任何一项监管措施的实施都不可能是面面俱到的，可能伴随着一定的利益取舍，这不仅包括长期稳定和短期利益的取舍、较大范围利益和较小范围利益的取舍，也包括不同金融利益集团的利益取舍。巴塞尔III也是如此，其不仅面临着冲击短期经济复苏的压力，还面临着不利于相关金融业务发展的压力。然而，结合发展中国家特有的经济金融特征来说，这些短期的、局部的负面效应可能被放大了，甚至会不利于发展中国家的经济发展。

对于盈利来源和资本补充机制单一的发展中国家银行来说，监管要求的提高可能倒逼银行选择简单粗放的规模扩张模式以达到合规要求，从而加剧了金融体系的大而不倒问题及其带来的道德风险。在巴塞尔III中，较高的资本要求使得商业银行不得不在控制分母的同时大大提高盈利能力，然而分母的控制将导致无法更多涉足相对高风险的借贷业务，从而带来盈利水平的降低。由于发展中国家商业银行的业务模式较为单一，特别是在利率管制和汇率管制等尚未实现自由市场的经济体中，可能被倒逼走上一条盲目扩张的发展道路。而在本就集中度较高的市场中，可能使得原本规模就已较大的银行或系统重要性银行借助自身强大的龙头地位和品牌效应，进一步扩大市场影响力及市场份额，从而加深这些银行的大而不倒程度及其带来的道德风险，加大监管当局对其进行监管的困难。

巴塞尔III的相关规定在一定程度上限制了贸易融资的发展，这对更多依赖贸易融资的发展中国家来说，负面影响可能更为深远。贸易融资的发展能够有效提升发展中国家的信贷能力，促进国际贸易的发展和国际资本向发展中国家的流动。在巴塞尔III关于杠杆率和流动性等监管指标的规定中，对于风险较低的贸易融资给予了较高的权重设定，从而可能会阻碍贸易融资的发展，特别是使得资产较小的客户受到较大的影响。在杠杆率计算的过程中，包括贸易融资在内的大部分表外资产一并被赋以100%的转换系数，但是由于贸易金融具备风险低、期限短等特点，因此相对较高的转化系数明显限制了贸易金融业务的发展。虽然2011年10月巴塞尔委员会调低了贸易融资等此类业务的风险权重，但整体来看，该业务所需资本仍然过高，其造成的贸易融资成本的提高及业务量的降低，不利于所在国的发展，对于一些贸易金融发挥极为重要作用的发展中国家尤其如此。

巴塞尔III的实施并未解除监管体系对国际评级机构的过分依赖，而这对于自身评级较低的发展中国家及其金融机构来说较为不利。无论是在计算风险加权资产还是流动性监管指标的过程中，不同评级水平的资产在计算中都分配有不同的计算权重。因此，评级水平的高低在很大程度上影响着监管资本和经营成本的高低。然而，包括穆迪、标普等大型国际评级机构在内的评级体系都规定，任何机构的信用评级都不会高于其所属国家（或地区）政府的主权信用评级。即使是对于风险水平相当的机构，高信用评级国家的机构往往比低信用评级国家的机构所获得的信用评级要高。不少国际活跃银行注册国的评级往往为AAA和Aaa级，因此其子公司即使在面临相同的风险暴露情况下，也会由于其东道国信用评级较低，可能会要求比母国标准下更多的资本准备。不少发展中国家认为，国际评级机构过分低估了其金融环境的稳定性，这种信用评级上的国别歧视可能导致商业银行不得不采用高利差的形式以抵消评级较低带来的高成本。

监管的本土效应依然存在，东道国经济可能会受到母国或母行的影响。目前，全球系统重要性银行及金融机构在发展中国家起到的作用日益重要，为此，这些金融机构的子公司所在国在应对突发经济问题及经济政策的制定过程中理应得到相应的知情权。然而受到本土效应的影响，大部分发展中国家在这方面都没有对全球系统重要性银行或机构做出应当的信息披露。这时，由于这些子行在东道国金融市场中发挥着重要作用，其对突如其来的金融政策或监管标准的滞后反应势必会导致东道国金融体系的动荡。