目前经济社会在发展中积累的一系列深层次问题，几乎都与不合理的体制有关。社会普遍关注部门利益凌驾于公众利益甚至国家利益之上，从而导致公共政策扭曲、变异的现象。这样的公共政策过程的直接后果是，公共政策制定的成本高，周期长，效率低，大量的时间和精力被消耗在毫无意义的部门利益争夺、扯皮和推诿之中，可
能使政府所代表的公平、正义的天平发生倾斜。
我们仍然没有确立甚至没有找到对公共权力进行有效约束和制约的机制。这些年政府中出现的严重腐败现象与此密切相关。尽管我们非常重视打击腐败，也多次进行了行政管理体制改革，但腐败仍继续孳生、蔓延，严重影响了政府的公信力，给国家和人民的利益造成重大危害。人们不得不对改革的成效打上问号。因此，必须从体制和制度层面寻求解决问题的办法和途径。
前事不忘，后事之师。就目前政府权力运行的突出问题而言，行政体制改革最关键的是要解决以下问题：政府权力的组织结构要逐步走向法定化，一些不合时宜的传统思维要大胆突破，真正建立起决策科学、执行顺畅、监督有力的权力结构，实现决策、执行、监督既相互协调又相互制约的目标；有效地制约和约束包括事业单位在内的公共部门普遍利益泛化的问题。如果政府部门不能从根本上克服与民争利问题、公共政策制订中的公平公正问题以及规范政府行为问题，就不能说已经找到对公权力的有效制约途径。
尤其值得一提的是，在行政体制改革中，建立权力制约机制必须有政治层面改革的配合，否则，行政体制改革是很难孤军深入的。中国改革是渐进式的改革，越到后面涉及的利益关系越复杂。改革开放初期，所有人都从改革中得益，而到改革后期，有人受益，有人受损，改革的步伐会更为艰难。过去是以经济改革为主导，现在我们发现政府自身的问题越来越突出，政府自身的改革成为关键。这次行政管理体制改革，就是围绕政府自身存在的一些深层次的问题调整政府的组织架构，使政府的管理、组织设计、运行机制等更适应中国经济社会的发展。但光有行政层面的改革，没有政治层面的深入，难以解决行政管理中的深层次问题。例如，早在制订国家“九五”发展规划时，就已明确提出用集约型增长方式替代粗放型增长方式，但由于没有官员选拔、任用、考核、激励等政治层面改革的配合，一些地方甚至把“以经济建设为中心”演变成“以GDP为中心”。可见，许多问题的根源与政治层面的问题有关，而不是简单的行政层面的问题。
