大学自治就是大学有权力来管理学术问题，司法和行政都不应干涉。
我从政府官员转变为学者，深有感触的是我们的大学太官僚化了，我原来从没认为大学校长、下面的那些处室是什么官，但是一到大学里，发现他们确确实实是官，而且相当多的人拼命争这种官。教育主管部门把学校完全纳入行政体系，大学成了教育部的一个下属部门。
教育体制改革，没有把大学自治作为改革的重要目标，是非常悲哀的事情。大学没有自治，教育就不可能实现他的根本目标。我是宪法学者，从宪政的角度看，如果没有大学自治，就不可能有国家的自由、民主和法治。
大学为什么要自治?我要强调几点理由：
第一，思想的自由和有不同意见的争论，是追求真理的唯一的途径。没有大学自治和学术自由，只有领导的意见正确，追求不了真理。
第二， 没有大学自治， 怎么会有创新国家，怎么会有创新型社会。没有独立精神的人，奴化的人要做新型的学术和科研，是不可能的事情。
所以，我觉得在教育改革中，大学自治应该作为头等重要的事情，这是宪法的基本权利。 宪法35条讲言论自由，这是大学自治的一个基础。宪法的第47条还规定，公民有进行科学研究，文学艺术创作和其他文化活动的自由，这一条很少受到重视和强调，这就是大学自治的宪法基础。
就像中国必须走向法治、民主一样，教育体制改革的目标，必须是大学自治和学术独立，没有这一点，中国的教育不要谈什么改革。不少人支持大学自治的观点，但会说不现实。我觉得我们一定要把这个目标确定下来，我们要有这种共同的声音，共同的目标，这样才会有可能。
大学自治目前应该怎么做?
第一， 解决大学的外部干涉问题。教育法里规定“党委领导下的校长负责制”，我呼吁修改教育法，就是实行校长负责制，党的领导是政策指导。
第二，大学行政化和官僚化问题必须解决。这需要解决大学校长由教育部任命的问题，校长的产生应由学校和教授委员会决定。现在不仅是校长，重要大学里面副校长基本上都是教育部来定，结果部里的局长、处长都派到各个学校里当校长、副校长，学校成了教育部提拔官员的地方，这很可怕。
第三，大学自治还意味着大学能够独立地处理内部事务，自主管理而不受外界干涉。一是要解决校长负责制问题;二是要建立校董事会制度和教授委员会制度。像教授聘任这样事，让学校教授委员会来聘任自己的教授、校长，不应该受到干预;三是学生应该建立自己的学生自治会，参与学校的管理，现在的学校事务中，听不到学生的声音，这一点要得到改变。
第四，学术自由，学术自治。主要解决学术问题不受行政、司法的干扰。现在我们评职称、授学位、还有学校管理制度如考试作弊的争议处理，是跑到法院去诉讼，让法院来判断是不是应该给学生授学位，是不是评老师做教授，这是很荒唐的事情。
