配置上，也存在市场失灵的现象。以市场配置农村建设用地资源与以非市场配置农村建设用地资源应该设置“各安其位、分类管理”的制度安排。众所周知，城市土地使用权的流转有两类方式：划拨方式与出让方式。对非公共产品与非公共服务的用地，往往采取出让的方式，其价格是市场化的价格；对于公共产品与公共服务的用地，往往采取划拨的方式，其价格是受到严格规制的划拨价格。
笔者以为，农村集体建设用地的流转除了采取市场化的出让方式之外，为了降低农村公共产品与公共服务配置的交易费用与门槛，提高农村公共产品与公共服务配置的效率，对于农村公共产品与公共服务所需的农村集体建设用地，应该采取与城市土地使用权相类似的划拨方式流转和实行类似的划拨价格。因为，农村公共产品与公共服务资源的配置存在市场失灵与市场缺损现象，用市场化的土地资源配置方式是违背农村公共产品与公共服务资源配置规则的。这也是特殊意义上的农村建设用地流转与城市土地流转的“同地、同权、同价”。
由于通过划拨方式流转的建设用地具有公益性，其使用应该通过民主程序，由集体经济组织成员共同决定。一旦作出决定，其土地使用权的取得应该以无偿为原则，且原则上乡村公益建设用地使用权不允许进行流转，除非经过多数集体经济组织成员民主决策，同意将其进行流转，即便如此，出于公共利益的需要，政府仍然可以限制其流转，因此乡村公益建设用地使用权流转权利应该受到严格的限制。
七、正确处理农村土地流转收益在不同主体之间的分配关系
农村土地使用权初次流转收益的初次分配应该在农村土地的所有者与经营者之间分享。作为农村土地的所有者，即农村集体经济组织或相应的所有权代表主体应该获得其使用权让渡年期绝对地租资本化的收益和级差地租Ⅰ的资本化收益；作为农村土地的经营者，应该获得其使用权让渡年期的土地投资收益和级差地租Ⅱ的资本化收益。
农村土地使用权初次流转收益还应该进行二次分配。农村土地使用权初次流转收益的二次分配主要通过国家的税费来实现。在农村土地有序流转的过程中，国家收取“税”与“费”的经济依据是不同的。从国家的职能看，国家存在的本身，就是收税的依据。诚如列宁所讲的那样，税是国家不付任何报酬向居民取得的东西。当然，国家收税的目的，主要是为了向城乡居民提供公共产品与公共服务，体现了“取之于民、用之于民”的税收本质，类似于马克思所讲的，是一种“社会扣除”。国家收取费的经济依据是，为农村土地所有者与经营者提供了直接的基础设施与特殊的配套设施的投入。这些基础设施与配套设施优化了农村土地所有权与经营权的运行环境与条件，有助于使农村土地的所有权与经营权在经济上得到更好更多的实现。因此，国家要在农村土地有序流转的过程中收取一定的规费。基于以上的思考，在农村土地有序流转收益的二次分配过程中，我们不能混淆了税与费的不同产生机理，既不能“以税代费”，也不能“以费代税”。
农村土地流转收益分享直接影响流转各方的权益、决定流转秩序，甚至关系农村社会的稳定。当前，农村土地流转过程中缺乏保护农民权益的机制，这是土地流转中的突出问题。首先，土地流转收益分配中农民权益经常受损。一部分农民在土地流转后，陷入失地、失业、失去社会保障的“三失”困境。其次，农村土地流转的收益分配关系比较混乱。大部分收益除用于基层组织日常开支外，主要用于发展经济和公益事业，小部分用于对农民的土地补偿。再次，农村土地流转收益缺乏保障。由于目前大多数农村土地流转属于私下交易，既没有规范的合同文本，也没有合法报批手续，一旦发生法律纠纷，农村土地所有者和使用者的权利都无法得到根本保护。
集体土地所有权作为一种财产权，要求在经济上得以实现，其所有权人也要求能正常地使用、支配和处分土地以取得合理的土地收益。实行土地征用一次性补偿安置，虽然农民从中能够得到土地征用费和社保，但由于农民自身的素质相对较低、技能单一，要维持长远生计比较困难。推行农村土地流转，必须使农民能够对土地流转收益进行合理分享。其收益除了支付流转土地的农户安置补偿费外，可以进行出租、入股、联营，通过分配的形式获得长期稳定收益，以使失地农民得到相应社会保障。
2007年成都市作为全国统筹城乡综合配套改革试验区，出台了《成都市集体建设用地使用权流转管理办法(试行)》。按照城镇建设用地增加与农村建设用地减少相挂钩方式，通过实施土地整理取得的集体建设用地指标在所有权不变的前提下，可以有偿、有限期流转。土地所有者持经村民会议2/3以上成员或2/3以上村民代表同意流转的决议和集体土地所有证，向当地国土资源部门提出流转申请，经县级人民政府审批后核发批准书。流转价格不得低于区域最低保护价。收益归农村集体经济组织所有，优先用于农民的社会保险。笔者以为，成都这种土地流转模式较好地平衡了土地流转相关方的利益关系。
对于任何一个社会而言，制度的基础总是一组关于产权的法律规定，产权包括资源的排他性使用权，通过使用资源而获得租金的收益权，以及通过出售或转让资源给他人的转让权。产权的一个主要功能是引导、激励人们实现将外部性较大地内在化，产权不仅提供影响经济绩效的行为激励，而且也决定了谁是经济活动的主角并由此决定着社会财富的分配。农村集体建设用地使用权不流动，就难以形成完整的土地市场，不利于土地的集约高效利用，造成土地资源的浪费；农民的土地财产权无法得到应有的保障，也给社会的稳定和长治久安带来了负面影响。在过去较长的一段时间里，在利益的驱使下，农村集体建设用地使用权自发流转的现象大量发生，尤其在城乡结合部、小城镇和公路两侧非常突出，且有愈演愈烈之势。而对于农村集体建设用地自发流转，仅凭法律简单加以严格禁止和光靠政府以行政手段加以“堵塞”的办法是行不通的。顺应市场经济发展的客观要求，引导农村集体建设用地使用权有序流转并加以规范，是农村集体建设用地使用权制度改革的方向，势在必行。而规范农村土地流转，必须规范农地流转收益的合理分配，从而使农村土地流转的各方利益都得到兼顾。这无疑是促进农地流转健康运行的重要“抓手”。
八、正确处理农村土地流转与农地规模经营之间的关系
农村土地流转可以土地向经营能手、种田大户和经营业主集中，促进农业规模化的产业经营，从而有助于解决在社会主义初级阶段和社会主义市场经济条件下农业小生产和社会化大生产的矛盾；解决农村联产承包责任制与社会主义市场经济体制相衔接的问题；解决增加农产品有效供给与农业比较利益间的矛盾；解决农户分散经营与提高规模效益的矛盾。据测算，我国农村每户经营规模只有0.45公顷，是世界上最小的，不仅大大小于美洲、澳洲、欧洲的经营规模，也小于日本、韩国和中国台湾，这是制约农业比较利益提高的重要原因。根据计算，在现代生产力水平上，农业经营规模每个劳动力负担2公顷，即比现在的0.2公顷增加10倍，务农劳动力的收入才不低于同等劳动力务工的收入。③毛泽东曾说过农业的根本出路在于机械化，没有农业机械化就没有农业现代化。然而，没有土地的适度规模经营，一系列的先进农机具和先进技术就没法施展，也就没有农业的机械化。一些农业专家认为，“以现有的生产技术条件，人均耕种30—50亩田地可获得最佳投入效益比。”④
但是，以农村土地流转来制导的农业生产经营规模必须适度。因为，农业规模经济报酬的变化是有规律的：即随着农业生产规模的不断扩大，规模报酬将依次经过规模报酬递增、规模报酬不变和规模报酬递减三个阶段。也就是说，在一定的社会经济条件、生产力水平与管理水平条件下，过分的农村土地集中，过度或过大的农业生产规模，会产生“规模不经济”的现象。理论与实践证明，根据耕地资源条件、社会经济条件、物质技术装备条件及政治历史条件的状况，确定适度的农业经营规模，才能提高农业的劳动生产率、土地产出率和农产品商品率。评价以农村土地流转来制导的农业生产经营规模是否适度可以从两方面入手：一是土地、劳动力、资本、管理四大要素的配置与组合是否合理；二是农村各方面的利益关系是否协调。
事实上，根据我国的国情与农村、农业与农民发展现状，我国现阶段的农业规模经营可以有两种实现途径：即依赖于个别大型农业生产经营企业对资源的充分有效利用、组织和经营效率的提高而形成的“内部规模经济”，和依赖于多个小规模农业生产经营企业和农户之间因合理的分工与联合、合理的地区布局等所形成的“外部规模经济”。比如：日本农业就以小规模经营为主且兼业农户比重大。尽管日本的农户总数由1960年的605万减少到1994年的364万。但是，在这些农户中，专业农户只占16％，其余84％均为兼业农户。在兼业农户中，以农业收入为主要生活来源的“第一兼业农户”占14％，以非农收入为主的“第二兼业农户”占压倒多数，达70％。
马克思资本有机构成的学说告诉我们，随着社会生产力的不断发展，技术构成将呈提高之势。随着技术构成的提高，资本有机构成也将提高。资本有机构成的提高固然是生产力进步的标志，但是，资本有机构成的提高意味着产生劳动力的“挤出效应”：一方面，存量资本将排挤出一部分劳动力；另一方面，增量资本对劳动力的吸纳能力减弱。在农业规模经营的场合，也会产生类似的对农业劳动力的排挤现象。当然，这对农业规模经营企业来讲是好事，减少从事农业的人口对社会而言也应该算是一件大好事。但是，当从农业中溢出的剩余劳动力不能被其他产业所吸纳消化的话，就会成为农村的失业人口或成为“城市无业游民”，从而成为“社会的规模不经济”。也就是说，以农村土地流转来制导的农业生产经营规模必须与整个社会的产业发展水平和剩余劳动力的吸纳能力相适应。
九、正确处理农村土地流转与农地整理之间的关系
农村土地流转与农地整理之间存在互动关系，应该相辅相成、相得益彰。农村土地流转往往需要有一定的规模与数量，而且还要方便产业化运作。因此，农地可以通过土地整理，把分散的农地连成块与片，以便于受让人接手。同时，通过农村土地整理等有效措施来补充耕地，从而不仅可以抵消一部分耕地占用指标，而且还可以增加可流转农地的数量。目前，不少农村土地是靠天耕作的“望天田”，水土流失严重，农产品的产出率极低。通过卓有成效的农村土地整理，修渠保墒，增强了这些农地的灌溉能力，从而可以大大提高这些农地的质量与生产效率，实际上是变相地增加了流转耕地的面积。特别需要指出的是，农村建设用地的流转，关键在于通过农村土地整理使处于广袤农村不同空间的、零碎的各类建设用地整理复耕为农业用地，再把这些建设用地指标集中转换于最容易发挥场地级差地租绩效的区域比如城镇郊区或非农产业集中区，然后通过市场化的农村建设用地流转，从而使这些农村建设用地最大限度地凸显其流转地价。
同时，农地流转后也需要进行最佳取向的土地整理。农村土地整理对山、水、田、路的综合治理，同时也是一项劳动密集型的投资活动。对流转后的农地进行整理可以就近、就地、就便地为当地农村群众提供就业机会。与农地流转相结合，开展农村土地整理有助于改善农民居住环境。“生产发展、生活富裕、村容整洁、乡风文明与民主”是社会主义新农村建设的总目标。以农业用地为主体的综合土地整理，特别是通过一些农民房屋的“拆院并院”，不仅可以增加农业用地和农村建设用地，而且可以促进社会主义新农村建设，促进土地资源的集约利用和生态环境的优化。整理出来的农地特别是新增农地，可以在最大限度地保护农民的合法权益的前提下，调整土地产权关系，调整生产关系，调整农业产业结构，发展优质高效农业，走农业产业化、经营集约化、耕作现代化的路子，彻底摆脱“人扛肩挑”的小农生产模式。通过整理农地的合理流转，以业主经营和集中承包等模式，可以在整理出来的土地上进行农业产业化经营的招商引资，将一些民间投资与社会资本、甚至外资引入到农业生产领域，扩大推动农业规模化生产、集约化经营、企业化管理，为农村大量的剩余劳力与返乡农民工提供在土地上“打工”的新平台。当地的农民与返乡农民工还可以在整理出来的农村建设用地上从事第二、第三产业，在整理好的农村土地上发展“农家乐”、休闲产业、与社会资本进行股份合作经营等，使农民不仅得到土地租金、股金⑤，还可以得到经营收入与工资性收入。
十、正确处理农村土地流转与农民集中居住的关系
农村土地流转与农民集中居住之间存在相当密切的关系。农村土地流转后也需要农民作为劳动力，农民的适度集中居住有助于流转农地的运作；农民集中居住后，农地才可能成块成片，从而有助于农地流转；农民集中居住后，与流转农地运作的基础设施才能合理布局。但是，农民集中居住的规模必须适度。因为，在一定的社会经济条件下，流转后的农地经营受农民集中居住半径的制约，农民集中居住的规模太小或太大均不利于农地的流转和流转后农地的有效经营。
要贯彻落实科学发展观，按照城乡统筹的路径与要求，因地制宜，因势利导，根据城镇发展进程、农村的特点和基础设施承载能力选择不同的集中居住模式，每一种集中居住模式应该有不同规模：根据地区经济发展水平、城市化水平、工业化水平、要素集中度、就业水平、人均生活水平等来确定。科学确定农民集中居住区的数量和规模，应统筹考虑当地的经济发展水平，按照城市化的总体目标，结合农业现代化进程以及产业结构比例，主要考虑以从事第一产业为主的农户在集居区居住，以从事二、三产业为主的农户在政策引导下向城镇集居，宜集中则集中；其集中居住规模，能大则大、能小则小；其分布的点位与规模要合理。例如，英国从20世纪50年代到70年代，在农村开展了大规模的农村中心村的建设。该项政策的核心是加强农村人口的集中，形成“中心村”。政府出台了一系列的政策，促进住房、就业、服务设施和基础设施向中心村集中，以加大社会资金对中心村的投资。以色列创造了一个等级服务中心的村落布局：80户左右农户组成一个村庄，6—10个村庄围绕着一个农村服务中心。各个村庄仅保留日常必要的服务。这样，来自不同国家的群体，住在各自的村庄上，既保证农村服务系统的服务效率，又同时兼顾移民群体的独立居住。⑥
因此，我们要本着“利于生产、方便生活、适度集中”的原则，在设计和规划上要综合考虑集中居住区与一、二、三产业布局的协调发展和相互促进，既要有利于组织现代农业生产以及方便农民小康生活的需求，也要有利于农村现有基础设施等资源的作用充分发挥。同时，农民集中居住区的选址，应尽可能地选择交通便捷的地区。利用交通干道，进一步加强沿线的土地整理力度，加强交通、通讯、水电气基础设施的完善，将农民新村、新集镇布局在这些道路沿线，以减少和降低农民集中居住区基础设施的投入。在农民集中居住区的建设中，要坚持村镇规划审批原则，杜绝随意修改规划、擅自突破规划的行为，规范一户一宅制度。管理科学的选址和合理的布局，能够有效地防范地震、泥石流等重大自然灾害对农民集中居住区的破坏，防止出现重复建设或二次拆迁现象。农民集中居住区的科学选址，既要达到安全、方便生产与生活的目的，有要有利于城乡间生产要素的流动、节约农民集中居住区建设过程中基础设施建设费用。
促进农民适度集中居住，必须要着眼于统筹城乡经济社会发展，推进城乡一体化。城乡一体化作为新型城市化道路的重要内涵，涉及城乡的空间结构、产业结构、社会结构、人口结构、生态结构等多方面。从当前看，城乡一体化至少应包括以下内容：统筹城乡发展空间，实现规划布局一体化；统筹城乡经济发展，实现产业分工一体化；统筹城乡基础设施，实现服务功能一体化；统筹城乡生态建设，实现环境保护一体化；统筹城乡劳动就业，实现社会保障一体化；统筹城乡两个文明建设，实现社会进步一体化。这样，才能为农民的适度集中居住奠定雄厚的基础。
